srcjar/fr/orsay/lri/varna/models/naView/Connection.java

   1 /*
   2  VARNA is a tool for the automated drawing, visualization and annotation of the secondary structure of RNA, designed as a companion software for web servers and databases.
   3  Copyright (C) 2008  Kevin Darty, Alain Denise and Yann Ponty.
   4  electronic mail : Yann.Ponty@lri.fr
   5  paper mail : LRI, bat 490 Université Paris-Sud 91405 Orsay Cedex France
   6
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  10
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  12  without even the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.
  13  See the GNU General Public License for more details.
  14
  15  You should have received a copy of the GNU General Public License along with VARNA version 3.1.
  16  If not, see http://www.gnu.org/licenses.
  17  */
  18 package fr.orsay.lri.varna.models.naView;
  19
  20 public class Connection {
  21         private Loop loop = new Loop();
  22         private Region region = new Region();
  23         // Start and end form the 1st base pair of the region.
  24         private int start, end;
  25         private double xrad, yrad, angle;
  26         // True if segment between this connection and the
  27         // next must be extruded out of the circle
  28         private boolean extruded;
  29         // True if the extruded segment must be drawn long.
  30         private boolean broken;
  31
  32         private boolean _isNull=false;
  33
  34         public boolean isNull() {
  35                 return _isNull;
  36         }
  37
  38         public void setNull(boolean isNull) {
  39                 _isNull = isNull;
  40         }
  41
  42
  43         public Loop getLoop() {
  44                 return loop;
  45         }
  46
  47         public void setLoop(Loop loop) {
  48                 this.loop = loop;
  49         }
  50
  51         public Region getRegion() {
  52                 return region;
  53         }
  54
  55         public void setRegion(Region region) {
  56                 this.region = region;
  57         }
  58
  59         public int getStart() {
  60                 return start;
  61         }
  62
  63         public void setStart(int start) {
  64                 this.start = start;
  65         }
  66
  67         public int getEnd() {
  68                 return end;
  69         }
  70
  71         public void setEnd(int end) {
  72                 this.end = end;
  73         }
  74
  75         public double getXrad() {
  76                 return xrad;
  77         }
  78
  79         public void setXrad(double xrad) {
  80                 this.xrad = xrad;
  81         }
  82
  83         public double getYrad() {
  84                 return yrad;
  85         }
  86
  87         public void setYrad(double yrad) {
  88                 this.yrad = yrad;
  89         }
  90
  91         public double getAngle() {
  92                 return angle;
  93         }
  94
  95         public void setAngle(double angle) {
  96                 this.angle = angle;
  97         }
  98
  99         public boolean isExtruded() {
 100                 return extruded;
 101         }
 102
 103         public void setExtruded(boolean extruded) {
 104                 this.extruded = extruded;
 105         }
 106
 107         public boolean isBroken() {
 108                 return broken;
 109         }
 110
 111         public void setBroken(boolean broken) {
 112                 this.broken = broken;
 113         }
 114 }