JAL-3026 srcjar files for VARNA and log4j
[jalview.git] / srcjar / fr / orsay / lri / varna / models / treealign / TreeAlignLabelDistanceAsymmetric.java
1 package fr.orsay.lri.varna.models.treealign;
2
3 public interface TreeAlignLabelDistanceAsymmetric<ValueType1, ValueType2> {
4         /** 
5          * Returns the substitution cost between v1 and v2.
6          * We use the convention that a null reference is a blank,
7          * ie. f(x, null) is the cost of deleting x
8          * and f(null, x) is the cost of inserting x.
9          * We won't use f(null, null).
10          * We suppose f is such that:
11          * f(x,x) = 0
12          * 0 <= f(x,y) < +infinity
13          * You may also want to have the triangle inequality,
14          * although the alignment algorithm does not require it:
15          * f(x,z) <= f(x,y) + f(y,z)
16          */
17         public double f(ValueType1 x, ValueType2 y);
18 }