src/jalview/xml/binding/uniprot/Entry.java

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   6 //
   7
   8
   9 package jalview.xml.binding.uniprot;
  10
  11 import java.util.ArrayList;
  12 import java.util.List;
  13 import javax.xml.bind.annotation.XmlAccessType;
  14 import javax.xml.bind.annotation.XmlAccessorType;
  15 import javax.xml.bind.annotation.XmlAttribute;
  16 import javax.xml.bind.annotation.XmlElement;
  17 import javax.xml.bind.annotation.XmlRootElement;
  18 import javax.xml.bind.annotation.XmlSchemaType;
  19 import javax.xml.bind.annotation.XmlType;
  20 import javax.xml.datatype.XMLGregorianCalendar;
  21
  22
  23 /**
  24  * <p>Java class for anonymous complex type.
  25  *
  26  * <p>The following schema fragment specifies the expected content contained within this class.
  27  *
  28  * <pre>
  29  * &lt;complexType>
  30  *   &lt;complexContent>
  31  *     &lt;restriction base="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}anyType">
  32  *       &lt;sequence>
  33  *         &lt;element name="accession" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" maxOccurs="unbounded"/>
  34  *         &lt;element name="name" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" maxOccurs="unbounded"/>
  35  *         &lt;element name="protein" type="{http://uniprot.org/uniprot}proteinType"/>
  36  *         &lt;element name="gene" type="{http://uniprot.org/uniprot}geneType" maxOccurs="unbounded" minOccurs="0"/>
  37  *         &lt;element name="organism" type="{http://uniprot.org/uniprot}organismType"/>
  38  *         &lt;element name="organismHost" type="{http://uniprot.org/uniprot}organismType" maxOccurs="unbounded" minOccurs="0"/>
  39  *         &lt;element name="geneLocation" type="{http://uniprot.org/uniprot}geneLocationType" maxOccurs="unbounded" minOccurs="0"/>
  40  *         &lt;element name="reference" type="{http://uniprot.org/uniprot}referenceType" maxOccurs="unbounded"/>
  41  *         &lt;element name="comment" type="{http://uniprot.org/uniprot}commentType" maxOccurs="unbounded" minOccurs="0"/>
  42  *         &lt;element name="dbReference" type="{http://uniprot.org/uniprot}dbReferenceType" maxOccurs="unbounded" minOccurs="0"/>
  43  *         &lt;element name="proteinExistence" type="{http://uniprot.org/uniprot}proteinExistenceType"/>
  44  *         &lt;element name="keyword" type="{http://uniprot.org/uniprot}keywordType" maxOccurs="unbounded" minOccurs="0"/>
  45  *         &lt;element name="feature" type="{http://uniprot.org/uniprot}featureType" maxOccurs="unbounded" minOccurs="0"/>
  46  *         &lt;element name="evidence" type="{http://uniprot.org/uniprot}evidenceType" maxOccurs="unbounded" minOccurs="0"/>
  47  *         &lt;element name="sequence" type="{http://uniprot.org/uniprot}sequenceType"/>
  48  *       &lt;/sequence>
  49  *       &lt;attribute name="dataset" use="required">
  50  *         &lt;simpleType>
  51  *           &lt;restriction base="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string">
  52  *             &lt;enumeration value="Swiss-Prot"/>
  53  *             &lt;enumeration value="TrEMBL"/>
  54  *           &lt;/restriction>
  55  *         &lt;/simpleType>
  56  *       &lt;/attribute>
  57  *       &lt;attribute name="created" use="required" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}date" />
  58  *       &lt;attribute name="modified" use="required" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}date" />
  59  *       &lt;attribute name="version" use="required" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}int" />
  60  *     &lt;/restriction>
  61  *   &lt;/complexContent>
  62  * &lt;/complexType>
  63  * </pre>
  64  *
  65  *
  66  */
  67 @XmlAccessorType(XmlAccessType.FIELD)
  68 @XmlType(name = "", propOrder = {
  69     "accession",
  70     "name",
  71     "protein",
  72     "gene",
  73     "organism",
  74     "organismHost",
  75     "geneLocation",
  76     "reference",
  77     "comment",
  78     "dbReference",
  79     "proteinExistence",
  80     "keyword",
  81     "feature",
  82     "evidence",
  83     "sequence"
  84 })
  85 @XmlRootElement(name = "entry")
  86 public class Entry {
  87
  88     @XmlElement(required = true)
  89     protected List<String> accession;
  90     @XmlElement(required = true)
  91     protected List<String> name;
  92     @XmlElement(required = true)
  93     protected ProteinType protein;
  94     protected List<GeneType> gene;
  95     @XmlElement(required = true)
  96     protected OrganismType organism;
  97     protected List<OrganismType> organismHost;
  98     protected List<GeneLocationType> geneLocation;
  99     @XmlElement(required = true)
 100     protected List<ReferenceType> reference;
 101     @XmlElement(nillable = true)
 102     protected List<CommentType> comment;
 103     protected List<DbReferenceType> dbReference;
 104     @XmlElement(required = true)
 105     protected ProteinExistenceType proteinExistence;
 106     protected List<KeywordType> keyword;
 107     protected List<FeatureType> feature;
 108     protected List<EvidenceType> evidence;
 109     @XmlElement(required = true)
 110     protected SequenceType sequence;
 111     @XmlAttribute(name = "dataset", required = true)
 112     protected String dataset;
 113     @XmlAttribute(name = "created", required = true)
 114     @XmlSchemaType(name = "date")
 115     protected XMLGregorianCalendar created;
 116     @XmlAttribute(name = "modified", required = true)
 117     @XmlSchemaType(name = "date")
 118     protected XMLGregorianCalendar modified;
 119     @XmlAttribute(name = "version", required = true)
 120     protected int version;
 121
 122     /**
 123      * Gets the value of the accession property.
 124      *
 125      * <p>
 126      * This accessor method returns a reference to the live list,
 127      * not a snapshot. Therefore any modification you make to the
 128      * returned list will be present inside the JAXB object.
 129      * This is why there is not a <CODE>set</CODE> method for the accession property.
 130      *
 131      * <p>
 132      * For example, to add a new item, do as follows:
 133      * <pre>
 134      *    getAccession().add(newItem);
 135      * </pre>
 136      *
 137      *
 138      * <p>
 139      * Objects of the following type(s) are allowed in the list
 140      * {@link String }
 141      *
 142      *
 143      */
 144     public List<String> getAccession() {
 145         if (accession == null) {
 146             accession = new ArrayList<String>();
 147         }
 148         return this.accession;
 149     }
 150
 151     /**
 152      * Gets the value of the name property.
 153      *
 154      * <p>
 155      * This accessor method returns a reference to the live list,
 156      * not a snapshot. Therefore any modification you make to the
 157      * returned list will be present inside the JAXB object.
 158      * This is why there is not a <CODE>set</CODE> method for the name property.
 159      *
 160      * <p>
 161      * For example, to add a new item, do as follows:
 162      * <pre>
 163      *    getName().add(newItem);
 164      * </pre>
 165      *
 166      *
 167      * <p>
 168      * Objects of the following type(s) are allowed in the list
 169      * {@link String }
 170      *
 171      *
 172      */
 173     public List<String> getName() {
 174         if (name == null) {
 175             name = new ArrayList<String>();
 176         }
 177         return this.name;
 178     }
 179
 180     /**
 181      * Gets the value of the protein property.
 182      *
 183      * @return
 184      *     possible object is
 185      *     {@link ProteinType }
 186      *
 187      */
 188     public ProteinType getProtein() {
 189         return protein;
 190     }
 191
 192     /**
 193      * Sets the value of the protein property.
 194      *
 195      * @param value
 196      *     allowed object is
 197      *     {@link ProteinType }
 198      *
 199      */
 200     public void setProtein(ProteinType value) {
 201         this.protein = value;
 202     }
 203
 204     /**
 205      * Gets the value of the gene property.
 206      *
 207      * <p>
 208      * This accessor method returns a reference to the live list,
 209      * not a snapshot. Therefore any modification you make to the
 210      * returned list will be present inside the JAXB object.
 211      * This is why there is not a <CODE>set</CODE> method for the gene property.
 212      *
 213      * <p>
 214      * For example, to add a new item, do as follows:
 215      * <pre>
 216      *    getGene().add(newItem);
 217      * </pre>
 218      *
 219      *
 220      * <p>
 221      * Objects of the following type(s) are allowed in the list
 222      * {@link GeneType }
 223      *
 224      *
 225      */
 226     public List<GeneType> getGene() {
 227         if (gene == null) {
 228             gene = new ArrayList<GeneType>();
 229         }
 230         return this.gene;
 231     }
 232
 233     /**
 234      * Gets the value of the organism property.
 235      *
 236      * @return
 237      *     possible object is
 238      *     {@link OrganismType }
 239      *
 240      */
 241     public OrganismType getOrganism() {
 242         return organism;
 243     }
 244
 245     /**
 246      * Sets the value of the organism property.
 247      *
 248      * @param value
 249      *     allowed object is
 250      *     {@link OrganismType }
 251      *
 252      */
 253     public void setOrganism(OrganismType value) {
 254         this.organism = value;
 255     }
 256
 257     /**
 258      * Gets the value of the organismHost property.
 259      *
 260      * <p>
 261      * This accessor method returns a reference to the live list,
 262      * not a snapshot. Therefore any modification you make to the
 263      * returned list will be present inside the JAXB object.
 264      * This is why there is not a <CODE>set</CODE> method for the organismHost property.
 265      *
 266      * <p>
 267      * For example, to add a new item, do as follows:
 268      * <pre>
 269      *    getOrganismHost().add(newItem);
 270      * </pre>
 271      *
 272      *
 273      * <p>
 274      * Objects of the following type(s) are allowed in the list
 275      * {@link OrganismType }
 276      *
 277      *
 278      */
 279     public List<OrganismType> getOrganismHost() {
 280         if (organismHost == null) {
 281             organismHost = new ArrayList<OrganismType>();
 282         }
 283         return this.organismHost;
 284     }
 285
 286     /**
 287      * Gets the value of the geneLocation property.
 288      *
 289      * <p>
 290      * This accessor method returns a reference to the live list,
 291      * not a snapshot. Therefore any modification you make to the
 292      * returned list will be present inside the JAXB object.
 293      * This is why there is not a <CODE>set</CODE> method for the geneLocation property.
 294      *
 295      * <p>
 296      * For example, to add a new item, do as follows:
 297      * <pre>
 298      *    getGeneLocation().add(newItem);
 299      * </pre>
 300      *
 301      *
 302      * <p>
 303      * Objects of the following type(s) are allowed in the list
 304      * {@link GeneLocationType }
 305      *
 306      *
 307      */
 308     public List<GeneLocationType> getGeneLocation() {
 309         if (geneLocation == null) {
 310             geneLocation = new ArrayList<GeneLocationType>();
 311         }
 312         return this.geneLocation;
 313     }
 314
 315     /**
 316      * Gets the value of the reference property.
 317      *
 318      * <p>
 319      * This accessor method returns a reference to the live list,
 320      * not a snapshot. Therefore any modification you make to the
 321      * returned list will be present inside the JAXB object.
 322      * This is why there is not a <CODE>set</CODE> method for the reference property.
 323      *
 324      * <p>
 325      * For example, to add a new item, do as follows:
 326      * <pre>
 327      *    getReference().add(newItem);
 328      * </pre>
 329      *
 330      *
 331      * <p>
 332      * Objects of the following type(s) are allowed in the list
 333      * {@link ReferenceType }
 334      *
 335      *
 336      */
 337     public List<ReferenceType> getReference() {
 338         if (reference == null) {
 339             reference = new ArrayList<ReferenceType>();
 340         }
 341         return this.reference;
 342     }
 343
 344     /**
 345      * Gets the value of the comment property.
 346      *
 347      * <p>
 348      * This accessor method returns a reference to the live list,
 349      * not a snapshot. Therefore any modification you make to the
 350      * returned list will be present inside the JAXB object.
 351      * This is why there is not a <CODE>set</CODE> method for the comment property.
 352      *
 353      * <p>
 354      * For example, to add a new item, do as follows:
 355      * <pre>
 356      *    getComment().add(newItem);
 357      * </pre>
 358      *
 359      *
 360      * <p>
 361      * Objects of the following type(s) are allowed in the list
 362      * {@link CommentType }
 363      *
 364      *
 365      */
 366     public List<CommentType> getComment() {
 367         if (comment == null) {
 368             comment = new ArrayList<CommentType>();
 369         }
 370         return this.comment;
 371     }
 372
 373     /**
 374      * Gets the value of the dbReference property.
 375      *
 376      * <p>
 377      * This accessor method returns a reference to the live list,
 378      * not a snapshot. Therefore any modification you make to the
 379      * returned list will be present inside the JAXB object.
 380      * This is why there is not a <CODE>set</CODE> method for the dbReference property.
 381      *
 382      * <p>
 383      * For example, to add a new item, do as follows:
 384      * <pre>
 385      *    getDbReference().add(newItem);
 386      * </pre>
 387      *
 388      *
 389      * <p>
 390      * Objects of the following type(s) are allowed in the list
 391      * {@link DbReferenceType }
 392      *
 393      *
 394      */
 395     public List<DbReferenceType> getDbReference() {
 396         if (dbReference == null) {
 397             dbReference = new ArrayList<DbReferenceType>();
 398         }
 399         return this.dbReference;
 400     }
 401
 402     /**
 403      * Gets the value of the proteinExistence property.
 404      *
 405      * @return
 406      *     possible object is
 407      *     {@link ProteinExistenceType }
 408      *
 409      */
 410     public ProteinExistenceType getProteinExistence() {
 411         return proteinExistence;
 412     }
 413
 414     /**
 415      * Sets the value of the proteinExistence property.
 416      *
 417      * @param value
 418      *     allowed object is
 419      *     {@link ProteinExistenceType }
 420      *
 421      */
 422     public void setProteinExistence(ProteinExistenceType value) {
 423         this.proteinExistence = value;
 424     }
 425
 426     /**
 427      * Gets the value of the keyword property.
 428      *
 429      * <p>
 430      * This accessor method returns a reference to the live list,
 431      * not a snapshot. Therefore any modification you make to the
 432      * returned list will be present inside the JAXB object.
 433      * This is why there is not a <CODE>set</CODE> method for the keyword property.
 434      *
 435      * <p>
 436      * For example, to add a new item, do as follows:
 437      * <pre>
 438      *    getKeyword().add(newItem);
 439      * </pre>
 440      *
 441      *
 442      * <p>
 443      * Objects of the following type(s) are allowed in the list
 444      * {@link KeywordType }
 445      *
 446      *
 447      */
 448     public List<KeywordType> getKeyword() {
 449         if (keyword == null) {
 450             keyword = new ArrayList<KeywordType>();
 451         }
 452         return this.keyword;
 453     }
 454
 455     /**
 456      * Gets the value of the feature property.
 457      *
 458      * <p>
 459      * This accessor method returns a reference to the live list,
 460      * not a snapshot. Therefore any modification you make to the
 461      * returned list will be present inside the JAXB object.
 462      * This is why there is not a <CODE>set</CODE> method for the feature property.
 463      *
 464      * <p>
 465      * For example, to add a new item, do as follows:
 466      * <pre>
 467      *    getFeature().add(newItem);
 468      * </pre>
 469      *
 470      *
 471      * <p>
 472      * Objects of the following type(s) are allowed in the list
 473      * {@link FeatureType }
 474      *
 475      *
 476      */
 477     public List<FeatureType> getFeature() {
 478         if (feature == null) {
 479             feature = new ArrayList<FeatureType>();
 480         }
 481         return this.feature;
 482     }
 483
 484     /**
 485      * Gets the value of the evidence property.
 486      *
 487      * <p>
 488      * This accessor method returns a reference to the live list,
 489      * not a snapshot. Therefore any modification you make to the
 490      * returned list will be present inside the JAXB object.
 491      * This is why there is not a <CODE>set</CODE> method for the evidence property.
 492      *
 493      * <p>
 494      * For example, to add a new item, do as follows:
 495      * <pre>
 496      *    getEvidence().add(newItem);
 497      * </pre>
 498      *
 499      *
 500      * <p>
 501      * Objects of the following type(s) are allowed in the list
 502      * {@link EvidenceType }
 503      *
 504      *
 505      */
 506     public List<EvidenceType> getEvidence() {
 507         if (evidence == null) {
 508             evidence = new ArrayList<EvidenceType>();
 509         }
 510         return this.evidence;
 511     }
 512
 513     /**
 514      * Gets the value of the sequence property.
 515      *
 516      * @return
 517      *     possible object is
 518      *     {@link SequenceType }
 519      *
 520      */
 521     public SequenceType getSequence() {
 522         return sequence;
 523     }
 524
 525     /**
 526      * Sets the value of the sequence property.
 527      *
 528      * @param value
 529      *     allowed object is
 530      *     {@link SequenceType }
 531      *
 532      */
 533     public void setSequence(SequenceType value) {
 534         this.sequence = value;
 535     }
 536
 537     /**
 538      * Gets the value of the dataset property.
 539      *
 540      * @return
 541      *     possible object is
 542      *     {@link String }
 543      *
 544      */
 545     public String getDataset() {
 546         return dataset;
 547     }
 548
 549     /**
 550      * Sets the value of the dataset property.
 551      *
 552      * @param value
 553      *     allowed object is
 554      *     {@link String }
 555      *
 556      */
 557     public void setDataset(String value) {
 558         this.dataset = value;
 559     }
 560
 561     /**
 562      * Gets the value of the created property.
 563      *
 564      * @return
 565      *     possible object is
 566      *     {@link XMLGregorianCalendar }
 567      *
 568      */
 569     public XMLGregorianCalendar getCreated() {
 570         return created;
 571     }
 572
 573     /**
 574      * Sets the value of the created property.
 575      *
 576      * @param value
 577      *     allowed object is
 578      *     {@link XMLGregorianCalendar }
 579      *
 580      */
 581     public void setCreated(XMLGregorianCalendar value) {
 582         this.created = value;
 583     }
 584
 585     /**
 586      * Gets the value of the modified property.
 587      *
 588      * @return
 589      *     possible object is
 590      *     {@link XMLGregorianCalendar }
 591      *
 592      */
 593     public XMLGregorianCalendar getModified() {
 594         return modified;
 595     }
 596
 597     /**
 598      * Sets the value of the modified property.
 599      *
 600      * @param value
 601      *     allowed object is
 602      *     {@link XMLGregorianCalendar }
 603      *
 604      */
 605     public void setModified(XMLGregorianCalendar value) {
 606         this.modified = value;
 607     }
 608
 609     /**
 610      * Gets the value of the version property.
 611      *
 612      */
 613     public int getVersion() {
 614         return version;
 615     }
 616
 617     /**
 618      * Sets the value of the version property.
 619      *
 620      */
 621     public void setVersion(int value) {
 622         this.version = value;
 623     }
 624
 625 }