src/org/biojava/dasobert/das2/io/DAS2SourceHandler.java

   1 /*
   2  *                  BioJava development code
   3  *
   4  * This code may be freely distributed and modified under the
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   7  * see:
   8  *
   9  *      http://www.gnu.org/copyleft/lesser.html
  10  *
  11  * Copyright for this code is held jointly by the individual
  12  * authors.  These should be listed in @author doc comments.
  13  *
  14  * For more information on the BioJava project and its aims,
  15  * or to join the biojava-l mailing list, visit the home page
  16  * at:
  17  *
  18  *      http://www.biojava.org/
  19  *
  20  * Created on Mar 15, 2006
  21  *
  22  */
  23 package org.biojava.dasobert.das2.io;
  24
  25 import java.util.*;
  26
  27 import org.biojava.dasobert.das2.*;
  28 import org.biojava.dasobert.dasregistry.*;
  29 import org.xml.sax.*;
  30 import org.xml.sax.helpers.*;
  31
  32 /**
  33  * a parser for the DAS2 sources response
  34  *
  35  * @author Andreas Prlic
  36  * @since 6:53:45 PM
  37  * @version %I% %G%
  38  */
  39 public class DAS2SourceHandler extends DefaultHandler
  40 {
  41
  42   List sources;
  43
  44   Das2Source currentSource;
  45
  46   List coordinates;
  47
  48   List capabilities;
  49
  50   List labels;
  51
  52   public static final String LABELPROPERTY = "label";
  53
  54   public DAS2SourceHandler()
  55   {
  56     super();
  57
  58     sources = new ArrayList();
  59     currentSource = new Das2SourceImpl();
  60     coordinates = new ArrayList();
  61     capabilities = new ArrayList();
  62     labels = new ArrayList();
  63   }
  64
  65   private void startSource(String uri, String name, String qName,
  66           Attributes atts)
  67   {
  68
  69     String id = atts.getValue("uri");
  70     String title = atts.getValue("title");
  71     String doc_ref = atts.getValue("doc_href");
  72     String description = atts.getValue("description");
  73
  74     currentSource.setId(id);
  75     currentSource.setNickname(title);
  76     currentSource.setHelperurl(doc_ref);
  77     currentSource.setDescription(description);
  78
  79   }
  80
  81   private DasCoordinateSystem getCoordinateSystem(String uri, String name,
  82           String qname, Attributes atts)
  83   {
  84     // e.g. uri="http://das.sanger.ac.uk/dasregistry/coordsys/CS_LOCAL6"
  85     // source="Protein Sequence" authority="UniProt" test_range="P06213" />
  86     DasCoordinateSystem dcs = new DasCoordinateSystem();
  87     String id = atts.getValue("uri");
  88     dcs.setUniqueId(id);
  89
  90     String source = atts.getValue("source");
  91     dcs.setCategory(source);
  92
  93     String authority = atts.getValue("authority");
  94     dcs.setName(authority);
  95
  96     String test_range = atts.getValue("test_range");
  97     dcs.setTestCode(test_range);
  98
  99     try
 100     {
 101       String taxidstr = atts.getValue("taxid");
 102       int taxid = Integer.parseInt(taxidstr);
 103       dcs.setNCBITaxId(taxid);
 104     } catch (Exception e)
 105     {
 106     }
 107
 108     String version = atts.getValue("version");
 109     if (version != null)
 110     {
 111       dcs.setVersion(version);
 112     }
 113
 114     return dcs;
 115   }
 116
 117   public void startElement(String uri, String name, String qName,
 118           Attributes atts)
 119   {
 120     // System.out.println("new element "+qName);
 121
 122     if (qName.equals("SOURCE"))
 123     {
 124       // System.out.println("new Source " + atts.getValue(uri));
 125       currentSource = new Das2SourceImpl();
 126       coordinates = new ArrayList();
 127       capabilities = new ArrayList();
 128
 129       startSource(uri, name, qName, atts);
 130
 131     }
 132     else if (qName.equals("MAINTAINER"))
 133     {
 134       String email = atts.getValue("email");
 135       currentSource.setAdminemail(email);
 136     }
 137     else if (qName.equals("COORDINATES"))
 138     {
 139       DasCoordinateSystem dcs = getCoordinateSystem(uri, name, qName, atts);
 140       coordinates.add(dcs);
 141
 142     }
 143     else if (qName.equals("CAPABILITY"))
 144     {
 145       Das2Capability cap = getCapability(uri, name, qName, atts);
 146       capabilities.add(cap);
 147     }
 148     else if (qName.equals("PROPERTY"))
 149     {
 150       addProperty(uri, name, qName, atts);
 151     }
 152   }
 153
 154   private Das2Capability getCapability(String uri, String name,
 155           String qName, Attributes atts)
 156   {
 157     // e.g <CAPABILITY type="features"
 158     // query_id="http://das.biopackages.net/das/genome/yeast/S228C/feature" />
 159     Das2Capability cap = new Das2CapabilityImpl();
 160
 161     String type = atts.getValue("type");
 162     cap.setCapability(type);
 163     String query_uri = atts.getValue("query_uri");
 164     cap.setQueryUri(query_uri);
 165     return cap;
 166
 167   }
 168
 169   private void addProperty(String uri, String name, String qName,
 170           Attributes atts)
 171   {
 172     String pname = atts.getValue("name");
 173     String label = atts.getValue("value");
 174     if (pname.equals(LABELPROPERTY))
 175     {
 176       labels.add(label);
 177     }
 178   }
 179
 180   public void startDocument()
 181   {
 182     sources = new ArrayList();
 183     coordinates = new ArrayList();
 184     capabilities = new ArrayList();
 185   }
 186
 187   public void endElement(String uri, String name, String qName)
 188   {
 189     if (qName.equals("SOURCE"))
 190     {
 191       currentSource.setDas2Capabilities((Das2Capability[]) capabilities
 192               .toArray(new Das2Capability[capabilities.size()]));
 193       // System.out.println("got coordinates " + coordinates.size());
 194       currentSource.setCoordinateSystem((DasCoordinateSystem[]) coordinates
 195               .toArray(new DasCoordinateSystem[coordinates.size()]));
 196
 197       currentSource.setLabels((String[]) labels.toArray(new String[labels
 198               .size()]));
 199       labels.clear();
 200
 201       // System.out.println("Das2SourceHandler endElement name " + name + " uri
 202       // " + uri + " qName " + qName);
 203       // System.out.println("Das2SourceHandler adding to source: " +
 204       // currentSource.getId());
 205       sources.add(currentSource);
 206       currentSource = new Das2SourceImpl();
 207     }
 208   }
 209
 210   public DasSource[] getSources()
 211   {
 212     // System.out.println("Das2SourceHandler: source size: " + sources.size());
 213     return (DasSource[]) sources.toArray(new DasSource[sources.size()]);
 214   }
 215
 216 }