src/vamsas/objects/simple/Alignment.java

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  17  */
  18 package vamsas.objects.simple;
  19
  20 public class Alignment extends vamsas.objects.simple.Object implements
  21         java.io.Serializable
  22 {
  23   private java.lang.String gapchar;
  24
  25   private java.lang.String[] method;
  26
  27   private vamsas.objects.simple.SequenceSet seqs;
  28
  29   public Alignment()
  30   {
  31   }
  32
  33   public Alignment(java.lang.String gapchar, java.lang.String[] method,
  34           vamsas.objects.simple.SequenceSet seqs)
  35   {
  36     this.gapchar = gapchar;
  37     this.method = method;
  38     this.seqs = seqs;
  39   }
  40
  41   /**
  42    * Gets the gapchar value for this Alignment.
  43    *
  44    * @return gapchar
  45    */
  46   public java.lang.String getGapchar()
  47   {
  48     return gapchar;
  49   }
  50
  51   /**
  52    * Sets the gapchar value for this Alignment.
  53    *
  54    * @param gapchar
  55    */
  56   public void setGapchar(java.lang.String gapchar)
  57   {
  58     this.gapchar = gapchar;
  59   }
  60
  61   /**
  62    * Gets the method value for this Alignment.
  63    *
  64    * @return method
  65    */
  66   public java.lang.String[] getMethod()
  67   {
  68     return method;
  69   }
  70
  71   /**
  72    * Sets the method value for this Alignment.
  73    *
  74    * @param method
  75    */
  76   public void setMethod(java.lang.String[] method)
  77   {
  78     this.method = method;
  79   }
  80
  81   /**
  82    * Gets the seqs value for this Alignment.
  83    *
  84    * @return seqs
  85    */
  86   public vamsas.objects.simple.SequenceSet getSeqs()
  87   {
  88     return seqs;
  89   }
  90
  91   /**
  92    * Sets the seqs value for this Alignment.
  93    *
  94    * @param seqs
  95    */
  96   public void setSeqs(vamsas.objects.simple.SequenceSet seqs)
  97   {
  98     this.seqs = seqs;
  99   }
 100
 101   private java.lang.Object __equalsCalc = null;
 102
 103   public synchronized boolean equals(java.lang.Object obj)
 104   {
 105     if (!(obj instanceof Alignment))
 106       return false;
 107     Alignment other = (Alignment) obj;
 108     if (obj == null)
 109       return false;
 110     if (this == obj)
 111       return true;
 112     if (__equalsCalc != null)
 113     {
 114       return (__equalsCalc == obj);
 115     }
 116     __equalsCalc = obj;
 117     boolean _equals;
 118     _equals = super.equals(obj)
 119             && ((this.gapchar == null && other.getGapchar() == null) || (this.gapchar != null && this.gapchar
 120                     .equals(other.getGapchar())))
 121             && ((this.method == null && other.getMethod() == null) || (this.method != null && java.util.Arrays
 122                     .equals(this.method, other.getMethod())))
 123             && ((this.seqs == null && other.getSeqs() == null) || (this.seqs != null && this.seqs
 124                     .equals(other.getSeqs())));
 125     __equalsCalc = null;
 126     return _equals;
 127   }
 128
 129   private boolean __hashCodeCalc = false;
 130
 131   public synchronized int hashCode()
 132   {
 133     if (__hashCodeCalc)
 134     {
 135       return 0;
 136     }
 137     __hashCodeCalc = true;
 138     int _hashCode = super.hashCode();
 139     if (getGapchar() != null)
 140     {
 141       _hashCode += getGapchar().hashCode();
 142     }
 143     if (getMethod() != null)
 144     {
 145       for (int i = 0; i < java.lang.reflect.Array.getLength(getMethod()); i++)
 146       {
 147         java.lang.Object obj = java.lang.reflect.Array.get(getMethod(), i);
 148         if (obj != null && !obj.getClass().isArray())
 149         {
 150           _hashCode += obj.hashCode();
 151         }
 152       }
 153     }
 154     if (getSeqs() != null)
 155     {
 156       _hashCode += getSeqs().hashCode();
 157     }
 158     __hashCodeCalc = false;
 159     return _hashCode;
 160   }
 161
 162 }