src/vamsas/objects/simple/SequenceSet.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.4)
   3  * Copyright (C) 2008 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8  * of the License, or (at your option) any later version.
   9  *
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13  * GNU General Public License for more details.
  14  *
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA
  18  */
  19 package vamsas.objects.simple;
  20
  21 public class SequenceSet implements java.io.Serializable
  22 {
  23   private vamsas.objects.simple.Sequence[] seqs;
  24
  25   public SequenceSet()
  26   {
  27   }
  28
  29   public SequenceSet(vamsas.objects.simple.Sequence[] seqs)
  30   {
  31     this.seqs = seqs;
  32   }
  33
  34   /**
  35    * Gets the seqs value for this SequenceSet.
  36    *
  37    * @return seqs
  38    */
  39   public vamsas.objects.simple.Sequence[] getSeqs()
  40   {
  41     return seqs;
  42   }
  43
  44   /**
  45    * Sets the seqs value for this SequenceSet.
  46    *
  47    * @param seqs
  48    */
  49   public void setSeqs(vamsas.objects.simple.Sequence[] seqs)
  50   {
  51     this.seqs = seqs;
  52   }
  53
  54   private java.lang.Object __equalsCalc = null;
  55
  56   public synchronized boolean equals(java.lang.Object obj)
  57   {
  58     if (!(obj instanceof SequenceSet))
  59       return false;
  60     SequenceSet other = (SequenceSet) obj;
  61     if (obj == null)
  62       return false;
  63     if (this == obj)
  64       return true;
  65     if (__equalsCalc != null)
  66     {
  67       return (__equalsCalc == obj);
  68     }
  69     __equalsCalc = obj;
  70     boolean _equals;
  71     _equals = true && ((this.seqs == null && other.getSeqs() == null) || (this.seqs != null && java.util.Arrays
  72             .equals(this.seqs, other.getSeqs())));
  73     __equalsCalc = null;
  74     return _equals;
  75   }
  76
  77   private boolean __hashCodeCalc = false;
  78
  79   public synchronized int hashCode()
  80   {
  81     if (__hashCodeCalc)
  82     {
  83       return 0;
  84     }
  85     __hashCodeCalc = true;
  86     int _hashCode = 1;
  87     if (getSeqs() != null)
  88     {
  89       for (int i = 0; i < java.lang.reflect.Array.getLength(getSeqs()); i++)
  90       {
  91         java.lang.Object obj = java.lang.reflect.Array.get(getSeqs(), i);
  92         if (obj != null && !obj.getClass().isArray())
  93         {
  94           _hashCode += obj.hashCode();
  95         }
  96       }
  97     }
  98     __hashCodeCalc = false;
  99     return _hashCode;
 100   }
 101
 102 }