srcjar/fr/orsay/lri/varna/models/rna/ModeleColorMap.java

   1 package fr.orsay.lri.varna.models.rna;
   2
   3 import java.awt.Color;
   4 import java.io.IOException;
   5 import java.io.Reader;
   6 import java.io.Serializable;
   7 import java.io.StreamTokenizer;
   8 import java.util.ArrayList;
   9 import java.util.Arrays;
  10 import java.util.Formatter;
  11 import java.util.Vector;
  12
  13 public class ModeleColorMap implements Cloneable, Serializable{
  14   /**
  15          *
  16          */
  17         private static final long serialVersionUID = 4055062096061553106L;
  18 private Vector<Color> _map;
  19   private Vector<Double> _values;
  20
  21   public static final Color DEFAULT_COLOR = Color.GREEN;
  22
  23   public enum NamedColorMapTypes {
  24           RED ("red",ModeleColorMap.redColorMap()),
  25           BLUE ("blue",ModeleColorMap.blueColorMap()),
  26           GREEN ("green",ModeleColorMap.greenColorMap()),
  27           HEAT ("heat",ModeleColorMap.heatColorMap()),
  28           ENERGY ("energy",ModeleColorMap.energyColorMap()),
  29           ROCKNROLL ("rocknroll",ModeleColorMap.rockNRollColorMap()),
  30           VIENNA ("vienna",ModeleColorMap.viennaColorMap()),
  31           BW ("bw",ModeleColorMap.bwColorMap());
  32
  33           String _id;
  34           ModeleColorMap _cm;
  35
  36           private NamedColorMapTypes(String id, ModeleColorMap cm)
  37           {
  38                 _id = id;
  39                 _cm = cm;
  40           }
  41
  42           public String getId()
  43           {
  44                   return _id;
  45           }
  46           public ModeleColorMap getColorMap()
  47           {
  48                   return _cm;
  49           }
  50           public String toString()
  51           {
  52                 return _id;
  53           }
  54   }
  55
  56
  57   public ModeleColorMap()
  58   {
  59     this(new Vector<Color>(),new Vector<Double>());
  60   }
  61
  62
  63   public ModeleColorMap(Vector<Color> map,
  64                   Vector<Double> values)
  65   {
  66           _map = map;
  67           _values = values;
  68   }
  69
  70   public void addColor(double val, Color col)
  71   {
  72           int offset = Arrays.binarySearch(_values.toArray(), val) ;
  73           if (offset<0)
  74           {
  75                   int inspoint = (-offset)-1;
  76                   _map.insertElementAt(col, inspoint);
  77                   _values.insertElementAt(val,inspoint);
  78           }
  79   }
  80
  81   public double getMinValue()
  82   {
  83           if (_values.size()>0)
  84             return _values.get(0);
  85           return 0.0;
  86   }
  87
  88   public double getMaxValue()
  89   {
  90           if (_values.size()>0)
  91             return _values.get(_values.size()-1);
  92           return 0.0;
  93   }
  94
  95
  96   public Color getMinColor()
  97   {
  98           if (_map.size()>0)
  99             return _map.get(0);
 100           return DEFAULT_COLOR;
 101   }
 102
 103   public Color getMaxColor()
 104   {
 105           if (_map.size()>0)
 106             return _map.get(_map.size()-1);
 107           return DEFAULT_COLOR;
 108   }
 109
 110
 111   public int getNumColors()
 112   {
 113           return (_map.size());
 114   }
 115
 116   public Color getColorAt(int i)
 117   {
 118           return (_map.get(i));
 119   }
 120
 121   public Double getValueAt(int i)
 122   {
 123           return (_values.get(i));
 124   }
 125
 126   public Color getColorForValue(double val)
 127   {
 128           Color result;
 129           if (val<=getMinValue())
 130           {       result = getMinColor(); }
 131           else if (val>=getMaxValue())
 132           {
 133                   result = getMaxColor();
 134           }
 135           else
 136           {
 137           int offset = Arrays.binarySearch(_values.toArray(), val) ;
 138           if (offset>=0)
 139           {
 140                   result =  _map.get(offset);
 141           }
 142           else
 143           {
 144                   int inspoint = (-offset)-1;
 145                   Color c1 = _map.get(inspoint);
 146                   double v1 = _values.get(inspoint);
 147                   if (inspoint>0)
 148                   {
 149                           Color c2 = _map.get(inspoint-1);
 150                           double v2 = _values.get(inspoint-1);
 151                           double blendCoeff = (v2-val)/(v2-v1);
 152                           result =  new Color((int)(blendCoeff*c1.getRed()+(1.0-blendCoeff)*c2.getRed()),
 153                                   (int)(blendCoeff*c1.getGreen()+(1.0-blendCoeff)*c2.getGreen()),
 154                                   (int)(blendCoeff*c1.getBlue()+(1.0-blendCoeff)*c2.getBlue()));
 155
 156                   }
 157                   else
 158                   {
 159                         result = c1;
 160                   }
 161           }
 162           }
 163           return result;
 164   }
 165
 166   public static ModeleColorMap energyColorMap()
 167   {
 168           ModeleColorMap cm = new ModeleColorMap();
 169           cm.addColor(1.0,new Color(128,50,50).brighter());
 170           cm.addColor(0.9,new Color(255,50,50).brighter());
 171           cm.addColor(0.65,new Color(255,255,50).brighter());
 172           cm.addColor(0.55,new Color(20,255,50).brighter());
 173           cm.addColor(0.2,new Color(50,50,255).brighter());
 174           cm.addColor(0.0,new Color(50,50,128).brighter());
 175           return cm;
 176   }
 177
 178   public static ModeleColorMap viennaColorMap()
 179   {
 180           ModeleColorMap cm = new ModeleColorMap();
 181           cm.addColor(0.0,new Color(0,80,220));
 182           cm.addColor(0.1,new Color(0,139,220));
 183           cm.addColor(0.2,new Color(0,220,218));
 184           cm.addColor(0.3,new Color(0,220,123));
 185           cm.addColor(0.4,new Color(0,220,49));
 186           cm.addColor(0.5,new Color(34,220,0));
 187           cm.addColor(0.6,new Color(109,220,0));
 188           cm.addColor(0.7,new Color(199,220,0));
 189           cm.addColor(0.8,new Color(220,165,0));
 190           cm.addColor(0.9,new Color(220,86,0));
 191           cm.addColor(1.0,new Color(220,0,0));
 192           return cm;
 193   }
 194
 195   public static ModeleColorMap bwColorMap()
 196   {
 197           ModeleColorMap cm = new ModeleColorMap();
 198           cm.addColor(0.0,Color.white);
 199           cm.addColor(1.0,Color.gray.darker());
 200           return cm;
 201   }
 202
 203   public static ModeleColorMap greenColorMap()
 204   {
 205           ModeleColorMap cm = new ModeleColorMap();
 206           cm.addColor(0.0,Color.gray.brighter().brighter());
 207           cm.addColor(1.0,Color.green.darker());
 208           return cm;
 209   }
 210
 211   public static ModeleColorMap blueColorMap()
 212   {
 213           ModeleColorMap cm = new ModeleColorMap();
 214           cm.addColor(0.0,Color.gray.brighter().brighter());
 215           cm.addColor(1.0,Color.blue);
 216           return cm;
 217   }
 218
 219   public static ModeleColorMap redColorMap()
 220   {
 221           ModeleColorMap cm = new ModeleColorMap();
 222           cm.addColor(0.0,Color.gray.brighter().brighter());
 223           cm.addColor(1.0,Color.red);
 224           return cm;
 225   }
 226
 227   public static ModeleColorMap heatColorMap()
 228   {
 229           ModeleColorMap cm = new ModeleColorMap();
 230           cm.addColor(0.0,Color.yellow);
 231           cm.addColor(1.0,Color.red);
 232           return cm;
 233   }
 234
 235   public static ModeleColorMap rockNRollColorMap()
 236   {
 237           ModeleColorMap cm = new ModeleColorMap();
 238           cm.addColor(0.0,Color.red.brighter());
 239           cm.addColor(1.0,Color.black);
 240           cm.addColor(2.0,Color.green.brighter());
 241           return cm;
 242   }
 243
 244
 245   public static ModeleColorMap defaultColorMap()
 246   {
 247           return energyColorMap();
 248   }
 249
 250   public static ModeleColorMap parseColorMap(String s)
 251   {
 252           String[] data = s.split("[;,]");
 253           if (data.length==1)
 254           {
 255                   String name = data[0].toLowerCase();
 256                   for (NamedColorMapTypes p : NamedColorMapTypes.values())
 257                   {
 258                           if (name.equals(p.getId().toLowerCase()))
 259                           {
 260                                   return p.getColorMap();
 261                           }
 262                   }
 263                   return ModeleColorMap.defaultColorMap();
 264           }
 265           else
 266           {
 267                   ModeleColorMap cm = new ModeleColorMap();
 268
 269                   for(int i=0;i<data.length;i++)
 270                   {
 271                           String[] data2 = data[i].split(":");
 272                           if (data2.length==2)
 273                           {
 274                                   try{
 275                                           Double val = Double.parseDouble(data2[0]);
 276                                           Color col = Color.decode(data2[1]);
 277                                           cm.addColor(val, col);
 278                                   }
 279                                   catch(Exception e)
 280                                   {
 281                                   }
 282                           }
 283                   }
 284                   if (cm.getNumColors()>1)
 285                           return cm;
 286           }
 287           return ModeleColorMap.defaultColorMap();
 288   }
 289
 290   public void setMinValue(double newMin)
 291   {
 292           rescale(newMin,getMaxValue());
 293   }
 294
 295   public void setMaxValue(double newMax)
 296   {
 297           rescale(getMinValue(),newMax);
 298   }
 299
 300   public void rescale(double newMin, double newMax)
 301   {
 302           double minBck = getMinValue();
 303           double maxBck = getMaxValue();
 304           double spanBck = maxBck-minBck;
 305           if (newMax!=newMin)
 306           {
 307               newMax = Math.max(newMax,newMin+1.0);
 308                   for (int i=0;i<_values.size();i++)
 309                   {
 310                           double valBck = _values.get(i);
 311                           _values.set(i, newMin+(newMax-newMin)*(valBck-minBck)/(spanBck));
 312                   }
 313           }
 314   }
 315
 316   public ModeleColorMap clone()
 317   {
 318           ModeleColorMap cm = new ModeleColorMap();
 319           cm._map = (Vector<Color>) _map.clone();
 320           cm._values = (Vector<Double>)_values.clone();
 321           return cm;
 322   }
 323
 324   public boolean equals(ModeleColorMap cm)
 325   {
 326           if ( getNumColors()!=cm.getNumColors())
 327                   return false;
 328           for (int i=0;i<getNumColors();i++)
 329           {
 330                   if ((!getColorAt(i).equals(cm.getColorAt(i))) || (!getValueAt(i).equals(cm.getValueAt(i))) )
 331                                   return false;
 332           }
 333           return true;
 334
 335   }
 336
 337   public String getParamEncoding()
 338   {
 339           String result = "";
 340           Formatter f = new Formatter();
 341           for(int i=0;i<getNumColors();i++)
 342           {
 343                   if (i!=0)
 344                           f.format(",");
 345                   f.format("%.2f:#%02X%02X%02X", _values.get(i),_map.get(i).getRed(),_map.get(i).getGreen(),_map.get(i).getBlue());
 346           }
 347           return f.out().toString();
 348   }
 349
 350
 351
 352   public String toString()
 353   {
 354           return getParamEncoding();
 355   }
 356 }
 357