srcjar/fr/orsay/lri/varna/models/templates/RNANodeValueTemplateBrokenBasePair.java

   1 package fr.orsay.lri.varna.models.templates;
   2
   3 import fr.orsay.lri.varna.models.templates.RNATemplate.RNATemplateHelix;
   4
   5 /**
   6  * See RNANodeValueTemplate.
   7  *
   8  * @author Raphael Champeimont
   9  */
  10 public class RNANodeValueTemplateBrokenBasePair extends RNANodeValueTemplate {
  11
  12         /**
  13          * The original template element this node came from.
  14          */
  15         private RNATemplateHelix helix;
  16
  17         /**
  18          * The position (in the 5' to 3' order)
  19          * of this base in the original helix.
  20          */
  21         private int positionInHelix;
  22
  23
  24
  25         public String toGraphvizNodeName() {
  26                 return "BH[" + positionInHelix + "]";
  27         }
  28
  29
  30
  31         public RNATemplateHelix getHelix() {
  32                 return helix;
  33         }
  34
  35         public void setHelix(RNATemplateHelix helix) {
  36                 this.helix = helix;
  37         }
  38
  39         public int getPositionInHelix() {
  40                 return positionInHelix;
  41         }
  42
  43         public void setPositionInHelix(int positionInHelix) {
  44                 this.positionInHelix = positionInHelix;
  45         }
  46
  47 }