src/org/biojava/dasobert/feature/FeatureMapComparator.java

   1 /*
   2  *                    BioJava development code
   3  *
   4  * This code may be freely distributed and modified under the
   5  * terms of the GNU Lesser General Public Licence.  This should
   6  * be distributed with the code.  If you do not have a copy,
   7  * see:
   8  *
   9  *      http://www.gnu.org/copyleft/lesser.html
  10  *
  11  * Copyright for this code is held jointly by the individual
  12  * authors.  These should be listed in @author doc comments.
  13  *
  14  * For more information on the BioJava project and its aims,
  15  * or to join the biojava-l mailing list, visit the home page
  16  * at:
  17  *
  18  *      http://www.biojava.org/
  19  *
  20  * Created on 23.09.2004
  21  * @author Andreas Prlic
  22  *
  23  */
  24
  25 package org.biojava.dasobert.feature;
  26
  27 import java.util.Comparator;
  28 import java.util.Map;
  29
  30 /**
  31  * a comparator to sort Features if they are still in a Map ( sorts by type )
  32  *
  33  * @author Andreas Prlic
  34  */
  35
  36 public class FeatureMapComparator implements Comparator
  37 {
  38
  39   public FeatureMapComparator()
  40   {
  41   }
  42
  43   public int compare(Object a, Object b)
  44   {
  45     Map x = (Map) a;
  46     Map y = (Map) b;
  47
  48     String typea = (String) x.get("TYPE");
  49     String typeb = (String) y.get("TYPE");
  50
  51     if (isSecstruc(typea) && isSecstruc(typeb))
  52     {
  53       return 0;
  54     }
  55     return typea.compareTo(typeb);
  56   }
  57
  58   public boolean isSecstruc(String type)
  59   {
  60     if (type.equals("HELIX") || type.equals("STRAND")
  61             || type.equals("TURN"))
  62     {
  63       return true;
  64     }
  65     return false;
  66   }
  67
  68 }