src/org/biojava/dasobert/das2/io/DasSourceReaderImpl.java

   1 /*
   2  *                  BioJava development code
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  11  * Copyright for this code is held jointly by the individual
  12  * authors.  These should be listed in @author doc comments.
  13  *
  14  * For more information on the BioJava project and its aims,
  15  * or to join the biojava-l mailing list, visit the home page
  16  * at:
  17  *
  18  *      http://www.biojava.org/
  19  *
  20  * Created on Feb 24, 2006
  21  *
  22  */
  23 package org.biojava.dasobert.das2.io;
  24
  25 import java.io.*;
  26 import java.net.*;
  27 import javax.xml.parsers.*;
  28
  29 import org.biojava.dasobert.das.*;
  30 import org.biojava.dasobert.dasregistry.*;
  31 import org.xml.sax.*;
  32
  33 public class DasSourceReaderImpl implements DasSourceReader
  34 {
  35
  36   Exception loggedException;
  37
  38   public DasSourceReaderImpl()
  39   {
  40     super();
  41     loggedException = null;
  42
  43     // open the stream to a server and then parse the result ...
  44   }
  45
  46   private InputStream open(URL url) throws java.io.IOException,
  47           java.net.ConnectException
  48   {
  49     InputStream inStream = null;
  50
  51     HttpURLConnection huc = DAS_FeatureRetrieve.openHttpURLConnection(url);
  52
  53     inStream = huc.getInputStream();
  54
  55     return inStream;
  56
  57   }
  58
  59   public DasSource[] readDasSource(URL url)
  60   {
  61     DasSource[] sources = new DasSource[0];
  62
  63     try
  64     {
  65       InputStream stream = open(url);
  66
  67       sources = readDasSource(stream);
  68     } catch (Exception e)
  69     {
  70       System.err.println("Exception for url:"+url);
  71       e.printStackTrace();
  72       loggedException = e;
  73     }
  74     return sources;
  75   }
  76
  77   /**
  78    * read a DAS2 sources response and return a list of DAS sources.
  79    *
  80    */
  81   public DasSource[] readDasSource(InputStream stream)
  82   {
  83
  84     DasSource[] sources = new DasSource[0];
  85
  86     try
  87     {
  88       SAXParserFactory spfactory = SAXParserFactory.newInstance();
  89
  90       spfactory.setValidating(false);
  91
  92       SAXParser saxParser = null;
  93
  94       try
  95       {
  96         saxParser = spfactory.newSAXParser();
  97       } catch (ParserConfigurationException e)
  98       {
  99         e.printStackTrace();
 100         loggedException = e;
 101       }
 102
 103       String vali = System.getProperty("XMLVALIDATION");
 104
 105       boolean validation = false;
 106       if (vali != null)
 107       {
 108         if (vali.equals("true"))
 109         {
 110           validation = true;
 111         }
 112       }
 113
 114       XMLReader xmlreader = saxParser.getXMLReader();
 115
 116       // XMLReader xmlreader = XMLReaderFactory.createXMLReader();
 117       try
 118       {
 119         xmlreader.setFeature("http://xml.org/sax/features/validation",
 120                 validation);
 121       } catch (SAXException e)
 122       {
 123         // logger.log(Level.FINE,"Cannot set validation " + validation);
 124       }
 125
 126       try
 127       {
 128         xmlreader
 129                 .setFeature(
 130                         "http://apache.org/xml/features/nonvalidating/load-external-dtd",
 131                         validation);
 132       } catch (SAXNotRecognizedException e)
 133       {
 134         e.printStackTrace();
 135         // logger.log(Level.FINE,"Cannot set load-external-dtd "+validation);
 136
 137       }
 138
 139       DAS2SourceHandler cont_handle = new DAS2SourceHandler();
 140
 141       xmlreader.setContentHandler(cont_handle);
 142       xmlreader.setErrorHandler(new org.xml.sax.helpers.DefaultHandler());
 143       InputSource insource = new InputSource();
 144       insource.setByteStream(stream);
 145
 146       xmlreader.parse(insource);
 147       sources = cont_handle.getSources();
 148
 149     } catch (Exception e)
 150     {
 151       e.printStackTrace();
 152       loggedException = e;
 153     }
 154     return sources;
 155   }
 156
 157   public Exception getLoggedException()
 158   {
 159     return loggedException;
 160   }
 161
 162   public static void main(String[] args)
 163   {
 164     String url = "http://www.spice-3d.org/dasregistry/das2/sources/";
 165     DasSourceReaderImpl reader = new DasSourceReaderImpl();
 166     try
 167     {
 168       URL u = new URL(url);
 169       DasSource[] sources = reader.readDasSource(u);
 170       for (int i = 0; i < sources.length; i++)
 171       {
 172         DasSource ds = sources[i];
 173         System.out.println(ds.toString());
 174       }
 175
 176     } catch (Exception e)
 177     {
 178       e.printStackTrace();
 179     }
 180
 181   }
 182
 183 }