test/MCview/AtomTest.java

   1 package MCview;
   2
   3 import static org.testng.AssertJUnit.assertEquals;
   4 import org.testng.annotations.Test;
   5 import org.testng.Assert;
   6
   7 public class AtomTest
   8 {
   9
  10   /**
  11    * Test the constructor that parses a PDB file format ATOM line. Fields are in
  12    * fixed column positions
  13    */
  14   @Test
  15   public void testStringConstructor()
  16   {
  17     Atom a = new Atom(
  18             "ATOM    349  NE2 GLN A  48      22.290   8.595  17.680  1.00 14.30           N");
  19     assertEquals(349, a.atomIndex);
  20     assertEquals("NE", a.name);
  21     assertEquals("GLN", a.resName);
  22     assertEquals("A", a.chain);
  23     assertEquals(48, a.resNumber);
  24     assertEquals("48", a.resNumIns);
  25     assertEquals(' ', a.insCode);
  26     assertEquals(22.290, a.x, 0.00001);
  27     assertEquals(8.595, a.y, 0.00001);
  28     assertEquals(17.680, a.z, 0.00001);
  29     assertEquals(1f, a.occupancy, 0.00001);
  30     assertEquals(14.3, a.tfactor, 0.00001);
  31   }
  32
  33   /**
  34    * Test the case where occupancy and temp factor are blank - should default to
  35    * 1
  36    */
  37   @Test
  38   public void testStringConstructor_blankOccupancyTempFactor()
  39   {
  40     Atom a = new Atom(
  41             "ATOM    349  NE2 GLN A  48      22.290   8.595  17.680                       N");
  42     assertEquals(1f, a.occupancy, 0.00001);
  43     assertEquals(1f, a.tfactor, 0.00001);
  44   }
  45
  46   /**
  47    * Parsing non-numeric data as Atom throws an exception
  48    */
  49   @Test
  50   public void testStringConstructor_malformed()
  51   {
  52     try
  53     {
  54       new Atom(
  55               "ATOM    34N  NE2 GLN A  48      22.290   8.595  17.680  1.00 14.30           N");
  56       Assert.fail("Expected exception");
  57     } catch (NumberFormatException e)
  58     {
  59       // expected
  60     }
  61   }
  62 }