src/mc_view/PDBCanvas.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package mc_view;
  22
  23 import jalview.analysis.AlignSeq;
  24 import jalview.datamodel.PDBEntry;
  25 import jalview.datamodel.SequenceI;
  26 import jalview.gui.AlignmentPanel;
  27 import jalview.gui.FeatureRenderer;
  28 import jalview.gui.SequenceRenderer;
  29 import jalview.io.DataSourceType;
  30 import jalview.io.StructureFile;
  31 import jalview.renderer.seqfeatures.FeatureColourFinder;
  32 import jalview.structure.AtomSpec;
  33 import jalview.structure.StructureListener;
  34 import jalview.structure.StructureMapping;
  35 import jalview.structure.StructureSelectionManager;
  36
  37 import java.awt.Color;
  38 import java.awt.Dimension;
  39 import java.awt.Event;
  40 import java.awt.Font;
  41 import java.awt.Graphics;
  42 import java.awt.Graphics2D;
  43 // JBPNote TODO: This class is quite noisy - needs proper log.info/log.debug
  44 import java.awt.Image;
  45 import java.awt.RenderingHints;
  46 import java.awt.event.KeyAdapter;
  47 import java.awt.event.KeyEvent;
  48 import java.awt.event.MouseEvent;
  49 import java.awt.event.MouseListener;
  50 import java.awt.event.MouseMotionListener;
  51 import java.io.PrintStream;
  52 import java.util.List;
  53 import java.util.Vector;
  54
  55 import javax.swing.JPanel;
  56 import javax.swing.ToolTipManager;
  57
  58 public class PDBCanvas extends JPanel
  59         implements MouseListener, MouseMotionListener, StructureListener
  60 {
  61   boolean redrawneeded = true;
  62
  63   int omx = 0;
  64
  65   int mx = 0;
  66
  67   int omy = 0;
  68
  69   int my = 0;
  70
  71   public StructureFile pdb;
  72
  73   PDBEntry pdbentry;
  74
  75   int bsize;
  76
  77   Image img;
  78
  79   Graphics ig;
  80
  81   Dimension prefsize;
  82
  83   float[] centre = new float[3];
  84
  85   float[] width = new float[3];
  86
  87   float maxwidth;
  88
  89   float scale;
  90
  91   String inStr;
  92
  93   String inType;
  94
  95   boolean bysequence = true;
  96
  97   boolean depthcue = true;
  98
  99   boolean wire = false;
 100
 101   boolean bymolecule = false;
 102
 103   boolean zbuffer = true;
 104
 105   boolean dragging;
 106
 107   int xstart;
 108
 109   int xend;
 110
 111   int ystart;
 112
 113   int yend;
 114
 115   int xmid;
 116
 117   int ymid;
 118
 119   Font font = new Font("Helvetica", Font.PLAIN, 10);
 120
 121   jalview.gui.SeqCanvas seqcanvas;
 122
 123   public SequenceI[] sequence;
 124
 125   final StringBuffer mappingDetails = new StringBuffer();
 126
 127   PDBChain mainchain;
 128
 129   Vector<String> highlightRes;
 130
 131   boolean pdbAction = false;
 132
 133   boolean seqColoursReady = false;
 134
 135   jalview.renderer.seqfeatures.FeatureRenderer fr;
 136
 137   Color backgroundColour = Color.black;
 138
 139   AlignmentPanel ap;
 140
 141   StructureSelectionManager ssm;
 142
 143   String errorMessage;
 144
 145   void init(PDBEntry pdbentry, SequenceI[] seq, String[] chains,
 146           AlignmentPanel ap, DataSourceType protocol)
 147   {
 148     this.ap = ap;
 149     this.pdbentry = pdbentry;
 150     this.sequence = seq;
 151
 152     ssm = ap.av.getStructureSelectionManager();
 153
 154     try
 155     {
 156       pdb = ssm.setMapping(seq, chains, pdbentry.getFile(), protocol,
 157               ap.alignFrame);
 158
 159       if (protocol.equals(jalview.io.DataSourceType.PASTE))
 160       {
 161         pdbentry.setFile("INLINE" + pdb.getId());
 162       }
 163
 164     } catch (Exception ex)
 165     {
 166       ex.printStackTrace();
 167       return;
 168     }
 169
 170     if (pdb == null)
 171     {
 172       errorMessage = "Error loading file: " + pdbentry.getId();
 173       return;
 174     }
 175     pdbentry.setId(pdb.getId());
 176
 177     ssm.addStructureViewerListener(this);
 178
 179     colourBySequence();
 180
 181     float max = -10;
 182     int maxchain = -1;
 183     int pdbstart = 0;
 184     int pdbend = 0;
 185     int seqstart = 0;
 186     int seqend = 0;
 187
 188     // JUST DEAL WITH ONE SEQUENCE FOR NOW
 189     SequenceI sequence = seq[0];
 190
 191     for (int i = 0; i < pdb.getChains().size(); i++)
 192     {
 193
 194       mappingDetails.append("\n\nPDB Sequence is :\nSequence = "
 195               + pdb.getChains().elementAt(i).sequence
 196                       .getSequenceAsString());
 197       mappingDetails.append("\nNo of residues = "
 198               + pdb.getChains().elementAt(i).residues.size() + "\n\n");
 199
 200       // Now lets compare the sequences to get
 201       // the start and end points.
 202       // Align the sequence to the pdb
 203       AlignSeq as = new AlignSeq(sequence,
 204               pdb.getChains().elementAt(i).sequence, "pep");
 205       as.calcScoreMatrix();
 206       as.traceAlignment();
 207       PrintStream ps = new PrintStream(System.out)
 208       {
 209         @Override
 210         public void print(String x)
 211         {
 212           mappingDetails.append(x);
 213         }
 214
 215         @Override
 216         public void println()
 217         {
 218           mappingDetails.append("\n");
 219         }
 220       };
 221
 222       as.printAlignment(ps);
 223
 224       if (as.maxscore > max)
 225       {
 226         max = as.maxscore;
 227         maxchain = i;
 228
 229         pdbstart = as.seq2start;
 230         pdbend = as.seq2end;
 231         seqstart = as.seq1start + sequence.getStart() - 1;
 232         seqend = as.seq1end + sequence.getEnd() - 1;
 233       }
 234
 235       mappingDetails.append("\nPDB start/end " + pdbstart + " " + pdbend);
 236       mappingDetails.append("\nSEQ start/end " + seqstart + " " + seqend);
 237     }
 238
 239     mainchain = pdb.getChains().elementAt(maxchain);
 240
 241     mainchain.pdbstart = pdbstart;
 242     mainchain.pdbend = pdbend;
 243     mainchain.seqstart = seqstart;
 244     mainchain.seqend = seqend;
 245     mainchain.isVisible = true;
 246
 247     this.pdb = pdb;
 248     this.prefsize = new Dimension(getSize().width, getSize().height);
 249
 250     addMouseMotionListener(this);
 251     addMouseListener(this);
 252
 253     addKeyListener(new KeyAdapter()
 254     {
 255       @Override
 256       public void keyPressed(KeyEvent evt)
 257       {
 258         keyPressed(evt);
 259       }
 260     });
 261
 262     findCentre();
 263     findWidth();
 264
 265     setupBonds();
 266
 267     scale = findScale();
 268
 269     ToolTipManager.sharedInstance().registerComponent(this);
 270     ToolTipManager.sharedInstance().setInitialDelay(0);
 271     ToolTipManager.sharedInstance().setDismissDelay(10000);
 272   }
 273
 274   Vector<Bond> visiblebonds;
 275
 276   void setupBonds()
 277   {
 278     seqColoursReady = false;
 279     // Sort the bonds by z coord
 280     visiblebonds = new Vector<Bond>();
 281
 282     for (PDBChain chain : pdb.getChains())
 283     {
 284       if (chain.isVisible)
 285       {
 286         for (Bond bond : chain.bonds)
 287         {
 288           visiblebonds.addElement(bond);
 289         }
 290       }
 291     }
 292
 293     updateSeqColours();
 294     seqColoursReady = true;
 295     redrawneeded = true;
 296     repaint();
 297   }
 298
 299   public void findWidth()
 300   {
 301     float[] max = new float[3];
 302     float[] min = new float[3];
 303
 304     max[0] = (float) -1e30;
 305     max[1] = (float) -1e30;
 306     max[2] = (float) -1e30;
 307
 308     min[0] = (float) 1e30;
 309     min[1] = (float) 1e30;
 310     min[2] = (float) 1e30;
 311
 312     for (PDBChain chain : pdb.getChains())
 313     {
 314       if (chain.isVisible)
 315       {
 316         for (Bond tmp : chain.bonds)
 317         {
 318           if (tmp.start[0] >= max[0])
 319           {
 320             max[0] = tmp.start[0];
 321           }
 322
 323           if (tmp.start[1] >= max[1])
 324           {
 325             max[1] = tmp.start[1];
 326           }
 327
 328           if (tmp.start[2] >= max[2])
 329           {
 330             max[2] = tmp.start[2];
 331           }
 332
 333           if (tmp.start[0] <= min[0])
 334           {
 335             min[0] = tmp.start[0];
 336           }
 337
 338           if (tmp.start[1] <= min[1])
 339           {
 340             min[1] = tmp.start[1];
 341           }
 342
 343           if (tmp.start[2] <= min[2])
 344           {
 345             min[2] = tmp.start[2];
 346           }
 347
 348           if (tmp.end[0] >= max[0])
 349           {
 350             max[0] = tmp.end[0];
 351           }
 352
 353           if (tmp.end[1] >= max[1])
 354           {
 355             max[1] = tmp.end[1];
 356           }
 357
 358           if (tmp.end[2] >= max[2])
 359           {
 360             max[2] = tmp.end[2];
 361           }
 362
 363           if (tmp.end[0] <= min[0])
 364           {
 365             min[0] = tmp.end[0];
 366           }
 367
 368           if (tmp.end[1] <= min[1])
 369           {
 370             min[1] = tmp.end[1];
 371           }
 372
 373           if (tmp.end[2] <= min[2])
 374           {
 375             min[2] = tmp.end[2];
 376           }
 377         }
 378       }
 379     }
 380     /*
 381      * System.out.println("xmax " + max[0] + " min " + min[0]);
 382      * System.out.println("ymax " + max[1] + " min " + min[1]);
 383      * System.out.println("zmax " + max[2] + " min " + min[2]);
 384      */
 385
 386     width[0] = Math.abs(max[0] - min[0]);
 387     width[1] = Math.abs(max[1] - min[1]);
 388     width[2] = Math.abs(max[2] - min[2]);
 389
 390     maxwidth = width[0];
 391
 392     if (width[1] > width[0])
 393     {
 394       maxwidth = width[1];
 395     }
 396
 397     if (width[2] > width[1])
 398     {
 399       maxwidth = width[2];
 400     }
 401
 402     // System.out.println("Maxwidth = " + maxwidth);
 403   }
 404
 405   public float findScale()
 406   {
 407     int dim;
 408     int width;
 409     int height;
 410
 411     if (getWidth() != 0)
 412     {
 413       width = getWidth();
 414       height = getHeight();
 415     }
 416     else
 417     {
 418       width = prefsize.width;
 419       height = prefsize.height;
 420     }
 421
 422     if (width < height)
 423     {
 424       dim = width;
 425     }
 426     else
 427     {
 428       dim = height;
 429     }
 430
 431     return (float) (dim / (1.5d * maxwidth));
 432   }
 433
 434   public void findCentre()
 435   {
 436     float xtot = 0;
 437     float ytot = 0;
 438     float ztot = 0;
 439
 440     int bsize = 0;
 441
 442     // Find centre coordinate
 443     for (PDBChain chain : pdb.getChains())
 444     {
 445       if (chain.isVisible)
 446       {
 447         bsize += chain.bonds.size();
 448
 449         for (Bond bond : chain.bonds)
 450         {
 451           xtot = xtot + bond.start[0] + bond.end[0];
 452           ytot = ytot + bond.start[1] + bond.end[1];
 453           ztot = ztot + bond.start[2] + bond.end[2];
 454         }
 455       }
 456     }
 457
 458     centre[0] = xtot / (2 * (float) bsize);
 459     centre[1] = ytot / (2 * (float) bsize);
 460     centre[2] = ztot / (2 * (float) bsize);
 461   }
 462
 463   @Override
 464   public void paintComponent(Graphics g)
 465   {
 466     super.paintComponent(g);
 467
 468     if (!seqColoursReady || errorMessage != null)
 469     {
 470       g.setColor(Color.black);
 471       g.setFont(new Font("Verdana", Font.BOLD, 14));
 472       g.drawString(errorMessage == null ? "Retrieving PDB data...."
 473               : errorMessage, 20, getHeight() / 2);
 474       return;
 475     }
 476
 477     // Only create the image at the beginning -
 478     // this saves much memory usage
 479     if ((img == null) || (prefsize.width != getWidth())
 480             || (prefsize.height != getHeight()))
 481
 482     {
 483       prefsize.width = getWidth();
 484       prefsize.height = getHeight();
 485
 486       scale = findScale();
 487       img = createImage(prefsize.width, prefsize.height);
 488       ig = img.getGraphics();
 489       Graphics2D ig2 = (Graphics2D) ig;
 490
 491       ig2.setRenderingHint(RenderingHints.KEY_ANTIALIASING,
 492               RenderingHints.VALUE_ANTIALIAS_ON);
 493
 494       redrawneeded = true;
 495     }
 496
 497     if (redrawneeded)
 498     {
 499       drawAll(ig, prefsize.width, prefsize.height);
 500       redrawneeded = false;
 501     }
 502
 503     g.drawImage(img, 0, 0, this);
 504
 505     pdbAction = false;
 506   }
 507
 508   public void drawAll(Graphics g, int width, int height)
 509   {
 510     g.setColor(backgroundColour);
 511     g.fillRect(0, 0, width, height);
 512     drawScene(g);
 513     drawLabels(g);
 514   }
 515
 516   public void updateSeqColours()
 517   {
 518     if (pdbAction)
 519     {
 520       return;
 521     }
 522
 523     colourBySequence();
 524
 525     redrawneeded = true;
 526     repaint();
 527   }
 528
 529   // This method has been taken out of PDBChain to allow
 530   // Applet and Application specific sequence renderers to be used
 531   void colourBySequence()
 532   {
 533     SequenceRenderer sr = new SequenceRenderer(ap.av);
 534
 535     StructureMapping[] mapping = ssm.getMapping(pdbentry.getFile());
 536
 537     boolean showFeatures = false;
 538     if (ap.av.isShowSequenceFeatures())
 539     {
 540       if (fr == null)
 541       {
 542         fr = new FeatureRenderer(ap);
 543       }
 544
 545       fr.transferSettings(ap.alignFrame.getFeatureRenderer());
 546
 547       showFeatures = true;
 548     }
 549
 550     FeatureColourFinder finder = new FeatureColourFinder(fr);
 551     PDBChain chain;
 552     if (bysequence && pdb != null)
 553     {
 554       for (int ii = 0; ii < pdb.getChains().size(); ii++)
 555       {
 556         chain = pdb.getChains().elementAt(ii);
 557
 558         for (int i = 0; i < chain.bonds.size(); i++)
 559         {
 560           Bond tmp = chain.bonds.elementAt(i);
 561           tmp.startCol = Color.lightGray;
 562           tmp.endCol = Color.lightGray;
 563           if (chain != mainchain)
 564           {
 565             continue;
 566           }
 567
 568           for (int s = 0; s < sequence.length; s++)
 569           {
 570             for (int m = 0; m < mapping.length; m++)
 571             {
 572               if (mapping[m].getSequence() == sequence[s])
 573               {
 574                 int pos = mapping[m].getSeqPos(tmp.at1.resNumber) - 1;
 575                 if (pos > 0)
 576                 {
 577                   pos = sequence[s].findIndex(pos);
 578                   tmp.startCol = sr.getResidueColour(sequence[s], pos,
 579                           finder);
 580                 }
 581                 pos = mapping[m].getSeqPos(tmp.at2.resNumber) - 1;
 582                 if (pos > 0)
 583                 {
 584                   pos = sequence[s].findIndex(pos);
 585                   tmp.endCol = sr.getResidueColour(sequence[s], pos,
 586                           finder);
 587                 }
 588
 589               }
 590             }
 591           }
 592         }
 593       }
 594     }
 595   }
 596
 597   Zsort zsort;
 598
 599   public void drawScene(Graphics g)
 600   {
 601     if (zbuffer)
 602     {
 603       if (zsort == null)
 604       {
 605         zsort = new Zsort();
 606       }
 607
 608       zsort.sort(visiblebonds);
 609     }
 610
 611     Bond tmpBond = null;
 612     for (int i = 0; i < visiblebonds.size(); i++)
 613     {
 614       tmpBond = visiblebonds.elementAt(i);
 615
 616       xstart = (int) (((tmpBond.start[0] - centre[0]) * scale)
 617               + (getWidth() / 2));
 618       ystart = (int) (((centre[1] - tmpBond.start[1]) * scale)
 619               + (getHeight() / 2));
 620
 621       xend = (int) (((tmpBond.end[0] - centre[0]) * scale)
 622               + (getWidth() / 2));
 623       yend = (int) (((centre[1] - tmpBond.end[1]) * scale)
 624               + (getHeight() / 2));
 625
 626       xmid = (xend + xstart) / 2;
 627       ymid = (yend + ystart) / 2;
 628       if (depthcue && !bymolecule)
 629       {
 630         if (tmpBond.start[2] < (centre[2] - (maxwidth / 6)))
 631         {
 632
 633           g.setColor(tmpBond.startCol.darker().darker());
 634           drawLine(g, xstart, ystart, xmid, ymid);
 635           g.setColor(tmpBond.endCol.darker().darker());
 636           drawLine(g, xmid, ymid, xend, yend);
 637
 638         }
 639         else if (tmpBond.start[2] < (centre[2] + (maxwidth / 6)))
 640         {
 641           g.setColor(tmpBond.startCol.darker());
 642           drawLine(g, xstart, ystart, xmid, ymid);
 643
 644           g.setColor(tmpBond.endCol.darker());
 645           drawLine(g, xmid, ymid, xend, yend);
 646         }
 647         else
 648         {
 649           g.setColor(tmpBond.startCol);
 650           drawLine(g, xstart, ystart, xmid, ymid);
 651
 652           g.setColor(tmpBond.endCol);
 653           drawLine(g, xmid, ymid, xend, yend);
 654         }
 655       }
 656       else if (depthcue && bymolecule)
 657       {
 658         if (tmpBond.start[2] < (centre[2] - (maxwidth / 6)))
 659         {
 660           g.setColor(Color.green.darker().darker());
 661           drawLine(g, xstart, ystart, xend, yend);
 662         }
 663         else if (tmpBond.start[2] < (centre[2] + (maxwidth / 6)))
 664         {
 665           g.setColor(Color.green.darker());
 666           drawLine(g, xstart, ystart, xend, yend);
 667         }
 668         else
 669         {
 670           g.setColor(Color.green);
 671           drawLine(g, xstart, ystart, xend, yend);
 672         }
 673       }
 674       else if (!depthcue && !bymolecule)
 675       {
 676         g.setColor(tmpBond.startCol);
 677         drawLine(g, xstart, ystart, xmid, ymid);
 678         g.setColor(tmpBond.endCol);
 679         drawLine(g, xmid, ymid, xend, yend);
 680       }
 681       else
 682       {
 683         drawLine(g, xstart, ystart, xend, yend);
 684       }
 685
 686       if (highlightBond1 != null && highlightBond1 == tmpBond)
 687       {
 688         g.setColor(
 689                 tmpBond.endCol.brighter().brighter().brighter().brighter());
 690         drawLine(g, xmid, ymid, xend, yend);
 691       }
 692
 693       if (highlightBond2 != null && highlightBond2 == tmpBond)
 694       {
 695         g.setColor(tmpBond.startCol.brighter().brighter().brighter()
 696                 .brighter());
 697         drawLine(g, xstart, ystart, xmid, ymid);
 698       }
 699
 700     }
 701
 702   }
 703
 704   public void drawLine(Graphics g, int x1, int y1, int x2, int y2)
 705   {
 706     if (!wire)
 707     {
 708       if (((float) Math.abs(y2 - y1) / (float) Math.abs(x2 - x1)) < 0.5)
 709       {
 710         g.drawLine(x1, y1, x2, y2);
 711         g.drawLine(x1 + 1, y1 + 1, x2 + 1, y2 + 1);
 712         g.drawLine(x1, y1 - 1, x2, y2 - 1);
 713       }
 714       else
 715       {
 716         g.setColor(g.getColor().brighter());
 717         g.drawLine(x1, y1, x2, y2);
 718         g.drawLine(x1 + 1, y1, x2 + 1, y2);
 719         g.drawLine(x1 - 1, y1, x2 - 1, y2);
 720       }
 721     }
 722     else
 723     {
 724       g.drawLine(x1, y1, x2, y2);
 725     }
 726   }
 727
 728   public Dimension minimumsize()
 729   {
 730     return prefsize;
 731   }
 732
 733   public Dimension preferredsize()
 734   {
 735     return prefsize;
 736   }
 737
 738   public void keyPressed(KeyEvent evt)
 739   {
 740     if (evt.getKeyCode() == KeyEvent.VK_UP)
 741     {
 742       scale = (float) (scale * 1.1);
 743       redrawneeded = true;
 744       repaint();
 745     }
 746     else if (evt.getKeyCode() == KeyEvent.VK_DOWN)
 747     {
 748       scale = (float) (scale * 0.9);
 749       redrawneeded = true;
 750       repaint();
 751     }
 752   }
 753
 754   @Override
 755   public void mousePressed(MouseEvent e)
 756   {
 757     pdbAction = true;
 758     Atom fatom = findAtom(e.getX(), e.getY());
 759     if (fatom != null)
 760     {
 761       fatom.isSelected = !fatom.isSelected;
 762
 763       redrawneeded = true;
 764       repaint();
 765       if (foundchain != -1)
 766       {
 767         PDBChain chain = pdb.getChains().elementAt(foundchain);
 768         if (chain == mainchain)
 769         {
 770           if (fatom.alignmentMapping != -1)
 771           {
 772             if (highlightRes == null)
 773             {
 774               highlightRes = new Vector<String>();
 775             }
 776
 777             final String atomString = Integer
 778                     .toString(fatom.alignmentMapping);
 779             if (highlightRes.contains(atomString))
 780             {
 781               highlightRes.remove(atomString);
 782             }
 783             else
 784             {
 785               highlightRes.add(atomString);
 786             }
 787           }
 788         }
 789       }
 790
 791     }
 792     mx = e.getX();
 793     my = e.getY();
 794     omx = mx;
 795     omy = my;
 796     dragging = false;
 797   }
 798
 799   @Override
 800   public void mouseMoved(MouseEvent e)
 801   {
 802     pdbAction = true;
 803     if (highlightBond1 != null)
 804     {
 805       highlightBond1.at2.isSelected = false;
 806       highlightBond2.at1.isSelected = false;
 807       highlightBond1 = null;
 808       highlightBond2 = null;
 809     }
 810
 811     Atom fatom = findAtom(e.getX(), e.getY());
 812
 813     PDBChain chain = null;
 814     if (foundchain != -1)
 815     {
 816       chain = pdb.getChains().elementAt(foundchain);
 817       if (chain == mainchain)
 818       {
 819         mouseOverStructure(fatom.resNumber, chain.id);
 820       }
 821     }
 822
 823     if (fatom != null)
 824     {
 825       this.setToolTipText(
 826               chain.id + ":" + fatom.resNumber + " " + fatom.resName);
 827     }
 828     else
 829     {
 830       mouseOverStructure(-1, chain != null ? chain.id : null);
 831       this.setToolTipText(null);
 832     }
 833   }
 834
 835   @Override
 836   public void mouseClicked(MouseEvent e)
 837   {
 838   }
 839
 840   @Override
 841   public void mouseEntered(MouseEvent e)
 842   {
 843   }
 844
 845   @Override
 846   public void mouseExited(MouseEvent e)
 847   {
 848   }
 849
 850   @Override
 851   public void mouseDragged(MouseEvent evt)
 852   {
 853     int x = evt.getX();
 854     int y = evt.getY();
 855     mx = x;
 856     my = y;
 857
 858     MCMatrix objmat = new MCMatrix(3, 3);
 859     objmat.setIdentity();
 860
 861     if ((evt.getModifiers() & Event.META_MASK) != 0)
 862     {
 863       objmat.rotatez(((mx - omx)));
 864     }
 865     else
 866     {
 867       objmat.rotatex(((my - omy)));
 868       objmat.rotatey(((omx - mx)));
 869     }
 870
 871     // Alter the bonds
 872     for (PDBChain chain : pdb.getChains())
 873     {
 874       for (Bond tmpBond : chain.bonds)
 875       {
 876         // Translate the bond so the centre is 0,0,0
 877         tmpBond.translate(-centre[0], -centre[1], -centre[2]);
 878
 879         // Now apply the rotation matrix
 880         tmpBond.start = objmat.vectorMultiply(tmpBond.start);
 881         tmpBond.end = objmat.vectorMultiply(tmpBond.end);
 882
 883         // Now translate back again
 884         tmpBond.translate(centre[0], centre[1], centre[2]);
 885       }
 886     }
 887
 888     objmat = null;
 889
 890     omx = mx;
 891     omy = my;
 892
 893     dragging = true;
 894
 895     redrawneeded = true;
 896
 897     repaint();
 898   }
 899
 900   @Override
 901   public void mouseReleased(MouseEvent evt)
 902   {
 903     dragging = false;
 904     return;
 905   }
 906
 907   void drawLabels(Graphics g)
 908   {
 909
 910     for (PDBChain chain : pdb.getChains())
 911     {
 912       if (chain.isVisible)
 913       {
 914         for (Bond tmpBond : chain.bonds)
 915         {
 916           if (tmpBond.at1.isSelected)
 917           {
 918             labelAtom(g, tmpBond, 1);
 919           }
 920
 921           if (tmpBond.at2.isSelected)
 922           {
 923             labelAtom(g, tmpBond, 2);
 924           }
 925         }
 926       }
 927     }
 928   }
 929
 930   public void labelAtom(Graphics g, Bond b, int n)
 931   {
 932     g.setFont(font);
 933     g.setColor(Color.red);
 934     if (n == 1)
 935     {
 936       int xstart = (int) (((b.start[0] - centre[0]) * scale)
 937               + (getWidth() / 2));
 938       int ystart = (int) (((centre[1] - b.start[1]) * scale)
 939               + (getHeight() / 2));
 940
 941       g.drawString(b.at1.resName + "-" + b.at1.resNumber, xstart, ystart);
 942     }
 943
 944     if (n == 2)
 945     {
 946       int xstart = (int) (((b.end[0] - centre[0]) * scale)
 947               + (getWidth() / 2));
 948       int ystart = (int) (((centre[1] - b.end[1]) * scale)
 949               + (getHeight() / 2));
 950
 951       g.drawString(b.at2.resName + "-" + b.at2.resNumber, xstart, ystart);
 952     }
 953   }
 954
 955   int foundchain = -1;
 956
 957   public Atom findAtom(int x, int y)
 958   {
 959     Atom fatom = null;
 960
 961     foundchain = -1;
 962
 963     for (int ii = 0; ii < pdb.getChains().size(); ii++)
 964     {
 965       PDBChain chain = pdb.getChains().elementAt(ii);
 966       int truex;
 967       Bond tmpBond = null;
 968
 969       if (chain.isVisible)
 970       {
 971         for (Bond bond : chain.bonds)
 972         {
 973           tmpBond = bond;
 974
 975           truex = (int) (((tmpBond.start[0] - centre[0]) * scale)
 976                   + (getWidth() / 2));
 977
 978           if (Math.abs(truex - x) <= 2)
 979           {
 980             int truey = (int) (((centre[1] - tmpBond.start[1]) * scale)
 981                     + (getHeight() / 2));
 982
 983             if (Math.abs(truey - y) <= 2)
 984             {
 985               fatom = tmpBond.at1;
 986               foundchain = ii;
 987               break;
 988             }
 989           }
 990         }
 991
 992         // Still here? Maybe its the last bond
 993
 994         truex = (int) (((tmpBond.end[0] - centre[0]) * scale)
 995                 + (getWidth() / 2));
 996
 997         if (Math.abs(truex - x) <= 2)
 998         {
 999           int truey = (int) (((tmpBond.end[1] - centre[1]) * scale)
1000                   + (getHeight() / 2));
1001
1002           if (Math.abs(truey - y) <= 2)
1003           {
1004             fatom = tmpBond.at2;
1005             foundchain = ii;
1006             break;
1007           }
1008         }
1009
1010       }
1011
1012       if (fatom != null) // )&& chain.ds != null)
1013       { // dead code? value of chain is either overwritten or discarded
1014         chain = pdb.getChains().elementAt(foundchain);
1015       }
1016     }
1017
1018     return fatom;
1019   }
1020
1021   Bond highlightBond1, highlightBond2;
1022
1023   public void highlightRes(int ii)
1024   {
1025     if (!seqColoursReady)
1026     {
1027       return;
1028     }
1029
1030     if (highlightRes != null && highlightRes.contains((ii - 1) + ""))
1031     {
1032       return;
1033     }
1034
1035     int index = -1;
1036     Bond tmpBond;
1037     for (index = 0; index < mainchain.bonds.size(); index++)
1038     {
1039       tmpBond = mainchain.bonds.elementAt(index);
1040       if (tmpBond.at1.alignmentMapping == ii - 1)
1041       {
1042         if (highlightBond1 != null)
1043         {
1044           highlightBond1.at2.isSelected = false;
1045         }
1046
1047         if (highlightBond2 != null)
1048         {
1049           highlightBond2.at1.isSelected = false;
1050         }
1051
1052         highlightBond1 = null;
1053         highlightBond2 = null;
1054
1055         if (index > 0)
1056         {
1057           highlightBond1 = mainchain.bonds.elementAt(index - 1);
1058           highlightBond1.at2.isSelected = true;
1059         }
1060
1061         if (index != mainchain.bonds.size())
1062         {
1063           highlightBond2 = mainchain.bonds.elementAt(index);
1064           highlightBond2.at1.isSelected = true;
1065         }
1066
1067         break;
1068       }
1069     }
1070
1071     redrawneeded = true;
1072     repaint();
1073   }
1074
1075   public void setAllchainsVisible(boolean b)
1076   {
1077     for (int ii = 0; ii < pdb.getChains().size(); ii++)
1078     {
1079       PDBChain chain = pdb.getChains().elementAt(ii);
1080       chain.isVisible = b;
1081     }
1082     mainchain.isVisible = true;
1083     findCentre();
1084     setupBonds();
1085   }
1086
1087   // ////////////////////////////////
1088   // /StructureListener
1089   @Override
1090   public String[] getStructureFiles()
1091   {
1092     return new String[] { pdbentry.getFile() };
1093   }
1094
1095   String lastMessage;
1096
1097   public void mouseOverStructure(int pdbResNum, String chain)
1098   {
1099     if (lastMessage == null || !lastMessage.equals(pdbResNum + chain))
1100     {
1101       ssm.mouseOverStructure(pdbResNum, chain, pdbentry.getFile());
1102     }
1103
1104     lastMessage = pdbResNum + chain;
1105   }
1106
1107   StringBuffer resetLastRes = new StringBuffer();
1108
1109   StringBuffer eval = new StringBuffer();
1110
1111   /**
1112    * Highlight the specified atoms in the structure.
1113    *
1114    * @param atoms
1115    */
1116   @Override
1117   public void highlightAtoms(List<AtomSpec> atoms)
1118   {
1119     if (!seqColoursReady)
1120     {
1121       return;
1122     }
1123
1124     for (AtomSpec atom : atoms)
1125     {
1126       int atomIndex = atom.getAtomIndex();
1127       if (highlightRes != null
1128               && highlightRes.contains((atomIndex - 1) + ""))
1129       {
1130         continue;
1131       }
1132
1133       highlightAtom(atomIndex);
1134     }
1135
1136     redrawneeded = true;
1137     repaint();
1138   }
1139
1140   /**
1141    * Highlight the atom at the specified index.
1142    *
1143    * @param atomIndex
1144    */
1145   protected void highlightAtom(int atomIndex)
1146   {
1147     int index = -1;
1148     Bond tmpBond;
1149     for (index = 0; index < mainchain.bonds.size(); index++)
1150     {
1151       tmpBond = mainchain.bonds.elementAt(index);
1152       if (tmpBond.at1.atomIndex == atomIndex)
1153       {
1154         if (highlightBond1 != null)
1155         {
1156           highlightBond1.at2.isSelected = false;
1157         }
1158
1159         if (highlightBond2 != null)
1160         {
1161           highlightBond2.at1.isSelected = false;
1162         }
1163
1164         highlightBond1 = null;
1165         highlightBond2 = null;
1166
1167         if (index > 0)
1168         {
1169           highlightBond1 = mainchain.bonds.elementAt(index - 1);
1170           highlightBond1.at2.isSelected = true;
1171         }
1172
1173         if (index != mainchain.bonds.size())
1174         {
1175           highlightBond2 = mainchain.bonds.elementAt(index);
1176           highlightBond2.at1.isSelected = true;
1177         }
1178
1179         break;
1180       }
1181     }
1182   }
1183
1184   public Color getColour(int atomIndex, int pdbResNum, String chain,
1185           String pdbfile)
1186   {
1187     return Color.white;
1188     // if (!pdbfile.equals(pdbentry.getFile()))
1189     // return null;
1190
1191     // return new Color(viewer.getAtomArgb(atomIndex));
1192   }
1193
1194   @Override
1195   public void updateColours(Object source)
1196   {
1197     colourBySequence();
1198     redrawneeded = true;
1199     repaint();
1200   }
1201
1202   @Override
1203   public void releaseReferences(Object svl)
1204   {
1205     // TODO Auto-generated method stub
1206
1207   }
1208
1209   @Override
1210   public boolean isListeningFor(SequenceI seq)
1211   {
1212     if (sequence != null)
1213     {
1214       for (SequenceI s : sequence)
1215       {
1216         if (s == seq)
1217         {
1218           return true;
1219         }
1220       }
1221     }
1222     return false;
1223   }
1224 }