test/jalview/analysis/CrossRefTest.java

   1 package jalview.analysis;
   2
   3 import static org.testng.AssertJUnit.assertSame;
   4 import static org.testng.AssertJUnit.assertEquals;
   5 import org.testng.annotations.Test;
   6 import jalview.datamodel.DBRefEntry;
   7
   8 public class CrossRefTest
   9 {
  10   @Test
  11   public void testFindXDbRefs()
  12   {
  13     DBRefEntry ref1 = new DBRefEntry("UNIPROT", "1", "A123");
  14     DBRefEntry ref2 = new DBRefEntry("UNIPROTKB/TREMBL", "1", "A123");
  15     DBRefEntry ref3 = new DBRefEntry("pdb", "1", "A123");
  16     DBRefEntry ref4 = new DBRefEntry("EMBLCDSPROTEIN", "1", "A123");
  17     DBRefEntry ref5 = new DBRefEntry("embl", "1", "A123");
  18     DBRefEntry ref6 = new DBRefEntry("emblCDS", "1", "A123");
  19     DBRefEntry ref7 = new DBRefEntry("GeneDB", "1", "A123");
  20     DBRefEntry ref8 = new DBRefEntry("PFAM", "1", "A123");
  21     DBRefEntry[] refs = new DBRefEntry[]
  22     { ref1, ref2, ref3, ref4, ref5, ref6, ref7, ref8 };
  23
  24     /*
  25      * Just the DNA refs:
  26      */
  27     DBRefEntry[] found = CrossRef.findXDbRefs(false, refs);
  28     assertEquals(3, found.length);
  29     assertSame(ref5, found[0]);
  30     assertSame(ref6, found[1]);
  31     assertSame(ref7, found[2]);
  32
  33     /*
  34      * Just the protein refs:
  35      */
  36     found = CrossRef.findXDbRefs(true, refs);
  37     assertEquals(4, found.length);
  38     assertSame(ref1, found[0]);
  39     assertSame(ref2, found[1]);
  40     assertSame(ref3, found[2]);
  41     assertSame(ref4, found[3]);
  42   }
  43
  44 }