test/jalview/analysis/CodingUtilsTest.java

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  20  */
  21 package jalview.analysis;
  22
  23 import static org.testng.AssertJUnit.assertEquals;
  24 import static org.testng.AssertJUnit.assertTrue;
  25
  26 import java.util.Arrays;
  27
  28 import org.testng.annotations.Test;
  29
  30 public class CodingUtilsTest
  31 {
  32
  33   @Test(groups = { "Functional" })
  34   public void testDecodeCodon()
  35   {
  36     assertTrue(Arrays.equals(new char[] { 'A', 'A', 'A' },
  37             CodingUtils.decodeCodon(0)));
  38     assertTrue(Arrays.equals(new char[] { 'A', 'A', 'C' },
  39             CodingUtils.decodeCodon(1)));
  40     assertTrue(Arrays.equals(new char[] { 'A', 'A', 'G' },
  41             CodingUtils.decodeCodon(2)));
  42     assertTrue(Arrays.equals(new char[] { 'A', 'A', 'T' },
  43             CodingUtils.decodeCodon(3)));
  44     assertTrue(Arrays.equals(new char[] { 'A', 'C', 'A' },
  45             CodingUtils.decodeCodon(4)));
  46     assertTrue(Arrays.equals(new char[] { 'C', 'A', 'A' },
  47             CodingUtils.decodeCodon(16)));
  48     assertTrue(Arrays.equals(new char[] { 'G', 'G', 'G' },
  49             CodingUtils.decodeCodon(42)));
  50     assertTrue(Arrays.equals(new char[] { 'T', 'T', 'T' },
  51             CodingUtils.decodeCodon(63)));
  52   }
  53
  54   @Test(groups = { "Functional" })
  55   public void testDecodeNucleotide()
  56   {
  57     assertEquals('A', CodingUtils.decodeNucleotide(0));
  58     assertEquals('C', CodingUtils.decodeNucleotide(1));
  59     assertEquals('G', CodingUtils.decodeNucleotide(2));
  60     assertEquals('T', CodingUtils.decodeNucleotide(3));
  61     assertEquals('0', CodingUtils.decodeNucleotide(4));
  62   }
  63
  64   @Test(groups = { "Functional" })
  65   public void testEncodeCodon()
  66   {
  67     assertTrue(CodingUtils.encodeCodon('Z') < 0);
  68     assertEquals(0, CodingUtils.encodeCodon('a'));
  69     assertEquals(0, CodingUtils.encodeCodon('A'));
  70     assertEquals(1, CodingUtils.encodeCodon('c'));
  71     assertEquals(1, CodingUtils.encodeCodon('C'));
  72     assertEquals(2, CodingUtils.encodeCodon('g'));
  73     assertEquals(2, CodingUtils.encodeCodon('G'));
  74     assertEquals(3, CodingUtils.encodeCodon('t'));
  75     assertEquals(3, CodingUtils.encodeCodon('T'));
  76     assertEquals(3, CodingUtils.encodeCodon('u'));
  77     assertEquals(3, CodingUtils.encodeCodon('U'));
  78
  79     assertEquals(-1, CodingUtils.encodeCodon(null));
  80     assertEquals(0, CodingUtils.encodeCodon(new char[] { 'A', 'A', 'A' }));
  81     assertEquals(1, CodingUtils.encodeCodon(new char[] { 'A', 'A', 'C' }));
  82     assertEquals(2, CodingUtils.encodeCodon(new char[] { 'A', 'A', 'G' }));
  83     assertEquals(3, CodingUtils.encodeCodon(new char[] { 'A', 'A', 'T' }));
  84     assertEquals(4, CodingUtils.encodeCodon(new char[] { 'A', 'C', 'A' }));
  85     assertEquals(16, CodingUtils.encodeCodon(new char[] { 'C', 'A', 'A' }));
  86     assertEquals(42, CodingUtils.encodeCodon(new char[] { 'G', 'G', 'G' }));
  87     assertEquals(63, CodingUtils.encodeCodon(new char[] { 'T', 'T', 'T' }));
  88   }
  89
  90 }