src/jalview/xml/binding/jalview/SequenceSet.java

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   6 //
   7
   8
   9 package jalview.xml.binding.jalview;
  10
  11 import java.util.ArrayList;
  12 import java.util.List;
  13 import javax.xml.bind.annotation.XmlAccessType;
  14 import javax.xml.bind.annotation.XmlAccessorType;
  15 import javax.xml.bind.annotation.XmlAttribute;
  16 import javax.xml.bind.annotation.XmlElement;
  17 import javax.xml.bind.annotation.XmlRootElement;
  18 import javax.xml.bind.annotation.XmlType;
  19
  20
  21 /**
  22  * &lt;p&gt;Java class for anonymous complex type.
  23  *
  24  * &lt;p&gt;The following schema fragment specifies the expected content contained within this class.
  25  *
  26  * &lt;pre&gt;
  27  * &amp;lt;complexType&amp;gt;
  28  *   &amp;lt;complexContent&amp;gt;
  29  *     &amp;lt;restriction base="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}anyType"&amp;gt;
  30  *       &amp;lt;sequence&amp;gt;
  31  *         &amp;lt;element ref="{www.vamsas.ac.uk/jalview/version2}Sequence" maxOccurs="unbounded" minOccurs="0"/&amp;gt;
  32  *         &amp;lt;element ref="{www.vamsas.ac.uk/jalview/version2}Annotation" maxOccurs="unbounded" minOccurs="0"/&amp;gt;
  33  *         &amp;lt;element name="sequenceSetProperties" maxOccurs="unbounded" minOccurs="0"&amp;gt;
  34  *           &amp;lt;complexType&amp;gt;
  35  *             &amp;lt;complexContent&amp;gt;
  36  *               &amp;lt;restriction base="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}anyType"&amp;gt;
  37  *                 &amp;lt;attribute name="key" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" /&amp;gt;
  38  *                 &amp;lt;attribute name="value" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" /&amp;gt;
  39  *               &amp;lt;/restriction&amp;gt;
  40  *             &amp;lt;/complexContent&amp;gt;
  41  *           &amp;lt;/complexType&amp;gt;
  42  *         &amp;lt;/element&amp;gt;
  43  *         &amp;lt;element ref="{www.vamsas.ac.uk/jalview/version2}AlcodonFrame" maxOccurs="unbounded" minOccurs="0"/&amp;gt;
  44  *       &amp;lt;/sequence&amp;gt;
  45  *       &amp;lt;attribute name="gapChar" use="required" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" /&amp;gt;
  46  *       &amp;lt;attribute name="datasetId" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" /&amp;gt;
  47  *     &amp;lt;/restriction&amp;gt;
  48  *   &amp;lt;/complexContent&amp;gt;
  49  * &amp;lt;/complexType&amp;gt;
  50  * &lt;/pre&gt;
  51  *
  52  *
  53  */
  54 @XmlAccessorType(XmlAccessType.FIELD)
  55 @XmlType(name = "", propOrder = {
  56     "sequence",
  57     "annotation",
  58     "sequenceSetProperties",
  59     "alcodonFrame"
  60 })
  61 @XmlRootElement(name = "SequenceSet")
  62 public class SequenceSet {
  63
  64     @XmlElement(name = "Sequence")
  65     protected List<Sequence> sequence;
  66     @XmlElement(name = "Annotation")
  67     protected List<Annotation> annotation;
  68     protected List<SequenceSet.SequenceSetProperties> sequenceSetProperties;
  69     @XmlElement(name = "AlcodonFrame")
  70     protected List<AlcodonFrame> alcodonFrame;
  71     @XmlAttribute(name = "gapChar", required = true)
  72     protected String gapChar;
  73     @XmlAttribute(name = "datasetId")
  74     protected String datasetId;
  75
  76     /**
  77      * Gets the value of the sequence property.
  78      *
  79      * &lt;p&gt;
  80      * This accessor method returns a reference to the live list,
  81      * not a snapshot. Therefore any modification you make to the
  82      * returned list will be present inside the JAXB object.
  83      * This is why there is not a &lt;CODE&gt;set&lt;/CODE&gt; method for the sequence property.
  84      *
  85      * &lt;p&gt;
  86      * For example, to add a new item, do as follows:
  87      * &lt;pre&gt;
  88      *    getSequence().add(newItem);
  89      * &lt;/pre&gt;
  90      *
  91      *
  92      * &lt;p&gt;
  93      * Objects of the following type(s) are allowed in the list
  94      * {@link Sequence }
  95      *
  96      *
  97      */
  98     public List<Sequence> getSequence() {
  99         if (sequence == null) {
 100             sequence = new ArrayList<Sequence>();
 101         }
 102         return this.sequence;
 103     }
 104
 105     /**
 106      * Gets the value of the annotation property.
 107      *
 108      * &lt;p&gt;
 109      * This accessor method returns a reference to the live list,
 110      * not a snapshot. Therefore any modification you make to the
 111      * returned list will be present inside the JAXB object.
 112      * This is why there is not a &lt;CODE&gt;set&lt;/CODE&gt; method for the annotation property.
 113      *
 114      * &lt;p&gt;
 115      * For example, to add a new item, do as follows:
 116      * &lt;pre&gt;
 117      *    getAnnotation().add(newItem);
 118      * &lt;/pre&gt;
 119      *
 120      *
 121      * &lt;p&gt;
 122      * Objects of the following type(s) are allowed in the list
 123      * {@link Annotation }
 124      *
 125      *
 126      */
 127     public List<Annotation> getAnnotation() {
 128         if (annotation == null) {
 129             annotation = new ArrayList<Annotation>();
 130         }
 131         return this.annotation;
 132     }
 133
 134     /**
 135      * Gets the value of the sequenceSetProperties property.
 136      *
 137      * &lt;p&gt;
 138      * This accessor method returns a reference to the live list,
 139      * not a snapshot. Therefore any modification you make to the
 140      * returned list will be present inside the JAXB object.
 141      * This is why there is not a &lt;CODE&gt;set&lt;/CODE&gt; method for the sequenceSetProperties property.
 142      *
 143      * &lt;p&gt;
 144      * For example, to add a new item, do as follows:
 145      * &lt;pre&gt;
 146      *    getSequenceSetProperties().add(newItem);
 147      * &lt;/pre&gt;
 148      *
 149      *
 150      * &lt;p&gt;
 151      * Objects of the following type(s) are allowed in the list
 152      * {@link SequenceSet.SequenceSetProperties }
 153      *
 154      *
 155      */
 156     public List<SequenceSet.SequenceSetProperties> getSequenceSetProperties() {
 157         if (sequenceSetProperties == null) {
 158             sequenceSetProperties = new ArrayList<SequenceSet.SequenceSetProperties>();
 159         }
 160         return this.sequenceSetProperties;
 161     }
 162
 163     /**
 164      * Gets the value of the alcodonFrame property.
 165      *
 166      * &lt;p&gt;
 167      * This accessor method returns a reference to the live list,
 168      * not a snapshot. Therefore any modification you make to the
 169      * returned list will be present inside the JAXB object.
 170      * This is why there is not a &lt;CODE&gt;set&lt;/CODE&gt; method for the alcodonFrame property.
 171      *
 172      * &lt;p&gt;
 173      * For example, to add a new item, do as follows:
 174      * &lt;pre&gt;
 175      *    getAlcodonFrame().add(newItem);
 176      * &lt;/pre&gt;
 177      *
 178      *
 179      * &lt;p&gt;
 180      * Objects of the following type(s) are allowed in the list
 181      * {@link AlcodonFrame }
 182      *
 183      *
 184      */
 185     public List<AlcodonFrame> getAlcodonFrame() {
 186         if (alcodonFrame == null) {
 187             alcodonFrame = new ArrayList<AlcodonFrame>();
 188         }
 189         return this.alcodonFrame;
 190     }
 191
 192     /**
 193      * Gets the value of the gapChar property.
 194      *
 195      * @return
 196      *     possible object is
 197      *     {@link String }
 198      *
 199      */
 200     public String getGapChar() {
 201         return gapChar;
 202     }
 203
 204     /**
 205      * Sets the value of the gapChar property.
 206      *
 207      * @param value
 208      *     allowed object is
 209      *     {@link String }
 210      *
 211      */
 212     public void setGapChar(String value) {
 213         this.gapChar = value;
 214     }
 215
 216     /**
 217      * Gets the value of the datasetId property.
 218      *
 219      * @return
 220      *     possible object is
 221      *     {@link String }
 222      *
 223      */
 224     public String getDatasetId() {
 225         return datasetId;
 226     }
 227
 228     /**
 229      * Sets the value of the datasetId property.
 230      *
 231      * @param value
 232      *     allowed object is
 233      *     {@link String }
 234      *
 235      */
 236     public void setDatasetId(String value) {
 237         this.datasetId = value;
 238     }
 239
 240
 241     /**
 242      * &lt;p&gt;Java class for anonymous complex type.
 243      *
 244      * &lt;p&gt;The following schema fragment specifies the expected content contained within this class.
 245      *
 246      * &lt;pre&gt;
 247      * &amp;lt;complexType&amp;gt;
 248      *   &amp;lt;complexContent&amp;gt;
 249      *     &amp;lt;restriction base="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}anyType"&amp;gt;
 250      *       &amp;lt;attribute name="key" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" /&amp;gt;
 251      *       &amp;lt;attribute name="value" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" /&amp;gt;
 252      *     &amp;lt;/restriction&amp;gt;
 253      *   &amp;lt;/complexContent&amp;gt;
 254      * &amp;lt;/complexType&amp;gt;
 255      * &lt;/pre&gt;
 256      *
 257      *
 258      */
 259     @XmlAccessorType(XmlAccessType.FIELD)
 260     @XmlType(name = "")
 261     public static class SequenceSetProperties {
 262
 263         @XmlAttribute(name = "key")
 264         protected String key;
 265         @XmlAttribute(name = "value")
 266         protected String value;
 267
 268         /**
 269          * Gets the value of the key property.
 270          *
 271          * @return
 272          *     possible object is
 273          *     {@link String }
 274          *
 275          */
 276         public String getKey() {
 277             return key;
 278         }
 279
 280         /**
 281          * Sets the value of the key property.
 282          *
 283          * @param value
 284          *     allowed object is
 285          *     {@link String }
 286          *
 287          */
 288         public void setKey(String value) {
 289             this.key = value;
 290         }
 291
 292         /**
 293          * Gets the value of the value property.
 294          *
 295          * @return
 296          *     possible object is
 297          *     {@link String }
 298          *
 299          */
 300         public String getValue() {
 301             return value;
 302         }
 303
 304         /**
 305          * Sets the value of the value property.
 306          *
 307          * @param value
 308          *     allowed object is
 309          *     {@link String }
 310          *
 311          */
 312         public void setValue(String value) {
 313             this.value = value;
 314         }
 315
 316     }
 317
 318 }