test/jalview/analysis/CrossRefTest.java

   1 package jalview.analysis;
   2
   3 import static org.junit.Assert.assertFalse;
   4 import static org.junit.Assert.assertTrue;
   5 import jalview.datamodel.DBRefEntry;
   6 import jalview.datamodel.Sequence;
   7 import jalview.datamodel.SequenceI;
   8
   9 import org.junit.Test;
  10
  11 public class CrossRefTest
  12 {
  13
  14   /**
  15    * Tests for the method that checks if one sequence cross-references another
  16    */
  17   @Test
  18   public void testHasCrossRef()
  19   {
  20     assertFalse(CrossRef.hasCrossRef(null, null));
  21     SequenceI seq1 = new Sequence("EMBL|A12345", "ABCDEF");
  22     assertFalse(CrossRef.hasCrossRef(seq1, null));
  23     assertFalse(CrossRef.hasCrossRef(null, seq1));
  24     SequenceI seq2 = new Sequence("UNIPROT|V20192", "ABCDEF");
  25     assertFalse(CrossRef.hasCrossRef(seq1, seq2));
  26
  27     // different ref
  28     seq1.addDBRef(new DBRefEntry("UNIPROT", "1", "v20193"));
  29     assertFalse(CrossRef.hasCrossRef(seq1, seq2));
  30
  31     // case-insensitive; version number is ignored
  32     seq1.addDBRef(new DBRefEntry("UNIPROT", "1", "v20192"));
  33     assertTrue(CrossRef.hasCrossRef(seq1, seq2));
  34
  35     // right case!
  36     seq1.addDBRef(new DBRefEntry("UNIPROT", "1", "V20192"));
  37     assertTrue(CrossRef.hasCrossRef(seq1, seq2));
  38     // test is one-way only
  39     assertFalse(CrossRef.hasCrossRef(seq2, seq1));
  40   }
  41
  42   /**
  43    * Tests for the method that checks if either sequence cross-references the
  44    * other
  45    */
  46   @Test
  47   public void testHaveCrossRef()
  48   {
  49     assertFalse(CrossRef.hasCrossRef(null, null));
  50     SequenceI seq1 = new Sequence("EMBL|A12345", "ABCDEF");
  51     assertFalse(CrossRef.haveCrossRef(seq1, null));
  52     assertFalse(CrossRef.haveCrossRef(null, seq1));
  53     SequenceI seq2 = new Sequence("UNIPROT|V20192", "ABCDEF");
  54     assertFalse(CrossRef.haveCrossRef(seq1, seq2));
  55
  56     seq1.addDBRef(new DBRefEntry("UNIPROT", "1", "V20192"));
  57     assertTrue(CrossRef.haveCrossRef(seq1, seq2));
  58     // next is true for haveCrossRef, false for hasCrossRef
  59     assertTrue(CrossRef.haveCrossRef(seq2, seq1));
  60
  61     // now the other way round
  62     seq1.setDBRef(null);
  63     seq2.addDBRef(new DBRefEntry("EMBL", "1", "A12345"));
  64     assertTrue(CrossRef.haveCrossRef(seq1, seq2));
  65     assertTrue(CrossRef.haveCrossRef(seq2, seq1));
  66
  67     // now both ways
  68     seq1.addDBRef(new DBRefEntry("UNIPROT", "1", "V20192"));
  69     assertTrue(CrossRef.haveCrossRef(seq1, seq2));
  70     assertTrue(CrossRef.haveCrossRef(seq2, seq1));
  71   }
  72 }