src/org/biojava/dasobert/das2/io/DasSourceReaderImpl.java

   1 /*
   2  *                  BioJava development code
   3  *
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  12  * authors.  These should be listed in @author doc comments.
  13  *
  14  * For more information on the BioJava project and its aims,
  15  * or to join the biojava-l mailing list, visit the home page
  16  * at:
  17  *
  18  *      http://www.biojava.org/
  19  *
  20  * Created on Feb 24, 2006
  21  *
  22  */
  23 package org.biojava.dasobert.das2.io;
  24
  25 import java.io.InputStream;
  26 import java.net.HttpURLConnection;
  27 import java.net.URL;
  28
  29
  30 import javax.xml.parsers.ParserConfigurationException;
  31 import javax.xml.parsers.SAXParser;
  32 import javax.xml.parsers.SAXParserFactory;
  33
  34 import org.biojava.dasobert.dasregistry.DasSource;
  35 import org.xml.sax.InputSource;
  36 import org.xml.sax.SAXException;
  37 import org.xml.sax.SAXNotRecognizedException;
  38 import org.xml.sax.XMLReader;
  39 import org.biojava.dasobert.das.DAS_FeatureRetrieve;
  40
  41 public class DasSourceReaderImpl implements DasSourceReader {
  42
  43     Exception loggedException;
  44
  45     public DasSourceReaderImpl() {
  46         super();
  47         loggedException = null;
  48
  49         // open the stream to a server and then parse the result ...
  50     }
  51
  52     private InputStream open(URL url)
  53     throws java.io.IOException, java.net.ConnectException
  54     {
  55         InputStream inStream = null;
  56
  57
  58         HttpURLConnection huc = DAS_FeatureRetrieve.openHttpURLConnection(url);
  59
  60         inStream = huc.getInputStream();
  61
  62         return inStream;
  63
  64     }
  65
  66
  67     public DasSource[] readDasSource(URL url){
  68         DasSource[] sources = new DasSource[0];
  69
  70         try {
  71             InputStream stream = open(url);
  72
  73             sources = readDasSource(stream);
  74         } catch (Exception e){
  75             e.printStackTrace();
  76             loggedException = e;
  77         }
  78         return sources;
  79     }
  80
  81     /** read a DAS2 sources response and return a list of DAS sources.
  82      *
  83      */
  84     public DasSource[] readDasSource(InputStream stream)  {
  85
  86         DasSource[] sources = new DasSource[0];
  87
  88         try {
  89         SAXParserFactory spfactory =
  90             SAXParserFactory.newInstance();
  91
  92         spfactory.setValidating(false);
  93
  94         SAXParser saxParser = null ;
  95
  96         try{
  97             saxParser =
  98                 spfactory.newSAXParser();
  99         } catch (ParserConfigurationException e) {
 100             e.printStackTrace();
 101             loggedException = e;
 102         }
 103
 104         String vali = System.getProperty("XMLVALIDATION");
 105
 106         boolean validation = false ;
 107         if ( vali != null )
 108             if ( vali.equals("true") )
 109                 validation = true ;
 110
 111
 112         XMLReader xmlreader = saxParser.getXMLReader();
 113
 114         //XMLReader xmlreader = XMLReaderFactory.createXMLReader();
 115         try {
 116             xmlreader.setFeature("http://xml.org/sax/features/validation", validation);
 117         } catch (SAXException e) {
 118             //logger.log(Level.FINE,"Cannot set validation " + validation);
 119         }
 120
 121         try {
 122             xmlreader.setFeature("http://apache.org/xml/features/nonvalidating/load-external-dtd",validation);
 123         } catch (SAXNotRecognizedException e){
 124             e.printStackTrace();
 125             //logger.log(Level.FINE,"Cannot set load-external-dtd "+validation);
 126
 127         }
 128
 129         DAS2SourceHandler cont_handle = new DAS2SourceHandler() ;
 130
 131         xmlreader.setContentHandler(cont_handle);
 132         xmlreader.setErrorHandler(new org.xml.sax.helpers.DefaultHandler());
 133         InputSource insource = new InputSource() ;
 134         insource.setByteStream(stream);
 135
 136
 137         xmlreader.parse(insource);
 138         sources = cont_handle.getSources();
 139
 140
 141
 142         } catch (Exception e) {
 143             e.printStackTrace();
 144             loggedException = e;
 145         }
 146         return sources;
 147     }
 148
 149     public Exception getLoggedException(){
 150         return loggedException;
 151     }
 152
 153     public static void main (String[] args){
 154         String url = "http://www.spice-3d.org/dasregistry/das2/sources/";
 155         DasSourceReaderImpl reader = new DasSourceReaderImpl();
 156         try {
 157             URL u = new URL(url);
 158             DasSource[] sources = reader.readDasSource(u);
 159             for (int i=0; i< sources.length;i++){
 160                 DasSource ds = sources[i];
 161                 System.out.println(ds.toString());
 162             }
 163
 164         } catch (Exception e){
 165             e.printStackTrace();
 166         }
 167
 168     }
 169
 170
 171
 172 }