test/jalview/analysis/AlignmentUtilsTests.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.2)
   3  * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   4  *
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  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
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  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.analysis;
  22
  23 import static org.junit.Assert.assertTrue;
  24
  25 import org.junit.Test;
  26
  27 import jalview.datamodel.Alignment;
  28 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  29 import jalview.datamodel.Sequence;
  30 import jalview.datamodel.SequenceI;
  31 import jalview.io.AppletFormatAdapter;
  32
  33 public class AlignmentUtilsTests
  34 {
  35   public static Sequence ts=new Sequence("short","ASDASDASDASDASDASDASDASDASDASDASDASDASD");
  36   @Test
  37   public void testExpandFlanks()
  38   {
  39     AlignmentI al = new Alignment(new Sequence[] {});
  40     for (int i=4;i<14;i+=3)
  41     {
  42       SequenceI s1=ts.deriveSequence().getSubSequence(i, i+7);
  43       al.addSequence(s1);
  44     }
  45     System.out.println(new AppletFormatAdapter().formatSequences("Clustal", al, true));
  46     for (int flnk=-1;flnk<25; flnk++)
  47     {
  48       AlignmentI exp;
  49       System.out.println("\nFlank size: "+flnk);
  50       System.out.println(new AppletFormatAdapter().formatSequences("Clustal", exp=AlignmentUtils.expandContext(al, flnk), true));
  51       if (flnk==-1) {
  52         for (SequenceI sq:exp.getSequences())
  53       {
  54           String ung = sq.getSequenceAsString().replaceAll("-+", "");
  55           assertTrue("Flanking sequence not the same as original dataset sequence.\n"+ung+"\n"+sq.getDatasetSequence().getSequenceAsString(),ung.equalsIgnoreCase(sq.getDatasetSequence().getSequenceAsString()));
  56       }
  57       }
  58     }
  59   }
  60 }