test/MCview/ResidueTest.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.9)
   3  * Copyright (C) 2015 The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package MCview;
  22
  23 import static org.testng.AssertJUnit.assertNull;
  24 import static org.testng.AssertJUnit.assertSame;
  25
  26 import java.util.Vector;
  27
  28 import org.testng.annotations.Test;
  29
  30 public class ResidueTest
  31 {
  32
  33   @Test(groups = { "Functional" })
  34   public void testFindAtom()
  35   {
  36     Atom a1 = new Atom(1f, 2f, 3f);
  37     a1.name = "C";
  38     Atom a2 = new Atom(1f, 2f, 3f);
  39     a2.name = "A";
  40     Atom a3 = new Atom(1f, 2f, 3f);
  41     a3.name = "P";
  42     Atom a4 = new Atom(1f, 2f, 3f);
  43     a4.name = "C";
  44     Vector<Atom> v = new Vector<Atom>();
  45     v.add(a1);
  46     v.add(a2);
  47     v.add(a3);
  48     v.add(a4);
  49     Residue r = new Residue(v, 293, 12);
  50
  51     assertSame(a1, r.findAtom("C"));
  52     assertSame(a2, r.findAtom("A"));
  53     assertSame(a3, r.findAtom("P"));
  54     assertNull(r.findAtom("S"));
  55   }
  56 }