added SeqSearch service interface. Documented and refactored web service client ...
[jalview.git] / src / vamsas / objects / simple / Alignment.java
1 /**
2  * Alignment.java
3  *
4  * This file was auto-generated from WSDL
5  * by the Apache Axis 1.2RC2 Nov 16, 2004 (12:19:44 EST) WSDL2Java emitter.
6  */
7
8 package vamsas.objects.simple;
9
10 public class Alignment  extends vamsas.objects.simple.Object  implements java.io.Serializable {
11     private java.lang.String gapchar;
12     private java.lang.String[] method;
13     private vamsas.objects.simple.SequenceSet seqs;
14
15     public Alignment() {
16     }
17
18     public Alignment(
19            java.lang.String gapchar,
20            java.lang.String[] method,
21            vamsas.objects.simple.SequenceSet seqs) {
22            this.gapchar = gapchar;
23            this.method = method;
24            this.seqs = seqs;
25     }
26
27
28     /**
29      * Gets the gapchar value for this Alignment.
30      * 
31      * @return gapchar
32      */
33     public java.lang.String getGapchar() {
34         return gapchar;
35     }
36
37
38     /**
39      * Sets the gapchar value for this Alignment.
40      * 
41      * @param gapchar
42      */
43     public void setGapchar(java.lang.String gapchar) {
44         this.gapchar = gapchar;
45     }
46
47
48     /**
49      * Gets the method value for this Alignment.
50      * 
51      * @return method
52      */
53     public java.lang.String[] getMethod() {
54         return method;
55     }
56
57
58     /**
59      * Sets the method value for this Alignment.
60      * 
61      * @param method
62      */
63     public void setMethod(java.lang.String[] method) {
64         this.method = method;
65     }
66
67
68     /**
69      * Gets the seqs value for this Alignment.
70      * 
71      * @return seqs
72      */
73     public vamsas.objects.simple.SequenceSet getSeqs() {
74         return seqs;
75     }
76
77
78     /**
79      * Sets the seqs value for this Alignment.
80      * 
81      * @param seqs
82      */
83     public void setSeqs(vamsas.objects.simple.SequenceSet seqs) {
84         this.seqs = seqs;
85     }
86
87     private java.lang.Object __equalsCalc = null;
88     public synchronized boolean equals(java.lang.Object obj) {
89         if (!(obj instanceof Alignment)) return false;
90         Alignment other = (Alignment) obj;
91         if (obj == null) return false;
92         if (this == obj) return true;
93         if (__equalsCalc != null) {
94             return (__equalsCalc == obj);
95         }
96         __equalsCalc = obj;
97         boolean _equals;
98         _equals = super.equals(obj) && 
99             ((this.gapchar==null && other.getGapchar()==null) || 
100              (this.gapchar!=null &&
101               this.gapchar.equals(other.getGapchar()))) &&
102             ((this.method==null && other.getMethod()==null) || 
103              (this.method!=null &&
104               java.util.Arrays.equals(this.method, other.getMethod()))) &&
105             ((this.seqs==null && other.getSeqs()==null) || 
106              (this.seqs!=null &&
107               this.seqs.equals(other.getSeqs())));
108         __equalsCalc = null;
109         return _equals;
110     }
111
112     private boolean __hashCodeCalc = false;
113     public synchronized int hashCode() {
114         if (__hashCodeCalc) {
115             return 0;
116         }
117         __hashCodeCalc = true;
118         int _hashCode = super.hashCode();
119         if (getGapchar() != null) {
120             _hashCode += getGapchar().hashCode();
121         }
122         if (getMethod() != null) {
123             for (int i=0;
124                  i<java.lang.reflect.Array.getLength(getMethod());
125                  i++) {
126                 java.lang.Object obj = java.lang.reflect.Array.get(getMethod(), i);
127                 if (obj != null &&
128                     !obj.getClass().isArray()) {
129                     _hashCode += obj.hashCode();
130                 }
131             }
132         }
133         if (getSeqs() != null) {
134             _hashCode += getSeqs().hashCode();
135         }
136         __hashCodeCalc = false;
137         return _hashCode;
138     }
139
140 }