src/org/biojava/dasobert/dasregistry/DasCoordSysComparator.java

   1 /*
   2  *                    BioJava development code
   3  *
   4  * This code may be freely distributed and modified under the
   5  * terms of the GNU Lesser General Public Licence.  This should
   6  * be distributed with the code.  If you do not have a copy,
   7  * see:
   8  *
   9  *      http://www.gnu.org/copyleft/lesser.html
  10  *
  11  * Copyright for this code is held jointly by the individual
  12  * authors.  These should be listed in @author doc comments.
  13  *
  14  * For more information on the BioJava project and its aims,
  15  * or to join the biojava-l mailing list, visit the home page
  16  * at:
  17  *
  18  *      http://www.biojava.org/
  19  *
  20  * Created on 15.04.2004
  21  * @author Andreas Prlic
  22  *
  23  */
  24
  25 package org.biojava.dasobert.dasregistry;
  26
  27 import java.util.*;
  28
  29 /**
  30  * a comparator to sort DasSources
  31  *
  32  * @author Andreas Prlic
  33  */
  34
  35 public abstract class DasCoordSysComparator implements Comparator
  36 {
  37
  38   private final String name;
  39
  40   private static final Map COMPS_BY_NAME;
  41
  42   public DasCoordSysComparator(String str)
  43   {
  44     // System.out.println("new dasSourceComparator " + str);
  45     name = str;
  46   }
  47
  48   public static final Comparator BY_NAME = new DasCoordSysComparator("name")
  49   {
  50     protected Comparable getField(DasCoordinateSystem ds)
  51     {
  52       return ds.getName();
  53     }
  54   };
  55
  56   public static final Comparator BY_ID = new DasCoordSysComparator("id")
  57   {
  58     protected Comparable getField(DasCoordinateSystem ds)
  59     {
  60       return ds.getUniqueId();
  61     }
  62   };
  63
  64   public static final Comparator BY_CATEGORY = new DasCoordSysComparator(
  65           "category")
  66   {
  67     protected Comparable getField(DasCoordinateSystem ds)
  68     {
  69       return ds.getCategory();
  70     }
  71   };
  72
  73   public static final Comparator BY_ORGANISM = new DasCoordSysComparator(
  74           "organism")
  75   {
  76     protected Comparable getField(DasCoordinateSystem ds)
  77     {
  78       return ds.getOrganismName();
  79     }
  80   };
  81
  82   public static final Comparator BY_TAXID = new DasCoordSysComparator(
  83           "taxid")
  84   {
  85     protected Comparable getField(DasCoordinateSystem ds)
  86     {
  87       return ds.getNCBITaxId() + "";
  88     }
  89   };
  90
  91   static
  92   {
  93     COMPS_BY_NAME = new HashMap();
  94     COMPS_BY_NAME.put(BY_ID.toString(), BY_ID);
  95     COMPS_BY_NAME.put(BY_NAME.toString(), BY_NAME);
  96     COMPS_BY_NAME.put(BY_CATEGORY.toString(), BY_CATEGORY);
  97     COMPS_BY_NAME.put(BY_ORGANISM.toString(), BY_ORGANISM);
  98     COMPS_BY_NAME.put(BY_TAXID.toString(), BY_TAXID);
  99   }
 100
 101   public static Comparator fromString(String name)
 102   {
 103     if (COMPS_BY_NAME.containsKey(name))
 104     {
 105       return (Comparator) COMPS_BY_NAME.get(name);
 106     }
 107     else
 108     {
 109       throw new IllegalArgumentException("Can't compare by key " + name);
 110     }
 111   }
 112
 113   protected abstract Comparable getField(DasCoordinateSystem ds);
 114
 115   /** compare two DasCoordSys objects */
 116   public int compare(Object a, Object b)
 117   {
 118     DasCoordinateSystem x = (DasCoordinateSystem) a;
 119     DasCoordinateSystem y = (DasCoordinateSystem) b;
 120     return getField(x).compareTo(getField(y));
 121   }
 122
 123   public String toString()
 124   {
 125     return name;
 126   }
 127
 128 }