test/jalview/analysis/AAFrequencyTest.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.9)
   3  * Copyright (C) 2015 The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.analysis;
  22
  23 import static org.testng.AssertJUnit.assertEquals;
  24 import static org.testng.AssertJUnit.assertNull;
  25
  26 import jalview.datamodel.Sequence;
  27 import jalview.datamodel.SequenceI;
  28
  29 import java.util.Hashtable;
  30
  31 import org.testng.annotations.Test;
  32
  33 public class AAFrequencyTest
  34 {
  35   private static final String C = AAFrequency.MAXCOUNT;
  36
  37   private static final String R = AAFrequency.MAXRESIDUE;
  38
  39   private static final String G = AAFrequency.PID_GAPS;
  40
  41   private static final String N = AAFrequency.PID_NOGAPS;
  42
  43   private static final String P = AAFrequency.PROFILE;
  44
  45   @Test(groups = { "Functional" })
  46   public void testCalculate_noProfile()
  47   {
  48     SequenceI seq1 = new Sequence("Seq1", "CAGT");
  49     SequenceI seq2 = new Sequence("Seq2", "CACT");
  50     SequenceI seq3 = new Sequence("Seq3", "C--G");
  51     SequenceI seq4 = new Sequence("Seq4", "CA-t");
  52     SequenceI[] seqs = new SequenceI[] { seq1, seq2, seq3, seq4 };
  53     Hashtable[] result = new Hashtable[seq1.getLength()];
  54
  55     AAFrequency.calculate(seqs, 0, seq1.getLength(), result, false);
  56
  57     // col 0 is 100% C
  58     Hashtable col = result[0];
  59     assertEquals(100f, (Float) col.get(G), 0.0001f);
  60     assertEquals(100f, (Float) col.get(N), 0.0001f);
  61     assertEquals(4, col.get(C));
  62     assertEquals("C", col.get(R));
  63     assertNull(col.get(P));
  64
  65     // col 1 is 75% A
  66     col = result[1];
  67     assertEquals(75f, (Float) col.get(G), 0.0001f);
  68     assertEquals(100f, (Float) col.get(N), 0.0001f);
  69     assertEquals(3, col.get(C));
  70     assertEquals("A", col.get(R));
  71
  72     // col 2 is 50% G 50% C or 25/25 counting gaps
  73     col = result[2];
  74     assertEquals(25f, (Float) col.get(G), 0.0001f);
  75     assertEquals(50f, (Float) col.get(N), 0.0001f);
  76     assertEquals(1, col.get(C));
  77     assertEquals("CG", col.get(R));
  78
  79     // col 3 is 75% T 25% G
  80     col = result[3];
  81     assertEquals(75f, (Float) col.get(G), 0.0001f);
  82     assertEquals(75f, (Float) col.get(N), 0.0001f);
  83     assertEquals(3, col.get(C));
  84     assertEquals("T", col.get(R));
  85   }
  86
  87   @Test(groups = { "Functional" })
  88   public void testCalculate_withProfile()
  89   {
  90     SequenceI seq1 = new Sequence("Seq1", "CAGT");
  91     SequenceI seq2 = new Sequence("Seq2", "CACT");
  92     SequenceI seq3 = new Sequence("Seq3", "C--G");
  93     SequenceI seq4 = new Sequence("Seq4", "CA-t");
  94     SequenceI[] seqs = new SequenceI[] { seq1, seq2, seq3, seq4 };
  95     Hashtable[] result = new Hashtable[seq1.getLength()];
  96
  97     AAFrequency.calculate(seqs, 0, seq1.getLength(), result, true);
  98     int[][] profile = (int[][]) result[0].get(P);
  99     assertEquals(4, profile[0]['C']);
 100     assertEquals(4, profile[1][0]); // no of seqs
 101     assertEquals(4, profile[1][1]); // nongapped in column
 102
 103     profile = (int[][]) result[1].get(P);
 104     assertEquals(3, profile[0]['A']);
 105     assertEquals(4, profile[1][0]);
 106     assertEquals(3, profile[1][1]);
 107
 108     profile = (int[][]) result[2].get(P);
 109     assertEquals(1, profile[0]['G']);
 110     assertEquals(1, profile[0]['C']);
 111     assertEquals(4, profile[1][0]);
 112     assertEquals(2, profile[1][1]);
 113
 114     profile = (int[][]) result[3].get(P);
 115     assertEquals(3, profile[0]['T']);
 116     assertEquals(1, profile[0]['G']);
 117     assertEquals(4, profile[1][0]);
 118     assertEquals(4, profile[1][1]);
 119   }
 120
 121   @Test(groups = { "Functional" })
 122   public void testCalculate_withProfileTiming()
 123   {
 124     SequenceI seq1 = new Sequence("Seq1", "CAGT");
 125     SequenceI seq2 = new Sequence("Seq2", "CACT");
 126     SequenceI seq3 = new Sequence("Seq3", "C--G");
 127     SequenceI seq4 = new Sequence("Seq4", "CA-t");
 128     SequenceI[] seqs = new SequenceI[] { seq1, seq2, seq3, seq4 };
 129     Hashtable[] result = new Hashtable[seq1.getLength()];
 130
 131     // ensure class loaded and initialized
 132     AAFrequency.calculate(seqs, 0, seq1.getLength(), result, true);
 133     int reps = 100000;
 134     long start = System.currentTimeMillis();
 135     for (int i = 0; i < reps; i++)
 136     {
 137       AAFrequency.calculate(seqs, 0, seq1.getLength(), result, true);
 138     }
 139     System.out.println(System.currentTimeMillis() - start);
 140   }
 141
 142   @Test(groups = { "Functional" })
 143   public void testGetPercentageFormat()
 144   {
 145     assertNull(AAFrequency.getPercentageFormat(0));
 146     assertNull(AAFrequency.getPercentageFormat(99));
 147     assertEquals("%3.1f", AAFrequency.getPercentageFormat(100).toString());
 148     assertEquals("%3.1f", AAFrequency.getPercentageFormat(999).toString());
 149     assertEquals("%3.2f", AAFrequency.getPercentageFormat(1000).toString());
 150     assertEquals("%3.2f", AAFrequency.getPercentageFormat(9999).toString());
 151   }
 152 }