test/jalview/analysis/CrossRefTest.java

   1 package jalview.analysis;
   2
   3 import static org.testng.AssertJUnit.assertEquals;
   4 import static org.testng.AssertJUnit.assertSame;
   5
   6 import jalview.datamodel.DBRefEntry;
   7
   8 import org.testng.annotations.Test;
   9
  10 public class CrossRefTest
  11 {
  12   @Test(groups ={ "Functional" })
  13   public void testFindXDbRefs()
  14   {
  15     DBRefEntry ref1 = new DBRefEntry("UNIPROT", "1", "A123");
  16     DBRefEntry ref2 = new DBRefEntry("UNIPROTKB/TREMBL", "1", "A123");
  17     DBRefEntry ref3 = new DBRefEntry("pdb", "1", "A123");
  18     DBRefEntry ref4 = new DBRefEntry("EMBLCDSPROTEIN", "1", "A123");
  19     DBRefEntry ref5 = new DBRefEntry("embl", "1", "A123");
  20     DBRefEntry ref6 = new DBRefEntry("emblCDS", "1", "A123");
  21     DBRefEntry ref7 = new DBRefEntry("GeneDB", "1", "A123");
  22     DBRefEntry ref8 = new DBRefEntry("PFAM", "1", "A123");
  23     DBRefEntry[] refs = new DBRefEntry[]
  24     { ref1, ref2, ref3, ref4, ref5, ref6, ref7, ref8 };
  25
  26     /*
  27      * Just the DNA refs:
  28      */
  29     DBRefEntry[] found = CrossRef.findXDbRefs(false, refs);
  30     assertEquals(3, found.length);
  31     assertSame(ref5, found[0]);
  32     assertSame(ref6, found[1]);
  33     assertSame(ref7, found[2]);
  34
  35     /*
  36      * Just the protein refs:
  37      */
  38     found = CrossRef.findXDbRefs(true, refs);
  39     assertEquals(4, found.length);
  40     assertSame(ref1, found[0]);
  41     assertSame(ref2, found[1]);
  42     assertSame(ref3, found[2]);
  43     assertSame(ref4, found[3]);
  44   }
  45
  46 }