test/jalview/analysis/CrossRefTest.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
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   6  *
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  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
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  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.analysis;
  22
  23 import static org.testng.AssertJUnit.assertEquals;
  24 import static org.testng.AssertJUnit.assertSame;
  25
  26 import jalview.datamodel.DBRefEntry;
  27
  28 import org.testng.annotations.Test;
  29
  30 public class CrossRefTest
  31 {
  32   @Test(groups = { "Functional" })
  33   public void testFindXDbRefs()
  34   {
  35     DBRefEntry ref1 = new DBRefEntry("UNIPROT", "1", "A123");
  36     DBRefEntry ref2 = new DBRefEntry("UNIPROTKB/TREMBL", "1", "A123");
  37     DBRefEntry ref3 = new DBRefEntry("pdb", "1", "A123");
  38     DBRefEntry ref4 = new DBRefEntry("EMBLCDSPROTEIN", "1", "A123");
  39     DBRefEntry ref5 = new DBRefEntry("embl", "1", "A123");
  40     DBRefEntry ref6 = new DBRefEntry("emblCDS", "1", "A123");
  41     DBRefEntry ref7 = new DBRefEntry("GeneDB", "1", "A123");
  42     DBRefEntry ref8 = new DBRefEntry("PFAM", "1", "A123");
  43     DBRefEntry[] refs = new DBRefEntry[] { ref1, ref2, ref3, ref4, ref5,
  44         ref6, ref7, ref8 };
  45
  46     /*
  47      * Just the DNA refs:
  48      */
  49     DBRefEntry[] found = CrossRef.findXDbRefs(false, refs);
  50     assertEquals(3, found.length);
  51     assertSame(ref5, found[0]);
  52     assertSame(ref6, found[1]);
  53     assertSame(ref7, found[2]);
  54
  55     /*
  56      * Just the protein refs:
  57      */
  58     found = CrossRef.findXDbRefs(true, refs);
  59     assertEquals(4, found.length);
  60     assertSame(ref1, found[0]);
  61     assertSame(ref2, found[1]);
  62     assertSame(ref3, found[2]);
  63     assertSame(ref4, found[3]);
  64   }
  65
  66 }