src/uk/ac/ebi/www/picr/AccessionMappingService/AccessionMapperBindingStub.java

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  20  */
  21 package uk.ac.ebi.www.picr.AccessionMappingService;
  22
  23 public class AccessionMapperBindingStub extends org.apache.axis.client.Stub
  24         implements
  25         uk.ac.ebi.www.picr.AccessionMappingService.AccessionMapperInterface
  26 {
  27   private java.util.Vector cachedSerClasses = new java.util.Vector();
  28
  29   private java.util.Vector cachedSerQNames = new java.util.Vector();
  30
  31   private java.util.Vector cachedSerFactories = new java.util.Vector();
  32
  33   private java.util.Vector cachedDeserFactories = new java.util.Vector();
  34
  35   static org.apache.axis.description.OperationDesc[] _operations;
  36
  37   static
  38   {
  39     _operations = new org.apache.axis.description.OperationDesc[3];
  40     _initOperationDesc1();
  41   }
  42
  43   private static void _initOperationDesc1()
  44   {
  45     org.apache.axis.description.OperationDesc oper;
  46     oper = new org.apache.axis.description.OperationDesc();
  47     oper.setName("getUPIForSequence");
  48     oper.addParameter(
  49             new javax.xml.namespace.QName(
  50                     "http://www.ebi.ac.uk/picr/AccessionMappingService",
  51                     "sequence"), new javax.xml.namespace.QName(
  52                     "http://www.w3.org/2001/XMLSchema", "string"),
  53             java.lang.String.class,
  54             org.apache.axis.description.ParameterDesc.IN, false, false);
  55     oper.addParameter(new javax.xml.namespace.QName(
  56             "http://www.ebi.ac.uk/picr/AccessionMappingService",
  57             "searchDatabases"), new javax.xml.namespace.QName(
  58             "http://www.w3.org/2001/XMLSchema", "string"),
  59             java.lang.String[].class,
  60             org.apache.axis.description.ParameterDesc.IN, false, false);
  61     oper.addParameter(
  62             new javax.xml.namespace.QName(
  63                     "http://www.ebi.ac.uk/picr/AccessionMappingService",
  64                     "taxonId"), new javax.xml.namespace.QName(
  65                     "http://www.w3.org/2001/XMLSchema", "string"),
  66             java.lang.String.class,
  67             org.apache.axis.description.ParameterDesc.IN, false, false);
  68     oper.addParameter(new javax.xml.namespace.QName(
  69             "http://www.ebi.ac.uk/picr/AccessionMappingService",
  70             "onlyActive"), new javax.xml.namespace.QName(
  71             "http://www.w3.org/2001/XMLSchema", "boolean"), boolean.class,
  72             org.apache.axis.description.ParameterDesc.IN, false, false);
  73     oper.setReturnType(new javax.xml.namespace.QName(
  74             "http://model.picr.ebi.ac.uk", "UPEntry"));
  75     oper.setReturnClass(uk.ac.ebi.picr.model.UPEntry.class);
  76     oper.setReturnQName(new javax.xml.namespace.QName(
  77             "http://www.ebi.ac.uk/picr/AccessionMappingService",
  78             "getUPIForSequenceReturn"));
  79     oper.setStyle(org.apache.axis.constants.Style.WRAPPED);
  80     oper.setUse(org.apache.axis.constants.Use.LITERAL);
  81     _operations[0] = oper;
  82
  83     oper = new org.apache.axis.description.OperationDesc();
  84     oper.setName("getUPIForAccession");
  85     oper.addParameter(new javax.xml.namespace.QName(
  86             "http://www.ebi.ac.uk/picr/AccessionMappingService",
  87             "accession"), new javax.xml.namespace.QName(
  88             "http://www.w3.org/2001/XMLSchema", "string"),
  89             java.lang.String.class,
  90             org.apache.axis.description.ParameterDesc.IN, false, false);
  91     oper.addParameter(new javax.xml.namespace.QName(
  92             "http://www.ebi.ac.uk/picr/AccessionMappingService",
  93             "ac_version"), new javax.xml.namespace.QName(
  94             "http://www.w3.org/2001/XMLSchema", "string"),
  95             java.lang.String.class,
  96             org.apache.axis.description.ParameterDesc.IN, false, false);
  97     oper.addParameter(new javax.xml.namespace.QName(
  98             "http://www.ebi.ac.uk/picr/AccessionMappingService",
  99             "searchDatabases"), new javax.xml.namespace.QName(
 100             "http://www.w3.org/2001/XMLSchema", "string"),
 101             java.lang.String[].class,
 102             org.apache.axis.description.ParameterDesc.IN, false, false);
 103     oper.addParameter(
 104             new javax.xml.namespace.QName(
 105                     "http://www.ebi.ac.uk/picr/AccessionMappingService",
 106                     "taxonId"), new javax.xml.namespace.QName(
 107                     "http://www.w3.org/2001/XMLSchema", "string"),
 108             java.lang.String.class,
 109             org.apache.axis.description.ParameterDesc.IN, false, false);
 110     oper.addParameter(new javax.xml.namespace.QName(
 111             "http://www.ebi.ac.uk/picr/AccessionMappingService",
 112             "onlyActive"), new javax.xml.namespace.QName(
 113             "http://www.w3.org/2001/XMLSchema", "boolean"), boolean.class,
 114             org.apache.axis.description.ParameterDesc.IN, false, false);
 115     oper.setReturnType(new javax.xml.namespace.QName(
 116             "http://model.picr.ebi.ac.uk", "UPEntry"));
 117     oper.setReturnClass(uk.ac.ebi.picr.model.UPEntry[].class);
 118     oper.setReturnQName(new javax.xml.namespace.QName(
 119             "http://www.ebi.ac.uk/picr/AccessionMappingService",
 120             "getUPIForAccessionReturn"));
 121     oper.setStyle(org.apache.axis.constants.Style.WRAPPED);
 122     oper.setUse(org.apache.axis.constants.Use.LITERAL);
 123     _operations[1] = oper;
 124
 125     oper = new org.apache.axis.description.OperationDesc();
 126     oper.setName("getMappedDatabaseNames");
 127     oper.setReturnType(new javax.xml.namespace.QName(
 128             "http://www.w3.org/2001/XMLSchema", "string"));
 129     oper.setReturnClass(java.lang.String[].class);
 130     oper.setReturnQName(new javax.xml.namespace.QName(
 131             "http://www.ebi.ac.uk/picr/AccessionMappingService",
 132             "mappedDatabases"));
 133     oper.setStyle(org.apache.axis.constants.Style.WRAPPED);
 134     oper.setUse(org.apache.axis.constants.Use.LITERAL);
 135     _operations[2] = oper;
 136
 137   }
 138
 139   public AccessionMapperBindingStub() throws org.apache.axis.AxisFault
 140   {
 141     this(null);
 142   }
 143
 144   public AccessionMapperBindingStub(java.net.URL endpointURL,
 145           javax.xml.rpc.Service service) throws org.apache.axis.AxisFault
 146   {
 147     this(service);
 148     super.cachedEndpoint = endpointURL;
 149   }
 150
 151   public AccessionMapperBindingStub(javax.xml.rpc.Service service)
 152           throws org.apache.axis.AxisFault
 153   {
 154     if (service == null)
 155     {
 156       super.service = new org.apache.axis.client.Service();
 157     }
 158     else
 159     {
 160       super.service = service;
 161     }
 162     java.lang.Class cls;
 163     javax.xml.namespace.QName qName;
 164     java.lang.Class beansf = org.apache.axis.encoding.ser.BeanSerializerFactory.class;
 165     java.lang.Class beandf = org.apache.axis.encoding.ser.BeanDeserializerFactory.class;
 166     java.lang.Class enumsf = org.apache.axis.encoding.ser.EnumSerializerFactory.class;
 167     java.lang.Class enumdf = org.apache.axis.encoding.ser.EnumDeserializerFactory.class;
 168     java.lang.Class arraysf = org.apache.axis.encoding.ser.ArraySerializerFactory.class;
 169     java.lang.Class arraydf = org.apache.axis.encoding.ser.ArrayDeserializerFactory.class;
 170     java.lang.Class simplesf = org.apache.axis.encoding.ser.SimpleSerializerFactory.class;
 171     java.lang.Class simpledf = org.apache.axis.encoding.ser.SimpleDeserializerFactory.class;
 172     java.lang.Class simplelistsf = org.apache.axis.encoding.ser.SimpleListSerializerFactory.class;
 173     java.lang.Class simplelistdf = org.apache.axis.encoding.ser.SimpleListDeserializerFactory.class;
 174     qName = new javax.xml.namespace.QName("http://model.picr.ebi.ac.uk",
 175             "UPEntry");
 176     cachedSerQNames.add(qName);
 177     cls = uk.ac.ebi.picr.model.UPEntry.class;
 178     cachedSerClasses.add(cls);
 179     cachedSerFactories.add(beansf);
 180     cachedDeserFactories.add(beandf);
 181
 182     qName = new javax.xml.namespace.QName("http://model.picr.ebi.ac.uk",
 183             "CrossReference");
 184     cachedSerQNames.add(qName);
 185     cls = uk.ac.ebi.picr.model.CrossReference.class;
 186     cachedSerClasses.add(cls);
 187     cachedSerFactories.add(beansf);
 188     cachedDeserFactories.add(beandf);
 189
 190   }
 191
 192   protected org.apache.axis.client.Call createCall()
 193           throws java.rmi.RemoteException
 194   {
 195     try
 196     {
 197       org.apache.axis.client.Call _call = (org.apache.axis.client.Call) super.service
 198               .createCall();
 199       if (super.maintainSessionSet)
 200       {
 201         _call.setMaintainSession(super.maintainSession);
 202       }
 203       if (super.cachedUsername != null)
 204       {
 205         _call.setUsername(super.cachedUsername);
 206       }
 207       if (super.cachedPassword != null)
 208       {
 209         _call.setPassword(super.cachedPassword);
 210       }
 211       if (super.cachedEndpoint != null)
 212       {
 213         _call.setTargetEndpointAddress(super.cachedEndpoint);
 214       }
 215       if (super.cachedTimeout != null)
 216       {
 217         _call.setTimeout(super.cachedTimeout);
 218       }
 219       if (super.cachedPortName != null)
 220       {
 221         _call.setPortName(super.cachedPortName);
 222       }
 223       java.util.Enumeration keys = super.cachedProperties.keys();
 224       while (keys.hasMoreElements())
 225       {
 226         java.lang.String key = (java.lang.String) keys.nextElement();
 227         _call.setProperty(key, super.cachedProperties.get(key));
 228       }
 229       // All the type mapping information is registered
 230       // when the first call is made.
 231       // The type mapping information is actually registered in
 232       // the TypeMappingRegistry of the service, which
 233       // is the reason why registration is only needed for the first call.
 234       synchronized (this)
 235       {
 236         if (firstCall())
 237         {
 238           // must set encoding style before registering serializers
 239           _call.setEncodingStyle(null);
 240           for (int i = 0; i < cachedSerFactories.size(); ++i)
 241           {
 242             java.lang.Class cls = (java.lang.Class) cachedSerClasses.get(i);
 243             javax.xml.namespace.QName qName = (javax.xml.namespace.QName) cachedSerQNames
 244                     .get(i);
 245             java.lang.Class sf = (java.lang.Class) cachedSerFactories
 246                     .get(i);
 247             java.lang.Class df = (java.lang.Class) cachedDeserFactories
 248                     .get(i);
 249             _call.registerTypeMapping(cls, qName, sf, df, false);
 250           }
 251         }
 252       }
 253       return _call;
 254     } catch (java.lang.Throwable _t)
 255     {
 256       throw new org.apache.axis.AxisFault(
 257               "Failure trying to get the Call object", _t);
 258     }
 259   }
 260
 261   public uk.ac.ebi.picr.model.UPEntry getUPIForSequence(
 262           java.lang.String sequence, java.lang.String[] searchDatabases,
 263           java.lang.String taxonId, boolean onlyActive)
 264           throws java.rmi.RemoteException
 265   {
 266     if (super.cachedEndpoint == null)
 267     {
 268       throw new org.apache.axis.NoEndPointException();
 269     }
 270     org.apache.axis.client.Call _call = createCall();
 271     _call.setOperation(_operations[0]);
 272     _call.setUseSOAPAction(true);
 273     _call.setSOAPActionURI("getUPIForSequence");
 274     _call.setEncodingStyle(null);
 275     _call.setProperty(org.apache.axis.client.Call.SEND_TYPE_ATTR,
 276             Boolean.FALSE);
 277     _call.setProperty(org.apache.axis.AxisEngine.PROP_DOMULTIREFS,
 278             Boolean.FALSE);
 279     _call.setSOAPVersion(org.apache.axis.soap.SOAPConstants.SOAP11_CONSTANTS);
 280     _call.setOperationName(new javax.xml.namespace.QName(
 281             "http://www.ebi.ac.uk/picr/AccessionMappingService",
 282             "getUPIForSequence"));
 283
 284     setRequestHeaders(_call);
 285     setAttachments(_call);
 286     java.lang.Object _resp = _call.invoke(new java.lang.Object[] {
 287         sequence, searchDatabases, taxonId,
 288         new java.lang.Boolean(onlyActive) });
 289
 290     if (_resp instanceof java.rmi.RemoteException)
 291     {
 292       throw (java.rmi.RemoteException) _resp;
 293     }
 294     else
 295     {
 296       extractAttachments(_call);
 297       try
 298       {
 299         return (uk.ac.ebi.picr.model.UPEntry) _resp;
 300       } catch (java.lang.Exception _exception)
 301       {
 302         return (uk.ac.ebi.picr.model.UPEntry) org.apache.axis.utils.JavaUtils
 303                 .convert(_resp, uk.ac.ebi.picr.model.UPEntry.class);
 304       }
 305     }
 306   }
 307
 308   public uk.ac.ebi.picr.model.UPEntry[] getUPIForAccession(
 309           java.lang.String accession, java.lang.String ac_version,
 310           java.lang.String[] searchDatabases, java.lang.String taxonId,
 311           boolean onlyActive) throws java.rmi.RemoteException
 312   {
 313     if (super.cachedEndpoint == null)
 314     {
 315       throw new org.apache.axis.NoEndPointException();
 316     }
 317     org.apache.axis.client.Call _call = createCall();
 318     _call.setOperation(_operations[1]);
 319     _call.setUseSOAPAction(true);
 320     _call.setSOAPActionURI("getUPIForAccession");
 321     _call.setEncodingStyle(null);
 322     _call.setProperty(org.apache.axis.client.Call.SEND_TYPE_ATTR,
 323             Boolean.FALSE);
 324     _call.setProperty(org.apache.axis.AxisEngine.PROP_DOMULTIREFS,
 325             Boolean.FALSE);
 326     _call.setSOAPVersion(org.apache.axis.soap.SOAPConstants.SOAP11_CONSTANTS);
 327     _call.setOperationName(new javax.xml.namespace.QName(
 328             "http://www.ebi.ac.uk/picr/AccessionMappingService",
 329             "getUPIForAccession"));
 330
 331     setRequestHeaders(_call);
 332     setAttachments(_call);
 333     java.lang.Object _resp = _call.invoke(new java.lang.Object[] {
 334         accession, ac_version, searchDatabases, taxonId,
 335         new java.lang.Boolean(onlyActive) });
 336
 337     if (_resp instanceof java.rmi.RemoteException)
 338     {
 339       throw (java.rmi.RemoteException) _resp;
 340     }
 341     else
 342     {
 343       extractAttachments(_call);
 344       try
 345       {
 346         return (uk.ac.ebi.picr.model.UPEntry[]) _resp;
 347       } catch (java.lang.Exception _exception)
 348       {
 349         return (uk.ac.ebi.picr.model.UPEntry[]) org.apache.axis.utils.JavaUtils
 350                 .convert(_resp, uk.ac.ebi.picr.model.UPEntry[].class);
 351       }
 352     }
 353   }
 354
 355   public java.lang.String[] getMappedDatabaseNames()
 356           throws java.rmi.RemoteException
 357   {
 358     if (super.cachedEndpoint == null)
 359     {
 360       throw new org.apache.axis.NoEndPointException();
 361     }
 362     org.apache.axis.client.Call _call = createCall();
 363     _call.setOperation(_operations[2]);
 364     _call.setUseSOAPAction(true);
 365     _call.setSOAPActionURI("getMappedDatabaseNames");
 366     _call.setEncodingStyle(null);
 367     _call.setProperty(org.apache.axis.client.Call.SEND_TYPE_ATTR,
 368             Boolean.FALSE);
 369     _call.setProperty(org.apache.axis.AxisEngine.PROP_DOMULTIREFS,
 370             Boolean.FALSE);
 371     _call.setSOAPVersion(org.apache.axis.soap.SOAPConstants.SOAP11_CONSTANTS);
 372     _call.setOperationName(new javax.xml.namespace.QName(
 373             "http://www.ebi.ac.uk/picr/AccessionMappingService",
 374             "getMappedDatabaseNames"));
 375
 376     setRequestHeaders(_call);
 377     setAttachments(_call);
 378     java.lang.Object _resp = _call.invoke(new java.lang.Object[] {});
 379
 380     if (_resp instanceof java.rmi.RemoteException)
 381     {
 382       throw (java.rmi.RemoteException) _resp;
 383     }
 384     else
 385     {
 386       extractAttachments(_call);
 387       try
 388       {
 389         return (java.lang.String[]) _resp;
 390       } catch (java.lang.Exception _exception)
 391       {
 392         return (java.lang.String[]) org.apache.axis.utils.JavaUtils
 393                 .convert(_resp, java.lang.String[].class);
 394       }
 395     }
 396   }
 397
 398 }