test/jalview/analysis/AAFrequencyTest.java

   1
   2 package jalview.analysis;
   3 import static org.testng.AssertJUnit.assertEquals;
   4 import static org.testng.AssertJUnit.assertNull;
   5 import org.testng.annotations.Test;
   6 import jalview.datamodel.Sequence;
   7 import jalview.datamodel.SequenceI;
   8
   9 import java.util.Hashtable;
  10
  11 public class AAFrequencyTest
  12 {
  13   private static final String C = AAFrequency.MAXCOUNT;
  14
  15   private static final String R = AAFrequency.MAXRESIDUE;
  16
  17   private static final String G = AAFrequency.PID_GAPS;
  18
  19   private static final String N = AAFrequency.PID_NOGAPS;
  20
  21   private static final String P = AAFrequency.PROFILE;
  22
  23   @Test
  24   public void testCalculate_noProfile()
  25   {
  26     SequenceI seq1 = new Sequence("Seq1", "CAGT");
  27     SequenceI seq2 = new Sequence("Seq2", "CACT");
  28     SequenceI seq3 = new Sequence("Seq3", "C--G");
  29     SequenceI seq4 = new Sequence("Seq4", "CA-t");
  30     SequenceI[] seqs = new SequenceI[]
  31     { seq1, seq2, seq3, seq4 };
  32     Hashtable[] result = new Hashtable[seq1.getLength()];
  33
  34     AAFrequency.calculate(seqs, 0, seq1.getLength(), result, false);
  35
  36     // col 0 is 100% C
  37     Hashtable col = result[0];
  38     assertEquals(100f, (Float) col.get(G), 0.0001f);
  39     assertEquals(100f, (Float) col.get(N), 0.0001f);
  40     assertEquals(4, col.get(C));
  41     assertEquals("C", col.get(R));
  42     assertNull(col.get(P));
  43
  44     // col 1 is 75% A
  45     col = result[1];
  46     assertEquals(75f, (Float) col.get(G), 0.0001f);
  47     assertEquals(100f, (Float) col.get(N), 0.0001f);
  48     assertEquals(3, col.get(C));
  49     assertEquals("A", col.get(R));
  50
  51     // col 2 is 50% G 50% C or 25/25 counting gaps
  52     col = result[2];
  53     assertEquals(25f, (Float) col.get(G), 0.0001f);
  54     assertEquals(50f, (Float) col.get(N), 0.0001f);
  55     assertEquals(1, col.get(C));
  56     assertEquals("CG", col.get(R));
  57
  58     // col 3 is 75% T 25% G
  59     col = result[3];
  60     assertEquals(75f, (Float) col.get(G), 0.0001f);
  61     assertEquals(75f, (Float) col.get(N), 0.0001f);
  62     assertEquals(3, col.get(C));
  63     assertEquals("T", col.get(R));
  64   }
  65
  66   @Test
  67   public void testCalculate_withProfile()
  68   {
  69     SequenceI seq1 = new Sequence("Seq1", "CAGT");
  70     SequenceI seq2 = new Sequence("Seq2", "CACT");
  71     SequenceI seq3 = new Sequence("Seq3", "C--G");
  72     SequenceI seq4 = new Sequence("Seq4", "CA-t");
  73     SequenceI[] seqs = new SequenceI[]
  74     { seq1, seq2, seq3, seq4 };
  75     Hashtable[] result = new Hashtable[seq1.getLength()];
  76
  77     AAFrequency.calculate(seqs, 0, seq1.getLength(), result, true);
  78     int[][] profile = (int[][]) result[0].get(P);
  79     assertEquals(4, profile[0]['C']);
  80     assertEquals(4, profile[1][0]); // no of seqs
  81     assertEquals(4, profile[1][1]); // nongapped in column
  82
  83     profile = (int[][]) result[1].get(P);
  84     assertEquals(3, profile[0]['A']);
  85     assertEquals(4, profile[1][0]);
  86     assertEquals(3, profile[1][1]);
  87
  88     profile = (int[][]) result[2].get(P);
  89     assertEquals(1, profile[0]['G']);
  90     assertEquals(1, profile[0]['C']);
  91     assertEquals(4, profile[1][0]);
  92     assertEquals(2, profile[1][1]);
  93
  94     profile = (int[][]) result[3].get(P);
  95     assertEquals(3, profile[0]['T']);
  96     assertEquals(1, profile[0]['G']);
  97     assertEquals(4, profile[1][0]);
  98     assertEquals(4, profile[1][1]);
  99   }
 100
 101   @Test
 102   public void testCalculate_withProfileTiming()
 103   {
 104     SequenceI seq1 = new Sequence("Seq1", "CAGT");
 105     SequenceI seq2 = new Sequence("Seq2", "CACT");
 106     SequenceI seq3 = new Sequence("Seq3", "C--G");
 107     SequenceI seq4 = new Sequence("Seq4", "CA-t");
 108     SequenceI[] seqs = new SequenceI[]
 109     { seq1, seq2, seq3, seq4 };
 110     Hashtable[] result = new Hashtable[seq1.getLength()];
 111
 112     // ensure class loaded and initialized
 113     AAFrequency.calculate(seqs, 0, seq1.getLength(), result, true);
 114     int reps = 100000;
 115     long start = System.currentTimeMillis();
 116     for (int i = 0; i < reps; i++)
 117     {
 118       AAFrequency.calculate(seqs, 0, seq1.getLength(), result, true);
 119     }
 120     System.out.println(System.currentTimeMillis() - start);
 121   }
 122
 123   @Test
 124   public void testGetPercentageFormat()
 125   {
 126     assertNull(AAFrequency.getPercentageFormat(0));
 127     assertNull(AAFrequency.getPercentageFormat(99));
 128     assertEquals("%3.1f", AAFrequency.getPercentageFormat(100).toString());
 129     assertEquals("%3.1f", AAFrequency.getPercentageFormat(999).toString());
 130     assertEquals("%3.2f", AAFrequency.getPercentageFormat(1000).toString());
 131     assertEquals("%3.2f", AAFrequency.getPercentageFormat(9999).toString());
 132   }
 133 }