src/vamsas/objects/simple/Alignment.java

   1 /**
   2  * Alignment.java
   3  *
   4  * This file was auto-generated from WSDL
   5  * by the Apache Axis 1.2RC2 Nov 16, 2004 (12:19:44 EST) WSDL2Java emitter.
   6  */\r
   7 \r
   8 /*
   9 * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer
  10 * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle
  11 *
  12 * This program is free software; you can redistribute it and/or
  13 * modify it under the terms of the GNU General Public License
  14 * as published by the Free Software Foundation; either version 2
  15 * of the License, or (at your option) any later version.
  16 *
  17 * This program is distributed in the hope that it will be useful,
  18 * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  19 * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  20 * GNU General Public License for more details.
  21 *
  22 * You should have received a copy of the GNU General Public License
  23 * along with this program; if not, write to the Free Software
  24 * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA
  25 */\r
  26 package vamsas.objects.simple;\r
  27 \r
  28 public class Alignment extends vamsas.objects.simple.Object\r
  29     implements java.io.Serializable {\r
  30     private java.lang.String gapchar;\r
  31     private java.lang.String[] method;\r
  32     private vamsas.objects.simple.SequenceSet seqs;\r
  33     private java.lang.Object __equalsCalc = null;\r
  34     private boolean __hashCodeCalc = false;\r
  35 \r
  36     public Alignment() {\r
  37     }\r
  38 \r
  39     public Alignment(java.lang.String gapchar, java.lang.String[] method,\r
  40         vamsas.objects.simple.SequenceSet seqs) {\r
  41         this.gapchar = gapchar;\r
  42         this.method = method;\r
  43         this.seqs = seqs;\r
  44     }\r
  45 \r
  46     /**
  47  * Gets the gapchar value for this Alignment.
  48  *
  49  * @return gapchar
  50  */\r
  51     public java.lang.String getGapchar() {\r
  52         return gapchar;\r
  53     }\r
  54 \r
  55     /**
  56  * Sets the gapchar value for this Alignment.
  57  *
  58  * @param gapchar
  59  */\r
  60     public void setGapchar(java.lang.String gapchar) {\r
  61         this.gapchar = gapchar;\r
  62     }\r
  63 \r
  64     /**
  65  * Gets the method value for this Alignment.
  66  *
  67  * @return method
  68  */\r
  69     public java.lang.String[] getMethod() {\r
  70         return method;\r
  71     }\r
  72 \r
  73     /**
  74  * Sets the method value for this Alignment.
  75  *
  76  * @param method
  77  */\r
  78     public void setMethod(java.lang.String[] method) {\r
  79         this.method = method;\r
  80     }\r
  81 \r
  82     /**
  83  * Gets the seqs value for this Alignment.
  84  *
  85  * @return seqs
  86  */\r
  87     public vamsas.objects.simple.SequenceSet getSeqs() {\r
  88         return seqs;\r
  89     }\r
  90 \r
  91     /**
  92  * Sets the seqs value for this Alignment.
  93  *
  94  * @param seqs
  95  */\r
  96     public void setSeqs(vamsas.objects.simple.SequenceSet seqs) {\r
  97         this.seqs = seqs;\r
  98     }\r
  99 \r
 100     public synchronized boolean equals(java.lang.Object obj) {\r
 101         if (!(obj instanceof Alignment)) {\r
 102             return false;\r
 103         }\r
 104 \r
 105         Alignment other = (Alignment) obj;\r
 106 \r
 107         if (obj == null) {\r
 108             return false;\r
 109         }\r
 110 \r
 111         if (this == obj) {\r
 112             return true;\r
 113         }\r
 114 \r
 115         if (__equalsCalc != null) {\r
 116             return (__equalsCalc == obj);\r
 117         }\r
 118 \r
 119         __equalsCalc = obj;\r
 120 \r
 121         boolean _equals;\r
 122         _equals = super.equals(obj) &&\r
 123             (((this.gapchar == null) && (other.getGapchar() == null)) ||\r
 124             ((this.gapchar != null) && this.gapchar.equals(other.getGapchar()))) &&\r
 125             (((this.method == null) && (other.getMethod() == null)) ||\r
 126             ((this.method != null) &&\r
 127             java.util.Arrays.equals(this.method, other.getMethod()))) &&\r
 128             (((this.seqs == null) && (other.getSeqs() == null)) ||\r
 129             ((this.seqs != null) && this.seqs.equals(other.getSeqs())));\r
 130         __equalsCalc = null;\r
 131 \r
 132         return _equals;\r
 133     }\r
 134 \r
 135     public synchronized int hashCode() {\r
 136         if (__hashCodeCalc) {\r
 137             return 0;\r
 138         }\r
 139 \r
 140         __hashCodeCalc = true;\r
 141 \r
 142         int _hashCode = super.hashCode();\r
 143 \r
 144         if (getGapchar() != null) {\r
 145             _hashCode += getGapchar().hashCode();\r
 146         }\r
 147 \r
 148         if (getMethod() != null) {\r
 149             for (int i = 0; i < java.lang.reflect.Array.getLength(getMethod());\r
 150                     i++) {\r
 151                 java.lang.Object obj = java.lang.reflect.Array.get(getMethod(),\r
 152                         i);\r
 153 \r
 154                 if ((obj != null) && !obj.getClass().isArray()) {\r
 155                     _hashCode += obj.hashCode();\r
 156                 }\r
 157             }\r
 158         }\r
 159 \r
 160         if (getSeqs() != null) {\r
 161             _hashCode += getSeqs().hashCode();\r
 162         }\r
 163 \r
 164         __hashCodeCalc = false;\r
 165 \r
 166         return _hashCode;\r
 167     }\r
 168 }\r