srcjar/fr/orsay/lri/varna/models/treealign/ExampleDistance2.java

   1 package fr.orsay.lri.varna.models.treealign;
   2
   3
   4 /**
   5  * This distance is such that a substitution costs nothing.
   6  *
   7  * @author Raphael Champeimont
   8  *
   9  */
  10 public class ExampleDistance2 implements TreeAlignLabelDistanceSymmetric<RNANodeValue2> {
  11         public double f(RNANodeValue2 v1, RNANodeValue2 v2) {
  12                 if (v1 == null) {
  13                         if (v2 == null) {
  14                                 return 0;
  15                         } else if (!v2.isSingleNode()) { // v2 is a list of bases
  16                                 return v2.getNodes().size();
  17                         } else { // v2 is a single node
  18                                 return 2;
  19                         }
  20                 } else if (!v1.isSingleNode()) { // v1 is a list of bases
  21                         if (v2 == null) {
  22                                 return v1.getNodes().size();
  23                         } else if (!v2.isSingleNode()) { // v2 is a list of bases
  24                                 return Math.abs(v2.getNodes().size() - v1.getNodes().size());
  25                         } else { // v2 is a single node
  26                                 return 2 + v1.getNodes().size();
  27                         }
  28                 } else { // v1 is a single node
  29                         // all the same as when v1 == null
  30                         if (v2 == null) {
  31                                 return 2;
  32                         } else if (!v2.isSingleNode()) { // v2 is a list of bases
  33                                 return 2 + v2.getNodes().size();
  34                         } else { // v2 is a single node
  35                                 return 0;
  36                         }
  37                 }
  38         }
  39 }