src/org/biojava/dasobert/dasregistry/DasCoordinateSystem.java

   1 /*
   2  *                    BioJava development code
   3  *
   4  * This code may be freely distributed and modified under the
   5  * terms of the GNU Lesser General Public Licence.  This should
   6  * be distributed with the code.  If you do not have a copy,
   7  * see:
   8  *
   9  *      http://www.gnu.org/copyleft/lesser.html
  10  *
  11  * Copyright for this code is held jointly by the individual
  12  * authors.  These should be listed in @author doc comments.
  13  *
  14  * For more information on the BioJava project and its aims,
  15  * or to join the biojava-l mailing list, visit the home page
  16  * at:
  17  *
  18  *      http://www.biojava.org/
  19  *
  20  * Created on 15.04.2004
  21  * @author Andreas Prlic
  22  *
  23  */
  24 package org.biojava.dasobert.dasregistry;
  25
  26 /** a Bean to be returned via SOAP. It takes care of the DAS -  coordinate Systems
  27  * @author Andreas Prlic
  28  */
  29 public class DasCoordinateSystem
  30 {
  31
  32   String name;
  33   String category;
  34   String organism_name;
  35   int ncbi_tax_id;
  36   String uniqueId;
  37   String version;
  38   String testCode;
  39
  40   public DasCoordinateSystem()
  41   {
  42     uniqueId = "";
  43     name = "";
  44     category = "";
  45     organism_name = "";
  46     ncbi_tax_id = 0;
  47     version = "";
  48     testCode = "";
  49   }
  50
  51   public boolean equals(DasCoordinateSystem other)
  52   {
  53     boolean match = true;
  54     System.out.println("comparing " + this.toString() + " to " + other.toString());
  55     // URI has piority
  56     if ( (!uniqueId.equals("")) && (uniqueId.equals(other.getUniqueId())))
  57     {
  58       return true;
  59     }
  60
  61     if (ncbi_tax_id != other.getNCBITaxId())
  62     {
  63       System.out.println("mismatch in ncbi tax id " + ncbi_tax_id + " != " +
  64                          other.getNCBITaxId());
  65       match = false;
  66     }
  67     if (!version.equals(other.getVersion()))
  68     {
  69       System.out.println("mismatch in version");
  70       match = false;
  71     }
  72     if (!category.equals(other.getCategory()))
  73     {
  74       System.out.println("mismatch in category");
  75       match = false;
  76     }
  77     if (!name.equals(other.getName()))
  78     {
  79       System.out.println("mismatch in name");
  80       match = false;
  81     }
  82     System.out.println(" match: " + match);
  83
  84     return match;
  85   }
  86
  87   public Object clone()
  88   {
  89     DasCoordinateSystem d = new DasCoordinateSystem();
  90     d.setTestCode(testCode);
  91     d.setCategory(category);
  92     d.setName(name);
  93     d.setNCBITaxId(ncbi_tax_id);
  94     d.setUniqueId(getUniqueId());
  95     d.setOrganismName(getOrganismName());
  96     d.setVersion(getVersion());
  97     return d;
  98   }
  99
 100   public String getTestCode()
 101   {
 102     return testCode;
 103   }
 104
 105   public void setTestCode(String testCode)
 106   {
 107     if (testCode == null)
 108     {
 109       testCode = "";
 110     }
 111     this.testCode = testCode;
 112   }
 113
 114   public void setUniqueId(String id)
 115   {
 116     uniqueId = id;
 117   }
 118
 119   public String getUniqueId()
 120   {
 121     return uniqueId;
 122   }
 123
 124   public void setName(String n)
 125   {
 126     name = n;
 127   }
 128
 129   public String getName()
 130   {
 131     return name;
 132   }
 133
 134   public void setCategory(String c)
 135   {
 136     category = c;
 137   }
 138
 139   public String getCategory()
 140   {
 141     return category;
 142   }
 143
 144   public void setOrganismName(String t)
 145   {
 146     organism_name = t;
 147   }
 148
 149   public String getOrganismName()
 150   {
 151     return organism_name;
 152   }
 153
 154   public void setNCBITaxId(int id)
 155   {
 156     ncbi_tax_id = id;
 157   }
 158
 159   public int getNCBITaxId()
 160   {
 161     return ncbi_tax_id;
 162   }
 163
 164   public String getVersion()
 165   {
 166     return version;
 167   }
 168
 169   public void setVersion(String version)
 170   {
 171     if (version == null)
 172     {
 173       version = "";
 174     }
 175     this.version = version;
 176   }
 177
 178   public String toString()
 179   {
 180     String nam = name;
 181     if (!version.equals(""))
 182     {
 183       nam += "_" + version;
 184     }
 185
 186     if (organism_name.equals(""))
 187     {
 188       return nam + "," + category;
 189     }
 190     else
 191     {
 192       return nam + "," + category + "," + organism_name;
 193     }
 194   }
 195
 196   public static DasCoordinateSystem fromString(String rawString)
 197   {
 198     String[] spl = rawString.split(",");
 199     DasCoordinateSystem dcs = new DasCoordinateSystem();
 200     if (spl.length == 2)
 201     {
 202       dcs.setName(spl[0]);
 203       dcs.setCategory(spl[1]);
 204     }
 205     if (spl.length == 3)
 206     {
 207       dcs.setName(spl[0]);
 208       dcs.setCategory(spl[1]);
 209       dcs.setOrganismName(spl[2]);
 210     }
 211     return dcs;
 212   }
 213
 214 }