test/jalview/analysis/AlignmentUtilsTests.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.analysis;
  22
  23 import static org.testng.AssertJUnit.assertEquals;
  24 import static org.testng.AssertJUnit.assertFalse;
  25 import static org.testng.AssertJUnit.assertNull;
  26 import static org.testng.AssertJUnit.assertSame;
  27 import static org.testng.AssertJUnit.assertTrue;
  28
  29 import jalview.datamodel.AlignedCodonFrame;
  30 import jalview.datamodel.Alignment;
  31 import jalview.datamodel.AlignmentAnnotation;
  32 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  33 import jalview.datamodel.Annotation;
  34 import jalview.datamodel.DBRefEntry;
  35 import jalview.datamodel.Mapping;
  36 import jalview.datamodel.SearchResults;
  37 import jalview.datamodel.SearchResults.Match;
  38 import jalview.datamodel.Sequence;
  39 import jalview.datamodel.SequenceFeature;
  40 import jalview.datamodel.SequenceI;
  41 import jalview.io.AppletFormatAdapter;
  42 import jalview.io.FormatAdapter;
  43 import jalview.util.MapList;
  44 import jalview.util.MappingUtils;
  45
  46 import java.io.IOException;
  47 import java.util.ArrayList;
  48 import java.util.Arrays;
  49 import java.util.Iterator;
  50 import java.util.LinkedHashMap;
  51 import java.util.List;
  52 import java.util.Map;
  53 import java.util.TreeMap;
  54
  55 import org.testng.annotations.Test;
  56
  57 public class AlignmentUtilsTests
  58 {
  59   public static Sequence ts = new Sequence("short",
  60           "ABCDEFGHIJKLMNOPQRSTUVWXYZabcdefghijklm");
  61
  62   @Test(groups = { "Functional" })
  63   public void testExpandContext()
  64   {
  65     AlignmentI al = new Alignment(new Sequence[] {});
  66     for (int i = 4; i < 14; i += 2)
  67     {
  68       SequenceI s1 = ts.deriveSequence().getSubSequence(i, i + 7);
  69       al.addSequence(s1);
  70     }
  71     System.out.println(new AppletFormatAdapter().formatSequences("Clustal",
  72             al, true));
  73     for (int flnk = -1; flnk < 25; flnk++)
  74     {
  75       AlignmentI exp = AlignmentUtils.expandContext(al, flnk);
  76       System.out.println("\nFlank size: " + flnk);
  77       System.out.println(new AppletFormatAdapter().formatSequences(
  78               "Clustal", exp, true));
  79       if (flnk == -1)
  80       {
  81         /*
  82          * Full expansion to complete sequences
  83          */
  84         for (SequenceI sq : exp.getSequences())
  85         {
  86           String ung = sq.getSequenceAsString().replaceAll("-+", "");
  87           final String errorMsg = "Flanking sequence not the same as original dataset sequence.\n"
  88                   + ung
  89                   + "\n"
  90                   + sq.getDatasetSequence().getSequenceAsString();
  91           assertTrue(errorMsg, ung.equalsIgnoreCase(sq.getDatasetSequence()
  92                   .getSequenceAsString()));
  93         }
  94       }
  95       else if (flnk == 24)
  96       {
  97         /*
  98          * Last sequence is fully expanded, others have leading gaps to match
  99          */
 100         assertTrue(exp.getSequenceAt(4).getSequenceAsString()
 101                 .startsWith("abc"));
 102         assertTrue(exp.getSequenceAt(3).getSequenceAsString()
 103                 .startsWith("--abc"));
 104         assertTrue(exp.getSequenceAt(2).getSequenceAsString()
 105                 .startsWith("----abc"));
 106         assertTrue(exp.getSequenceAt(1).getSequenceAsString()
 107                 .startsWith("------abc"));
 108         assertTrue(exp.getSequenceAt(0).getSequenceAsString()
 109                 .startsWith("--------abc"));
 110       }
 111     }
 112   }
 113
 114   /**
 115    * Test that annotations are correctly adjusted by expandContext
 116    */
 117   @Test(groups = { "Functional" })
 118   public void testExpandContext_annotation()
 119   {
 120     AlignmentI al = new Alignment(new Sequence[] {});
 121     SequenceI ds = new Sequence("Seq1", "ABCDEFGHI");
 122     // subsequence DEF:
 123     SequenceI seq1 = ds.deriveSequence().getSubSequence(3, 6);
 124     al.addSequence(seq1);
 125
 126     /*
 127      * Annotate DEF with 4/5/6 respectively
 128      */
 129     Annotation[] anns = new Annotation[] { new Annotation(4),
 130         new Annotation(5), new Annotation(6) };
 131     AlignmentAnnotation ann = new AlignmentAnnotation("SS",
 132             "secondary structure", anns);
 133     seq1.addAlignmentAnnotation(ann);
 134
 135     /*
 136      * The annotations array should match aligned positions
 137      */
 138     assertEquals(3, ann.annotations.length);
 139     assertEquals(4, ann.annotations[0].value, 0.001);
 140     assertEquals(5, ann.annotations[1].value, 0.001);
 141     assertEquals(6, ann.annotations[2].value, 0.001);
 142
 143     /*
 144      * Check annotation to sequence position mappings before expanding the
 145      * sequence; these are set up in Sequence.addAlignmentAnnotation ->
 146      * Annotation.setSequenceRef -> createSequenceMappings
 147      */
 148     assertNull(ann.getAnnotationForPosition(1));
 149     assertNull(ann.getAnnotationForPosition(2));
 150     assertNull(ann.getAnnotationForPosition(3));
 151     assertEquals(4, ann.getAnnotationForPosition(4).value, 0.001);
 152     assertEquals(5, ann.getAnnotationForPosition(5).value, 0.001);
 153     assertEquals(6, ann.getAnnotationForPosition(6).value, 0.001);
 154     assertNull(ann.getAnnotationForPosition(7));
 155     assertNull(ann.getAnnotationForPosition(8));
 156     assertNull(ann.getAnnotationForPosition(9));
 157
 158     /*
 159      * Expand the subsequence to the full sequence abcDEFghi
 160      */
 161     AlignmentI expanded = AlignmentUtils.expandContext(al, -1);
 162     assertEquals("abcDEFghi", expanded.getSequenceAt(0)
 163             .getSequenceAsString());
 164
 165     /*
 166      * Confirm the alignment and sequence have the same SS annotation,
 167      * referencing the expanded sequence
 168      */
 169     ann = expanded.getSequenceAt(0).getAnnotation()[0];
 170     assertSame(ann, expanded.getAlignmentAnnotation()[0]);
 171     assertSame(expanded.getSequenceAt(0), ann.sequenceRef);
 172
 173     /*
 174      * The annotations array should have null values except for annotated
 175      * positions
 176      */
 177     assertNull(ann.annotations[0]);
 178     assertNull(ann.annotations[1]);
 179     assertNull(ann.annotations[2]);
 180     assertEquals(4, ann.annotations[3].value, 0.001);
 181     assertEquals(5, ann.annotations[4].value, 0.001);
 182     assertEquals(6, ann.annotations[5].value, 0.001);
 183     assertNull(ann.annotations[6]);
 184     assertNull(ann.annotations[7]);
 185     assertNull(ann.annotations[8]);
 186
 187     /*
 188      * sequence position mappings should be unchanged
 189      */
 190     assertNull(ann.getAnnotationForPosition(1));
 191     assertNull(ann.getAnnotationForPosition(2));
 192     assertNull(ann.getAnnotationForPosition(3));
 193     assertEquals(4, ann.getAnnotationForPosition(4).value, 0.001);
 194     assertEquals(5, ann.getAnnotationForPosition(5).value, 0.001);
 195     assertEquals(6, ann.getAnnotationForPosition(6).value, 0.001);
 196     assertNull(ann.getAnnotationForPosition(7));
 197     assertNull(ann.getAnnotationForPosition(8));
 198     assertNull(ann.getAnnotationForPosition(9));
 199   }
 200
 201   /**
 202    * Test method that returns a map of lists of sequences by sequence name.
 203    *
 204    * @throws IOException
 205    */
 206   @Test(groups = { "Functional" })
 207   public void testGetSequencesByName() throws IOException
 208   {
 209     final String data = ">Seq1Name\nKQYL\n" + ">Seq2Name\nRFPW\n"
 210             + ">Seq1Name\nABCD\n";
 211     AlignmentI al = loadAlignment(data, "FASTA");
 212     Map<String, List<SequenceI>> map = AlignmentUtils
 213             .getSequencesByName(al);
 214     assertEquals(2, map.keySet().size());
 215     assertEquals(2, map.get("Seq1Name").size());
 216     assertEquals("KQYL", map.get("Seq1Name").get(0).getSequenceAsString());
 217     assertEquals("ABCD", map.get("Seq1Name").get(1).getSequenceAsString());
 218     assertEquals(1, map.get("Seq2Name").size());
 219     assertEquals("RFPW", map.get("Seq2Name").get(0).getSequenceAsString());
 220   }
 221
 222   /**
 223    * Helper method to load an alignment and ensure dataset sequences are set up.
 224    *
 225    * @param data
 226    * @param format
 227    *          TODO
 228    * @return
 229    * @throws IOException
 230    */
 231   protected AlignmentI loadAlignment(final String data, String format)
 232           throws IOException
 233   {
 234     AlignmentI a = new FormatAdapter().readFile(data,
 235             AppletFormatAdapter.PASTE, format);
 236     a.setDataset(null);
 237     return a;
 238   }
 239
 240   /**
 241    * Test mapping of protein to cDNA, for the case where we have no sequence
 242    * cross-references, so mappings are made first-served 1-1 where sequences
 243    * translate.
 244    *
 245    * @throws IOException
 246    */
 247   @Test(groups = { "Functional" })
 248   public void testMapProteinAlignmentToCdna_noXrefs() throws IOException
 249   {
 250     List<SequenceI> protseqs = new ArrayList<SequenceI>();
 251     protseqs.add(new Sequence("UNIPROT|V12345", "EIQ"));
 252     protseqs.add(new Sequence("UNIPROT|V12346", "EIQ"));
 253     protseqs.add(new Sequence("UNIPROT|V12347", "SAR"));
 254     AlignmentI protein = new Alignment(protseqs.toArray(new SequenceI[3]));
 255     protein.setDataset(null);
 256
 257     List<SequenceI> dnaseqs = new ArrayList<SequenceI>();
 258     dnaseqs.add(new Sequence("EMBL|A11111", "TCAGCACGC")); // = SAR
 259     dnaseqs.add(new Sequence("EMBL|A22222", "GAGATACAA")); // = EIQ
 260     dnaseqs.add(new Sequence("EMBL|A33333", "GAAATCCAG")); // = EIQ
 261     dnaseqs.add(new Sequence("EMBL|A44444", "GAAATTCAG")); // = EIQ
 262     AlignmentI cdna = new Alignment(dnaseqs.toArray(new SequenceI[4]));
 263     cdna.setDataset(null);
 264
 265     assertTrue(AlignmentUtils.mapProteinAlignmentToCdna(protein, cdna));
 266
 267     // 3 mappings made, each from 1 to 1 sequence
 268     assertEquals(3, protein.getCodonFrames().size());
 269     assertEquals(1, protein.getCodonFrame(protein.getSequenceAt(0)).size());
 270     assertEquals(1, protein.getCodonFrame(protein.getSequenceAt(1)).size());
 271     assertEquals(1, protein.getCodonFrame(protein.getSequenceAt(2)).size());
 272
 273     // V12345 mapped to A22222
 274     AlignedCodonFrame acf = protein.getCodonFrame(protein.getSequenceAt(0))
 275             .get(0);
 276     assertEquals(1, acf.getdnaSeqs().length);
 277     assertEquals(cdna.getSequenceAt(1).getDatasetSequence(),
 278             acf.getdnaSeqs()[0]);
 279     Mapping[] protMappings = acf.getProtMappings();
 280     assertEquals(1, protMappings.length);
 281     MapList mapList = protMappings[0].getMap();
 282     assertEquals(3, mapList.getFromRatio());
 283     assertEquals(1, mapList.getToRatio());
 284     assertTrue(Arrays.equals(new int[] { 1, 9 }, mapList.getFromRanges()
 285             .get(0)));
 286     assertEquals(1, mapList.getFromRanges().size());
 287     assertTrue(Arrays.equals(new int[] { 1, 3 },
 288             mapList.getToRanges().get(0)));
 289     assertEquals(1, mapList.getToRanges().size());
 290
 291     // V12346 mapped to A33333
 292     acf = protein.getCodonFrame(protein.getSequenceAt(1)).get(0);
 293     assertEquals(1, acf.getdnaSeqs().length);
 294     assertEquals(cdna.getSequenceAt(2).getDatasetSequence(),
 295             acf.getdnaSeqs()[0]);
 296
 297     // V12347 mapped to A11111
 298     acf = protein.getCodonFrame(protein.getSequenceAt(2)).get(0);
 299     assertEquals(1, acf.getdnaSeqs().length);
 300     assertEquals(cdna.getSequenceAt(0).getDatasetSequence(),
 301             acf.getdnaSeqs()[0]);
 302
 303     // no mapping involving the 'extra' A44444
 304     assertTrue(protein.getCodonFrame(cdna.getSequenceAt(3)).isEmpty());
 305   }
 306
 307   /**
 308    * Test for the alignSequenceAs method that takes two sequences and a mapping.
 309    */
 310   @Test(groups = { "Functional" })
 311   public void testAlignSequenceAs_withMapping_noIntrons()
 312   {
 313     MapList map = new MapList(new int[] { 1, 6 }, new int[] { 1, 2 }, 3, 1);
 314
 315     /*
 316      * No existing gaps in dna:
 317      */
 318     checkAlignSequenceAs("GGGAAA", "-A-L-", false, false, map,
 319             "---GGG---AAA");
 320
 321     /*
 322      * Now introduce gaps in dna but ignore them when realigning.
 323      */
 324     checkAlignSequenceAs("-G-G-G-A-A-A-", "-A-L-", false, false, map,
 325             "---GGG---AAA");
 326
 327     /*
 328      * Now include gaps in dna when realigning. First retaining 'mapped' gaps
 329      * only, i.e. those within the exon region.
 330      */
 331     checkAlignSequenceAs("-G-G--G-A--A-A-", "-A-L-", true, false, map,
 332             "---G-G--G---A--A-A");
 333
 334     /*
 335      * Include all gaps in dna when realigning (within and without the exon
 336      * region). The leading gap, and the gaps between codons, are subsumed by
 337      * the protein alignment gap.
 338      */
 339     checkAlignSequenceAs("-G-GG--AA-A---", "-A-L-", true, true, map,
 340             "---G-GG---AA-A---");
 341
 342     /*
 343      * Include only unmapped gaps in dna when realigning (outside the exon
 344      * region). The leading gap, and the gaps between codons, are subsumed by
 345      * the protein alignment gap.
 346      */
 347     checkAlignSequenceAs("-G-GG--AA-A-", "-A-L-", false, true, map,
 348             "---GGG---AAA---");
 349   }
 350
 351   /**
 352    * Test for the alignSequenceAs method that takes two sequences and a mapping.
 353    */
 354   @Test(groups = { "Functional" })
 355   public void testAlignSequenceAs_withMapping_withIntrons()
 356   {
 357     /*
 358      * Exons at codon 2 (AAA) and 4 (TTT)
 359      */
 360     MapList map = new MapList(new int[] { 4, 6, 10, 12 },
 361             new int[] { 1, 2 }, 3, 1);
 362
 363     /*
 364      * Simple case: no gaps in dna
 365      */
 366     checkAlignSequenceAs("GGGAAACCCTTTGGG", "--A-L-", false, false, map,
 367             "GGG---AAACCCTTTGGG");
 368
 369     /*
 370      * Add gaps to dna - but ignore when realigning.
 371      */
 372     checkAlignSequenceAs("-G-G-G--A--A---AC-CC-T-TT-GG-G-", "--A-L-",
 373             false, false, map, "GGG---AAACCCTTTGGG");
 374
 375     /*
 376      * Add gaps to dna - include within exons only when realigning.
 377      */
 378     checkAlignSequenceAs("-G-G-G--A--A---A-C-CC-T-TT-GG-G-", "--A-L-",
 379             true, false, map, "GGG---A--A---ACCCT-TTGGG");
 380
 381     /*
 382      * Include gaps outside exons only when realigning.
 383      */
 384     checkAlignSequenceAs("-G-G-G--A--A---A-C-CC-T-TT-GG-G-", "--A-L-",
 385             false, true, map, "-G-G-GAAAC-CCTTT-GG-G-");
 386
 387     /*
 388      * Include gaps following first intron if we are 'preserving mapped gaps'
 389      */
 390     checkAlignSequenceAs("-G-G-G--A--A---A-C-CC-T-TT-GG-G-", "--A-L-",
 391             true, true, map, "-G-G-G--A--A---A-C-CC-T-TT-GG-G-");
 392
 393     /*
 394      * Include all gaps in dna when realigning.
 395      */
 396     checkAlignSequenceAs("-G-G-G--A--A---A-C-CC-T-TT-GG-G-", "--A-L-",
 397             true, true, map, "-G-G-G--A--A---A-C-CC-T-TT-GG-G-");
 398   }
 399
 400   /**
 401    * Test for the case where not all of the protein sequence is mapped to cDNA.
 402    */
 403   @Test(groups = { "Functional" })
 404   public void testAlignSequenceAs_withMapping_withUnmappedProtein()
 405   {
 406     /*
 407      * Exons at codon 2 (AAA) and 4 (TTT) mapped to A and P
 408      */
 409     final MapList map = new MapList(new int[] { 4, 6, 10, 12 }, new int[] {
 410         1, 1, 3, 3 }, 3, 1);
 411
 412     /*
 413      * -L- 'aligns' ccc------
 414      */
 415     checkAlignSequenceAs("gggAAAcccTTTggg", "-A-L-P-", false, false, map,
 416             "gggAAAccc------TTTggg");
 417   }
 418
 419   /**
 420    * Helper method that performs and verifies the method under test.
 421    *
 422    * @param alignee
 423    *          the sequence to be realigned
 424    * @param alignModel
 425    *          the sequence whose alignment is to be copied
 426    * @param preserveMappedGaps
 427    * @param preserveUnmappedGaps
 428    * @param map
 429    * @param expected
 430    */
 431   protected void checkAlignSequenceAs(final String alignee,
 432           final String alignModel, final boolean preserveMappedGaps,
 433           final boolean preserveUnmappedGaps, MapList map,
 434           final String expected)
 435   {
 436     SequenceI alignMe = new Sequence("Seq1", alignee);
 437     alignMe.createDatasetSequence();
 438     SequenceI alignFrom = new Sequence("Seq2", alignModel);
 439     alignFrom.createDatasetSequence();
 440     AlignedCodonFrame acf = new AlignedCodonFrame();
 441     acf.addMap(alignMe.getDatasetSequence(), alignFrom.getDatasetSequence(), map);
 442
 443     AlignmentUtils.alignSequenceAs(alignMe, alignFrom, acf, "---", '-',
 444             preserveMappedGaps, preserveUnmappedGaps);
 445     assertEquals(expected, alignMe.getSequenceAsString());
 446   }
 447
 448   /**
 449    * Test for the alignSequenceAs method where we preserve gaps in introns only.
 450    */
 451   @Test(groups = { "Functional" })
 452   public void testAlignSequenceAs_keepIntronGapsOnly()
 453   {
 454
 455     /*
 456      * Intron GGGAAA followed by exon CCCTTT
 457      */
 458     MapList map = new MapList(new int[] { 7, 12 }, new int[] { 1, 2 }, 3, 1);
 459
 460     checkAlignSequenceAs("GG-G-AA-A-C-CC-T-TT", "AL", false, true, map,
 461             "GG-G-AA-ACCCTTT");
 462   }
 463
 464   /**
 465    * Test the method that realigns protein to match mapped codon alignment.
 466    */
 467   @Test(groups = { "Functional" })
 468   public void testAlignProteinAsDna()
 469   {
 470     // seq1 codons are [1,2,3] [4,5,6] [7,8,9] [10,11,12]
 471     SequenceI dna1 = new Sequence("Seq1", "TGCCATTACCAG-");
 472     // seq2 codons are [1,3,4] [5,6,7] [8,9,10] [11,12,13]
 473     SequenceI dna2 = new Sequence("Seq2", "T-GCCATTACCAG");
 474     // seq3 codons are [1,2,3] [4,5,7] [8,9,10] [11,12,13]
 475     SequenceI dna3 = new Sequence("Seq3", "TGCCA-TTACCAG");
 476     AlignmentI dna = new Alignment(new SequenceI[] { dna1, dna2, dna3 });
 477     dna.setDataset(null);
 478
 479     // protein alignment will be realigned like dna
 480     SequenceI prot1 = new Sequence("Seq1", "CHYQ");
 481     SequenceI prot2 = new Sequence("Seq2", "CHYQ");
 482     SequenceI prot3 = new Sequence("Seq3", "CHYQ");
 483     SequenceI prot4 = new Sequence("Seq4", "R-QSV"); // unmapped, unchanged
 484     AlignmentI protein = new Alignment(new SequenceI[] { prot1, prot2,
 485         prot3, prot4 });
 486     protein.setDataset(null);
 487
 488     MapList map = new MapList(new int[] { 1, 12 }, new int[] { 1, 4 }, 3, 1);
 489     AlignedCodonFrame acf = new AlignedCodonFrame();
 490     acf.addMap(dna1.getDatasetSequence(), prot1.getDatasetSequence(), map);
 491     acf.addMap(dna2.getDatasetSequence(), prot2.getDatasetSequence(), map);
 492     acf.addMap(dna3.getDatasetSequence(), prot3.getDatasetSequence(), map);
 493     ArrayList<AlignedCodonFrame> acfs = new ArrayList<AlignedCodonFrame>();
 494     acfs.add(acf);
 495     protein.setCodonFrames(acfs);
 496
 497     /*
 498      * Translated codon order is [1,2,3] [1,3,4] [4,5,6] [4,5,7] [5,6,7] [7,8,9]
 499      * [8,9,10] [10,11,12] [11,12,13]
 500      */
 501     AlignmentUtils.alignProteinAsDna(protein, dna);
 502     assertEquals("C-H--Y-Q-", prot1.getSequenceAsString());
 503     assertEquals("-C--H-Y-Q", prot2.getSequenceAsString());
 504     assertEquals("C--H--Y-Q", prot3.getSequenceAsString());
 505     assertEquals("R-QSV", prot4.getSequenceAsString());
 506   }
 507
 508   /**
 509    * Test the method that tests whether a CDNA sequence translates to a protein
 510    * sequence
 511    */
 512   @Test(groups = { "Functional" })
 513   public void testTranslatesAs()
 514   {
 515     // null arguments check
 516     assertFalse(AlignmentUtils.translatesAs(null, 0, null));
 517     assertFalse(AlignmentUtils.translatesAs(new char[] { 't' }, 0, null));
 518     assertFalse(AlignmentUtils.translatesAs(null, 0, new char[] { 'a' }));
 519
 520     // straight translation
 521     assertTrue(AlignmentUtils.translatesAs("tttcccaaaggg".toCharArray(), 0,
 522             "FPKG".toCharArray()));
 523     // with extra start codon (not in protein)
 524     assertTrue(AlignmentUtils.translatesAs("atgtttcccaaaggg".toCharArray(),
 525             3, "FPKG".toCharArray()));
 526     // with stop codon1 (not in protein)
 527     assertTrue(AlignmentUtils.translatesAs("tttcccaaagggtaa".toCharArray(),
 528             0, "FPKG".toCharArray()));
 529     // with stop codon1 (in protein as *)
 530     assertTrue(AlignmentUtils.translatesAs("tttcccaaagggtaa".toCharArray(),
 531             0, "FPKG*".toCharArray()));
 532     // with stop codon2 (not in protein)
 533     assertTrue(AlignmentUtils.translatesAs("tttcccaaagggtag".toCharArray(),
 534             0, "FPKG".toCharArray()));
 535     // with stop codon3 (not in protein)
 536     assertTrue(AlignmentUtils.translatesAs("tttcccaaagggtga".toCharArray(),
 537             0, "FPKG".toCharArray()));
 538     // with start and stop codon1
 539     assertTrue(AlignmentUtils.translatesAs(
 540             "atgtttcccaaagggtaa".toCharArray(), 3, "FPKG".toCharArray()));
 541     // with start and stop codon1 (in protein as *)
 542     assertTrue(AlignmentUtils.translatesAs(
 543             "atgtttcccaaagggtaa".toCharArray(), 3, "FPKG*".toCharArray()));
 544     // with start and stop codon2
 545     assertTrue(AlignmentUtils.translatesAs(
 546             "atgtttcccaaagggtag".toCharArray(), 3, "FPKG".toCharArray()));
 547     // with start and stop codon3
 548     assertTrue(AlignmentUtils.translatesAs(
 549             "atgtttcccaaagggtga".toCharArray(), 3, "FPKG".toCharArray()));
 550
 551     // with embedded stop codons
 552     assertTrue(AlignmentUtils.translatesAs(
 553             "atgtttTAGcccaaaTAAgggtga".toCharArray(), 3,
 554             "F*PK*G".toCharArray()));
 555
 556     // wrong protein
 557     assertFalse(AlignmentUtils.translatesAs("tttcccaaaggg".toCharArray(),
 558             0, "FPMG".toCharArray()));
 559
 560     // truncated dna
 561     assertFalse(AlignmentUtils.translatesAs("tttcccaaagg".toCharArray(), 0,
 562             "FPKG".toCharArray()));
 563
 564     // truncated protein
 565     assertFalse(AlignmentUtils.translatesAs("tttcccaaaggg".toCharArray(),
 566             0, "FPK".toCharArray()));
 567
 568     // overlong dna (doesn't end in stop codon)
 569     assertFalse(AlignmentUtils.translatesAs(
 570             "tttcccaaagggttt".toCharArray(), 0, "FPKG".toCharArray()));
 571
 572     // dna + stop codon + more
 573     assertFalse(AlignmentUtils.translatesAs(
 574             "tttcccaaagggttaga".toCharArray(), 0, "FPKG".toCharArray()));
 575
 576     // overlong protein
 577     assertFalse(AlignmentUtils.translatesAs("tttcccaaaggg".toCharArray(),
 578             0, "FPKGQ".toCharArray()));
 579   }
 580
 581   /**
 582    * Test mapping of protein to cDNA, for cases where the cDNA has start and/or
 583    * stop codons in addition to the protein coding sequence.
 584    *
 585    * @throws IOException
 586    */
 587   @Test(groups = { "Functional" })
 588   public void testMapProteinAlignmentToCdna_withStartAndStopCodons()
 589           throws IOException
 590   {
 591     List<SequenceI> protseqs = new ArrayList<SequenceI>();
 592     protseqs.add(new Sequence("UNIPROT|V12345", "EIQ"));
 593     protseqs.add(new Sequence("UNIPROT|V12346", "EIQ"));
 594     protseqs.add(new Sequence("UNIPROT|V12347", "SAR"));
 595     AlignmentI protein = new Alignment(protseqs.toArray(new SequenceI[3]));
 596     protein.setDataset(null);
 597
 598     List<SequenceI> dnaseqs = new ArrayList<SequenceI>();
 599     // start + SAR:
 600     dnaseqs.add(new Sequence("EMBL|A11111", "ATGTCAGCACGC"));
 601     // = EIQ + stop
 602     dnaseqs.add(new Sequence("EMBL|A22222", "GAGATACAATAA"));
 603     // = start +EIQ + stop
 604     dnaseqs.add(new Sequence("EMBL|A33333", "ATGGAAATCCAGTAG"));
 605     dnaseqs.add(new Sequence("EMBL|A44444", "GAAATTCAG"));
 606     AlignmentI cdna = new Alignment(dnaseqs.toArray(new SequenceI[4]));
 607     cdna.setDataset(null);
 608
 609     assertTrue(AlignmentUtils.mapProteinAlignmentToCdna(protein, cdna));
 610
 611     // 3 mappings made, each from 1 to 1 sequence
 612     assertEquals(3, protein.getCodonFrames().size());
 613     assertEquals(1, protein.getCodonFrame(protein.getSequenceAt(0)).size());
 614     assertEquals(1, protein.getCodonFrame(protein.getSequenceAt(1)).size());
 615     assertEquals(1, protein.getCodonFrame(protein.getSequenceAt(2)).size());
 616
 617     // V12345 mapped from A22222
 618     AlignedCodonFrame acf = protein.getCodonFrame(protein.getSequenceAt(0))
 619             .get(0);
 620     assertEquals(1, acf.getdnaSeqs().length);
 621     assertEquals(cdna.getSequenceAt(1).getDatasetSequence(),
 622             acf.getdnaSeqs()[0]);
 623     Mapping[] protMappings = acf.getProtMappings();
 624     assertEquals(1, protMappings.length);
 625     MapList mapList = protMappings[0].getMap();
 626     assertEquals(3, mapList.getFromRatio());
 627     assertEquals(1, mapList.getToRatio());
 628     assertTrue(Arrays.equals(new int[] { 1, 9 }, mapList.getFromRanges()
 629             .get(0)));
 630     assertEquals(1, mapList.getFromRanges().size());
 631     assertTrue(Arrays.equals(new int[] { 1, 3 },
 632             mapList.getToRanges().get(0)));
 633     assertEquals(1, mapList.getToRanges().size());
 634
 635     // V12346 mapped from A33333 starting position 4
 636     acf = protein.getCodonFrame(protein.getSequenceAt(1)).get(0);
 637     assertEquals(1, acf.getdnaSeqs().length);
 638     assertEquals(cdna.getSequenceAt(2).getDatasetSequence(),
 639             acf.getdnaSeqs()[0]);
 640     protMappings = acf.getProtMappings();
 641     assertEquals(1, protMappings.length);
 642     mapList = protMappings[0].getMap();
 643     assertEquals(3, mapList.getFromRatio());
 644     assertEquals(1, mapList.getToRatio());
 645     assertTrue(Arrays.equals(new int[] { 4, 12 }, mapList.getFromRanges()
 646             .get(0)));
 647     assertEquals(1, mapList.getFromRanges().size());
 648     assertTrue(Arrays.equals(new int[] { 1, 3 },
 649             mapList.getToRanges().get(0)));
 650     assertEquals(1, mapList.getToRanges().size());
 651
 652     // V12347 mapped to A11111 starting position 4
 653     acf = protein.getCodonFrame(protein.getSequenceAt(2)).get(0);
 654     assertEquals(1, acf.getdnaSeqs().length);
 655     assertEquals(cdna.getSequenceAt(0).getDatasetSequence(),
 656             acf.getdnaSeqs()[0]);
 657     protMappings = acf.getProtMappings();
 658     assertEquals(1, protMappings.length);
 659     mapList = protMappings[0].getMap();
 660     assertEquals(3, mapList.getFromRatio());
 661     assertEquals(1, mapList.getToRatio());
 662     assertTrue(Arrays.equals(new int[] { 4, 12 }, mapList.getFromRanges()
 663             .get(0)));
 664     assertEquals(1, mapList.getFromRanges().size());
 665     assertTrue(Arrays.equals(new int[] { 1, 3 },
 666             mapList.getToRanges().get(0)));
 667     assertEquals(1, mapList.getToRanges().size());
 668
 669     // no mapping involving the 'extra' A44444
 670     assertTrue(protein.getCodonFrame(cdna.getSequenceAt(3)).isEmpty());
 671   }
 672
 673   /**
 674    * Test mapping of protein to cDNA, for the case where we have some sequence
 675    * cross-references. Verify that 1-to-many mappings are made where
 676    * cross-references exist and sequences are mappable.
 677    *
 678    * @throws IOException
 679    */
 680   @Test(groups = { "Functional" })
 681   public void testMapProteinAlignmentToCdna_withXrefs() throws IOException
 682   {
 683     List<SequenceI> protseqs = new ArrayList<SequenceI>();
 684     protseqs.add(new Sequence("UNIPROT|V12345", "EIQ"));
 685     protseqs.add(new Sequence("UNIPROT|V12346", "EIQ"));
 686     protseqs.add(new Sequence("UNIPROT|V12347", "SAR"));
 687     AlignmentI protein = new Alignment(protseqs.toArray(new SequenceI[3]));
 688     protein.setDataset(null);
 689
 690     List<SequenceI> dnaseqs = new ArrayList<SequenceI>();
 691     dnaseqs.add(new Sequence("EMBL|A11111", "TCAGCACGC")); // = SAR
 692     dnaseqs.add(new Sequence("EMBL|A22222", "ATGGAGATACAA")); // = start + EIQ
 693     dnaseqs.add(new Sequence("EMBL|A33333", "GAAATCCAG")); // = EIQ
 694     dnaseqs.add(new Sequence("EMBL|A44444", "GAAATTCAG")); // = EIQ
 695     dnaseqs.add(new Sequence("EMBL|A55555", "GAGATTCAG")); // = EIQ
 696     AlignmentI cdna = new Alignment(dnaseqs.toArray(new SequenceI[5]));
 697     cdna.setDataset(null);
 698
 699     // Xref A22222 to V12345 (should get mapped)
 700     dnaseqs.get(1).addDBRef(new DBRefEntry("UNIPROT", "1", "V12345"));
 701     // Xref V12345 to A44444 (should get mapped)
 702     protseqs.get(0).addDBRef(new DBRefEntry("EMBL", "1", "A44444"));
 703     // Xref A33333 to V12347 (sequence mismatch - should not get mapped)
 704     dnaseqs.get(2).addDBRef(new DBRefEntry("UNIPROT", "1", "V12347"));
 705     // as V12345 is mapped to A22222 and A44444, this leaves V12346 unmapped.
 706     // it should get paired up with the unmapped A33333
 707     // A11111 should be mapped to V12347
 708     // A55555 is spare and has no xref so is not mapped
 709
 710     assertTrue(AlignmentUtils.mapProteinAlignmentToCdna(protein, cdna));
 711
 712     // 4 protein mappings made for 3 proteins, 2 to V12345, 1 each to V12346/7
 713     assertEquals(3, protein.getCodonFrames().size());
 714     assertEquals(1, protein.getCodonFrame(protein.getSequenceAt(0)).size());
 715     assertEquals(1, protein.getCodonFrame(protein.getSequenceAt(1)).size());
 716     assertEquals(1, protein.getCodonFrame(protein.getSequenceAt(2)).size());
 717
 718     // one mapping for each of the first 4 cDNA sequences
 719     assertEquals(1, protein.getCodonFrame(cdna.getSequenceAt(0)).size());
 720     assertEquals(1, protein.getCodonFrame(cdna.getSequenceAt(1)).size());
 721     assertEquals(1, protein.getCodonFrame(cdna.getSequenceAt(2)).size());
 722     assertEquals(1, protein.getCodonFrame(cdna.getSequenceAt(3)).size());
 723
 724     // V12345 mapped to A22222 and A44444
 725     AlignedCodonFrame acf = protein.getCodonFrame(protein.getSequenceAt(0))
 726             .get(0);
 727     assertEquals(2, acf.getdnaSeqs().length);
 728     assertEquals(cdna.getSequenceAt(1).getDatasetSequence(),
 729             acf.getdnaSeqs()[0]);
 730     assertEquals(cdna.getSequenceAt(3).getDatasetSequence(),
 731             acf.getdnaSeqs()[1]);
 732
 733     // V12346 mapped to A33333
 734     acf = protein.getCodonFrame(protein.getSequenceAt(1)).get(0);
 735     assertEquals(1, acf.getdnaSeqs().length);
 736     assertEquals(cdna.getSequenceAt(2).getDatasetSequence(),
 737             acf.getdnaSeqs()[0]);
 738
 739     // V12347 mapped to A11111
 740     acf = protein.getCodonFrame(protein.getSequenceAt(2)).get(0);
 741     assertEquals(1, acf.getdnaSeqs().length);
 742     assertEquals(cdna.getSequenceAt(0).getDatasetSequence(),
 743             acf.getdnaSeqs()[0]);
 744
 745     // no mapping involving the 'extra' A55555
 746     assertTrue(protein.getCodonFrame(cdna.getSequenceAt(4)).isEmpty());
 747   }
 748
 749   /**
 750    * Test mapping of protein to cDNA, for the case where we have some sequence
 751    * cross-references. Verify that once we have made an xref mapping we don't
 752    * also map un-xrefd sequeces.
 753    *
 754    * @throws IOException
 755    */
 756   @Test(groups = { "Functional" })
 757   public void testMapProteinAlignmentToCdna_prioritiseXrefs()
 758           throws IOException
 759   {
 760     List<SequenceI> protseqs = new ArrayList<SequenceI>();
 761     protseqs.add(new Sequence("UNIPROT|V12345", "EIQ"));
 762     protseqs.add(new Sequence("UNIPROT|V12346", "EIQ"));
 763     AlignmentI protein = new Alignment(
 764             protseqs.toArray(new SequenceI[protseqs.size()]));
 765     protein.setDataset(null);
 766
 767     List<SequenceI> dnaseqs = new ArrayList<SequenceI>();
 768     dnaseqs.add(new Sequence("EMBL|A11111", "GAAATCCAG")); // = EIQ
 769     dnaseqs.add(new Sequence("EMBL|A22222", "GAAATTCAG")); // = EIQ
 770     AlignmentI cdna = new Alignment(dnaseqs.toArray(new SequenceI[dnaseqs
 771             .size()]));
 772     cdna.setDataset(null);
 773
 774     // Xref A22222 to V12345 (should get mapped)
 775     // A11111 should then be mapped to the unmapped V12346
 776     dnaseqs.get(1).addDBRef(new DBRefEntry("UNIPROT", "1", "V12345"));
 777
 778     assertTrue(AlignmentUtils.mapProteinAlignmentToCdna(protein, cdna));
 779
 780     // 2 protein mappings made
 781     assertEquals(2, protein.getCodonFrames().size());
 782     assertEquals(1, protein.getCodonFrame(protein.getSequenceAt(0)).size());
 783     assertEquals(1, protein.getCodonFrame(protein.getSequenceAt(1)).size());
 784
 785     // one mapping for each of the cDNA sequences
 786     assertEquals(1, protein.getCodonFrame(cdna.getSequenceAt(0)).size());
 787     assertEquals(1, protein.getCodonFrame(cdna.getSequenceAt(1)).size());
 788
 789     // V12345 mapped to A22222
 790     AlignedCodonFrame acf = protein.getCodonFrame(protein.getSequenceAt(0))
 791             .get(0);
 792     assertEquals(1, acf.getdnaSeqs().length);
 793     assertEquals(cdna.getSequenceAt(1).getDatasetSequence(),
 794             acf.getdnaSeqs()[0]);
 795
 796     // V12346 mapped to A11111
 797     acf = protein.getCodonFrame(protein.getSequenceAt(1)).get(0);
 798     assertEquals(1, acf.getdnaSeqs().length);
 799     assertEquals(cdna.getSequenceAt(0).getDatasetSequence(),
 800             acf.getdnaSeqs()[0]);
 801   }
 802
 803   /**
 804    * Test the method that shows or hides sequence annotations by type(s) and
 805    * selection group.
 806    */
 807   @Test(groups = { "Functional" })
 808   public void testShowOrHideSequenceAnnotations()
 809   {
 810     SequenceI seq1 = new Sequence("Seq1", "AAA");
 811     SequenceI seq2 = new Sequence("Seq2", "BBB");
 812     SequenceI seq3 = new Sequence("Seq3", "CCC");
 813     Annotation[] anns = new Annotation[] { new Annotation(2f) };
 814     AlignmentAnnotation ann1 = new AlignmentAnnotation("Structure", "ann1",
 815             anns);
 816     ann1.setSequenceRef(seq1);
 817     AlignmentAnnotation ann2 = new AlignmentAnnotation("Structure", "ann2",
 818             anns);
 819     ann2.setSequenceRef(seq2);
 820     AlignmentAnnotation ann3 = new AlignmentAnnotation("Structure", "ann3",
 821             anns);
 822     AlignmentAnnotation ann4 = new AlignmentAnnotation("Temp", "ann4", anns);
 823     ann4.setSequenceRef(seq1);
 824     AlignmentAnnotation ann5 = new AlignmentAnnotation("Temp", "ann5", anns);
 825     ann5.setSequenceRef(seq2);
 826     AlignmentAnnotation ann6 = new AlignmentAnnotation("Temp", "ann6", anns);
 827     AlignmentI al = new Alignment(new SequenceI[] { seq1, seq2, seq3 });
 828     al.addAnnotation(ann1); // Structure for Seq1
 829     al.addAnnotation(ann2); // Structure for Seq2
 830     al.addAnnotation(ann3); // Structure for no sequence
 831     al.addAnnotation(ann4); // Temp for seq1
 832     al.addAnnotation(ann5); // Temp for seq2
 833     al.addAnnotation(ann6); // Temp for no sequence
 834     List<String> types = new ArrayList<String>();
 835     List<SequenceI> scope = new ArrayList<SequenceI>();
 836
 837     /*
 838      * Set all sequence related Structure to hidden (ann1, ann2)
 839      */
 840     types.add("Structure");
 841     AlignmentUtils.showOrHideSequenceAnnotations(al, types, null, false,
 842             false);
 843     assertFalse(ann1.visible);
 844     assertFalse(ann2.visible);
 845     assertTrue(ann3.visible); // not sequence-related, not affected
 846     assertTrue(ann4.visible); // not Structure, not affected
 847     assertTrue(ann5.visible); // "
 848     assertTrue(ann6.visible); // not sequence-related, not affected
 849
 850     /*
 851      * Set Temp in {seq1, seq3} to hidden
 852      */
 853     types.clear();
 854     types.add("Temp");
 855     scope.add(seq1);
 856     scope.add(seq3);
 857     AlignmentUtils.showOrHideSequenceAnnotations(al, types, scope, false,
 858             false);
 859     assertFalse(ann1.visible); // unchanged
 860     assertFalse(ann2.visible); // unchanged
 861     assertTrue(ann3.visible); // not sequence-related, not affected
 862     assertFalse(ann4.visible); // Temp for seq1 hidden
 863     assertTrue(ann5.visible); // not in scope, not affected
 864     assertTrue(ann6.visible); // not sequence-related, not affected
 865
 866     /*
 867      * Set Temp in all sequences to hidden
 868      */
 869     types.clear();
 870     types.add("Temp");
 871     scope.add(seq1);
 872     scope.add(seq3);
 873     AlignmentUtils.showOrHideSequenceAnnotations(al, types, null, false,
 874             false);
 875     assertFalse(ann1.visible); // unchanged
 876     assertFalse(ann2.visible); // unchanged
 877     assertTrue(ann3.visible); // not sequence-related, not affected
 878     assertFalse(ann4.visible); // Temp for seq1 hidden
 879     assertFalse(ann5.visible); // Temp for seq2 hidden
 880     assertTrue(ann6.visible); // not sequence-related, not affected
 881
 882     /*
 883      * Set all types in {seq1, seq3} to visible
 884      */
 885     types.clear();
 886     scope.clear();
 887     scope.add(seq1);
 888     scope.add(seq3);
 889     AlignmentUtils.showOrHideSequenceAnnotations(al, types, scope, true,
 890             true);
 891     assertTrue(ann1.visible); // Structure for seq1 set visible
 892     assertFalse(ann2.visible); // not in scope, unchanged
 893     assertTrue(ann3.visible); // not sequence-related, not affected
 894     assertTrue(ann4.visible); // Temp for seq1 set visible
 895     assertFalse(ann5.visible); // not in scope, unchanged
 896     assertTrue(ann6.visible); // not sequence-related, not affected
 897
 898     /*
 899      * Set all types in all scope to hidden
 900      */
 901     AlignmentUtils.showOrHideSequenceAnnotations(al, types, null, true,
 902             false);
 903     assertFalse(ann1.visible);
 904     assertFalse(ann2.visible);
 905     assertTrue(ann3.visible); // not sequence-related, not affected
 906     assertFalse(ann4.visible);
 907     assertFalse(ann5.visible);
 908     assertTrue(ann6.visible); // not sequence-related, not affected
 909   }
 910
 911   /**
 912    * Tests for the method that checks if one sequence cross-references another
 913    */
 914   @Test(groups = { "Functional" })
 915   public void testHasCrossRef()
 916   {
 917     assertFalse(AlignmentUtils.hasCrossRef(null, null));
 918     SequenceI seq1 = new Sequence("EMBL|A12345", "ABCDEF");
 919     assertFalse(AlignmentUtils.hasCrossRef(seq1, null));
 920     assertFalse(AlignmentUtils.hasCrossRef(null, seq1));
 921     SequenceI seq2 = new Sequence("UNIPROT|V20192", "ABCDEF");
 922     assertFalse(AlignmentUtils.hasCrossRef(seq1, seq2));
 923
 924     // different ref
 925     seq1.addDBRef(new DBRefEntry("UNIPROT", "1", "v20193"));
 926     assertFalse(AlignmentUtils.hasCrossRef(seq1, seq2));
 927
 928     // case-insensitive; version number is ignored
 929     seq1.addDBRef(new DBRefEntry("UNIPROT", "1", "v20192"));
 930     assertTrue(AlignmentUtils.hasCrossRef(seq1, seq2));
 931
 932     // right case!
 933     seq1.addDBRef(new DBRefEntry("UNIPROT", "1", "V20192"));
 934     assertTrue(AlignmentUtils.hasCrossRef(seq1, seq2));
 935     // test is one-way only
 936     assertFalse(AlignmentUtils.hasCrossRef(seq2, seq1));
 937   }
 938
 939   /**
 940    * Tests for the method that checks if either sequence cross-references the
 941    * other
 942    */
 943   @Test(groups = { "Functional" })
 944   public void testHaveCrossRef()
 945   {
 946     assertFalse(AlignmentUtils.hasCrossRef(null, null));
 947     SequenceI seq1 = new Sequence("EMBL|A12345", "ABCDEF");
 948     assertFalse(AlignmentUtils.haveCrossRef(seq1, null));
 949     assertFalse(AlignmentUtils.haveCrossRef(null, seq1));
 950     SequenceI seq2 = new Sequence("UNIPROT|V20192", "ABCDEF");
 951     assertFalse(AlignmentUtils.haveCrossRef(seq1, seq2));
 952
 953     seq1.addDBRef(new DBRefEntry("UNIPROT", "1", "V20192"));
 954     assertTrue(AlignmentUtils.haveCrossRef(seq1, seq2));
 955     // next is true for haveCrossRef, false for hasCrossRef
 956     assertTrue(AlignmentUtils.haveCrossRef(seq2, seq1));
 957
 958     // now the other way round
 959     seq1.setDBRefs(null);
 960     seq2.addDBRef(new DBRefEntry("EMBL", "1", "A12345"));
 961     assertTrue(AlignmentUtils.haveCrossRef(seq1, seq2));
 962     assertTrue(AlignmentUtils.haveCrossRef(seq2, seq1));
 963
 964     // now both ways
 965     seq1.addDBRef(new DBRefEntry("UNIPROT", "1", "V20192"));
 966     assertTrue(AlignmentUtils.haveCrossRef(seq1, seq2));
 967     assertTrue(AlignmentUtils.haveCrossRef(seq2, seq1));
 968   }
 969
 970   /**
 971    * Test the method that extracts the cds-only part of a dna alignment.
 972    */
 973   @Test(groups = { "Functional" })
 974   public void testMakeCdsAlignment()
 975   {
 976     SequenceI dna1 = new Sequence("dna1", "aaaGGGcccTTTaaa");
 977     SequenceI dna2 = new Sequence("dna2", "GGGcccTTTaaaCCC");
 978     SequenceI pep1 = new Sequence("pep1", "GF");
 979     SequenceI pep2 = new Sequence("pep2", "GFP");
 980     dna1.createDatasetSequence();
 981     dna2.createDatasetSequence();
 982     pep1.createDatasetSequence();
 983     pep2.createDatasetSequence();
 984     dna1.addSequenceFeature(new SequenceFeature("CDS", "cds1", 4, 6, 0f,
 985             null));
 986     dna1.addSequenceFeature(new SequenceFeature("CDS", "cds2", 10, 12, 0f,
 987             null));
 988     dna2.addSequenceFeature(new SequenceFeature("CDS", "cds3", 1, 3, 0f,
 989             null));
 990     dna2.addSequenceFeature(new SequenceFeature("CDS", "cds4", 7, 9, 0f,
 991             null));
 992     dna2.addSequenceFeature(new SequenceFeature("CDS", "cds5", 13, 15, 0f,
 993             null));
 994     AlignmentI dna = new Alignment(new SequenceI[] { dna1, dna2 });
 995     dna.setDataset(null);
 996
 997     List<AlignedCodonFrame> mappings = new ArrayList<AlignedCodonFrame>();
 998     MapList map = new MapList(new int[] { 4, 6, 10, 12 },
 999             new int[] { 1, 2 }, 3, 1);
1000     AlignedCodonFrame acf = new AlignedCodonFrame();
1001     acf.addMap(dna1.getDatasetSequence(), pep1.getDatasetSequence(), map);
1002     mappings.add(acf);
1003     map = new MapList(new int[] { 1, 3, 7, 9, 13, 15 }, new int[] { 1, 3 },
1004             3, 1);
1005     acf = new AlignedCodonFrame();
1006     acf.addMap(dna2.getDatasetSequence(), pep2.getDatasetSequence(), map);
1007     mappings.add(acf);
1008
1009     /*
1010      * execute method under test:
1011      */
1012     AlignmentI cds = AlignmentUtils.makeCdsAlignment(new SequenceI[] {
1013         dna1, dna2 }, mappings, dna);
1014
1015     assertEquals(2, cds.getSequences().size());
1016     assertEquals("GGGTTT", cds.getSequenceAt(0)
1017             .getSequenceAsString());
1018     assertEquals("GGGTTTCCC", cds.getSequenceAt(1)
1019             .getSequenceAsString());
1020
1021     /*
1022      * verify shared, extended alignment dataset
1023      */
1024     assertSame(dna.getDataset(), cds.getDataset());
1025     assertTrue(dna.getDataset().getSequences()
1026             .contains(cds.getSequenceAt(0).getDatasetSequence()));
1027     assertTrue(dna.getDataset().getSequences()
1028             .contains(cds.getSequenceAt(1).getDatasetSequence()));
1029
1030     /*
1031      * Verify mappings from CDS to peptide and cDNA to CDS
1032      * the mappings are on the shared alignment dataset
1033      */
1034     assertSame(dna.getCodonFrames(), cds.getCodonFrames());
1035     List<AlignedCodonFrame> cdsMappings = cds.getCodonFrames();
1036     assertEquals(2, cdsMappings.size());
1037
1038     /*
1039      * Mapping from pep1 to GGGTTT in first new exon sequence
1040      */
1041     List<AlignedCodonFrame> pep1Mapping = MappingUtils
1042             .findMappingsForSequence(pep1, cdsMappings);
1043     assertEquals(1, pep1Mapping.size());
1044     // map G to GGG
1045     SearchResults sr = MappingUtils
1046             .buildSearchResults(pep1, 1, cdsMappings);
1047     assertEquals(1, sr.getResults().size());
1048     Match m = sr.getResults().get(0);
1049     assertSame(cds.getSequenceAt(0).getDatasetSequence(),
1050             m.getSequence());
1051     assertEquals(1, m.getStart());
1052     assertEquals(3, m.getEnd());
1053     // map F to TTT
1054     sr = MappingUtils.buildSearchResults(pep1, 2, cdsMappings);
1055     m = sr.getResults().get(0);
1056     assertSame(cds.getSequenceAt(0).getDatasetSequence(),
1057             m.getSequence());
1058     assertEquals(4, m.getStart());
1059     assertEquals(6, m.getEnd());
1060
1061     /*
1062      * Mapping from pep2 to GGGTTTCCC in second new exon sequence
1063      */
1064     List<AlignedCodonFrame> pep2Mapping = MappingUtils
1065             .findMappingsForSequence(pep2, cdsMappings);
1066     assertEquals(1, pep2Mapping.size());
1067     // map G to GGG
1068     sr = MappingUtils.buildSearchResults(pep2, 1, cdsMappings);
1069     assertEquals(1, sr.getResults().size());
1070     m = sr.getResults().get(0);
1071     assertSame(cds.getSequenceAt(1).getDatasetSequence(),
1072             m.getSequence());
1073     assertEquals(1, m.getStart());
1074     assertEquals(3, m.getEnd());
1075     // map F to TTT
1076     sr = MappingUtils.buildSearchResults(pep2, 2, cdsMappings);
1077     m = sr.getResults().get(0);
1078     assertSame(cds.getSequenceAt(1).getDatasetSequence(),
1079             m.getSequence());
1080     assertEquals(4, m.getStart());
1081     assertEquals(6, m.getEnd());
1082     // map P to CCC
1083     sr = MappingUtils.buildSearchResults(pep2, 3, cdsMappings);
1084     m = sr.getResults().get(0);
1085     assertSame(cds.getSequenceAt(1).getDatasetSequence(),
1086             m.getSequence());
1087     assertEquals(7, m.getStart());
1088     assertEquals(9, m.getEnd());
1089   }
1090
1091   /**
1092    * Test the method that makes a cds-only alignment from a DNA sequence and its
1093    * product mappings, for the case where there are multiple exon mappings to
1094    * different protein products.
1095    */
1096   @Test(groups = { "Functional" })
1097   public void testMakeCdsAlignment_multipleProteins()
1098   {
1099     SequenceI dna1 = new Sequence("dna1", "aaaGGGcccTTTaaa");
1100     SequenceI pep1 = new Sequence("pep1", "GF"); // GGGTTT
1101     SequenceI pep2 = new Sequence("pep2", "KP"); // aaaccc
1102     SequenceI pep3 = new Sequence("pep3", "KF"); // aaaTTT
1103     dna1.createDatasetSequence();
1104     pep1.createDatasetSequence();
1105     pep2.createDatasetSequence();
1106     pep3.createDatasetSequence();
1107     dna1.addSequenceFeature(new SequenceFeature("CDS", "cds1", 4, 6, 0f,
1108             null));
1109     dna1.addSequenceFeature(new SequenceFeature("CDS", "cds2", 10, 12, 0f,
1110             null));
1111     dna1.addSequenceFeature(new SequenceFeature("CDS", "cds3", 1, 3, 0f,
1112             null));
1113     dna1.addSequenceFeature(new SequenceFeature("CDS", "cds4", 7, 9, 0f,
1114             null));
1115     dna1.addSequenceFeature(new SequenceFeature("CDS", "cds5", 1, 3, 0f,
1116             null));
1117     dna1.addSequenceFeature(new SequenceFeature("CDS", "cds6", 10, 12, 0f,
1118             null));
1119     pep1.getDatasetSequence().addDBRef(
1120             new DBRefEntry("EMBLCDS", "2", "A12345"));
1121     pep2.getDatasetSequence().addDBRef(
1122             new DBRefEntry("EMBLCDS", "3", "A12346"));
1123     pep3.getDatasetSequence().addDBRef(
1124             new DBRefEntry("EMBLCDS", "4", "A12347"));
1125
1126     /*
1127      * Make the mappings from dna to protein
1128      */
1129     List<AlignedCodonFrame> mappings = new ArrayList<AlignedCodonFrame>();
1130     // map ...GGG...TTT to GF
1131     MapList map = new MapList(new int[] { 4, 6, 10, 12 },
1132             new int[] { 1, 2 }, 3, 1);
1133     AlignedCodonFrame acf = new AlignedCodonFrame();
1134     acf.addMap(dna1.getDatasetSequence(), pep1.getDatasetSequence(), map);
1135     mappings.add(acf);
1136
1137     // map aaa...ccc to KP
1138     map = new MapList(new int[] { 1, 3, 7, 9 }, new int[] { 1, 2 }, 3, 1);
1139     acf = new AlignedCodonFrame();
1140     acf.addMap(dna1.getDatasetSequence(), pep2.getDatasetSequence(), map);
1141     mappings.add(acf);
1142
1143     // map aaa......TTT to KF
1144     map = new MapList(new int[] { 1, 3, 10, 12 }, new int[] { 1, 2 }, 3, 1);
1145     acf = new AlignedCodonFrame();
1146     acf.addMap(dna1.getDatasetSequence(), pep3.getDatasetSequence(), map);
1147     mappings.add(acf);
1148
1149     /*
1150      * Create the CDS alignment; also augments the dna-to-protein mappings with
1151      * exon-to-protein and exon-to-dna mappings
1152      */
1153     AlignmentI dna = new Alignment(new SequenceI[] { dna1 });
1154     dna.setDataset(null);
1155
1156     /*
1157      * execute method under test
1158      */
1159     AlignmentI cdsal = AlignmentUtils.makeCdsAlignment(
1160             new SequenceI[] { dna1 }, mappings, dna);
1161
1162     /*
1163      * Verify we have 3 cds sequences, mapped to pep1/2/3 respectively
1164      */
1165     List<SequenceI> cds = cdsal.getSequences();
1166     assertEquals(3, cds.size());
1167
1168     /*
1169      * verify shared, extended alignment dataset
1170      */
1171     assertSame(cdsal.getDataset(), dna.getDataset());
1172     assertTrue(dna.getDataset().getSequences()
1173             .contains(cds.get(0).getDatasetSequence()));
1174     assertTrue(dna.getDataset().getSequences()
1175             .contains(cds.get(1).getDatasetSequence()));
1176     assertTrue(dna.getDataset().getSequences()
1177             .contains(cds.get(2).getDatasetSequence()));
1178
1179     /*
1180      * verify aligned cds sequences and their xrefs
1181      */
1182     SequenceI cdsSeq = cds.get(0);
1183     assertEquals("GGGTTT", cdsSeq.getSequenceAsString());
1184     // assertEquals("dna1|A12345", cdsSeq.getName());
1185     assertEquals("dna1|pep1", cdsSeq.getName());
1186     // assertEquals(1, cdsSeq.getDBRefs().length);
1187     // DBRefEntry cdsRef = cdsSeq.getDBRefs()[0];
1188     // assertEquals("EMBLCDS", cdsRef.getSource());
1189     // assertEquals("2", cdsRef.getVersion());
1190     // assertEquals("A12345", cdsRef.getAccessionId());
1191
1192     cdsSeq = cds.get(1);
1193     assertEquals("aaaccc", cdsSeq.getSequenceAsString());
1194     // assertEquals("dna1|A12346", cdsSeq.getName());
1195     assertEquals("dna1|pep2", cdsSeq.getName());
1196     // assertEquals(1, cdsSeq.getDBRefs().length);
1197     // cdsRef = cdsSeq.getDBRefs()[0];
1198     // assertEquals("EMBLCDS", cdsRef.getSource());
1199     // assertEquals("3", cdsRef.getVersion());
1200     // assertEquals("A12346", cdsRef.getAccessionId());
1201
1202     cdsSeq = cds.get(2);
1203     assertEquals("aaaTTT", cdsSeq.getSequenceAsString());
1204     // assertEquals("dna1|A12347", cdsSeq.getName());
1205     assertEquals("dna1|pep3", cdsSeq.getName());
1206     // assertEquals(1, cdsSeq.getDBRefs().length);
1207     // cdsRef = cdsSeq.getDBRefs()[0];
1208     // assertEquals("EMBLCDS", cdsRef.getSource());
1209     // assertEquals("4", cdsRef.getVersion());
1210     // assertEquals("A12347", cdsRef.getAccessionId());
1211
1212     /*
1213      * Verify there are mappings from each cds sequence to its protein product
1214      * and also to its dna source
1215      */
1216     Iterator<AlignedCodonFrame> newMappingsIterator = cdsal
1217             .getCodonFrames().iterator();
1218
1219     // mappings for dna1 - exon1 - pep1
1220     AlignedCodonFrame cdsMapping = newMappingsIterator.next();
1221     List<Mapping> dnaMappings = cdsMapping.getMappingsFromSequence(dna1);
1222     assertEquals(3, dnaMappings.size());
1223     assertSame(cds.get(0).getDatasetSequence(), dnaMappings.get(0)
1224             .getTo());
1225     assertEquals("G(1) in CDS should map to G(4) in DNA", 4, dnaMappings
1226             .get(0).getMap().getToPosition(1));
1227     List<Mapping> peptideMappings = cdsMapping.getMappingsFromSequence(cds
1228             .get(0).getDatasetSequence());
1229     assertEquals(1, peptideMappings.size());
1230     assertSame(pep1.getDatasetSequence(), peptideMappings.get(0).getTo());
1231
1232     // mappings for dna1 - cds2 - pep2
1233     assertSame(cds.get(1).getDatasetSequence(), dnaMappings.get(1)
1234             .getTo());
1235     assertEquals("c(4) in CDS should map to c(7) in DNA", 7, dnaMappings
1236             .get(1).getMap().getToPosition(4));
1237     peptideMappings = cdsMapping.getMappingsFromSequence(cds.get(1)
1238             .getDatasetSequence());
1239     assertEquals(1, peptideMappings.size());
1240     assertSame(pep2.getDatasetSequence(), peptideMappings.get(0).getTo());
1241
1242     // mappings for dna1 - cds3 - pep3
1243     assertSame(cds.get(2).getDatasetSequence(), dnaMappings.get(2)
1244             .getTo());
1245     assertEquals("T(4) in CDS should map to T(10) in DNA", 10, dnaMappings
1246             .get(2).getMap().getToPosition(4));
1247     peptideMappings = cdsMapping.getMappingsFromSequence(cds.get(2)
1248             .getDatasetSequence());
1249     assertEquals(1, peptideMappings.size());
1250     assertSame(pep3.getDatasetSequence(), peptideMappings.get(0).getTo());
1251   }
1252
1253   @Test(groups = { "Functional" })
1254   public void testIsMappable()
1255   {
1256     SequenceI dna1 = new Sequence("dna1", "cgCAGtgGT");
1257     SequenceI aa1 = new Sequence("aa1", "RSG");
1258     AlignmentI al1 = new Alignment(new SequenceI[] { dna1 });
1259     AlignmentI al2 = new Alignment(new SequenceI[] { aa1 });
1260
1261     assertFalse(AlignmentUtils.isMappable(null, null));
1262     assertFalse(AlignmentUtils.isMappable(al1, null));
1263     assertFalse(AlignmentUtils.isMappable(null, al1));
1264     assertFalse(AlignmentUtils.isMappable(al1, al1));
1265     assertFalse(AlignmentUtils.isMappable(al2, al2));
1266
1267     assertTrue(AlignmentUtils.isMappable(al1, al2));
1268     assertTrue(AlignmentUtils.isMappable(al2, al1));
1269   }
1270
1271   /**
1272    * Test creating a mapping when the sequences involved do not start at residue
1273    * 1
1274    *
1275    * @throws IOException
1276    */
1277   @Test(groups = { "Functional" })
1278   public void testMapCdnaToProtein_forSubsequence()
1279           throws IOException
1280   {
1281     SequenceI prot = new Sequence("UNIPROT|V12345", "E-I--Q", 10, 12);
1282     prot.createDatasetSequence();
1283
1284     SequenceI dna = new Sequence("EMBL|A33333", "GAA--AT-C-CAG", 40, 48);
1285     dna.createDatasetSequence();
1286
1287     MapList map = AlignmentUtils.mapCdnaToProtein(prot, dna);
1288     assertEquals(10, map.getToLowest());
1289     assertEquals(12, map.getToHighest());
1290     assertEquals(40, map.getFromLowest());
1291     assertEquals(48, map.getFromHighest());
1292   }
1293
1294   /**
1295    * Test for the alignSequenceAs method where we have protein mapped to protein
1296    */
1297   @Test(groups = { "Functional" })
1298   public void testAlignSequenceAs_mappedProteinProtein()
1299   {
1300
1301     SequenceI alignMe = new Sequence("Match", "MGAASEV");
1302     alignMe.createDatasetSequence();
1303     SequenceI alignFrom = new Sequence("Query", "LQTGYMGAASEVMFSPTRR");
1304     alignFrom.createDatasetSequence();
1305
1306     AlignedCodonFrame acf = new AlignedCodonFrame();
1307     // this is like a domain or motif match of part of a peptide sequence
1308     MapList map = new MapList(new int[] { 6, 12 }, new int[] { 1, 7 }, 1, 1);
1309     acf.addMap(alignFrom.getDatasetSequence(),
1310             alignMe.getDatasetSequence(), map);
1311
1312     AlignmentUtils.alignSequenceAs(alignMe, alignFrom, acf, "-", '-', true,
1313             true);
1314     assertEquals("-----MGAASEV-------", alignMe.getSequenceAsString());
1315   }
1316
1317   /**
1318    * Test for the alignSequenceAs method where there are trailing unmapped
1319    * residues in the model sequence
1320    */
1321   @Test(groups = { "Functional" })
1322   public void testAlignSequenceAs_withTrailingPeptide()
1323   {
1324     // map first 3 codons to KPF; G is a trailing unmapped residue
1325     MapList map = new MapList(new int[] { 1, 9 }, new int[] { 1, 3 }, 3, 1);
1326
1327     checkAlignSequenceAs("AAACCCTTT", "K-PFG", true, true, map,
1328             "AAA---CCCTTT---");
1329   }
1330
1331   /**
1332    * Tests for transferring features between mapped sequences
1333    */
1334   @Test(groups = { "Functional" })
1335   public void testTransferFeatures()
1336   {
1337     SequenceI dna = new Sequence("dna/20-34", "acgTAGcaaGCCcgt");
1338     SequenceI cds = new Sequence("cds/10-15", "TAGGCC");
1339
1340     // no overlap
1341     dna.addSequenceFeature(new SequenceFeature("type1", "desc1", 1, 2, 1f,
1342             null));
1343     // partial overlap - to [1, 1]
1344     dna.addSequenceFeature(new SequenceFeature("type2", "desc2", 3, 4, 2f,
1345             null));
1346     // exact overlap - to [1, 3]
1347     dna.addSequenceFeature(new SequenceFeature("type3", "desc3", 4, 6, 3f,
1348             null));
1349     // spanning overlap - to [2, 5]
1350     dna.addSequenceFeature(new SequenceFeature("type4", "desc4", 5, 11, 4f,
1351             null));
1352     // exactly overlaps whole mapped range [1, 6]
1353     dna.addSequenceFeature(new SequenceFeature("type5", "desc5", 4, 12, 5f,
1354             null));
1355     // no overlap (internal)
1356     dna.addSequenceFeature(new SequenceFeature("type6", "desc6", 7, 9, 6f,
1357             null));
1358     // no overlap (3' end)
1359     dna.addSequenceFeature(new SequenceFeature("type7", "desc7", 13, 15,
1360             7f, null));
1361     // overlap (3' end) - to [6, 6]
1362     dna.addSequenceFeature(new SequenceFeature("type8", "desc8", 12, 12,
1363             8f, null));
1364     // extended overlap - to [6, +]
1365     dna.addSequenceFeature(new SequenceFeature("type9", "desc9", 12, 13,
1366             9f, null));
1367
1368     MapList map = new MapList(new int[] { 4, 6, 10, 12 },
1369             new int[] { 1, 6 }, 1, 1);
1370
1371     /*
1372      * transferFeatures() will build 'partial overlap' for regions
1373      * that partially overlap 5' or 3' (start or end) of target sequence
1374      */
1375     AlignmentUtils.transferFeatures(dna, cds, map, null);
1376     SequenceFeature[] sfs = cds.getSequenceFeatures();
1377     assertEquals(6, sfs.length);
1378
1379     SequenceFeature sf = sfs[0];
1380     assertEquals("type2", sf.getType());
1381     assertEquals("desc2", sf.getDescription());
1382     assertEquals(2f, sf.getScore());
1383     assertEquals(1, sf.getBegin());
1384     assertEquals(1, sf.getEnd());
1385
1386     sf = sfs[1];
1387     assertEquals("type3", sf.getType());
1388     assertEquals("desc3", sf.getDescription());
1389     assertEquals(3f, sf.getScore());
1390     assertEquals(1, sf.getBegin());
1391     assertEquals(3, sf.getEnd());
1392
1393     sf = sfs[2];
1394     assertEquals("type4", sf.getType());
1395     assertEquals(2, sf.getBegin());
1396     assertEquals(5, sf.getEnd());
1397
1398     sf = sfs[3];
1399     assertEquals("type5", sf.getType());
1400     assertEquals(1, sf.getBegin());
1401     assertEquals(6, sf.getEnd());
1402
1403     sf = sfs[4];
1404     assertEquals("type8", sf.getType());
1405     assertEquals(6, sf.getBegin());
1406     assertEquals(6, sf.getEnd());
1407
1408     sf = sfs[5];
1409     assertEquals("type9", sf.getType());
1410     assertEquals(6, sf.getBegin());
1411     assertEquals(6, sf.getEnd());
1412   }
1413
1414   /**
1415    * Tests for transferring features between mapped sequences
1416    */
1417   @Test(groups = { "Functional" })
1418   public void testTransferFeatures_withOmit()
1419   {
1420     SequenceI dna = new Sequence("dna/20-34", "acgTAGcaaGCCcgt");
1421     SequenceI cds = new Sequence("cds/10-15", "TAGGCC");
1422
1423     MapList map = new MapList(new int[] { 4, 6, 10, 12 },
1424             new int[] { 1, 6 }, 1, 1);
1425
1426     // [5, 11] maps to [2, 5]
1427     dna.addSequenceFeature(new SequenceFeature("type4", "desc4", 5, 11, 4f,
1428             null));
1429     // [4, 12] maps to [1, 6]
1430     dna.addSequenceFeature(new SequenceFeature("type5", "desc5", 4, 12, 5f,
1431             null));
1432     // [12, 12] maps to [6, 6]
1433     dna.addSequenceFeature(new SequenceFeature("type8", "desc8", 12, 12,
1434             8f, null));
1435
1436     // desc4 and desc8 are the 'omit these' varargs
1437     AlignmentUtils.transferFeatures(dna, cds, map, null, "type4", "type8");
1438     SequenceFeature[] sfs = cds.getSequenceFeatures();
1439     assertEquals(1, sfs.length);
1440
1441     SequenceFeature sf = sfs[0];
1442     assertEquals("type5", sf.getType());
1443     assertEquals(1, sf.getBegin());
1444     assertEquals(6, sf.getEnd());
1445   }
1446
1447   /**
1448    * Tests for transferring features between mapped sequences
1449    */
1450   @Test(groups = { "Functional" })
1451   public void testTransferFeatures_withSelect()
1452   {
1453     SequenceI dna = new Sequence("dna/20-34", "acgTAGcaaGCCcgt");
1454     SequenceI cds = new Sequence("cds/10-15", "TAGGCC");
1455
1456     MapList map = new MapList(new int[] { 4, 6, 10, 12 },
1457             new int[] { 1, 6 }, 1, 1);
1458
1459     // [5, 11] maps to [2, 5]
1460     dna.addSequenceFeature(new SequenceFeature("type4", "desc4", 5, 11, 4f,
1461             null));
1462     // [4, 12] maps to [1, 6]
1463     dna.addSequenceFeature(new SequenceFeature("type5", "desc5", 4, 12, 5f,
1464             null));
1465     // [12, 12] maps to [6, 6]
1466     dna.addSequenceFeature(new SequenceFeature("type8", "desc8", 12, 12,
1467             8f, null));
1468
1469     // "type5" is the 'select this type' argument
1470     AlignmentUtils.transferFeatures(dna, cds, map, "type5");
1471     SequenceFeature[] sfs = cds.getSequenceFeatures();
1472     assertEquals(1, sfs.length);
1473
1474     SequenceFeature sf = sfs[0];
1475     assertEquals("type5", sf.getType());
1476     assertEquals(1, sf.getBegin());
1477     assertEquals(6, sf.getEnd());
1478   }
1479
1480   /**
1481    * Test the method that extracts the cds-only part of a dna alignment, for the
1482    * case where the cds should be aligned to match its nucleotide sequence.
1483    */
1484   @Test(groups = { "Functional" })
1485   public void testMakeCdsAlignment_alternativeTranscripts()
1486   {
1487     SequenceI dna1 = new Sequence("dna1", "aaaGGGCC-----CTTTaaaGGG");
1488     // alternative transcript of same dna skips CCC codon
1489     SequenceI dna2 = new Sequence("dna2", "aaaGGGCC-----cttTaaaGGG");
1490     // dna3 has no mapping (protein product) so should be ignored here
1491     SequenceI dna3 = new Sequence("dna3", "aaaGGGCCCCCGGGcttTaaaGGG");
1492     SequenceI pep1 = new Sequence("pep1", "GPFG");
1493     SequenceI pep2 = new Sequence("pep2", "GPG");
1494     dna1.createDatasetSequence();
1495     dna2.createDatasetSequence();
1496     dna3.createDatasetSequence();
1497     pep1.createDatasetSequence();
1498     pep2.createDatasetSequence();
1499     dna1.addSequenceFeature(new SequenceFeature("CDS", "cds1", 4, 8, 0f,
1500             null));
1501     dna1.addSequenceFeature(new SequenceFeature("CDS", "cds2", 9, 12, 0f,
1502             null));
1503     dna1.addSequenceFeature(new SequenceFeature("CDS", "cds3", 16, 18, 0f,
1504             null));
1505     dna2.addSequenceFeature(new SequenceFeature("CDS", "cds", 4, 8, 0f,
1506             null));
1507     dna2.addSequenceFeature(new SequenceFeature("CDS", "cds", 12, 12, 0f,
1508             null));
1509     dna2.addSequenceFeature(new SequenceFeature("CDS", "cds", 16, 18, 0f,
1510             null));
1511
1512     List<AlignedCodonFrame> mappings = new ArrayList<AlignedCodonFrame>();
1513     MapList map = new MapList(new int[] { 4, 12, 16, 18 },
1514             new int[] { 1, 4 }, 3, 1);
1515     AlignedCodonFrame acf = new AlignedCodonFrame();
1516     acf.addMap(dna1.getDatasetSequence(), pep1.getDatasetSequence(), map);
1517     mappings.add(acf);
1518     map = new MapList(new int[] { 4, 8, 12, 12, 16, 18 },
1519             new int[] { 1, 3 },
1520             3, 1);
1521     acf = new AlignedCodonFrame();
1522     acf.addMap(dna2.getDatasetSequence(), pep2.getDatasetSequence(), map);
1523     mappings.add(acf);
1524
1525     AlignmentI dna = new Alignment(new SequenceI[] { dna1, dna2, dna3 });
1526     dna.setDataset(null);
1527     AlignmentI cds = AlignmentUtils.makeCdsAlignment(new SequenceI[] {
1528         dna1, dna2, dna3 }, mappings, dna);
1529     List<SequenceI> cdsSeqs = cds.getSequences();
1530     assertEquals(2, cdsSeqs.size());
1531     assertEquals("GGGCCCTTTGGG", cdsSeqs.get(0).getSequenceAsString());
1532     assertEquals("GGGCCTGGG", cdsSeqs.get(1).getSequenceAsString());
1533
1534     /*
1535      * verify shared, extended alignment dataset
1536      */
1537     assertSame(dna.getDataset(), cds.getDataset());
1538     assertTrue(dna.getDataset().getSequences()
1539             .contains(cdsSeqs.get(0).getDatasetSequence()));
1540     assertTrue(dna.getDataset().getSequences()
1541             .contains(cdsSeqs.get(1).getDatasetSequence()));
1542
1543     /*
1544      * Verify updated mappings
1545      */
1546     List<AlignedCodonFrame> cdsMappings = cds.getCodonFrames();
1547     assertEquals(2, cdsMappings.size());
1548
1549     /*
1550      * Mapping from pep1 to GGGTTT in first new CDS sequence
1551      */
1552     List<AlignedCodonFrame> pep1Mapping = MappingUtils
1553             .findMappingsForSequence(pep1, cdsMappings);
1554     assertEquals(1, pep1Mapping.size());
1555     /*
1556      * maps GPFG to 1-3,4-6,7-9,10-12
1557      */
1558     SearchResults sr = MappingUtils
1559             .buildSearchResults(pep1, 1, cdsMappings);
1560     assertEquals(1, sr.getResults().size());
1561     Match m = sr.getResults().get(0);
1562     assertEquals(cds.getSequenceAt(0).getDatasetSequence(),
1563             m.getSequence());
1564     assertEquals(1, m.getStart());
1565     assertEquals(3, m.getEnd());
1566     sr = MappingUtils.buildSearchResults(pep1, 2, cdsMappings);
1567     m = sr.getResults().get(0);
1568     assertEquals(4, m.getStart());
1569     assertEquals(6, m.getEnd());
1570     sr = MappingUtils.buildSearchResults(pep1, 3, cdsMappings);
1571     m = sr.getResults().get(0);
1572     assertEquals(7, m.getStart());
1573     assertEquals(9, m.getEnd());
1574     sr = MappingUtils.buildSearchResults(pep1, 4, cdsMappings);
1575     m = sr.getResults().get(0);
1576     assertEquals(10, m.getStart());
1577     assertEquals(12, m.getEnd());
1578
1579     /*
1580      * GPG in pep2 map to 1-3,4-6,7-9 in second CDS sequence
1581      */
1582     List<AlignedCodonFrame> pep2Mapping = MappingUtils
1583             .findMappingsForSequence(pep2, cdsMappings);
1584     assertEquals(1, pep2Mapping.size());
1585     sr = MappingUtils.buildSearchResults(pep2, 1, cdsMappings);
1586     assertEquals(1, sr.getResults().size());
1587     m = sr.getResults().get(0);
1588     assertEquals(cds.getSequenceAt(1).getDatasetSequence(),
1589             m.getSequence());
1590     assertEquals(1, m.getStart());
1591     assertEquals(3, m.getEnd());
1592     sr = MappingUtils.buildSearchResults(pep2, 2, cdsMappings);
1593     m = sr.getResults().get(0);
1594     assertEquals(4, m.getStart());
1595     assertEquals(6, m.getEnd());
1596     sr = MappingUtils.buildSearchResults(pep2, 3, cdsMappings);
1597     m = sr.getResults().get(0);
1598     assertEquals(7, m.getStart());
1599     assertEquals(9, m.getEnd());
1600   }
1601
1602   /**
1603    * Test the method that realigns protein to match mapped codon alignment.
1604    */
1605   @Test(groups = { "Functional" })
1606   public void testAlignProteinAsDna_incompleteStartCodon()
1607   {
1608     // seq1: incomplete start codon (not mapped), then [3, 11]
1609     SequenceI dna1 = new Sequence("Seq1", "ccAAA-TTT-GGG-");
1610     // seq2 codons are [4, 5], [8, 11]
1611     SequenceI dna2 = new Sequence("Seq2", "ccaAA-ttT-GGG-");
1612     // seq3 incomplete start codon at 'tt'
1613     SequenceI dna3 = new Sequence("Seq3", "ccaaa-ttt-GGG-");
1614     AlignmentI dna = new Alignment(new SequenceI[] { dna1, dna2, dna3 });
1615     dna.setDataset(null);
1616
1617     // prot1 has 'X' for incomplete start codon (not mapped)
1618     SequenceI prot1 = new Sequence("Seq1", "XKFG"); // X for incomplete start
1619     SequenceI prot2 = new Sequence("Seq2", "NG");
1620     SequenceI prot3 = new Sequence("Seq3", "XG"); // X for incomplete start
1621     AlignmentI protein = new Alignment(new SequenceI[] { prot1, prot2,
1622         prot3 });
1623     protein.setDataset(null);
1624
1625     // map dna1 [3, 11] to prot1 [2, 4] KFG
1626     MapList map = new MapList(new int[] { 3, 11 }, new int[] { 2, 4 }, 3, 1);
1627     AlignedCodonFrame acf = new AlignedCodonFrame();
1628     acf.addMap(dna1.getDatasetSequence(), prot1.getDatasetSequence(), map);
1629
1630     // map dna2 [4, 5] [8, 11] to prot2 [1, 2] NG
1631     map = new MapList(new int[] { 4, 5, 8, 11 }, new int[] { 1, 2 }, 3, 1);
1632     acf.addMap(dna2.getDatasetSequence(), prot2.getDatasetSequence(), map);
1633
1634     // map dna3 [9, 11] to prot3 [2, 2] G
1635     map = new MapList(new int[] { 9, 11 }, new int[] { 2, 2 }, 3, 1);
1636     acf.addMap(dna3.getDatasetSequence(), prot3.getDatasetSequence(), map);
1637
1638     ArrayList<AlignedCodonFrame> acfs = new ArrayList<AlignedCodonFrame>();
1639     acfs.add(acf);
1640     protein.setCodonFrames(acfs);
1641
1642     /*
1643      * verify X is included in the aligned proteins, and placed just
1644      * before the first mapped residue
1645      * CCT is between CCC and TTT
1646      */
1647     AlignmentUtils.alignProteinAsDna(protein, dna);
1648     assertEquals("XK-FG", prot1.getSequenceAsString());
1649     assertEquals("--N-G", prot2.getSequenceAsString());
1650     assertEquals("---XG", prot3.getSequenceAsString());
1651   }
1652
1653   /**
1654    * Tests for the method that maps the subset of a dna sequence that has CDS
1655    * (or subtype) feature - case where the start codon is incomplete.
1656    */
1657   @Test(groups = "Functional")
1658   public void testFindCdsPositions_fivePrimeIncomplete()
1659   {
1660     SequenceI dnaSeq = new Sequence("dna", "aaagGGCCCaaaTTTttt");
1661     dnaSeq.createDatasetSequence();
1662     SequenceI ds = dnaSeq.getDatasetSequence();
1663
1664     // CDS for dna 5-6 (incomplete codon), 7-9
1665     SequenceFeature sf = new SequenceFeature("CDS", "", 5, 9, 0f, null);
1666     sf.setPhase("2"); // skip 2 bases to start of next codon
1667     ds.addSequenceFeature(sf);
1668     // CDS for dna 13-15
1669     sf = new SequenceFeature("CDS_predicted", "", 13, 15, 0f, null);
1670     ds.addSequenceFeature(sf);
1671
1672     List<int[]> ranges = AlignmentUtils.findCdsPositions(dnaSeq);
1673
1674     /*
1675      * check the mapping starts with the first complete codon
1676      */
1677     assertEquals(6, MappingUtils.getLength(ranges));
1678     assertEquals(2, ranges.size());
1679     assertEquals(7, ranges.get(0)[0]);
1680     assertEquals(9, ranges.get(0)[1]);
1681     assertEquals(13, ranges.get(1)[0]);
1682     assertEquals(15, ranges.get(1)[1]);
1683   }
1684
1685   /**
1686    * Tests for the method that maps the subset of a dna sequence that has CDS
1687    * (or subtype) feature.
1688    */
1689   @Test(groups = "Functional")
1690   public void testFindCdsPositions()
1691   {
1692     SequenceI dnaSeq = new Sequence("dna", "aaaGGGcccAAATTTttt");
1693     dnaSeq.createDatasetSequence();
1694     SequenceI ds = dnaSeq.getDatasetSequence();
1695
1696     // CDS for dna 10-12
1697     SequenceFeature sf = new SequenceFeature("CDS_predicted", "", 10, 12,
1698             0f, null);
1699     sf.setStrand("+");
1700     ds.addSequenceFeature(sf);
1701     // CDS for dna 4-6
1702     sf = new SequenceFeature("CDS", "", 4, 6, 0f, null);
1703     sf.setStrand("+");
1704     ds.addSequenceFeature(sf);
1705     // exon feature should be ignored here
1706     sf = new SequenceFeature("exon", "", 7, 9, 0f, null);
1707     ds.addSequenceFeature(sf);
1708
1709     List<int[]> ranges = AlignmentUtils.findCdsPositions(dnaSeq);
1710     /*
1711      * verify ranges { [4-6], [12-10] }
1712      * note CDS ranges are ordered ascending even if the CDS
1713      * features are not
1714      */
1715     assertEquals(6, MappingUtils.getLength(ranges));
1716     assertEquals(2, ranges.size());
1717     assertEquals(4, ranges.get(0)[0]);
1718     assertEquals(6, ranges.get(0)[1]);
1719     assertEquals(10, ranges.get(1)[0]);
1720     assertEquals(12, ranges.get(1)[1]);
1721   }
1722
1723   /**
1724    * Test the method that computes a map of codon variants for each protein
1725    * position from "sequence_variant" features on dna
1726    */
1727   @Test(groups = "Functional")
1728   public void testBuildDnaVariantsMap()
1729   {
1730     SequenceI dna = new Sequence("dna", "atgAAATTTGGGCCCtag");
1731     MapList map = new MapList(new int[] { 1, 18 }, new int[] { 1, 5 }, 3, 1);
1732
1733     /*
1734      * first with no variants on dna
1735      */
1736     LinkedHashMap<Integer, String[][]> variantsMap = AlignmentUtils
1737             .buildDnaVariantsMap(dna, map);
1738     assertTrue(variantsMap.isEmpty());
1739
1740     // single allele codon 1, on base 1
1741     SequenceFeature sf = new SequenceFeature("sequence_variant", "", 1, 1,
1742             0f, null);
1743     sf.setValue("alleles", "T");
1744     dna.addSequenceFeature(sf);
1745
1746     // two alleles codon 2, on bases 2 and 3
1747     sf = new SequenceFeature("sequence_variant", "", 5, 5, 0f, null);
1748     sf.setValue("alleles", "T");
1749     dna.addSequenceFeature(sf);
1750     sf = new SequenceFeature("sequence_variant", "", 6, 6, 0f, null);
1751     sf.setValue("alleles", "G");
1752     dna.addSequenceFeature(sf);
1753
1754     // two alleles codon 3, both on base 2
1755     sf = new SequenceFeature("sequence_variant", "", 8, 8, 0f, null);
1756     sf.setValue("alleles", "C, G");
1757     dna.addSequenceFeature(sf);
1758
1759     // no alleles on codon 4
1760     // alleles on codon 5 on all 3 bases
1761     sf = new SequenceFeature("sequence_variant", "", 13, 13, 0f, null);
1762     sf.setValue("alleles", "C, G"); // (C duplicates given base value)
1763     dna.addSequenceFeature(sf);
1764     sf = new SequenceFeature("sequence_variant", "", 14, 14, 0f, null);
1765     sf.setValue("alleles", "g, a"); // should force to upper-case
1766     dna.addSequenceFeature(sf);
1767     sf = new SequenceFeature("sequence_variant", "", 15, 15, 0f, null);
1768     sf.setValue("alleles", "A, T");
1769     dna.addSequenceFeature(sf);
1770
1771     variantsMap = AlignmentUtils.buildDnaVariantsMap(dna, map);
1772     assertEquals(4, variantsMap.size());
1773     assertTrue(Arrays.deepEquals(new String[][] { { "A", "T" }, { "T" },
1774         { "G" } }, variantsMap.get(1)));
1775     assertTrue(Arrays.deepEquals(new String[][] { { "A" }, { "A", "T" },
1776         { "A", "G" } }, variantsMap.get(2)));
1777     assertTrue(Arrays.deepEquals(new String[][] { { "T" },
1778         { "T", "C", "G" }, { "T" } }, variantsMap.get(3)));
1779     // duplicated bases are not removed here, handled in computePeptideVariants
1780     assertTrue(Arrays.deepEquals(new String[][] { { "C", "C", "G" },
1781         { "C", "G", "A" }, { "C", "A", "T" } }, variantsMap.get(5)));
1782   }
1783
1784   /**
1785    * Tests for the method that computes all peptide variants given codon
1786    * variants
1787    */
1788   @Test(groups = "Functional")
1789   public void testComputePeptideVariants()
1790   {
1791     String[][] codonVariants = new String[][] { { "A" }, { "G" }, { "T" } };
1792
1793     /*
1794      * AGT codes for S - this is not included in the variants returned
1795      */
1796     List<String> variants = AlignmentUtils.computePeptideVariants(codonVariants, "S");
1797     assertEquals("[]", variants.toString());
1798
1799     // S is reported if it differs from the current value (A):
1800     variants = AlignmentUtils.computePeptideVariants(codonVariants, "A");
1801     assertEquals("[S]", variants.toString());
1802
1803     /*
1804      * synonymous variant is not reported
1805      */
1806     codonVariants = new String[][] { { "A" }, { "G" }, { "C", "T" } };
1807     // AGC and AGT both code for S
1808     variants = AlignmentUtils.computePeptideVariants(codonVariants, "s");
1809     assertEquals("[]", variants.toString());
1810
1811     /*
1812      * equivalent variants are only reported once
1813      */
1814     codonVariants = new String[][] { { "C" }, { "T" },
1815         { "A", "C", "G", "T" } };
1816     // CTA CTC CTG CTT all code for L
1817     variants = AlignmentUtils.computePeptideVariants(codonVariants, "S");
1818     assertEquals("[L]", variants.toString());
1819
1820     /*
1821      * vary codons 1 and 2; variant products are sorted and non-redundant
1822      */
1823     codonVariants = new String[][] { { "a", "C" }, { "g", "T" }, { "A" } };
1824     // aga ata cga cta code for R, I, R, L
1825     variants = AlignmentUtils.computePeptideVariants(codonVariants, "S");
1826     assertEquals("[I, L, R]", variants.toString());
1827
1828     /*
1829      * vary codons 2 and 3
1830      */
1831     codonVariants = new String[][] { { "a" }, { "g", "T" }, { "A", "c" } };
1832     // aga agc ata atc code for R, S, I, I
1833     variants = AlignmentUtils.computePeptideVariants(codonVariants, "S");
1834     assertEquals("[I, R]", variants.toString());
1835
1836     /*
1837      * vary codons 1 and 3
1838      */
1839     codonVariants = new String[][] { { "a", "t" }, { "a" }, { "t", "g" } };
1840     // aat aag tat tag code for N, K, Y, STOP - STOP sorted to end
1841     variants = AlignmentUtils.computePeptideVariants(codonVariants, "S");
1842     assertEquals("[K, N, Y, STOP]", variants.toString());
1843
1844     /*
1845      * vary codons 1, 2 and 3
1846      */
1847     codonVariants = new String[][] { { "a", "t" }, { "G", "C" },
1848         { "t", "g" } };
1849     // agt agg act acg tgt tgg tct tcg code for S, R, T, T, C, W, S, S
1850     variants = AlignmentUtils.computePeptideVariants(codonVariants, "S");
1851     assertEquals("[C, R, T, W]", variants.toString());
1852   }
1853
1854   /**
1855    * Tests for the method that maps the subset of a dna sequence that has CDS
1856    * (or subtype) feature, with CDS strand = '-' (reverse)
1857    */
1858   // test turned off as currently findCdsPositions is not strand-dependent
1859   // left in case it comes around again...
1860   @Test(groups = "Functional", enabled = false)
1861   public void testFindCdsPositions_reverseStrand()
1862   {
1863     SequenceI dnaSeq = new Sequence("dna", "aaaGGGcccAAATTTttt");
1864     dnaSeq.createDatasetSequence();
1865     SequenceI ds = dnaSeq.getDatasetSequence();
1866
1867     // CDS for dna 4-6
1868     SequenceFeature sf = new SequenceFeature("CDS", "", 4, 6, 0f, null);
1869     sf.setStrand("-");
1870     ds.addSequenceFeature(sf);
1871     // exon feature should be ignored here
1872     sf = new SequenceFeature("exon", "", 7, 9, 0f, null);
1873     ds.addSequenceFeature(sf);
1874     // CDS for dna 10-12
1875     sf = new SequenceFeature("CDS_predicted", "", 10, 12, 0f, null);
1876     sf.setStrand("-");
1877     ds.addSequenceFeature(sf);
1878
1879     List<int[]> ranges = AlignmentUtils.findCdsPositions(dnaSeq);
1880     /*
1881      * verify ranges { [12-10], [6-4] }
1882      */
1883     assertEquals(6, MappingUtils.getLength(ranges));
1884     assertEquals(2, ranges.size());
1885     assertEquals(12, ranges.get(0)[0]);
1886     assertEquals(10, ranges.get(0)[1]);
1887     assertEquals(6, ranges.get(1)[0]);
1888     assertEquals(4, ranges.get(1)[1]);
1889   }
1890
1891   /**
1892    * Tests for the method that maps the subset of a dna sequence that has CDS
1893    * (or subtype) feature - reverse strand case where the start codon is
1894    * incomplete.
1895    */
1896   @Test(groups = "Functional", enabled = false)
1897   // test turned off as currently findCdsPositions is not strand-dependent
1898   // left in case it comes around again...
1899   public void testFindCdsPositions_reverseStrandThreePrimeIncomplete()
1900   {
1901     SequenceI dnaSeq = new Sequence("dna", "aaagGGCCCaaaTTTttt");
1902     dnaSeq.createDatasetSequence();
1903     SequenceI ds = dnaSeq.getDatasetSequence();
1904
1905     // CDS for dna 5-9
1906     SequenceFeature sf = new SequenceFeature("CDS", "", 5, 9, 0f, null);
1907     sf.setStrand("-");
1908     ds.addSequenceFeature(sf);
1909     // CDS for dna 13-15
1910     sf = new SequenceFeature("CDS_predicted", "", 13, 15, 0f, null);
1911     sf.setStrand("-");
1912     sf.setPhase("2"); // skip 2 bases to start of next codon
1913     ds.addSequenceFeature(sf);
1914
1915     List<int[]> ranges = AlignmentUtils.findCdsPositions(dnaSeq);
1916
1917     /*
1918      * check the mapping starts with the first complete codon
1919      * expect ranges [13, 13], [9, 5]
1920      */
1921     assertEquals(6, MappingUtils.getLength(ranges));
1922     assertEquals(2, ranges.size());
1923     assertEquals(13, ranges.get(0)[0]);
1924     assertEquals(13, ranges.get(0)[1]);
1925     assertEquals(9, ranges.get(1)[0]);
1926     assertEquals(5, ranges.get(1)[1]);
1927   }
1928
1929   @Test(groups = "Functional")
1930   public void testAlignAs_alternateTranscriptsUngapped()
1931   {
1932     SequenceI dna1 = new Sequence("dna1", "cccGGGTTTaaa");
1933     SequenceI dna2 = new Sequence("dna2", "CCCgggtttAAA");
1934     AlignmentI dna = new Alignment(new SequenceI[] { dna1, dna2 });
1935     ((Alignment) dna).createDatasetAlignment();
1936     SequenceI cds1 = new Sequence("cds1", "GGGTTT");
1937     SequenceI cds2 = new Sequence("cds2", "CCCAAA");
1938     AlignmentI cds = new Alignment(new SequenceI[] { cds1, cds2 });
1939     ((Alignment) cds).createDatasetAlignment();
1940
1941     AlignedCodonFrame acf = new AlignedCodonFrame();
1942     MapList map = new MapList(new int[] { 4, 9 }, new int[] { 1, 6 }, 1, 1);
1943     acf.addMap(dna1.getDatasetSequence(), cds1.getDatasetSequence(), map);
1944     map = new MapList(new int[] { 1, 3, 10, 12 }, new int[] { 1, 6 }, 1, 1);
1945     acf.addMap(dna2.getDatasetSequence(), cds2.getDatasetSequence(), map);
1946
1947     /*
1948      * verify CDS alignment is as:
1949      *   cccGGGTTTaaa (cdna)
1950      *   CCCgggtttAAA (cdna)
1951      *
1952      *   ---GGGTTT--- (cds)
1953      *   CCC------AAA (cds)
1954      */
1955     dna.addCodonFrame(acf);
1956     AlignmentUtils.alignAs(cds, dna);
1957     assertEquals("---GGGTTT", cds.getSequenceAt(0).getSequenceAsString());
1958     assertEquals("CCC------AAA", cds.getSequenceAt(1).getSequenceAsString());
1959   }
1960
1961   @Test(groups = { "Functional" })
1962   public void testAddMappedPositions()
1963   {
1964     SequenceI from = new Sequence("dna", "ggAA-ATcc-TT-g");
1965     SequenceI seq1 = new Sequence("cds", "AAATTT");
1966     from.createDatasetSequence();
1967     seq1.createDatasetSequence();
1968     Mapping mapping = new Mapping(seq1, new MapList(
1969             new int[] { 3, 6, 9, 10 },
1970             new int[] { 1, 6 }, 1, 1));
1971     Map<Integer, Map<SequenceI, Character>> map = new TreeMap<Integer, Map<SequenceI, Character>>();
1972     AlignmentUtils.addMappedPositions(seq1, from, mapping, map);
1973
1974     /*
1975      * verify map has seq1 residues in columns 3,4,6,7,11,12
1976      */
1977     assertEquals(6, map.size());
1978     assertEquals('A', map.get(3).get(seq1).charValue());
1979     assertEquals('A', map.get(4).get(seq1).charValue());
1980     assertEquals('A', map.get(6).get(seq1).charValue());
1981     assertEquals('T', map.get(7).get(seq1).charValue());
1982     assertEquals('T', map.get(11).get(seq1).charValue());
1983     assertEquals('T', map.get(12).get(seq1).charValue());
1984
1985     /*
1986      *
1987      */
1988   }
1989
1990   /**
1991    * Test case where the mapping 'from' range includes a stop codon which is
1992    * absent in the 'to' range
1993    */
1994   @Test(groups = { "Functional" })
1995   public void testAddMappedPositions_withStopCodon()
1996   {
1997     SequenceI from = new Sequence("dna", "ggAA-ATcc-TT-g");
1998     SequenceI seq1 = new Sequence("cds", "AAATTT");
1999     from.createDatasetSequence();
2000     seq1.createDatasetSequence();
2001     Mapping mapping = new Mapping(seq1, new MapList(
2002             new int[] { 3, 6, 9, 10 },
2003             new int[] { 1, 6 }, 1, 1));
2004     Map<Integer, Map<SequenceI, Character>> map = new TreeMap<Integer, Map<SequenceI, Character>>();
2005     AlignmentUtils.addMappedPositions(seq1, from, mapping, map);
2006
2007     /*
2008      * verify map has seq1 residues in columns 3,4,6,7,11,12
2009      */
2010     assertEquals(6, map.size());
2011     assertEquals('A', map.get(3).get(seq1).charValue());
2012     assertEquals('A', map.get(4).get(seq1).charValue());
2013     assertEquals('A', map.get(6).get(seq1).charValue());
2014     assertEquals('T', map.get(7).get(seq1).charValue());
2015     assertEquals('T', map.get(11).get(seq1).charValue());
2016     assertEquals('T', map.get(12).get(seq1).charValue());
2017   }
2018 }