src/jalview/xml/binding/uniprot/FeatureType.java

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   2 // This file was generated by the JavaTM Architecture for XML Binding(JAXB) Reference Implementation, v2.2.8-b130911.1802
   3 // See <a href="http://java.sun.com/xml/jaxb">http://java.sun.com/xml/jaxb</a>
   4 // Any modifications to this file will be lost upon recompilation of the source schema.
   5 // Generated on: 2019.04.05 at 08:01:44 AM BST
   6 //
   7
   8
   9 package jalview.xml.binding.uniprot;
  10
  11 import java.util.ArrayList;
  12 import java.util.List;
  13 import javax.xml.bind.annotation.XmlAccessType;
  14 import javax.xml.bind.annotation.XmlAccessorType;
  15 import javax.xml.bind.annotation.XmlAttribute;
  16 import javax.xml.bind.annotation.XmlElement;
  17 import javax.xml.bind.annotation.XmlType;
  18
  19
  20 /**
  21  * Describes different types of sequence annotations.
  22  *             Equivalent to the flat file FT-line.
  23  *
  24  * <p>Java class for featureType complex type.
  25  *
  26  * <p>The following schema fragment specifies the expected content contained within this class.
  27  *
  28  * <pre>
  29  * &lt;complexType name="featureType">
  30  *   &lt;complexContent>
  31  *     &lt;restriction base="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}anyType">
  32  *       &lt;sequence>
  33  *         &lt;element name="original" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" minOccurs="0"/>
  34  *         &lt;element name="variation" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" maxOccurs="unbounded" minOccurs="0"/>
  35  *         &lt;element name="location" type="{http://uniprot.org/uniprot}locationType"/>
  36  *       &lt;/sequence>
  37  *       &lt;attribute name="type" use="required">
  38  *         &lt;simpleType>
  39  *           &lt;restriction base="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string">
  40  *             &lt;enumeration value="active site"/>
  41  *             &lt;enumeration value="binding site"/>
  42  *             &lt;enumeration value="calcium-binding region"/>
  43  *             &lt;enumeration value="chain"/>
  44  *             &lt;enumeration value="coiled-coil region"/>
  45  *             &lt;enumeration value="compositionally biased region"/>
  46  *             &lt;enumeration value="cross-link"/>
  47  *             &lt;enumeration value="disulfide bond"/>
  48  *             &lt;enumeration value="DNA-binding region"/>
  49  *             &lt;enumeration value="domain"/>
  50  *             &lt;enumeration value="glycosylation site"/>
  51  *             &lt;enumeration value="helix"/>
  52  *             &lt;enumeration value="initiator methionine"/>
  53  *             &lt;enumeration value="lipid moiety-binding region"/>
  54  *             &lt;enumeration value="metal ion-binding site"/>
  55  *             &lt;enumeration value="modified residue"/>
  56  *             &lt;enumeration value="mutagenesis site"/>
  57  *             &lt;enumeration value="non-consecutive residues"/>
  58  *             &lt;enumeration value="non-terminal residue"/>
  59  *             &lt;enumeration value="nucleotide phosphate-binding region"/>
  60  *             &lt;enumeration value="peptide"/>
  61  *             &lt;enumeration value="propeptide"/>
  62  *             &lt;enumeration value="region of interest"/>
  63  *             &lt;enumeration value="repeat"/>
  64  *             &lt;enumeration value="non-standard amino acid"/>
  65  *             &lt;enumeration value="sequence conflict"/>
  66  *             &lt;enumeration value="sequence variant"/>
  67  *             &lt;enumeration value="short sequence motif"/>
  68  *             &lt;enumeration value="signal peptide"/>
  69  *             &lt;enumeration value="site"/>
  70  *             &lt;enumeration value="splice variant"/>
  71  *             &lt;enumeration value="strand"/>
  72  *             &lt;enumeration value="topological domain"/>
  73  *             &lt;enumeration value="transit peptide"/>
  74  *             &lt;enumeration value="transmembrane region"/>
  75  *             &lt;enumeration value="turn"/>
  76  *             &lt;enumeration value="unsure residue"/>
  77  *             &lt;enumeration value="zinc finger region"/>
  78  *             &lt;enumeration value="intramembrane region"/>
  79  *           &lt;/restriction>
  80  *         &lt;/simpleType>
  81  *       &lt;/attribute>
  82  *       &lt;attribute name="status">
  83  *         &lt;simpleType>
  84  *           &lt;restriction base="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string">
  85  *             &lt;enumeration value="by similarity"/>
  86  *             &lt;enumeration value="probable"/>
  87  *             &lt;enumeration value="potential"/>
  88  *           &lt;/restriction>
  89  *         &lt;/simpleType>
  90  *       &lt;/attribute>
  91  *       &lt;attribute name="id" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" />
  92  *       &lt;attribute name="description" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" />
  93  *       &lt;attribute name="evidence" type="{http://uniprot.org/uniprot}intListType" />
  94  *       &lt;attribute name="ref" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" />
  95  *     &lt;/restriction>
  96  *   &lt;/complexContent>
  97  * &lt;/complexType>
  98  * </pre>
  99  *
 100  *
 101  */
 102 @XmlAccessorType(XmlAccessType.FIELD)
 103 @XmlType(name = "featureType", propOrder = {
 104     "original",
 105     "variation",
 106     "location"
 107 })
 108 public class FeatureType {
 109
 110     protected String original;
 111     protected List<String> variation;
 112     @XmlElement(required = true)
 113     protected LocationType location;
 114     @XmlAttribute(name = "type", required = true)
 115     protected String type;
 116     @XmlAttribute(name = "status")
 117     protected String status;
 118     @XmlAttribute(name = "id")
 119     protected String id;
 120     @XmlAttribute(name = "description")
 121     protected String description;
 122     @XmlAttribute(name = "evidence")
 123     protected List<Integer> evidence;
 124     @XmlAttribute(name = "ref")
 125     protected String ref;
 126
 127     /**
 128      * Gets the value of the original property.
 129      *
 130      * @return
 131      *     possible object is
 132      *     {@link String }
 133      *
 134      */
 135     public String getOriginal() {
 136         return original;
 137     }
 138
 139     /**
 140      * Sets the value of the original property.
 141      *
 142      * @param value
 143      *     allowed object is
 144      *     {@link String }
 145      *
 146      */
 147     public void setOriginal(String value) {
 148         this.original = value;
 149     }
 150
 151     /**
 152      * Gets the value of the variation property.
 153      *
 154      * <p>
 155      * This accessor method returns a reference to the live list,
 156      * not a snapshot. Therefore any modification you make to the
 157      * returned list will be present inside the JAXB object.
 158      * This is why there is not a <CODE>set</CODE> method for the variation property.
 159      *
 160      * <p>
 161      * For example, to add a new item, do as follows:
 162      * <pre>
 163      *    getVariation().add(newItem);
 164      * </pre>
 165      *
 166      *
 167      * <p>
 168      * Objects of the following type(s) are allowed in the list
 169      * {@link String }
 170      *
 171      *
 172      */
 173     public List<String> getVariation() {
 174         if (variation == null) {
 175             variation = new ArrayList<String>();
 176         }
 177         return this.variation;
 178     }
 179
 180     /**
 181      * Gets the value of the location property.
 182      *
 183      * @return
 184      *     possible object is
 185      *     {@link LocationType }
 186      *
 187      */
 188     public LocationType getLocation() {
 189         return location;
 190     }
 191
 192     /**
 193      * Sets the value of the location property.
 194      *
 195      * @param value
 196      *     allowed object is
 197      *     {@link LocationType }
 198      *
 199      */
 200     public void setLocation(LocationType value) {
 201         this.location = value;
 202     }
 203
 204     /**
 205      * Gets the value of the type property.
 206      *
 207      * @return
 208      *     possible object is
 209      *     {@link String }
 210      *
 211      */
 212     public String getType() {
 213         return type;
 214     }
 215
 216     /**
 217      * Sets the value of the type property.
 218      *
 219      * @param value
 220      *     allowed object is
 221      *     {@link String }
 222      *
 223      */
 224     public void setType(String value) {
 225         this.type = value;
 226     }
 227
 228     /**
 229      * Gets the value of the status property.
 230      *
 231      * @return
 232      *     possible object is
 233      *     {@link String }
 234      *
 235      */
 236     public String getStatus() {
 237         return status;
 238     }
 239
 240     /**
 241      * Sets the value of the status property.
 242      *
 243      * @param value
 244      *     allowed object is
 245      *     {@link String }
 246      *
 247      */
 248     public void setStatus(String value) {
 249         this.status = value;
 250     }
 251
 252     /**
 253      * Gets the value of the id property.
 254      *
 255      * @return
 256      *     possible object is
 257      *     {@link String }
 258      *
 259      */
 260     public String getId() {
 261         return id;
 262     }
 263
 264     /**
 265      * Sets the value of the id property.
 266      *
 267      * @param value
 268      *     allowed object is
 269      *     {@link String }
 270      *
 271      */
 272     public void setId(String value) {
 273         this.id = value;
 274     }
 275
 276     /**
 277      * Gets the value of the description property.
 278      *
 279      * @return
 280      *     possible object is
 281      *     {@link String }
 282      *
 283      */
 284     public String getDescription() {
 285         return description;
 286     }
 287
 288     /**
 289      * Sets the value of the description property.
 290      *
 291      * @param value
 292      *     allowed object is
 293      *     {@link String }
 294      *
 295      */
 296     public void setDescription(String value) {
 297         this.description = value;
 298     }
 299
 300     /**
 301      * Gets the value of the evidence property.
 302      *
 303      * <p>
 304      * This accessor method returns a reference to the live list,
 305      * not a snapshot. Therefore any modification you make to the
 306      * returned list will be present inside the JAXB object.
 307      * This is why there is not a <CODE>set</CODE> method for the evidence property.
 308      *
 309      * <p>
 310      * For example, to add a new item, do as follows:
 311      * <pre>
 312      *    getEvidence().add(newItem);
 313      * </pre>
 314      *
 315      *
 316      * <p>
 317      * Objects of the following type(s) are allowed in the list
 318      * {@link Integer }
 319      *
 320      *
 321      */
 322     public List<Integer> getEvidence() {
 323         if (evidence == null) {
 324             evidence = new ArrayList<Integer>();
 325         }
 326         return this.evidence;
 327     }
 328
 329     /**
 330      * Gets the value of the ref property.
 331      *
 332      * @return
 333      *     possible object is
 334      *     {@link String }
 335      *
 336      */
 337     public String getRef() {
 338         return ref;
 339     }
 340
 341     /**
 342      * Sets the value of the ref property.
 343      *
 344      * @param value
 345      *     allowed object is
 346      *     {@link String }
 347      *
 348      */
 349     public void setRef(String value) {
 350         this.ref = value;
 351     }
 352
 353 }