src/jalview/xml/binding/jalview/Sequence.java

   1 //
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   6 //
   7
   8
   9 package jalview.xml.binding.jalview;
  10
  11 import java.util.ArrayList;
  12 import java.util.List;
  13 import javax.xml.bind.annotation.XmlAccessType;
  14 import javax.xml.bind.annotation.XmlAccessorType;
  15 import javax.xml.bind.annotation.XmlAttribute;
  16 import javax.xml.bind.annotation.XmlElement;
  17 import javax.xml.bind.annotation.XmlRootElement;
  18 import javax.xml.bind.annotation.XmlType;
  19
  20
  21 /**
  22  * &lt;p&gt;Java class for anonymous complex type.
  23  *
  24  * &lt;p&gt;The following schema fragment specifies the expected content contained within this class.
  25  *
  26  * &lt;pre&gt;
  27  * &amp;lt;complexType&amp;gt;
  28  *   &amp;lt;complexContent&amp;gt;
  29  *     &amp;lt;extension base="{www.vamsas.ac.uk/jalview/version2}SequenceType"&amp;gt;
  30  *       &amp;lt;sequence&amp;gt;
  31  *         &amp;lt;element name="DBRef" maxOccurs="unbounded" minOccurs="0"&amp;gt;
  32  *           &amp;lt;complexType&amp;gt;
  33  *             &amp;lt;complexContent&amp;gt;
  34  *               &amp;lt;restriction base="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}anyType"&amp;gt;
  35  *                 &amp;lt;sequence&amp;gt;
  36  *                   &amp;lt;element ref="{www.vamsas.ac.uk/jalview/version2}Mapping" minOccurs="0"/&amp;gt;
  37  *                 &amp;lt;/sequence&amp;gt;
  38  *                 &amp;lt;attribute name="source" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" /&amp;gt;
  39  *                 &amp;lt;attribute name="version" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" /&amp;gt;
  40  *                 &amp;lt;attribute name="accessionId" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" /&amp;gt;
  41  *                 &amp;lt;attribute name="locus" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" default="false" /&amp;gt;
  42  *                 &amp;lt;attribute name="canonical" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" default="false" /&amp;gt;
  43  *               &amp;lt;/restriction&amp;gt;
  44  *             &amp;lt;/complexContent&amp;gt;
  45  *           &amp;lt;/complexType&amp;gt;
  46  *         &amp;lt;/element&amp;gt;
  47  *       &amp;lt;/sequence&amp;gt;
  48  *       &amp;lt;attribute name="dsseqid" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" /&amp;gt;
  49  *       &amp;lt;attribute name="biotype" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" /&amp;gt;
  50  *     &amp;lt;/extension&amp;gt;
  51  *   &amp;lt;/complexContent&amp;gt;
  52  * &amp;lt;/complexType&amp;gt;
  53  * &lt;/pre&gt;
  54  *
  55  *
  56  */
  57 @XmlAccessorType(XmlAccessType.FIELD)
  58 @XmlType(name = "", propOrder = {
  59     "dbRef"
  60 })
  61 @XmlRootElement(name = "Sequence")
  62 public class Sequence
  63     extends SequenceType
  64 {
  65
  66     @XmlElement(name = "DBRef")
  67     protected List<Sequence.DBRef> dbRef;
  68     @XmlAttribute(name = "dsseqid")
  69     protected String dsseqid;
  70     @XmlAttribute(name = "biotype")
  71     protected String biotype;
  72
  73     /**
  74      * Gets the value of the dbRef property.
  75      *
  76      * &lt;p&gt;
  77      * This accessor method returns a reference to the live list,
  78      * not a snapshot. Therefore any modification you make to the
  79      * returned list will be present inside the JAXB object.
  80      * This is why there is not a &lt;CODE&gt;set&lt;/CODE&gt; method for the dbRef property.
  81      *
  82      * &lt;p&gt;
  83      * For example, to add a new item, do as follows:
  84      * &lt;pre&gt;
  85      *    getDBRef().add(newItem);
  86      * &lt;/pre&gt;
  87      *
  88      *
  89      * &lt;p&gt;
  90      * Objects of the following type(s) are allowed in the list
  91      * {@link Sequence.DBRef }
  92      *
  93      *
  94      */
  95     public List<Sequence.DBRef> getDBRef() {
  96         if (dbRef == null) {
  97             dbRef = new ArrayList<Sequence.DBRef>();
  98         }
  99         return this.dbRef;
 100     }
 101
 102     /**
 103      * Gets the value of the dsseqid property.
 104      *
 105      * @return
 106      *     possible object is
 107      *     {@link String }
 108      *
 109      */
 110     public String getDsseqid() {
 111         return dsseqid;
 112     }
 113
 114     /**
 115      * Sets the value of the dsseqid property.
 116      *
 117      * @param value
 118      *     allowed object is
 119      *     {@link String }
 120      *
 121      */
 122     public void setDsseqid(String value) {
 123         this.dsseqid = value;
 124     }
 125
 126     /**
 127      * Gets the value of the biotype property.
 128      *
 129      * @return
 130      *     possible object is
 131      *     {@link String }
 132      *
 133      */
 134     public String getBiotype() {
 135         return biotype;
 136     }
 137
 138     /**
 139      * Sets the value of the biotype property.
 140      *
 141      * @param value
 142      *     allowed object is
 143      *     {@link String }
 144      *
 145      */
 146     public void setBiotype(String value) {
 147         this.biotype = value;
 148     }
 149
 150
 151     /**
 152      * &lt;p&gt;Java class for anonymous complex type.
 153      *
 154      * &lt;p&gt;The following schema fragment specifies the expected content contained within this class.
 155      *
 156      * &lt;pre&gt;
 157      * &amp;lt;complexType&amp;gt;
 158      *   &amp;lt;complexContent&amp;gt;
 159      *     &amp;lt;restriction base="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}anyType"&amp;gt;
 160      *       &amp;lt;sequence&amp;gt;
 161      *         &amp;lt;element ref="{www.vamsas.ac.uk/jalview/version2}Mapping" minOccurs="0"/&amp;gt;
 162      *       &amp;lt;/sequence&amp;gt;
 163      *       &amp;lt;attribute name="source" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" /&amp;gt;
 164      *       &amp;lt;attribute name="version" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" /&amp;gt;
 165      *       &amp;lt;attribute name="accessionId" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" /&amp;gt;
 166      *       &amp;lt;attribute name="locus" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" default="false" /&amp;gt;
 167      *       &amp;lt;attribute name="canonical" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" default="false" /&amp;gt;
 168      *     &amp;lt;/restriction&amp;gt;
 169      *   &amp;lt;/complexContent&amp;gt;
 170      * &amp;lt;/complexType&amp;gt;
 171      * &lt;/pre&gt;
 172      *
 173      *
 174      */
 175     @XmlAccessorType(XmlAccessType.FIELD)
 176     @XmlType(name = "", propOrder = {
 177         "mapping"
 178     })
 179     public static class DBRef {
 180
 181         @XmlElement(name = "Mapping")
 182         protected Mapping mapping;
 183         @XmlAttribute(name = "source")
 184         protected String source;
 185         @XmlAttribute(name = "version")
 186         protected String version;
 187         @XmlAttribute(name = "accessionId")
 188         protected String accessionId;
 189         @XmlAttribute(name = "locus")
 190         protected Boolean locus;
 191         @XmlAttribute(name = "canonical")
 192         protected Boolean canonical;
 193
 194         /**
 195          * Gets the value of the mapping property.
 196          *
 197          * @return
 198          *     possible object is
 199          *     {@link Mapping }
 200          *
 201          */
 202         public Mapping getMapping() {
 203             return mapping;
 204         }
 205
 206         /**
 207          * Sets the value of the mapping property.
 208          *
 209          * @param value
 210          *     allowed object is
 211          *     {@link Mapping }
 212          *
 213          */
 214         public void setMapping(Mapping value) {
 215             this.mapping = value;
 216         }
 217
 218         /**
 219          * Gets the value of the source property.
 220          *
 221          * @return
 222          *     possible object is
 223          *     {@link String }
 224          *
 225          */
 226         public String getSource() {
 227             return source;
 228         }
 229
 230         /**
 231          * Sets the value of the source property.
 232          *
 233          * @param value
 234          *     allowed object is
 235          *     {@link String }
 236          *
 237          */
 238         public void setSource(String value) {
 239             this.source = value;
 240         }
 241
 242         /**
 243          * Gets the value of the version property.
 244          *
 245          * @return
 246          *     possible object is
 247          *     {@link String }
 248          *
 249          */
 250         public String getVersion() {
 251             return version;
 252         }
 253
 254         /**
 255          * Sets the value of the version property.
 256          *
 257          * @param value
 258          *     allowed object is
 259          *     {@link String }
 260          *
 261          */
 262         public void setVersion(String value) {
 263             this.version = value;
 264         }
 265
 266         /**
 267          * Gets the value of the accessionId property.
 268          *
 269          * @return
 270          *     possible object is
 271          *     {@link String }
 272          *
 273          */
 274         public String getAccessionId() {
 275             return accessionId;
 276         }
 277
 278         /**
 279          * Sets the value of the accessionId property.
 280          *
 281          * @param value
 282          *     allowed object is
 283          *     {@link String }
 284          *
 285          */
 286         public void setAccessionId(String value) {
 287             this.accessionId = value;
 288         }
 289
 290         /**
 291          * Gets the value of the locus property.
 292          *
 293          * @return
 294          *     possible object is
 295          *     {@link Boolean }
 296          *
 297          */
 298         public boolean isLocus() {
 299             if (locus == null) {
 300                 return false;
 301             } else {
 302                 return locus;
 303             }
 304         }
 305
 306         /**
 307          * Sets the value of the locus property.
 308          *
 309          * @param value
 310          *     allowed object is
 311          *     {@link Boolean }
 312          *
 313          */
 314         public void setLocus(Boolean value) {
 315             this.locus = value;
 316         }
 317
 318         /**
 319          * Gets the value of the canonical property.
 320          *
 321          * @return
 322          *     possible object is
 323          *     {@link Boolean }
 324          *
 325          */
 326         public boolean isCanonical() {
 327             if (canonical == null) {
 328                 return false;
 329             } else {
 330                 return canonical;
 331             }
 332         }
 333
 334         /**
 335          * Sets the value of the canonical property.
 336          *
 337          * @param value
 338          *     allowed object is
 339          *     {@link Boolean }
 340          *
 341          */
 342         public void setCanonical(Boolean value) {
 343             this.canonical = value;
 344         }
 345
 346     }
 347
 348 }