src/jalview/xml/binding/jalview/Sequence.java

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   6 //
   7
   8
   9 package jalview.xml.binding.jalview;
  10
  11 import java.util.ArrayList;
  12 import java.util.List;
  13 import javax.xml.bind.annotation.XmlAccessType;
  14 import javax.xml.bind.annotation.XmlAccessorType;
  15 import javax.xml.bind.annotation.XmlAttribute;
  16 import javax.xml.bind.annotation.XmlElement;
  17 import javax.xml.bind.annotation.XmlRootElement;
  18 import javax.xml.bind.annotation.XmlType;
  19
  20
  21 /**
  22  * <p>Java class for anonymous complex type.
  23  *
  24  * <p>The following schema fragment specifies the expected content contained within this class.
  25  *
  26  * <pre>
  27  * &lt;complexType>
  28  *   &lt;complexContent>
  29  *     &lt;extension base="{www.vamsas.ac.uk/jalview/version2}SequenceType">
  30  *       &lt;sequence>
  31  *         &lt;element name="DBRef" maxOccurs="unbounded" minOccurs="0">
  32  *           &lt;complexType>
  33  *             &lt;complexContent>
  34  *               &lt;restriction base="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}anyType">
  35  *                 &lt;sequence>
  36  *                   &lt;element ref="{www.vamsas.ac.uk/jalview/version2}Mapping" minOccurs="0"/>
  37  *                 &lt;/sequence>
  38  *                 &lt;attribute name="source" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" />
  39  *                 &lt;attribute name="version" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" />
  40  *                 &lt;attribute name="accessionId" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" />
  41  *               &lt;/restriction>
  42  *             &lt;/complexContent>
  43  *           &lt;/complexType>
  44  *         &lt;/element>
  45  *       &lt;/sequence>
  46  *       &lt;attribute name="dsseqid" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" />
  47  *       &lt;attribute name="biotype" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" />
  48  *     &lt;/extension>
  49  *   &lt;/complexContent>
  50  * &lt;/complexType>
  51  * </pre>
  52  *
  53  *
  54  */
  55 @XmlAccessorType(XmlAccessType.FIELD)
  56 @XmlType(name = "", propOrder = {
  57     "dbRef"
  58 })
  59 @XmlRootElement(name = "Sequence")
  60 public class Sequence
  61     extends SequenceType
  62 {
  63
  64     @XmlElement(name = "DBRef")
  65     protected List<Sequence.DBRef> dbRef;
  66     @XmlAttribute(name = "dsseqid")
  67     protected String dsseqid;
  68     @XmlAttribute(name = "biotype")
  69     protected String biotype;
  70
  71     /**
  72      * Gets the value of the dbRef property.
  73      *
  74      * <p>
  75      * This accessor method returns a reference to the live list,
  76      * not a snapshot. Therefore any modification you make to the
  77      * returned list will be present inside the JAXB object.
  78      * This is why there is not a <CODE>set</CODE> method for the dbRef property.
  79      *
  80      * <p>
  81      * For example, to add a new item, do as follows:
  82      * <pre>
  83      *    getDBRef().add(newItem);
  84      * </pre>
  85      *
  86      *
  87      * <p>
  88      * Objects of the following type(s) are allowed in the list
  89      * {@link Sequence.DBRef }
  90      *
  91      *
  92      */
  93     public List<Sequence.DBRef> getDBRef() {
  94         if (dbRef == null) {
  95             dbRef = new ArrayList<Sequence.DBRef>();
  96         }
  97         return this.dbRef;
  98     }
  99
 100     /**
 101      * Gets the value of the dsseqid property.
 102      *
 103      * @return
 104      *     possible object is
 105      *     {@link String }
 106      *
 107      */
 108     public String getDsseqid() {
 109         return dsseqid;
 110     }
 111
 112     /**
 113      * Sets the value of the dsseqid property.
 114      *
 115      * @param value
 116      *     allowed object is
 117      *     {@link String }
 118      *
 119      */
 120     public void setDsseqid(String value) {
 121         this.dsseqid = value;
 122     }
 123
 124     /**
 125      * Gets the value of the biotype property.
 126      *
 127      * @return
 128      *     possible object is
 129      *     {@link String }
 130      *
 131      */
 132     public String getBiotype() {
 133         return biotype;
 134     }
 135
 136     /**
 137      * Sets the value of the biotype property.
 138      *
 139      * @param value
 140      *     allowed object is
 141      *     {@link String }
 142      *
 143      */
 144     public void setBiotype(String value) {
 145         this.biotype = value;
 146     }
 147
 148
 149     /**
 150      * <p>Java class for anonymous complex type.
 151      *
 152      * <p>The following schema fragment specifies the expected content contained within this class.
 153      *
 154      * <pre>
 155      * &lt;complexType>
 156      *   &lt;complexContent>
 157      *     &lt;restriction base="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}anyType">
 158      *       &lt;sequence>
 159      *         &lt;element ref="{www.vamsas.ac.uk/jalview/version2}Mapping" minOccurs="0"/>
 160      *       &lt;/sequence>
 161      *       &lt;attribute name="source" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" />
 162      *       &lt;attribute name="version" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" />
 163      *       &lt;attribute name="accessionId" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" />
 164      *     &lt;/restriction>
 165      *   &lt;/complexContent>
 166      * &lt;/complexType>
 167      * </pre>
 168      *
 169      *
 170      */
 171     @XmlAccessorType(XmlAccessType.FIELD)
 172     @XmlType(name = "", propOrder = {
 173         "mapping"
 174     })
 175     public static class DBRef {
 176
 177         @XmlElement(name = "Mapping")
 178         protected Mapping mapping;
 179         @XmlAttribute(name = "source")
 180         protected String source;
 181         @XmlAttribute(name = "version")
 182         protected String version;
 183         @XmlAttribute(name = "accessionId")
 184         protected String accessionId;
 185
 186         /**
 187          * Gets the value of the mapping property.
 188          *
 189          * @return
 190          *     possible object is
 191          *     {@link Mapping }
 192          *
 193          */
 194         public Mapping getMapping() {
 195             return mapping;
 196         }
 197
 198         /**
 199          * Sets the value of the mapping property.
 200          *
 201          * @param value
 202          *     allowed object is
 203          *     {@link Mapping }
 204          *
 205          */
 206         public void setMapping(Mapping value) {
 207             this.mapping = value;
 208         }
 209
 210         /**
 211          * Gets the value of the source property.
 212          *
 213          * @return
 214          *     possible object is
 215          *     {@link String }
 216          *
 217          */
 218         public String getSource() {
 219             return source;
 220         }
 221
 222         /**
 223          * Sets the value of the source property.
 224          *
 225          * @param value
 226          *     allowed object is
 227          *     {@link String }
 228          *
 229          */
 230         public void setSource(String value) {
 231             this.source = value;
 232         }
 233
 234         /**
 235          * Gets the value of the version property.
 236          *
 237          * @return
 238          *     possible object is
 239          *     {@link String }
 240          *
 241          */
 242         public String getVersion() {
 243             return version;
 244         }
 245
 246         /**
 247          * Sets the value of the version property.
 248          *
 249          * @param value
 250          *     allowed object is
 251          *     {@link String }
 252          *
 253          */
 254         public void setVersion(String value) {
 255             this.version = value;
 256         }
 257
 258         /**
 259          * Gets the value of the accessionId property.
 260          *
 261          * @return
 262          *     possible object is
 263          *     {@link String }
 264          *
 265          */
 266         public String getAccessionId() {
 267             return accessionId;
 268         }
 269
 270         /**
 271          * Sets the value of the accessionId property.
 272          *
 273          * @param value
 274          *     allowed object is
 275          *     {@link String }
 276          *
 277          */
 278         public void setAccessionId(String value) {
 279             this.accessionId = value;
 280         }
 281
 282     }
 283
 284 }