src/uk/ac/ebi/www/picr/AccessionMappingService/AccessionMapperBindingStub.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8)
   3  * Copyright (C) 2012 J Procter, AM Waterhouse, LM Lui, J Engelhardt, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
  10  *
  11  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  12  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  13  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  14  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  15  *
  16  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  17  */
  18 package uk.ac.ebi.www.picr.AccessionMappingService;
  19
  20 public class AccessionMapperBindingStub extends org.apache.axis.client.Stub
  21         implements
  22         uk.ac.ebi.www.picr.AccessionMappingService.AccessionMapperInterface
  23 {
  24   private java.util.Vector cachedSerClasses = new java.util.Vector();
  25
  26   private java.util.Vector cachedSerQNames = new java.util.Vector();
  27
  28   private java.util.Vector cachedSerFactories = new java.util.Vector();
  29
  30   private java.util.Vector cachedDeserFactories = new java.util.Vector();
  31
  32   static org.apache.axis.description.OperationDesc[] _operations;
  33
  34   static
  35   {
  36     _operations = new org.apache.axis.description.OperationDesc[3];
  37     _initOperationDesc1();
  38   }
  39
  40   private static void _initOperationDesc1()
  41   {
  42     org.apache.axis.description.OperationDesc oper;
  43     oper = new org.apache.axis.description.OperationDesc();
  44     oper.setName("getUPIForSequence");
  45     oper.addParameter(
  46             new javax.xml.namespace.QName(
  47                     "http://www.ebi.ac.uk/picr/AccessionMappingService",
  48                     "sequence"), new javax.xml.namespace.QName(
  49                     "http://www.w3.org/2001/XMLSchema", "string"),
  50             java.lang.String.class,
  51             org.apache.axis.description.ParameterDesc.IN, false, false);
  52     oper.addParameter(new javax.xml.namespace.QName(
  53             "http://www.ebi.ac.uk/picr/AccessionMappingService",
  54             "searchDatabases"), new javax.xml.namespace.QName(
  55             "http://www.w3.org/2001/XMLSchema", "string"),
  56             java.lang.String[].class,
  57             org.apache.axis.description.ParameterDesc.IN, false, false);
  58     oper.addParameter(
  59             new javax.xml.namespace.QName(
  60                     "http://www.ebi.ac.uk/picr/AccessionMappingService",
  61                     "taxonId"), new javax.xml.namespace.QName(
  62                     "http://www.w3.org/2001/XMLSchema", "string"),
  63             java.lang.String.class,
  64             org.apache.axis.description.ParameterDesc.IN, false, false);
  65     oper.addParameter(new javax.xml.namespace.QName(
  66             "http://www.ebi.ac.uk/picr/AccessionMappingService",
  67             "onlyActive"), new javax.xml.namespace.QName(
  68             "http://www.w3.org/2001/XMLSchema", "boolean"), boolean.class,
  69             org.apache.axis.description.ParameterDesc.IN, false, false);
  70     oper.setReturnType(new javax.xml.namespace.QName(
  71             "http://model.picr.ebi.ac.uk", "UPEntry"));
  72     oper.setReturnClass(uk.ac.ebi.picr.model.UPEntry.class);
  73     oper.setReturnQName(new javax.xml.namespace.QName(
  74             "http://www.ebi.ac.uk/picr/AccessionMappingService",
  75             "getUPIForSequenceReturn"));
  76     oper.setStyle(org.apache.axis.constants.Style.WRAPPED);
  77     oper.setUse(org.apache.axis.constants.Use.LITERAL);
  78     _operations[0] = oper;
  79
  80     oper = new org.apache.axis.description.OperationDesc();
  81     oper.setName("getUPIForAccession");
  82     oper.addParameter(new javax.xml.namespace.QName(
  83             "http://www.ebi.ac.uk/picr/AccessionMappingService",
  84             "accession"), new javax.xml.namespace.QName(
  85             "http://www.w3.org/2001/XMLSchema", "string"),
  86             java.lang.String.class,
  87             org.apache.axis.description.ParameterDesc.IN, false, false);
  88     oper.addParameter(new javax.xml.namespace.QName(
  89             "http://www.ebi.ac.uk/picr/AccessionMappingService",
  90             "ac_version"), new javax.xml.namespace.QName(
  91             "http://www.w3.org/2001/XMLSchema", "string"),
  92             java.lang.String.class,
  93             org.apache.axis.description.ParameterDesc.IN, false, false);
  94     oper.addParameter(new javax.xml.namespace.QName(
  95             "http://www.ebi.ac.uk/picr/AccessionMappingService",
  96             "searchDatabases"), new javax.xml.namespace.QName(
  97             "http://www.w3.org/2001/XMLSchema", "string"),
  98             java.lang.String[].class,
  99             org.apache.axis.description.ParameterDesc.IN, false, false);
 100     oper.addParameter(
 101             new javax.xml.namespace.QName(
 102                     "http://www.ebi.ac.uk/picr/AccessionMappingService",
 103                     "taxonId"), new javax.xml.namespace.QName(
 104                     "http://www.w3.org/2001/XMLSchema", "string"),
 105             java.lang.String.class,
 106             org.apache.axis.description.ParameterDesc.IN, false, false);
 107     oper.addParameter(new javax.xml.namespace.QName(
 108             "http://www.ebi.ac.uk/picr/AccessionMappingService",
 109             "onlyActive"), new javax.xml.namespace.QName(
 110             "http://www.w3.org/2001/XMLSchema", "boolean"), boolean.class,
 111             org.apache.axis.description.ParameterDesc.IN, false, false);
 112     oper.setReturnType(new javax.xml.namespace.QName(
 113             "http://model.picr.ebi.ac.uk", "UPEntry"));
 114     oper.setReturnClass(uk.ac.ebi.picr.model.UPEntry[].class);
 115     oper.setReturnQName(new javax.xml.namespace.QName(
 116             "http://www.ebi.ac.uk/picr/AccessionMappingService",
 117             "getUPIForAccessionReturn"));
 118     oper.setStyle(org.apache.axis.constants.Style.WRAPPED);
 119     oper.setUse(org.apache.axis.constants.Use.LITERAL);
 120     _operations[1] = oper;
 121
 122     oper = new org.apache.axis.description.OperationDesc();
 123     oper.setName("getMappedDatabaseNames");
 124     oper.setReturnType(new javax.xml.namespace.QName(
 125             "http://www.w3.org/2001/XMLSchema", "string"));
 126     oper.setReturnClass(java.lang.String[].class);
 127     oper.setReturnQName(new javax.xml.namespace.QName(
 128             "http://www.ebi.ac.uk/picr/AccessionMappingService",
 129             "mappedDatabases"));
 130     oper.setStyle(org.apache.axis.constants.Style.WRAPPED);
 131     oper.setUse(org.apache.axis.constants.Use.LITERAL);
 132     _operations[2] = oper;
 133
 134   }
 135
 136   public AccessionMapperBindingStub() throws org.apache.axis.AxisFault
 137   {
 138     this(null);
 139   }
 140
 141   public AccessionMapperBindingStub(java.net.URL endpointURL,
 142           javax.xml.rpc.Service service) throws org.apache.axis.AxisFault
 143   {
 144     this(service);
 145     super.cachedEndpoint = endpointURL;
 146   }
 147
 148   public AccessionMapperBindingStub(javax.xml.rpc.Service service)
 149           throws org.apache.axis.AxisFault
 150   {
 151     if (service == null)
 152     {
 153       super.service = new org.apache.axis.client.Service();
 154     }
 155     else
 156     {
 157       super.service = service;
 158     }
 159     java.lang.Class cls;
 160     javax.xml.namespace.QName qName;
 161     java.lang.Class beansf = org.apache.axis.encoding.ser.BeanSerializerFactory.class;
 162     java.lang.Class beandf = org.apache.axis.encoding.ser.BeanDeserializerFactory.class;
 163     java.lang.Class enumsf = org.apache.axis.encoding.ser.EnumSerializerFactory.class;
 164     java.lang.Class enumdf = org.apache.axis.encoding.ser.EnumDeserializerFactory.class;
 165     java.lang.Class arraysf = org.apache.axis.encoding.ser.ArraySerializerFactory.class;
 166     java.lang.Class arraydf = org.apache.axis.encoding.ser.ArrayDeserializerFactory.class;
 167     java.lang.Class simplesf = org.apache.axis.encoding.ser.SimpleSerializerFactory.class;
 168     java.lang.Class simpledf = org.apache.axis.encoding.ser.SimpleDeserializerFactory.class;
 169     java.lang.Class simplelistsf = org.apache.axis.encoding.ser.SimpleListSerializerFactory.class;
 170     java.lang.Class simplelistdf = org.apache.axis.encoding.ser.SimpleListDeserializerFactory.class;
 171     qName = new javax.xml.namespace.QName("http://model.picr.ebi.ac.uk",
 172             "UPEntry");
 173     cachedSerQNames.add(qName);
 174     cls = uk.ac.ebi.picr.model.UPEntry.class;
 175     cachedSerClasses.add(cls);
 176     cachedSerFactories.add(beansf);
 177     cachedDeserFactories.add(beandf);
 178
 179     qName = new javax.xml.namespace.QName("http://model.picr.ebi.ac.uk",
 180             "CrossReference");
 181     cachedSerQNames.add(qName);
 182     cls = uk.ac.ebi.picr.model.CrossReference.class;
 183     cachedSerClasses.add(cls);
 184     cachedSerFactories.add(beansf);
 185     cachedDeserFactories.add(beandf);
 186
 187   }
 188
 189   protected org.apache.axis.client.Call createCall()
 190           throws java.rmi.RemoteException
 191   {
 192     try
 193     {
 194       org.apache.axis.client.Call _call = (org.apache.axis.client.Call) super.service
 195               .createCall();
 196       if (super.maintainSessionSet)
 197       {
 198         _call.setMaintainSession(super.maintainSession);
 199       }
 200       if (super.cachedUsername != null)
 201       {
 202         _call.setUsername(super.cachedUsername);
 203       }
 204       if (super.cachedPassword != null)
 205       {
 206         _call.setPassword(super.cachedPassword);
 207       }
 208       if (super.cachedEndpoint != null)
 209       {
 210         _call.setTargetEndpointAddress(super.cachedEndpoint);
 211       }
 212       if (super.cachedTimeout != null)
 213       {
 214         _call.setTimeout(super.cachedTimeout);
 215       }
 216       if (super.cachedPortName != null)
 217       {
 218         _call.setPortName(super.cachedPortName);
 219       }
 220       java.util.Enumeration keys = super.cachedProperties.keys();
 221       while (keys.hasMoreElements())
 222       {
 223         java.lang.String key = (java.lang.String) keys.nextElement();
 224         _call.setProperty(key, super.cachedProperties.get(key));
 225       }
 226       // All the type mapping information is registered
 227       // when the first call is made.
 228       // The type mapping information is actually registered in
 229       // the TypeMappingRegistry of the service, which
 230       // is the reason why registration is only needed for the first call.
 231       synchronized (this)
 232       {
 233         if (firstCall())
 234         {
 235           // must set encoding style before registering serializers
 236           _call.setEncodingStyle(null);
 237           for (int i = 0; i < cachedSerFactories.size(); ++i)
 238           {
 239             java.lang.Class cls = (java.lang.Class) cachedSerClasses.get(i);
 240             javax.xml.namespace.QName qName = (javax.xml.namespace.QName) cachedSerQNames
 241                     .get(i);
 242             java.lang.Class sf = (java.lang.Class) cachedSerFactories
 243                     .get(i);
 244             java.lang.Class df = (java.lang.Class) cachedDeserFactories
 245                     .get(i);
 246             _call.registerTypeMapping(cls, qName, sf, df, false);
 247           }
 248         }
 249       }
 250       return _call;
 251     } catch (java.lang.Throwable _t)
 252     {
 253       throw new org.apache.axis.AxisFault(
 254               "Failure trying to get the Call object", _t);
 255     }
 256   }
 257
 258   public uk.ac.ebi.picr.model.UPEntry getUPIForSequence(
 259           java.lang.String sequence, java.lang.String[] searchDatabases,
 260           java.lang.String taxonId, boolean onlyActive)
 261           throws java.rmi.RemoteException
 262   {
 263     if (super.cachedEndpoint == null)
 264     {
 265       throw new org.apache.axis.NoEndPointException();
 266     }
 267     org.apache.axis.client.Call _call = createCall();
 268     _call.setOperation(_operations[0]);
 269     _call.setUseSOAPAction(true);
 270     _call.setSOAPActionURI("getUPIForSequence");
 271     _call.setEncodingStyle(null);
 272     _call.setProperty(org.apache.axis.client.Call.SEND_TYPE_ATTR,
 273             Boolean.FALSE);
 274     _call.setProperty(org.apache.axis.AxisEngine.PROP_DOMULTIREFS,
 275             Boolean.FALSE);
 276     _call.setSOAPVersion(org.apache.axis.soap.SOAPConstants.SOAP11_CONSTANTS);
 277     _call.setOperationName(new javax.xml.namespace.QName(
 278             "http://www.ebi.ac.uk/picr/AccessionMappingService",
 279             "getUPIForSequence"));
 280
 281     setRequestHeaders(_call);
 282     setAttachments(_call);
 283     java.lang.Object _resp = _call
 284             .invoke(new java.lang.Object[]
 285             { sequence, searchDatabases, taxonId,
 286                 new java.lang.Boolean(onlyActive) });
 287
 288     if (_resp instanceof java.rmi.RemoteException)
 289     {
 290       throw (java.rmi.RemoteException) _resp;
 291     }
 292     else
 293     {
 294       extractAttachments(_call);
 295       try
 296       {
 297         return (uk.ac.ebi.picr.model.UPEntry) _resp;
 298       } catch (java.lang.Exception _exception)
 299       {
 300         return (uk.ac.ebi.picr.model.UPEntry) org.apache.axis.utils.JavaUtils
 301                 .convert(_resp, uk.ac.ebi.picr.model.UPEntry.class);
 302       }
 303     }
 304   }
 305
 306   public uk.ac.ebi.picr.model.UPEntry[] getUPIForAccession(
 307           java.lang.String accession, java.lang.String ac_version,
 308           java.lang.String[] searchDatabases, java.lang.String taxonId,
 309           boolean onlyActive) throws java.rmi.RemoteException
 310   {
 311     if (super.cachedEndpoint == null)
 312     {
 313       throw new org.apache.axis.NoEndPointException();
 314     }
 315     org.apache.axis.client.Call _call = createCall();
 316     _call.setOperation(_operations[1]);
 317     _call.setUseSOAPAction(true);
 318     _call.setSOAPActionURI("getUPIForAccession");
 319     _call.setEncodingStyle(null);
 320     _call.setProperty(org.apache.axis.client.Call.SEND_TYPE_ATTR,
 321             Boolean.FALSE);
 322     _call.setProperty(org.apache.axis.AxisEngine.PROP_DOMULTIREFS,
 323             Boolean.FALSE);
 324     _call.setSOAPVersion(org.apache.axis.soap.SOAPConstants.SOAP11_CONSTANTS);
 325     _call.setOperationName(new javax.xml.namespace.QName(
 326             "http://www.ebi.ac.uk/picr/AccessionMappingService",
 327             "getUPIForAccession"));
 328
 329     setRequestHeaders(_call);
 330     setAttachments(_call);
 331     java.lang.Object _resp = _call.invoke(new java.lang.Object[]
 332     { accession, ac_version, searchDatabases, taxonId,
 333         new java.lang.Boolean(onlyActive) });
 334
 335     if (_resp instanceof java.rmi.RemoteException)
 336     {
 337       throw (java.rmi.RemoteException) _resp;
 338     }
 339     else
 340     {
 341       extractAttachments(_call);
 342       try
 343       {
 344         return (uk.ac.ebi.picr.model.UPEntry[]) _resp;
 345       } catch (java.lang.Exception _exception)
 346       {
 347         return (uk.ac.ebi.picr.model.UPEntry[]) org.apache.axis.utils.JavaUtils
 348                 .convert(_resp, uk.ac.ebi.picr.model.UPEntry[].class);
 349       }
 350     }
 351   }
 352
 353   public java.lang.String[] getMappedDatabaseNames()
 354           throws java.rmi.RemoteException
 355   {
 356     if (super.cachedEndpoint == null)
 357     {
 358       throw new org.apache.axis.NoEndPointException();
 359     }
 360     org.apache.axis.client.Call _call = createCall();
 361     _call.setOperation(_operations[2]);
 362     _call.setUseSOAPAction(true);
 363     _call.setSOAPActionURI("getMappedDatabaseNames");
 364     _call.setEncodingStyle(null);
 365     _call.setProperty(org.apache.axis.client.Call.SEND_TYPE_ATTR,
 366             Boolean.FALSE);
 367     _call.setProperty(org.apache.axis.AxisEngine.PROP_DOMULTIREFS,
 368             Boolean.FALSE);
 369     _call.setSOAPVersion(org.apache.axis.soap.SOAPConstants.SOAP11_CONSTANTS);
 370     _call.setOperationName(new javax.xml.namespace.QName(
 371             "http://www.ebi.ac.uk/picr/AccessionMappingService",
 372             "getMappedDatabaseNames"));
 373
 374     setRequestHeaders(_call);
 375     setAttachments(_call);
 376     java.lang.Object _resp = _call.invoke(new java.lang.Object[]
 377     {});
 378
 379     if (_resp instanceof java.rmi.RemoteException)
 380     {
 381       throw (java.rmi.RemoteException) _resp;
 382     }
 383     else
 384     {
 385       extractAttachments(_call);
 386       try
 387       {
 388         return (java.lang.String[]) _resp;
 389       } catch (java.lang.Exception _exception)
 390       {
 391         return (java.lang.String[]) org.apache.axis.utils.JavaUtils
 392                 .convert(_resp, java.lang.String[].class);
 393       }
 394     }
 395   }
 396
 397 }