src/jalview/xml/binding/uniprot/PositionType.java

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   8
   9 package jalview.xml.binding.uniprot;
  10
  11 import java.math.BigInteger;
  12 import java.util.ArrayList;
  13 import java.util.List;
  14 import javax.xml.bind.annotation.XmlAccessType;
  15 import javax.xml.bind.annotation.XmlAccessorType;
  16 import javax.xml.bind.annotation.XmlAttribute;
  17 import javax.xml.bind.annotation.XmlSchemaType;
  18 import javax.xml.bind.annotation.XmlType;
  19
  20
  21 /**
  22  * &lt;p&gt;Java class for positionType complex type.
  23  *
  24  * &lt;p&gt;The following schema fragment specifies the expected content contained within this class.
  25  *
  26  * &lt;pre&gt;
  27  * &amp;lt;complexType name="positionType"&amp;gt;
  28  *   &amp;lt;complexContent&amp;gt;
  29  *     &amp;lt;restriction base="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}anyType"&amp;gt;
  30  *       &amp;lt;attribute name="position" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}unsignedLong" /&amp;gt;
  31  *       &amp;lt;attribute name="status" default="certain"&amp;gt;
  32  *         &amp;lt;simpleType&amp;gt;
  33  *           &amp;lt;restriction base="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string"&amp;gt;
  34  *             &amp;lt;enumeration value="certain"/&amp;gt;
  35  *             &amp;lt;enumeration value="uncertain"/&amp;gt;
  36  *             &amp;lt;enumeration value="less than"/&amp;gt;
  37  *             &amp;lt;enumeration value="greater than"/&amp;gt;
  38  *             &amp;lt;enumeration value="unknown"/&amp;gt;
  39  *           &amp;lt;/restriction&amp;gt;
  40  *         &amp;lt;/simpleType&amp;gt;
  41  *       &amp;lt;/attribute&amp;gt;
  42  *       &amp;lt;attribute name="evidence" type="{http://uniprot.org/uniprot}intListType" /&amp;gt;
  43  *     &amp;lt;/restriction&amp;gt;
  44  *   &amp;lt;/complexContent&amp;gt;
  45  * &amp;lt;/complexType&amp;gt;
  46  * &lt;/pre&gt;
  47  *
  48  *
  49  */
  50 @XmlAccessorType(XmlAccessType.FIELD)
  51 @XmlType(name = "positionType")
  52 public class PositionType {
  53
  54     @XmlAttribute(name = "position")
  55     @XmlSchemaType(name = "unsignedLong")
  56     protected BigInteger position;
  57     @XmlAttribute(name = "status")
  58     protected String status;
  59     @XmlAttribute(name = "evidence")
  60     protected List<Integer> evidence;
  61
  62     /**
  63      * Gets the value of the position property.
  64      *
  65      * @return
  66      *     possible object is
  67      *     {@link BigInteger }
  68      *
  69      */
  70     public BigInteger getPosition() {
  71         return position;
  72     }
  73
  74     /**
  75      * Sets the value of the position property.
  76      *
  77      * @param value
  78      *     allowed object is
  79      *     {@link BigInteger }
  80      *
  81      */
  82     public void setPosition(BigInteger value) {
  83         this.position = value;
  84     }
  85
  86     /**
  87      * Gets the value of the status property.
  88      *
  89      * @return
  90      *     possible object is
  91      *     {@link String }
  92      *
  93      */
  94     public String getStatus() {
  95         if (status == null) {
  96             return "certain";
  97         } else {
  98             return status;
  99         }
 100     }
 101
 102     /**
 103      * Sets the value of the status property.
 104      *
 105      * @param value
 106      *     allowed object is
 107      *     {@link String }
 108      *
 109      */
 110     public void setStatus(String value) {
 111         this.status = value;
 112     }
 113
 114     /**
 115      * Gets the value of the evidence property.
 116      *
 117      * &lt;p&gt;
 118      * This accessor method returns a reference to the live list,
 119      * not a snapshot. Therefore any modification you make to the
 120      * returned list will be present inside the JAXB object.
 121      * This is why there is not a &lt;CODE&gt;set&lt;/CODE&gt; method for the evidence property.
 122      *
 123      * &lt;p&gt;
 124      * For example, to add a new item, do as follows:
 125      * &lt;pre&gt;
 126      *    getEvidence().add(newItem);
 127      * &lt;/pre&gt;
 128      *
 129      *
 130      * &lt;p&gt;
 131      * Objects of the following type(s) are allowed in the list
 132      * {@link Integer }
 133      *
 134      *
 135      */
 136     public List<Integer> getEvidence() {
 137         if (evidence == null) {
 138             evidence = new ArrayList<Integer>();
 139         }
 140         return this.evidence;
 141     }
 142
 143 }