src/org/biojava/dasobert/dasregistry/DasCoordinateSystem.java

   1 /*
   2  *                    BioJava development code
   3  *
   4  * This code may be freely distributed and modified under the
   5  * terms of the GNU Lesser General Public Licence.  This should
   6  * be distributed with the code.  If you do not have a copy,
   7  * see:
   8  *
   9  *      http://www.gnu.org/copyleft/lesser.html
  10  *
  11  * Copyright for this code is held jointly by the individual
  12  * authors.  These should be listed in @author doc comments.
  13  *
  14  * For more information on the BioJava project and its aims,
  15  * or to join the biojava-l mailing list, visit the home page
  16  * at:
  17  *
  18  *      http://www.biojava.org/
  19  *
  20  * Created on 15.04.2004
  21  * @author Andreas Prlic
  22  *
  23  */
  24 package org.biojava.dasobert.dasregistry;
  25
  26 /**
  27  * a Bean to be returned via SOAP. It takes care of the DAS - coordinate Systems
  28  *
  29  * @author Andreas Prlic
  30  */
  31 public class DasCoordinateSystem
  32 {
  33
  34   String name;
  35
  36   String category;
  37
  38   String organism_name;
  39
  40   int ncbi_tax_id;
  41
  42   String uniqueId;
  43
  44   String version;
  45
  46   String testCode;
  47
  48   public DasCoordinateSystem()
  49   {
  50     uniqueId = "";
  51     name = "";
  52     category = "";
  53     organism_name = "";
  54     ncbi_tax_id = 0;
  55     version = "";
  56     testCode = "";
  57   }
  58
  59   public boolean equals(DasCoordinateSystem other)
  60   {
  61     boolean match = true;
  62     System.out.println("comparing " + this.toString() + " to "
  63             + other.toString());
  64     // URI has piority
  65     if ((!uniqueId.equals("")) && (uniqueId.equals(other.getUniqueId())))
  66     {
  67       return true;
  68     }
  69
  70     if (ncbi_tax_id != other.getNCBITaxId())
  71     {
  72       System.out.println("mismatch in ncbi tax id " + ncbi_tax_id + " != "
  73               + other.getNCBITaxId());
  74       match = false;
  75     }
  76     if (!version.equals(other.getVersion()))
  77     {
  78       System.out.println("mismatch in version");
  79       match = false;
  80     }
  81     if (!category.equals(other.getCategory()))
  82     {
  83       System.out.println("mismatch in category");
  84       match = false;
  85     }
  86     if (!name.equals(other.getName()))
  87     {
  88       System.out.println("mismatch in name");
  89       match = false;
  90     }
  91     System.out.println(" match: " + match);
  92
  93     return match;
  94   }
  95
  96   public int hashCode()
  97   {
  98     int h = 7;
  99
 100     h = 31 * h + (null == name ? 0 : name.hashCode());
 101     h = 31 * h + (null == category ? 0 : category.hashCode());
 102
 103     return h;
 104   }
 105
 106   public Object clone()
 107   {
 108     DasCoordinateSystem d = new DasCoordinateSystem();
 109     d.setTestCode(testCode);
 110     d.setCategory(category);
 111     d.setName(name);
 112     d.setNCBITaxId(ncbi_tax_id);
 113     d.setUniqueId(getUniqueId());
 114     d.setOrganismName(getOrganismName());
 115     d.setVersion(getVersion());
 116     return d;
 117   }
 118
 119   public String getTestCode()
 120   {
 121     return testCode;
 122   }
 123
 124   public void setTestCode(String testCode)
 125   {
 126     if (testCode == null)
 127     {
 128       testCode = "";
 129     }
 130     this.testCode = testCode;
 131   }
 132
 133   public void setUniqueId(String id)
 134   {
 135     uniqueId = id;
 136   }
 137
 138   public String getUniqueId()
 139   {
 140     return uniqueId;
 141   }
 142
 143   public void setName(String n)
 144   {
 145     name = n;
 146   }
 147
 148   public String getName()
 149   {
 150     return name;
 151   }
 152
 153   public void setCategory(String c)
 154   {
 155     category = c;
 156   }
 157
 158   public String getCategory()
 159   {
 160     return category;
 161   }
 162
 163   public void setOrganismName(String t)
 164   {
 165     organism_name = t;
 166   }
 167
 168   public String getOrganismName()
 169   {
 170     return organism_name;
 171   }
 172
 173   public void setNCBITaxId(int id)
 174   {
 175     ncbi_tax_id = id;
 176   }
 177
 178   public int getNCBITaxId()
 179   {
 180     return ncbi_tax_id;
 181   }
 182
 183   public String getVersion()
 184   {
 185     return version;
 186   }
 187
 188   public void setVersion(String version)
 189   {
 190     if (version == null)
 191     {
 192       version = "";
 193     }
 194     this.version = version;
 195   }
 196
 197   public String toString()
 198   {
 199     String nam = name;
 200     if (!version.equals(""))
 201     {
 202       nam += "_" + version;
 203     }
 204
 205     if (organism_name.equals(""))
 206     {
 207       return nam + "," + category;
 208     }
 209     else
 210     {
 211       return nam + "," + category + "," + organism_name;
 212     }
 213   }
 214
 215   public static DasCoordinateSystem fromString(String rawString)
 216   {
 217     String[] spl = rawString.split(",");
 218     DasCoordinateSystem dcs = new DasCoordinateSystem();
 219     if (spl.length == 2)
 220     {
 221       dcs.setName(spl[0]);
 222       dcs.setCategory(spl[1]);
 223     }
 224     if (spl.length == 3)
 225     {
 226       dcs.setName(spl[0]);
 227       dcs.setCategory(spl[1]);
 228       dcs.setOrganismName(spl[2]);
 229     }
 230     return dcs;
 231   }
 232
 233 }