src/vamsas/objects/simple/Alignment.java

   1 /**
   2  * Alignment.java
   3  *
   4  * This file was auto-generated from WSDL
   5  * by the Apache Axis 1.2RC2 Nov 16, 2004 (12:19:44 EST) WSDL2Java emitter.
   6  */
   7
   8 /*
   9 * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer
  10 * Copyright (C) 2006 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle
  11 *
  12 * This program is free software; you can redistribute it and/or
  13 * modify it under the terms of the GNU General Public License
  14 * as published by the Free Software Foundation; either version 2
  15 * of the License, or (at your option) any later version.
  16 *
  17 * This program is distributed in the hope that it will be useful,
  18 * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  19 * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  20 * GNU General Public License for more details.
  21 *
  22 * You should have received a copy of the GNU General Public License
  23 * along with this program; if not, write to the Free Software
  24 * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA
  25 */
  26 package vamsas.objects.simple;
  27
  28 public class Alignment extends vamsas.objects.simple.Object
  29     implements java.io.Serializable {
  30     private java.lang.String gapchar;
  31     private java.lang.String[] method;
  32     private vamsas.objects.simple.SequenceSet seqs;
  33     private java.lang.Object __equalsCalc = null;
  34     private boolean __hashCodeCalc = false;
  35
  36     public Alignment() {
  37     }
  38
  39     public Alignment(java.lang.String gapchar, java.lang.String[] method,
  40         vamsas.objects.simple.SequenceSet seqs) {
  41         this.gapchar = gapchar;
  42         this.method = method;
  43         this.seqs = seqs;
  44     }
  45
  46     /**
  47  * Gets the gapchar value for this Alignment.
  48  *
  49  * @return gapchar
  50  */
  51     public java.lang.String getGapchar() {
  52         return gapchar;
  53     }
  54
  55     /**
  56  * Sets the gapchar value for this Alignment.
  57  *
  58  * @param gapchar
  59  */
  60     public void setGapchar(java.lang.String gapchar) {
  61         this.gapchar = gapchar;
  62     }
  63
  64     /**
  65  * Gets the method value for this Alignment.
  66  *
  67  * @return method
  68  */
  69     public java.lang.String[] getMethod() {
  70         return method;
  71     }
  72
  73     /**
  74  * Sets the method value for this Alignment.
  75  *
  76  * @param method
  77  */
  78     public void setMethod(java.lang.String[] method) {
  79         this.method = method;
  80     }
  81
  82     /**
  83  * Gets the seqs value for this Alignment.
  84  *
  85  * @return seqs
  86  */
  87     public vamsas.objects.simple.SequenceSet getSeqs() {
  88         return seqs;
  89     }
  90
  91     /**
  92  * Sets the seqs value for this Alignment.
  93  *
  94  * @param seqs
  95  */
  96     public void setSeqs(vamsas.objects.simple.SequenceSet seqs) {
  97         this.seqs = seqs;
  98     }
  99
 100     public synchronized boolean equals(java.lang.Object obj) {
 101         if (!(obj instanceof Alignment)) {
 102             return false;
 103         }
 104
 105         Alignment other = (Alignment) obj;
 106
 107         if (obj == null) {
 108             return false;
 109         }
 110
 111         if (this == obj) {
 112             return true;
 113         }
 114
 115         if (__equalsCalc != null) {
 116             return (__equalsCalc == obj);
 117         }
 118
 119         __equalsCalc = obj;
 120
 121         boolean _equals;
 122         _equals = super.equals(obj) &&
 123             (((this.gapchar == null) && (other.getGapchar() == null)) ||
 124             ((this.gapchar != null) && this.gapchar.equals(other.getGapchar()))) &&
 125             (((this.method == null) && (other.getMethod() == null)) ||
 126             ((this.method != null) &&
 127             java.util.Arrays.equals(this.method, other.getMethod()))) &&
 128             (((this.seqs == null) && (other.getSeqs() == null)) ||
 129             ((this.seqs != null) && this.seqs.equals(other.getSeqs())));
 130         __equalsCalc = null;
 131
 132         return _equals;
 133     }
 134
 135     public synchronized int hashCode() {
 136         if (__hashCodeCalc) {
 137             return 0;
 138         }
 139
 140         __hashCodeCalc = true;
 141
 142         int _hashCode = super.hashCode();
 143
 144         if (getGapchar() != null) {
 145             _hashCode += getGapchar().hashCode();
 146         }
 147
 148         if (getMethod() != null) {
 149             for (int i = 0; i < java.lang.reflect.Array.getLength(getMethod());
 150                     i++) {
 151                 java.lang.Object obj = java.lang.reflect.Array.get(getMethod(),
 152                         i);
 153
 154                 if ((obj != null) && !obj.getClass().isArray()) {
 155                     _hashCode += obj.hashCode();
 156                 }
 157             }
 158         }
 159
 160         if (getSeqs() != null) {
 161             _hashCode += getSeqs().hashCode();
 162         }
 163
 164         __hashCodeCalc = false;
 165
 166         return _hashCode;
 167     }
 168 }