JAL-3026 srcjar files for VARNA and log4j
[jalview.git] / srcjar / fr / orsay / lri / varna / applications / fragseq / FragSeqRNASecStrModel.java
1 package fr.orsay.lri.varna.applications.fragseq;
2
3 import java.awt.datatransfer.DataFlavor;
4 import java.awt.datatransfer.Transferable;
5 import java.awt.datatransfer.UnsupportedFlavorException;
6 import java.io.File;
7 import java.io.FileFilter;
8 import java.io.FileNotFoundException;
9 import java.io.FilenameFilter;
10 import java.io.IOException;
11 import java.util.ArrayList;
12 import java.util.Collection;
13 import java.util.Date;
14 import java.util.regex.Pattern;
15
16 import fr.orsay.lri.varna.exceptions.ExceptionExportFailed;
17 import fr.orsay.lri.varna.exceptions.ExceptionFileFormatOrSyntax;
18 import fr.orsay.lri.varna.exceptions.ExceptionLoadingFailed;
19 import fr.orsay.lri.varna.exceptions.ExceptionPermissionDenied;
20 import fr.orsay.lri.varna.exceptions.ExceptionUnmatchedClosingParentheses;
21 import fr.orsay.lri.varna.factories.RNAFactory;
22 import fr.orsay.lri.varna.models.rna.RNA;
23
24 public class FragSeqRNASecStrModel extends FragSeqModel {
25  
26         private RNA _r =null;
27         
28   public FragSeqRNASecStrModel(RNA r)
29   {
30         _r = r;
31   }
32
33
34   public String toString()
35   {
36           return _r.getName();
37   }
38   
39   public String getID()
40   {
41           return _r.getID();
42   }
43   
44
45   public RNA getRNA()
46   {
47           return _r;
48   }
49   public static DataFlavor Flavor = new DataFlavor(FragSeqRNASecStrModel.class, "RNA Sec Str Object");
50
51 }