src/mc_view/MCMatrix.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package mc_view;
  22
  23 public class MCMatrix
  24 {
  25   double[][] matrix;
  26
  27   double[][] tmp;
  28
  29   double mycos;
  30
  31   double mysin;
  32
  33   double myconst = Math.PI / 180;
  34
  35   public MCMatrix(int rows, int cols)
  36   {
  37     matrix = new double[rows][cols];
  38     tmp = new double[rows][cols];
  39   }
  40
  41   public void addElement(int i, int j, double value)
  42   {
  43     matrix[i][j] = value;
  44   }
  45
  46   public void rotatex(double degrees)
  47   {
  48     mycos = (Math.cos(degrees * myconst));
  49     mysin = (Math.sin(degrees * myconst));
  50
  51     tmp[0][0] = 1;
  52     tmp[0][1] = 0;
  53     tmp[0][2] = 0;
  54     tmp[1][0] = 0;
  55     tmp[1][1] = mycos;
  56     tmp[1][2] = mysin;
  57     tmp[2][0] = 0;
  58     tmp[2][1] = -mysin;
  59     tmp[2][2] = mycos;
  60     preMultiply(tmp);
  61   }
  62
  63   public void rotatez(double degrees)
  64   {
  65     mycos = (Math.cos(degrees * myconst));
  66     mysin = (Math.sin(degrees * myconst));
  67
  68     tmp[0][0] = mycos;
  69     tmp[0][1] = -mysin;
  70     tmp[0][2] = 0;
  71     tmp[1][0] = mysin;
  72     tmp[1][1] = mycos;
  73     tmp[1][2] = 0;
  74     tmp[2][0] = 0;
  75     tmp[2][1] = 0;
  76     tmp[2][2] = 1;
  77
  78     preMultiply(tmp);
  79   }
  80
  81   public void rotatey(double degrees)
  82   {
  83     mycos = (Math.cos(degrees * myconst));
  84     mysin = (Math.sin(degrees * myconst));
  85
  86     tmp[0][0] = mycos;
  87     tmp[0][1] = 0;
  88     tmp[0][2] = -mysin;
  89     tmp[1][0] = 0;
  90     tmp[1][1] = 1;
  91     tmp[1][2] = 0;
  92     tmp[2][0] = mysin;
  93     tmp[2][1] = 0;
  94     tmp[2][2] = mycos;
  95
  96     preMultiply(tmp);
  97   }
  98
  99   public double[] vectorMultiply(double[] vect)
 100   {
 101     double[] temp = new double[3];
 102
 103     temp[0] = vect[0];
 104     temp[1] = vect[1];
 105     temp[2] = vect[2];
 106
 107     for (int i = 0; i < 3; i++)
 108     {
 109       temp[i] = (matrix[i][0] * vect[0]) + (matrix[i][1] * vect[1])
 110               + (matrix[i][2] * vect[2]);
 111     }
 112
 113     vect[0] = temp[0];
 114     vect[1] = temp[1];
 115     vect[2] = temp[2];
 116
 117     return vect;
 118   }
 119
 120   public void preMultiply(double[][] mat)
 121   {
 122     double[][] tmp = new double[3][3];
 123
 124     for (int i = 0; i < 3; i++)
 125     {
 126       for (int j = 0; j < 3; j++)
 127       {
 128         tmp[i][j] = (mat[i][0] * matrix[0][j]) + (mat[i][1] * matrix[1][j])
 129                 + (mat[i][2] * matrix[2][j]);
 130       }
 131     }
 132
 133     for (int i = 0; i < 3; i++)
 134     {
 135       for (int j = 0; j < 3; j++)
 136       {
 137         matrix[i][j] = tmp[i][j];
 138       }
 139     }
 140   }
 141
 142   public void postMultiply(double[][] mat)
 143   {
 144     double[][] tmp = new double[3][3];
 145
 146     for (int i = 0; i < 3; i++)
 147     {
 148       for (int j = 0; j < 3; j++)
 149       {
 150         tmp[i][j] = (matrix[i][0] * mat[0][j]) + (matrix[i][1] * mat[1][j])
 151                 + (matrix[i][2] * mat[2][j]);
 152       }
 153     }
 154
 155     for (int i = 0; i < 3; i++)
 156     {
 157       for (int j = 0; j < 3; j++)
 158       {
 159         matrix[i][j] = tmp[i][j];
 160       }
 161     }
 162   }
 163
 164   public void setIdentity()
 165   {
 166     matrix[0][0] = 1;
 167     matrix[1][1] = 1;
 168     matrix[2][2] = 1;
 169     matrix[0][1] = 0;
 170     matrix[0][2] = 0;
 171     matrix[1][0] = 0;
 172     matrix[1][2] = 0;
 173     matrix[2][0] = 0;
 174     matrix[2][1] = 0;
 175   }
 176 }