test/jalview/analysis/AAFrequencyTest.java

   1 package jalview.analysis;
   2
   3 import static org.junit.Assert.assertEquals;
   4 import static org.junit.Assert.assertNull;
   5 import jalview.datamodel.Sequence;
   6 import jalview.datamodel.SequenceI;
   7
   8 import java.util.Hashtable;
   9
  10 import org.junit.Test;
  11
  12 public class AAFrequencyTest
  13 {
  14   private static final String C = AAFrequency.MAXCOUNT;
  15
  16   private static final String R = AAFrequency.MAXRESIDUE;
  17
  18   private static final String G = AAFrequency.PID_GAPS;
  19
  20   private static final String N = AAFrequency.PID_NOGAPS;
  21
  22   private static final String P = AAFrequency.PROFILE;
  23
  24   @Test
  25   public void testCalculate_noProfile()
  26   {
  27     SequenceI seq1 = new Sequence("Seq1", "CAGT");
  28     SequenceI seq2 = new Sequence("Seq2", "CACT");
  29     SequenceI seq3 = new Sequence("Seq3", "C--G");
  30     SequenceI seq4 = new Sequence("Seq4", "CA-t");
  31     SequenceI[] seqs = new SequenceI[]
  32     { seq1, seq2, seq3, seq4 };
  33     Hashtable[] result = new Hashtable[seq1.getLength()];
  34
  35     AAFrequency.calculate(seqs, 0, seq1.getLength(), result, false);
  36     Hashtable col = result[0];
  37     assertEquals(100f, (Float) col.get(G), 0.0001f);
  38     assertEquals(100f, (Float) col.get(N), 0.0001f);
  39     assertEquals(4, col.get(C));
  40     assertEquals("C", col.get(R));
  41     assertNull(col.get(P));
  42     col = result[1];
  43     assertEquals(75f, (Float) col.get(G), 0.0001f);
  44     assertEquals(100f, (Float) col.get(N), 0.0001f);
  45     assertEquals(3, col.get(C));
  46     assertEquals("A", col.get(R));
  47     col = result[2];
  48     assertEquals(0f, (Float) col.get(G), 0.0001f);
  49     assertEquals(0f, (Float) col.get(N), 0.0001f);
  50     assertEquals(0, col.get(C));
  51     assertEquals("-", col.get(R));
  52     col = result[3];
  53     assertEquals(75f, (Float) col.get(G), 0.0001f);
  54     assertEquals(75f, (Float) col.get(N), 0.0001f);
  55     assertEquals(3, col.get(C));
  56     assertEquals("T", col.get(R));
  57   }
  58
  59   @Test
  60   public void testCalculate_withProfile()
  61   {
  62     SequenceI seq1 = new Sequence("Seq1", "CAGT");
  63     SequenceI seq2 = new Sequence("Seq2", "CACT");
  64     SequenceI seq3 = new Sequence("Seq3", "C--G");
  65     SequenceI seq4 = new Sequence("Seq4", "CA-t");
  66     SequenceI[] seqs = new SequenceI[]
  67     { seq1, seq2, seq3, seq4 };
  68     Hashtable[] result = new Hashtable[seq1.getLength()];
  69
  70     AAFrequency.calculate(seqs, 0, seq1.getLength(), result, true);
  71     int[][] profile = (int[][]) result[0].get(P);
  72     assertEquals(4, profile[0]['C']);
  73     assertEquals(4, profile[1][0]); // no of seqs
  74     assertEquals(4, profile[1][1]); // nongapped in column
  75
  76     profile = (int[][]) result[1].get(P);
  77     assertEquals(3, profile[0]['A']);
  78     assertEquals(4, profile[1][0]);
  79     assertEquals(3, profile[1][1]);
  80
  81     profile = (int[][]) result[2].get(P);
  82     assertEquals(1, profile[0]['G']);
  83     assertEquals(1, profile[0]['C']);
  84     assertEquals(4, profile[1][0]);
  85     assertEquals(2, profile[1][1]);
  86
  87     profile = (int[][]) result[3].get(P);
  88     assertEquals(3, profile[0]['T']);
  89     assertEquals(1, profile[0]['G']);
  90     assertEquals(4, profile[1][0]);
  91     assertEquals(4, profile[1][1]);
  92   }
  93
  94   @Test
  95   public void testCalculate_withProfileTiming()
  96   {
  97     SequenceI seq1 = new Sequence("Seq1", "CAGT");
  98     SequenceI seq2 = new Sequence("Seq2", "CACT");
  99     SequenceI seq3 = new Sequence("Seq3", "C--G");
 100     SequenceI seq4 = new Sequence("Seq4", "CA-t");
 101     SequenceI[] seqs = new SequenceI[]
 102     { seq1, seq2, seq3, seq4 };
 103     Hashtable[] result = new Hashtable[seq1.getLength()];
 104
 105     // ensure class loaded and initialized
 106     AAFrequency.calculate(seqs, 0, seq1.getLength(), result, true);
 107     int reps = 100000;
 108     long start = System.currentTimeMillis();
 109     for (int i = 0; i < reps; i++)
 110     {
 111       AAFrequency.calculate(seqs, 0, seq1.getLength(), result, true);
 112     }
 113     System.out.println(System.currentTimeMillis() - start);
 114   }
 115 }