src/jalview/xml/binding/uniprot/IsoformType.java

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   6 //
   7
   8
   9 package jalview.xml.binding.uniprot;
  10
  11 import java.util.ArrayList;
  12 import java.util.List;
  13 import javax.xml.bind.annotation.XmlAccessType;
  14 import javax.xml.bind.annotation.XmlAccessorType;
  15 import javax.xml.bind.annotation.XmlAttribute;
  16 import javax.xml.bind.annotation.XmlElement;
  17 import javax.xml.bind.annotation.XmlType;
  18 import javax.xml.bind.annotation.XmlValue;
  19
  20
  21 /**
  22  * Describes isoforms in 'alternative products' annotations.
  23  *
  24  * <p>Java class for isoformType complex type.
  25  *
  26  * <p>The following schema fragment specifies the expected content contained within this class.
  27  *
  28  * <pre>
  29  * &lt;complexType name="isoformType">
  30  *   &lt;complexContent>
  31  *     &lt;restriction base="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}anyType">
  32  *       &lt;sequence>
  33  *         &lt;element name="id" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" maxOccurs="unbounded"/>
  34  *         &lt;element name="name" maxOccurs="unbounded">
  35  *           &lt;complexType>
  36  *             &lt;simpleContent>
  37  *               &lt;extension base="&lt;http://www.w3.org/2001/XMLSchema>string">
  38  *                 &lt;attribute name="evidence" type="{http://uniprot.org/uniprot}intListType" />
  39  *               &lt;/extension>
  40  *             &lt;/simpleContent>
  41  *           &lt;/complexType>
  42  *         &lt;/element>
  43  *         &lt;element name="sequence">
  44  *           &lt;complexType>
  45  *             &lt;complexContent>
  46  *               &lt;restriction base="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}anyType">
  47  *                 &lt;attribute name="type" use="required">
  48  *                   &lt;simpleType>
  49  *                     &lt;restriction base="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string">
  50  *                       &lt;enumeration value="not described"/>
  51  *                       &lt;enumeration value="described"/>
  52  *                       &lt;enumeration value="displayed"/>
  53  *                       &lt;enumeration value="external"/>
  54  *                     &lt;/restriction>
  55  *                   &lt;/simpleType>
  56  *                 &lt;/attribute>
  57  *                 &lt;attribute name="ref" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" />
  58  *               &lt;/restriction>
  59  *             &lt;/complexContent>
  60  *           &lt;/complexType>
  61  *         &lt;/element>
  62  *         &lt;element name="text" type="{http://uniprot.org/uniprot}evidencedStringType" maxOccurs="unbounded" minOccurs="0"/>
  63  *       &lt;/sequence>
  64  *     &lt;/restriction>
  65  *   &lt;/complexContent>
  66  * &lt;/complexType>
  67  * </pre>
  68  *
  69  *
  70  */
  71 @XmlAccessorType(XmlAccessType.FIELD)
  72 @XmlType(name = "isoformType", propOrder = {
  73     "id",
  74     "name",
  75     "sequence",
  76     "text"
  77 })
  78 public class IsoformType {
  79
  80     @XmlElement(required = true)
  81     protected List<String> id;
  82     @XmlElement(required = true)
  83     protected List<IsoformType.Name> name;
  84     @XmlElement(required = true)
  85     protected IsoformType.Sequence sequence;
  86     protected List<EvidencedStringType> text;
  87
  88     /**
  89      * Gets the value of the id property.
  90      *
  91      * <p>
  92      * This accessor method returns a reference to the live list,
  93      * not a snapshot. Therefore any modification you make to the
  94      * returned list will be present inside the JAXB object.
  95      * This is why there is not a <CODE>set</CODE> method for the id property.
  96      *
  97      * <p>
  98      * For example, to add a new item, do as follows:
  99      * <pre>
 100      *    getId().add(newItem);
 101      * </pre>
 102      *
 103      *
 104      * <p>
 105      * Objects of the following type(s) are allowed in the list
 106      * {@link String }
 107      *
 108      *
 109      */
 110     public List<String> getId() {
 111         if (id == null) {
 112             id = new ArrayList<String>();
 113         }
 114         return this.id;
 115     }
 116
 117     /**
 118      * Gets the value of the name property.
 119      *
 120      * <p>
 121      * This accessor method returns a reference to the live list,
 122      * not a snapshot. Therefore any modification you make to the
 123      * returned list will be present inside the JAXB object.
 124      * This is why there is not a <CODE>set</CODE> method for the name property.
 125      *
 126      * <p>
 127      * For example, to add a new item, do as follows:
 128      * <pre>
 129      *    getName().add(newItem);
 130      * </pre>
 131      *
 132      *
 133      * <p>
 134      * Objects of the following type(s) are allowed in the list
 135      * {@link IsoformType.Name }
 136      *
 137      *
 138      */
 139     public List<IsoformType.Name> getName() {
 140         if (name == null) {
 141             name = new ArrayList<IsoformType.Name>();
 142         }
 143         return this.name;
 144     }
 145
 146     /**
 147      * Gets the value of the sequence property.
 148      *
 149      * @return
 150      *     possible object is
 151      *     {@link IsoformType.Sequence }
 152      *
 153      */
 154     public IsoformType.Sequence getSequence() {
 155         return sequence;
 156     }
 157
 158     /**
 159      * Sets the value of the sequence property.
 160      *
 161      * @param value
 162      *     allowed object is
 163      *     {@link IsoformType.Sequence }
 164      *
 165      */
 166     public void setSequence(IsoformType.Sequence value) {
 167         this.sequence = value;
 168     }
 169
 170     /**
 171      * Gets the value of the text property.
 172      *
 173      * <p>
 174      * This accessor method returns a reference to the live list,
 175      * not a snapshot. Therefore any modification you make to the
 176      * returned list will be present inside the JAXB object.
 177      * This is why there is not a <CODE>set</CODE> method for the text property.
 178      *
 179      * <p>
 180      * For example, to add a new item, do as follows:
 181      * <pre>
 182      *    getText().add(newItem);
 183      * </pre>
 184      *
 185      *
 186      * <p>
 187      * Objects of the following type(s) are allowed in the list
 188      * {@link EvidencedStringType }
 189      *
 190      *
 191      */
 192     public List<EvidencedStringType> getText() {
 193         if (text == null) {
 194             text = new ArrayList<EvidencedStringType>();
 195         }
 196         return this.text;
 197     }
 198
 199
 200     /**
 201      * <p>Java class for anonymous complex type.
 202      *
 203      * <p>The following schema fragment specifies the expected content contained within this class.
 204      *
 205      * <pre>
 206      * &lt;complexType>
 207      *   &lt;simpleContent>
 208      *     &lt;extension base="&lt;http://www.w3.org/2001/XMLSchema>string">
 209      *       &lt;attribute name="evidence" type="{http://uniprot.org/uniprot}intListType" />
 210      *     &lt;/extension>
 211      *   &lt;/simpleContent>
 212      * &lt;/complexType>
 213      * </pre>
 214      *
 215      *
 216      */
 217     @XmlAccessorType(XmlAccessType.FIELD)
 218     @XmlType(name = "", propOrder = {
 219         "value"
 220     })
 221     public static class Name {
 222
 223         @XmlValue
 224         protected String value;
 225         @XmlAttribute(name = "evidence")
 226         protected List<Integer> evidence;
 227
 228         /**
 229          * Gets the value of the value property.
 230          *
 231          * @return
 232          *     possible object is
 233          *     {@link String }
 234          *
 235          */
 236         public String getValue() {
 237             return value;
 238         }
 239
 240         /**
 241          * Sets the value of the value property.
 242          *
 243          * @param value
 244          *     allowed object is
 245          *     {@link String }
 246          *
 247          */
 248         public void setValue(String value) {
 249             this.value = value;
 250         }
 251
 252         /**
 253          * Gets the value of the evidence property.
 254          *
 255          * <p>
 256          * This accessor method returns a reference to the live list,
 257          * not a snapshot. Therefore any modification you make to the
 258          * returned list will be present inside the JAXB object.
 259          * This is why there is not a <CODE>set</CODE> method for the evidence property.
 260          *
 261          * <p>
 262          * For example, to add a new item, do as follows:
 263          * <pre>
 264          *    getEvidence().add(newItem);
 265          * </pre>
 266          *
 267          *
 268          * <p>
 269          * Objects of the following type(s) are allowed in the list
 270          * {@link Integer }
 271          *
 272          *
 273          */
 274         public List<Integer> getEvidence() {
 275             if (evidence == null) {
 276                 evidence = new ArrayList<Integer>();
 277             }
 278             return this.evidence;
 279         }
 280
 281     }
 282
 283
 284     /**
 285      * <p>Java class for anonymous complex type.
 286      *
 287      * <p>The following schema fragment specifies the expected content contained within this class.
 288      *
 289      * <pre>
 290      * &lt;complexType>
 291      *   &lt;complexContent>
 292      *     &lt;restriction base="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}anyType">
 293      *       &lt;attribute name="type" use="required">
 294      *         &lt;simpleType>
 295      *           &lt;restriction base="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string">
 296      *             &lt;enumeration value="not described"/>
 297      *             &lt;enumeration value="described"/>
 298      *             &lt;enumeration value="displayed"/>
 299      *             &lt;enumeration value="external"/>
 300      *           &lt;/restriction>
 301      *         &lt;/simpleType>
 302      *       &lt;/attribute>
 303      *       &lt;attribute name="ref" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" />
 304      *     &lt;/restriction>
 305      *   &lt;/complexContent>
 306      * &lt;/complexType>
 307      * </pre>
 308      *
 309      *
 310      */
 311     @XmlAccessorType(XmlAccessType.FIELD)
 312     @XmlType(name = "")
 313     public static class Sequence {
 314
 315         @XmlAttribute(name = "type", required = true)
 316         protected String type;
 317         @XmlAttribute(name = "ref")
 318         protected String ref;
 319
 320         /**
 321          * Gets the value of the type property.
 322          *
 323          * @return
 324          *     possible object is
 325          *     {@link String }
 326          *
 327          */
 328         public String getType() {
 329             return type;
 330         }
 331
 332         /**
 333          * Sets the value of the type property.
 334          *
 335          * @param value
 336          *     allowed object is
 337          *     {@link String }
 338          *
 339          */
 340         public void setType(String value) {
 341             this.type = value;
 342         }
 343
 344         /**
 345          * Gets the value of the ref property.
 346          *
 347          * @return
 348          *     possible object is
 349          *     {@link String }
 350          *
 351          */
 352         public String getRef() {
 353             return ref;
 354         }
 355
 356         /**
 357          * Sets the value of the ref property.
 358          *
 359          * @param value
 360          *     allowed object is
 361          *     {@link String }
 362          *
 363          */
 364         public void setRef(String value) {
 365             this.ref = value;
 366         }
 367
 368     }
 369
 370 }