test/jalview/analysis/AAFrequencyTest.java

   1
   2 package jalview.analysis;
   3 import static org.testng.AssertJUnit.assertEquals;
   4 import static org.testng.AssertJUnit.assertNull;
   5
   6 import jalview.datamodel.Sequence;
   7 import jalview.datamodel.SequenceI;
   8
   9 import java.util.Hashtable;
  10
  11 import org.testng.annotations.Test;
  12
  13 public class AAFrequencyTest
  14 {
  15   private static final String C = AAFrequency.MAXCOUNT;
  16
  17   private static final String R = AAFrequency.MAXRESIDUE;
  18
  19   private static final String G = AAFrequency.PID_GAPS;
  20
  21   private static final String N = AAFrequency.PID_NOGAPS;
  22
  23   private static final String P = AAFrequency.PROFILE;
  24
  25   @Test
  26   public void testCalculate_noProfile()
  27   {
  28     SequenceI seq1 = new Sequence("Seq1", "CAGT");
  29     SequenceI seq2 = new Sequence("Seq2", "CACT");
  30     SequenceI seq3 = new Sequence("Seq3", "C--G");
  31     SequenceI seq4 = new Sequence("Seq4", "CA-t");
  32     SequenceI[] seqs = new SequenceI[]
  33     { seq1, seq2, seq3, seq4 };
  34     Hashtable[] result = new Hashtable[seq1.getLength()];
  35
  36     AAFrequency.calculate(seqs, 0, seq1.getLength(), result, false);
  37
  38     // col 0 is 100% C
  39     Hashtable col = result[0];
  40     assertEquals(100f, (Float) col.get(G), 0.0001f);
  41     assertEquals(100f, (Float) col.get(N), 0.0001f);
  42     assertEquals(4, col.get(C));
  43     assertEquals("C", col.get(R));
  44     assertNull(col.get(P));
  45
  46     // col 1 is 75% A
  47     col = result[1];
  48     assertEquals(75f, (Float) col.get(G), 0.0001f);
  49     assertEquals(100f, (Float) col.get(N), 0.0001f);
  50     assertEquals(3, col.get(C));
  51     assertEquals("A", col.get(R));
  52
  53     // col 2 is 50% G 50% C or 25/25 counting gaps
  54     col = result[2];
  55     assertEquals(25f, (Float) col.get(G), 0.0001f);
  56     assertEquals(50f, (Float) col.get(N), 0.0001f);
  57     assertEquals(1, col.get(C));
  58     assertEquals("CG", col.get(R));
  59
  60     // col 3 is 75% T 25% G
  61     col = result[3];
  62     assertEquals(75f, (Float) col.get(G), 0.0001f);
  63     assertEquals(75f, (Float) col.get(N), 0.0001f);
  64     assertEquals(3, col.get(C));
  65     assertEquals("T", col.get(R));
  66   }
  67
  68   @Test
  69   public void testCalculate_withProfile()
  70   {
  71     SequenceI seq1 = new Sequence("Seq1", "CAGT");
  72     SequenceI seq2 = new Sequence("Seq2", "CACT");
  73     SequenceI seq3 = new Sequence("Seq3", "C--G");
  74     SequenceI seq4 = new Sequence("Seq4", "CA-t");
  75     SequenceI[] seqs = new SequenceI[]
  76     { seq1, seq2, seq3, seq4 };
  77     Hashtable[] result = new Hashtable[seq1.getLength()];
  78
  79     AAFrequency.calculate(seqs, 0, seq1.getLength(), result, true);
  80     int[][] profile = (int[][]) result[0].get(P);
  81     assertEquals(4, profile[0]['C']);
  82     assertEquals(4, profile[1][0]); // no of seqs
  83     assertEquals(4, profile[1][1]); // nongapped in column
  84
  85     profile = (int[][]) result[1].get(P);
  86     assertEquals(3, profile[0]['A']);
  87     assertEquals(4, profile[1][0]);
  88     assertEquals(3, profile[1][1]);
  89
  90     profile = (int[][]) result[2].get(P);
  91     assertEquals(1, profile[0]['G']);
  92     assertEquals(1, profile[0]['C']);
  93     assertEquals(4, profile[1][0]);
  94     assertEquals(2, profile[1][1]);
  95
  96     profile = (int[][]) result[3].get(P);
  97     assertEquals(3, profile[0]['T']);
  98     assertEquals(1, profile[0]['G']);
  99     assertEquals(4, profile[1][0]);
 100     assertEquals(4, profile[1][1]);
 101   }
 102
 103   @Test
 104   public void testCalculate_withProfileTiming()
 105   {
 106     SequenceI seq1 = new Sequence("Seq1", "CAGT");
 107     SequenceI seq2 = new Sequence("Seq2", "CACT");
 108     SequenceI seq3 = new Sequence("Seq3", "C--G");
 109     SequenceI seq4 = new Sequence("Seq4", "CA-t");
 110     SequenceI[] seqs = new SequenceI[]
 111     { seq1, seq2, seq3, seq4 };
 112     Hashtable[] result = new Hashtable[seq1.getLength()];
 113
 114     // ensure class loaded and initialized
 115     AAFrequency.calculate(seqs, 0, seq1.getLength(), result, true);
 116     int reps = 100000;
 117     long start = System.currentTimeMillis();
 118     for (int i = 0; i < reps; i++)
 119     {
 120       AAFrequency.calculate(seqs, 0, seq1.getLength(), result, true);
 121     }
 122     System.out.println(System.currentTimeMillis() - start);
 123   }
 124
 125   @Test
 126   public void testGetPercentageFormat()
 127   {
 128     assertNull(AAFrequency.getPercentageFormat(0));
 129     assertNull(AAFrequency.getPercentageFormat(99));
 130     assertEquals("%3.1f", AAFrequency.getPercentageFormat(100).toString());
 131     assertEquals("%3.1f", AAFrequency.getPercentageFormat(999).toString());
 132     assertEquals("%3.2f", AAFrequency.getPercentageFormat(1000).toString());
 133     assertEquals("%3.2f", AAFrequency.getPercentageFormat(9999).toString());
 134   }
 135 }