src/org/biojava/dasobert/feature/FeatureComparator.java

   1 /*
   2  *                    BioJava development code
   3  *
   4  * This code may be freely distributed and modified under the
   5  * terms of the GNU Lesser General Public Licence.  This should
   6  * be distributed with the code.  If you do not have a copy,
   7  * see:
   8  *
   9  *      http://www.gnu.org/copyleft/lesser.html
  10  *
  11  * Copyright for this code is held jointly by the individual
  12  * authors.  These should be listed in @author doc comments.
  13  *
  14  * For more information on the BioJava project and its aims,
  15  * or to join the biojava-l mailing list, visit the home page
  16  * at:
  17  *
  18  *      http://www.biojava.org/
  19  *
  20  * Created on 23.09.2004
  21  * @author Andreas Prlic
  22  *
  23  */
  24
  25 package org.biojava.dasobert.feature;
  26
  27 import java.util.Comparator;
  28 import java.util.Iterator;
  29 import java.util.List;
  30
  31 /**
  32  * a comparator to sort Features byt type
  33  *
  34  * @author Andreas Prlic
  35  */
  36
  37 public class FeatureComparator implements Comparator
  38 {
  39
  40   public FeatureComparator()
  41   {
  42   }
  43
  44   public int compare(Object a, Object b)
  45   {
  46     FeatureTrack x = (FeatureTrack) a;
  47     FeatureTrack y = (FeatureTrack) b;
  48
  49     String typea = x.getType();
  50     String typeb = y.getType();
  51
  52     if (!typea.equals(typeb))
  53       return typea.compareTo(typeb);
  54
  55     List s1 = x.getSegments();
  56     List s2 = y.getSegments();
  57
  58     Iterator iter1 = s1.iterator();
  59     Iterator iter2 = s2.iterator();
  60
  61     while (iter1.hasNext())
  62     {
  63       Segment seg1 = (Segment) iter1.next();
  64       int start1 = seg1.getStart();
  65
  66       while (iter2.hasNext())
  67       {
  68         Segment seg2 = (Segment) iter2.next();
  69         int start2 = seg2.getStart();
  70
  71         if (start1 < start2)
  72         {
  73           return -1;
  74         }
  75         if (start1 > start2)
  76         {
  77           return 1;
  78         }
  79
  80       }
  81     }
  82
  83     return 0;
  84
  85   }
  86
  87 }