src/jalview/xml/binding/uniprot/OrganismType.java

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   7
   8
   9 package jalview.xml.binding.uniprot;
  10
  11 import java.util.ArrayList;
  12 import java.util.List;
  13 import javax.xml.bind.annotation.XmlAccessType;
  14 import javax.xml.bind.annotation.XmlAccessorType;
  15 import javax.xml.bind.annotation.XmlAttribute;
  16 import javax.xml.bind.annotation.XmlElement;
  17 import javax.xml.bind.annotation.XmlType;
  18
  19
  20 /**
  21  * Describes the source organism.
  22  *
  23  * <p>Java class for organismType complex type.
  24  *
  25  * <p>The following schema fragment specifies the expected content contained within this class.
  26  *
  27  * <pre>
  28  * &lt;complexType name="organismType">
  29  *   &lt;complexContent>
  30  *     &lt;restriction base="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}anyType">
  31  *       &lt;sequence>
  32  *         &lt;element name="name" type="{http://uniprot.org/uniprot}organismNameType" maxOccurs="unbounded"/>
  33  *         &lt;element name="dbReference" type="{http://uniprot.org/uniprot}dbReferenceType" maxOccurs="unbounded"/>
  34  *         &lt;element name="lineage" minOccurs="0">
  35  *           &lt;complexType>
  36  *             &lt;complexContent>
  37  *               &lt;restriction base="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}anyType">
  38  *                 &lt;sequence>
  39  *                   &lt;element name="taxon" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" maxOccurs="unbounded"/>
  40  *                 &lt;/sequence>
  41  *               &lt;/restriction>
  42  *             &lt;/complexContent>
  43  *           &lt;/complexType>
  44  *         &lt;/element>
  45  *       &lt;/sequence>
  46  *       &lt;attribute name="evidence" type="{http://uniprot.org/uniprot}intListType" />
  47  *     &lt;/restriction>
  48  *   &lt;/complexContent>
  49  * &lt;/complexType>
  50  * </pre>
  51  *
  52  *
  53  */
  54 @XmlAccessorType(XmlAccessType.FIELD)
  55 @XmlType(name = "organismType", propOrder = {
  56     "name",
  57     "dbReference",
  58     "lineage"
  59 })
  60 public class OrganismType {
  61
  62     @XmlElement(required = true)
  63     protected List<OrganismNameType> name;
  64     @XmlElement(required = true)
  65     protected List<DbReferenceType> dbReference;
  66     protected OrganismType.Lineage lineage;
  67     @XmlAttribute(name = "evidence")
  68     protected List<Integer> evidence;
  69
  70     /**
  71      * Gets the value of the name property.
  72      *
  73      * <p>
  74      * This accessor method returns a reference to the live list,
  75      * not a snapshot. Therefore any modification you make to the
  76      * returned list will be present inside the JAXB object.
  77      * This is why there is not a <CODE>set</CODE> method for the name property.
  78      *
  79      * <p>
  80      * For example, to add a new item, do as follows:
  81      * <pre>
  82      *    getName().add(newItem);
  83      * </pre>
  84      *
  85      *
  86      * <p>
  87      * Objects of the following type(s) are allowed in the list
  88      * {@link OrganismNameType }
  89      *
  90      *
  91      */
  92     public List<OrganismNameType> getName() {
  93         if (name == null) {
  94             name = new ArrayList<OrganismNameType>();
  95         }
  96         return this.name;
  97     }
  98
  99     /**
 100      * Gets the value of the dbReference property.
 101      *
 102      * <p>
 103      * This accessor method returns a reference to the live list,
 104      * not a snapshot. Therefore any modification you make to the
 105      * returned list will be present inside the JAXB object.
 106      * This is why there is not a <CODE>set</CODE> method for the dbReference property.
 107      *
 108      * <p>
 109      * For example, to add a new item, do as follows:
 110      * <pre>
 111      *    getDbReference().add(newItem);
 112      * </pre>
 113      *
 114      *
 115      * <p>
 116      * Objects of the following type(s) are allowed in the list
 117      * {@link DbReferenceType }
 118      *
 119      *
 120      */
 121     public List<DbReferenceType> getDbReference() {
 122         if (dbReference == null) {
 123             dbReference = new ArrayList<DbReferenceType>();
 124         }
 125         return this.dbReference;
 126     }
 127
 128     /**
 129      * Gets the value of the lineage property.
 130      *
 131      * @return
 132      *     possible object is
 133      *     {@link OrganismType.Lineage }
 134      *
 135      */
 136     public OrganismType.Lineage getLineage() {
 137         return lineage;
 138     }
 139
 140     /**
 141      * Sets the value of the lineage property.
 142      *
 143      * @param value
 144      *     allowed object is
 145      *     {@link OrganismType.Lineage }
 146      *
 147      */
 148     public void setLineage(OrganismType.Lineage value) {
 149         this.lineage = value;
 150     }
 151
 152     /**
 153      * Gets the value of the evidence property.
 154      *
 155      * <p>
 156      * This accessor method returns a reference to the live list,
 157      * not a snapshot. Therefore any modification you make to the
 158      * returned list will be present inside the JAXB object.
 159      * This is why there is not a <CODE>set</CODE> method for the evidence property.
 160      *
 161      * <p>
 162      * For example, to add a new item, do as follows:
 163      * <pre>
 164      *    getEvidence().add(newItem);
 165      * </pre>
 166      *
 167      *
 168      * <p>
 169      * Objects of the following type(s) are allowed in the list
 170      * {@link Integer }
 171      *
 172      *
 173      */
 174     public List<Integer> getEvidence() {
 175         if (evidence == null) {
 176             evidence = new ArrayList<Integer>();
 177         }
 178         return this.evidence;
 179     }
 180
 181
 182     /**
 183      * <p>Java class for anonymous complex type.
 184      *
 185      * <p>The following schema fragment specifies the expected content contained within this class.
 186      *
 187      * <pre>
 188      * &lt;complexType>
 189      *   &lt;complexContent>
 190      *     &lt;restriction base="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}anyType">
 191      *       &lt;sequence>
 192      *         &lt;element name="taxon" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" maxOccurs="unbounded"/>
 193      *       &lt;/sequence>
 194      *     &lt;/restriction>
 195      *   &lt;/complexContent>
 196      * &lt;/complexType>
 197      * </pre>
 198      *
 199      *
 200      */
 201     @XmlAccessorType(XmlAccessType.FIELD)
 202     @XmlType(name = "", propOrder = {
 203         "taxon"
 204     })
 205     public static class Lineage {
 206
 207         @XmlElement(required = true)
 208         protected List<String> taxon;
 209
 210         /**
 211          * Gets the value of the taxon property.
 212          *
 213          * <p>
 214          * This accessor method returns a reference to the live list,
 215          * not a snapshot. Therefore any modification you make to the
 216          * returned list will be present inside the JAXB object.
 217          * This is why there is not a <CODE>set</CODE> method for the taxon property.
 218          *
 219          * <p>
 220          * For example, to add a new item, do as follows:
 221          * <pre>
 222          *    getTaxon().add(newItem);
 223          * </pre>
 224          *
 225          *
 226          * <p>
 227          * Objects of the following type(s) are allowed in the list
 228          * {@link String }
 229          *
 230          *
 231          */
 232         public List<String> getTaxon() {
 233             if (taxon == null) {
 234                 taxon = new ArrayList<String>();
 235             }
 236             return this.taxon;
 237         }
 238
 239     }
 240
 241 }