test/jalview/analysis/CodingUtilsTest.java

   1 package jalview.analysis;
   2
   3 import static org.testng.AssertJUnit.assertEquals;
   4 import static org.testng.AssertJUnit.assertTrue;
   5 import org.testng.annotations.Test;
   6 import java.util.Arrays;
   7
   8 public class CodingUtilsTest
   9 {
  10
  11   @Test
  12   public void testDecodeCodon()
  13   {
  14     assertTrue(Arrays.equals(new char[]
  15     { 'A', 'A', 'A' }, CodingUtils.decodeCodon(0)));
  16     assertTrue(Arrays.equals(new char[]
  17     { 'A', 'A', 'C' }, CodingUtils.decodeCodon(1)));
  18     assertTrue(Arrays.equals(new char[]
  19     { 'A', 'A', 'G' }, CodingUtils.decodeCodon(2)));
  20     assertTrue(Arrays.equals(new char[]
  21     { 'A', 'A', 'T' }, CodingUtils.decodeCodon(3)));
  22     assertTrue(Arrays.equals(new char[]
  23     { 'A', 'C', 'A' }, CodingUtils.decodeCodon(4)));
  24     assertTrue(Arrays.equals(new char[]
  25     { 'C', 'A', 'A' }, CodingUtils.decodeCodon(16)));
  26     assertTrue(Arrays.equals(new char[]
  27     { 'G', 'G', 'G' }, CodingUtils.decodeCodon(42)));
  28     assertTrue(Arrays.equals(new char[]
  29     { 'T', 'T', 'T' }, CodingUtils.decodeCodon(63)));
  30   }
  31
  32   @Test
  33   public void testDecodeNucleotide()
  34   {
  35     assertEquals('A', CodingUtils.decodeNucleotide(0));
  36     assertEquals('C', CodingUtils.decodeNucleotide(1));
  37     assertEquals('G', CodingUtils.decodeNucleotide(2));
  38     assertEquals('T', CodingUtils.decodeNucleotide(3));
  39     assertEquals('0', CodingUtils.decodeNucleotide(4));
  40   }
  41
  42   @Test
  43   public void testEncodeCodon()
  44   {
  45     assertTrue(CodingUtils.encodeCodon('Z') < 0);
  46     assertEquals(0, CodingUtils.encodeCodon('a'));
  47     assertEquals(0, CodingUtils.encodeCodon('A'));
  48     assertEquals(1, CodingUtils.encodeCodon('c'));
  49     assertEquals(1, CodingUtils.encodeCodon('C'));
  50     assertEquals(2, CodingUtils.encodeCodon('g'));
  51     assertEquals(2, CodingUtils.encodeCodon('G'));
  52     assertEquals(3, CodingUtils.encodeCodon('t'));
  53     assertEquals(3, CodingUtils.encodeCodon('T'));
  54     assertEquals(3, CodingUtils.encodeCodon('u'));
  55     assertEquals(3, CodingUtils.encodeCodon('U'));
  56
  57     assertEquals(-1, CodingUtils.encodeCodon(null));
  58     assertEquals(0, CodingUtils.encodeCodon(new char[]
  59     { 'A', 'A', 'A' }));
  60     assertEquals(1, CodingUtils.encodeCodon(new char[]
  61     { 'A', 'A', 'C' }));
  62     assertEquals(2, CodingUtils.encodeCodon(new char[]
  63     { 'A', 'A', 'G' }));
  64     assertEquals(3, CodingUtils.encodeCodon(new char[]
  65     { 'A', 'A', 'T' }));
  66     assertEquals(4, CodingUtils.encodeCodon(new char[]
  67     { 'A', 'C', 'A' }));
  68     assertEquals(16, CodingUtils.encodeCodon(new char[]
  69     { 'C', 'A', 'A' }));
  70     assertEquals(42, CodingUtils.encodeCodon(new char[]
  71     { 'G', 'G', 'G' }));
  72     assertEquals(63, CodingUtils.encodeCodon(new char[]
  73     { 'T', 'T', 'T' }));
  74   }
  75
  76 }