test/MCview/AtomTest.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package MCview;
  22
  23 import static org.testng.AssertJUnit.assertEquals;
  24
  25 import org.testng.Assert;
  26 import org.testng.annotations.Test;
  27
  28 public class AtomTest
  29 {
  30
  31   /**
  32    * Test the constructor that parses a PDB file format ATOM line. Fields are in
  33    * fixed column positions
  34    */
  35   @Test(groups = { "Functional" })
  36   public void testStringConstructor()
  37   {
  38     Atom a = new Atom(
  39             "ATOM    349  NE2 GLN A  48      22.290   8.595  17.680  1.00 14.30           N");
  40     assertEquals(349, a.atomIndex);
  41     assertEquals("NE", a.name);
  42     assertEquals("GLN", a.resName);
  43     assertEquals("A", a.chain);
  44     assertEquals(48, a.resNumber);
  45     assertEquals("  48 ", a.resNumIns);
  46     assertEquals(' ', a.insCode);
  47     assertEquals(22.290, a.x, 0.00001);
  48     assertEquals(8.595, a.y, 0.00001);
  49     assertEquals(17.680, a.z, 0.00001);
  50     assertEquals(1f, a.occupancy, 0.00001);
  51     assertEquals(14.3, a.tfactor, 0.00001);
  52   }
  53
  54   /**
  55    * Test the case where occupancy and temp factor are blank - should default to
  56    * 1
  57    */
  58   @Test(groups = { "Functional" })
  59   public void testStringConstructor_blankOccupancyTempFactor()
  60   {
  61     Atom a = new Atom(
  62             "ATOM    349  NE2 GLN A  48      22.290   8.595  17.680                       N");
  63     assertEquals(1f, a.occupancy, 0.00001);
  64     assertEquals(1f, a.tfactor, 0.00001);
  65   }
  66
  67   /**
  68    * Parsing non-numeric data as Atom throws an exception
  69    */
  70   @Test(groups = { "Functional" })
  71   public void testStringConstructor_malformed()
  72   {
  73     try
  74     {
  75       new Atom(
  76               "ATOM    34N  NE2 GLN A  48      22.290   8.595  17.680  1.00 14.30           N");
  77       Assert.fail("Expected exception");
  78     } catch (NumberFormatException e)
  79     {
  80       // expected
  81     }
  82   }
  83 }