src/jalview/xml/binding/jalview/SequenceSet.java

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   6 //
   7
   8 package jalview.xml.binding.jalview;
   9
  10 import java.util.ArrayList;
  11 import java.util.List;
  12 import javax.xml.bind.annotation.XmlAccessType;
  13 import javax.xml.bind.annotation.XmlAccessorType;
  14 import javax.xml.bind.annotation.XmlAttribute;
  15 import javax.xml.bind.annotation.XmlElement;
  16 import javax.xml.bind.annotation.XmlRootElement;
  17 import javax.xml.bind.annotation.XmlType;
  18
  19 /**
  20  * <p>
  21  * Java class for anonymous complex type.
  22  *
  23  * <p>
  24  * The following schema fragment specifies the expected content contained within
  25  * this class.
  26  *
  27  * <pre>
  28  * &lt;complexType>
  29  *   &lt;complexContent>
  30  *     &lt;restriction base="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}anyType">
  31  *       &lt;sequence>
  32  *         &lt;element ref="{www.vamsas.ac.uk/jalview/version2}Sequence" maxOccurs="unbounded" minOccurs="0"/>
  33  *         &lt;element ref="{www.vamsas.ac.uk/jalview/version2}Annotation" maxOccurs="unbounded" minOccurs="0"/>
  34  *         &lt;element name="sequenceSetProperties" maxOccurs="unbounded" minOccurs="0">
  35  *           &lt;complexType>
  36  *             &lt;complexContent>
  37  *               &lt;restriction base="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}anyType">
  38  *                 &lt;attribute name="key" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" />
  39  *                 &lt;attribute name="value" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" />
  40  *               &lt;/restriction>
  41  *             &lt;/complexContent>
  42  *           &lt;/complexType>
  43  *         &lt;/element>
  44  *         &lt;element ref="{www.vamsas.ac.uk/jalview/version2}AlcodonFrame" maxOccurs="unbounded" minOccurs="0"/>
  45  *       &lt;/sequence>
  46  *       &lt;attribute name="gapChar" use="required" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" />
  47  *       &lt;attribute name="datasetId" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" />
  48  *     &lt;/restriction>
  49  *   &lt;/complexContent>
  50  * &lt;/complexType>
  51  * </pre>
  52  *
  53  *
  54  */
  55 @XmlAccessorType(XmlAccessType.FIELD)
  56 @XmlType(
  57   name = "",
  58   propOrder =
  59   { "sequence", "annotation", "sequenceSetProperties", "alcodonFrame" })
  60 @XmlRootElement(name = "SequenceSet")
  61 public class SequenceSet
  62 {
  63
  64   @XmlElement(name = "Sequence")
  65   protected List<Sequence> sequence;
  66
  67   @XmlElement(name = "Annotation")
  68   protected List<Annotation> annotation;
  69
  70   protected List<SequenceSet.SequenceSetProperties> sequenceSetProperties;
  71
  72   @XmlElement(name = "AlcodonFrame")
  73   protected List<AlcodonFrame> alcodonFrame;
  74
  75   @XmlAttribute(name = "gapChar", required = true)
  76   protected String gapChar;
  77
  78   @XmlAttribute(name = "datasetId")
  79   protected String datasetId;
  80
  81   /**
  82    * Gets the value of the sequence property.
  83    *
  84    * <p>
  85    * This accessor method returns a reference to the live list, not a snapshot.
  86    * Therefore any modification you make to the returned list will be present
  87    * inside the JAXB object. This is why there is not a <CODE>set</CODE> method
  88    * for the sequence property.
  89    *
  90    * <p>
  91    * For example, to add a new item, do as follows:
  92    *
  93    * <pre>
  94    * getSequence().add(newItem);
  95    * </pre>
  96    *
  97    *
  98    * <p>
  99    * Objects of the following type(s) are allowed in the list {@link Sequence }
 100    *
 101    *
 102    */
 103   public List<Sequence> getSequence()
 104   {
 105     if (sequence == null)
 106     {
 107       sequence = new ArrayList<Sequence>();
 108     }
 109     return this.sequence;
 110   }
 111
 112   /**
 113    * Gets the value of the annotation property.
 114    *
 115    * <p>
 116    * This accessor method returns a reference to the live list, not a snapshot.
 117    * Therefore any modification you make to the returned list will be present
 118    * inside the JAXB object. This is why there is not a <CODE>set</CODE> method
 119    * for the annotation property.
 120    *
 121    * <p>
 122    * For example, to add a new item, do as follows:
 123    *
 124    * <pre>
 125    * getAnnotation().add(newItem);
 126    * </pre>
 127    *
 128    *
 129    * <p>
 130    * Objects of the following type(s) are allowed in the list {@link Annotation
 131    * }
 132    *
 133    *
 134    */
 135   public List<Annotation> getAnnotation()
 136   {
 137     if (annotation == null)
 138     {
 139       annotation = new ArrayList<Annotation>();
 140     }
 141     return this.annotation;
 142   }
 143
 144   /**
 145    * Gets the value of the sequenceSetProperties property.
 146    *
 147    * <p>
 148    * This accessor method returns a reference to the live list, not a snapshot.
 149    * Therefore any modification you make to the returned list will be present
 150    * inside the JAXB object. This is why there is not a <CODE>set</CODE> method
 151    * for the sequenceSetProperties property.
 152    *
 153    * <p>
 154    * For example, to add a new item, do as follows:
 155    *
 156    * <pre>
 157    * getSequenceSetProperties().add(newItem);
 158    * </pre>
 159    *
 160    *
 161    * <p>
 162    * Objects of the following type(s) are allowed in the list
 163    * {@link SequenceSet.SequenceSetProperties }
 164    *
 165    *
 166    */
 167   public List<SequenceSet.SequenceSetProperties> getSequenceSetProperties()
 168   {
 169     if (sequenceSetProperties == null)
 170     {
 171       sequenceSetProperties = new ArrayList<SequenceSet.SequenceSetProperties>();
 172     }
 173     return this.sequenceSetProperties;
 174   }
 175
 176   /**
 177    * Gets the value of the alcodonFrame property.
 178    *
 179    * <p>
 180    * This accessor method returns a reference to the live list, not a snapshot.
 181    * Therefore any modification you make to the returned list will be present
 182    * inside the JAXB object. This is why there is not a <CODE>set</CODE> method
 183    * for the alcodonFrame property.
 184    *
 185    * <p>
 186    * For example, to add a new item, do as follows:
 187    *
 188    * <pre>
 189    * getAlcodonFrame().add(newItem);
 190    * </pre>
 191    *
 192    *
 193    * <p>
 194    * Objects of the following type(s) are allowed in the list
 195    * {@link AlcodonFrame }
 196    *
 197    *
 198    */
 199   public List<AlcodonFrame> getAlcodonFrame()
 200   {
 201     if (alcodonFrame == null)
 202     {
 203       alcodonFrame = new ArrayList<AlcodonFrame>();
 204     }
 205     return this.alcodonFrame;
 206   }
 207
 208   /**
 209    * Gets the value of the gapChar property.
 210    *
 211    * @return possible object is {@link String }
 212    *
 213    */
 214   public String getGapChar()
 215   {
 216     return gapChar;
 217   }
 218
 219   /**
 220    * Sets the value of the gapChar property.
 221    *
 222    * @param value
 223    *          allowed object is {@link String }
 224    *
 225    */
 226   public void setGapChar(String value)
 227   {
 228     this.gapChar = value;
 229   }
 230
 231   /**
 232    * Gets the value of the datasetId property.
 233    *
 234    * @return possible object is {@link String }
 235    *
 236    */
 237   public String getDatasetId()
 238   {
 239     return datasetId;
 240   }
 241
 242   /**
 243    * Sets the value of the datasetId property.
 244    *
 245    * @param value
 246    *          allowed object is {@link String }
 247    *
 248    */
 249   public void setDatasetId(String value)
 250   {
 251     this.datasetId = value;
 252   }
 253
 254   /**
 255    * <p>
 256    * Java class for anonymous complex type.
 257    *
 258    * <p>
 259    * The following schema fragment specifies the expected content contained
 260    * within this class.
 261    *
 262    * <pre>
 263    * &lt;complexType>
 264    *   &lt;complexContent>
 265    *     &lt;restriction base="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}anyType">
 266    *       &lt;attribute name="key" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" />
 267    *       &lt;attribute name="value" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" />
 268    *     &lt;/restriction>
 269    *   &lt;/complexContent>
 270    * &lt;/complexType>
 271    * </pre>
 272    *
 273    *
 274    */
 275   @XmlAccessorType(XmlAccessType.FIELD)
 276   @XmlType(name = "")
 277   public static class SequenceSetProperties
 278   {
 279
 280     @XmlAttribute(name = "key")
 281     protected String key;
 282
 283     @XmlAttribute(name = "value")
 284     protected String value;
 285
 286     /**
 287      * Gets the value of the key property.
 288      *
 289      * @return possible object is {@link String }
 290      *
 291      */
 292     public String getKey()
 293     {
 294       return key;
 295     }
 296
 297     /**
 298      * Sets the value of the key property.
 299      *
 300      * @param value
 301      *          allowed object is {@link String }
 302      *
 303      */
 304     public void setKey(String value)
 305     {
 306       this.key = value;
 307     }
 308
 309     /**
 310      * Gets the value of the value property.
 311      *
 312      * @return possible object is {@link String }
 313      *
 314      */
 315     public String getValue()
 316     {
 317       return value;
 318     }
 319
 320     /**
 321      * Sets the value of the value property.
 322      *
 323      * @param value
 324      *          allowed object is {@link String }
 325      *
 326      */
 327     public void setValue(String value)
 328     {
 329       this.value = value;
 330     }
 331
 332   }
 333
 334 }