test/jalview/analysis/DnaTest.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.analysis;
  22
  23 import static org.testng.AssertJUnit.assertEquals;
  24 import static org.testng.AssertJUnit.assertNotNull;
  25 import static org.testng.AssertJUnit.assertTrue;
  26
  27 import jalview.api.AlignViewportI;
  28 import jalview.datamodel.AlignedCodon;
  29 import jalview.datamodel.Alignment;
  30 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  31 import jalview.datamodel.HiddenColumns;
  32 import jalview.datamodel.Sequence;
  33 import jalview.datamodel.SequenceI;
  34 import jalview.gui.AlignViewport;
  35 import jalview.gui.JvOptionPane;
  36 import jalview.io.DataSourceType;
  37 import jalview.io.FileFormat;
  38 import jalview.io.FormatAdapter;
  39
  40 import java.io.IOException;
  41
  42 import org.testng.annotations.BeforeClass;
  43 import org.testng.annotations.Test;
  44
  45 public class DnaTest
  46 {
  47   @BeforeClass(alwaysRun = true)
  48   public void setUpJvOptionPane()
  49   {
  50     JvOptionPane.setInteractiveMode(false);
  51     JvOptionPane.setMockResponse(JvOptionPane.CANCEL_OPTION);
  52   }
  53
  54   // @formatter:off
  55   // AA encoding codons as ordered on the Jalview help page Amino Acid Table
  56   private static String fasta = ">B\n" + "GCT" + "GCC" + "GCA" + "GCG"
  57           + "TGT" + "TGC" + "GAT" + "GAC" + "GAA" + "GAG" + "TTT" + "TTC"
  58           + "GGT" + "GGC" + "GGA" + "GGG" + "CAT" + "CAC" + "ATT" + "ATC"
  59           + "ATA" + "AAA" + "AAG" + "TTG" + "TTA" + "CTT" + "CTC" + "CTA"
  60           + "CTG" + "ATG" + "AAT" + "AAC" + "CCT" + "CCC" + "CCA" + "CCG"
  61           + "CAA" + "CAG" + "CGT" + "CGC" + "CGA" + "CGG" + "AGA" + "AGG"
  62           + "TCT" + "TCC" + "TCA" + "TCG" + "AGT" + "AGC" + "ACT" + "ACC"
  63           + "ACA" + "ACG" + "GTT" + "GTC" + "GTA" + "GTG" + "TGG" + "TAT"
  64           + "TAC" + "TAA" + "TAG" + "TGA";
  65
  66   private static String JAL_1312_example_align_fasta = ">B.FR.83.HXB2_LAI_IIIB_BRU_K03455/45-306\n"
  67           + "ATGGGAAAAAATTCGGTTAAGGCCAGGGGGAAAGAAAAAATATAAATTAAAACATATAGTATGGGCAAGCAG\n"
  68           + "GGAGCTAGAACGATTCGCAGTTAATCCTGGCCTGTTAGAAACATCAGAAGGCTGTAGACAAATACTGGGACA\n"
  69           + "GCTACAACCATCCCTTCAGACAGGATCAGAAGAACTTAGATCATTATATAATACAGTAGCAACCCTCTATTG\n"
  70           + "TGTGCATCAAAGGATAGAGATAAAAGACACCAAGGAAGCTTTAGAC\n"
  71           + ">gi|27804621|gb|AY178912.1|/1-259\n"
  72           + "-TGGGAGAA-ATTCGGTT-CGGCCAGGGGGAAAGAAAAAATATCAGTTAAAACATATAGTATGGGCAAGCAG\n"
  73           + "AGAGCTAGAACGATTCGCAGTTAACCCTGGCCTTTTAGAGACATCACAAGGCTGTAGACAAATACTGGGACA\n"
  74           + "GCTACAACCATCCCTTCAGACAGGATCAGAAGAACTTAAATCATTATATAATACAGTAGCAACCCTCTATTG\n"
  75           + "TGTTCATCAAAGGATAGATATAAAAGACACCAAGGAAGCTTTAGAT\n"
  76           + ">gi|27804623|gb|AY178913.1|/1-259\n"
  77           + "-TGGGAGAA-ATTCGGTT-CGGCCAGGGGGAAAGAAAAAATATCAGTTAAAACATATAGTATGGGCAAGCAG\n"
  78           + "AGAGCTAGAACGATTCGCAGTTAACCCTGGCCTTTTAGAGACATCACAAGGCTGTAGACAAATACTGGAACA\n"
  79           + "GCTACAACCATCCCTTCAGACAGGATCAGAAGAACTTAAATCATTATATAATACAGTAGCAACCCTCTATTG\n"
  80           + "TGTTCATCAAAGGATAGATGTAAAAGACACCAAGGAAGCTTTAGAT\n"
  81           + ">gi|27804627|gb|AY178915.1|/1-260\n"
  82           + "-TGGGAAAA-ATTCGGTTAAGGCCAGGGGGAAAGAAAAAATATAAGTTAAAACATATAGTATGGGCAAGCAG\n"
  83           + "GGAGCTAGAACGATTCGCAGTTAACCCTGGCCTGTTAGAAACATCAGAAGGTTGTAGACAAATATTGGGACA\n"
  84           + "GCTACAACCATCCCTTGAGACAGGATCAGAAGAACTTAAATCATTATWTAATACCATAGCAGTCCTCTATTG\n"
  85           + "TGTACATCAAAGGATAGATATAAAAGACACCAAGGAAGCTTTAGAG\n"
  86           + ">gi|27804631|gb|AY178917.1|/1-261\n"
  87           + "-TGGGAAAAAATTCGGTTGAGGCCAGGGGGAAAGAAAAAATATAAGTTAAAACATATAGTATGGGCAAGCAG\n"
  88           + "GGAGCTAGAACGATTCGCAGTCAACCCTGGCCTGTTAGAAACACCAGAAGGCTGTAGACAAATACTGGGACA\n"
  89           + "GCTACAACCGTCCCTTCAGACAGGATCGGAAGAACTTAAATCATTATATAATACAGTAGCAACCCTCTATTG\n"
  90           + "TGTGCATCAAAGGATAGATGTAAAAGACACCAAGGAGGCTTTAGAC\n"
  91           + ">gi|27804635|gb|AY178919.1|/1-261\n"
  92           + "-TGGGAGAGAATTCGGTTACGGCCAGGAGGAAAGAAAAAATATAAATTGAAACATATAGTATGGGCAGGCAG\n"
  93           + "AGAGCTAGATCGATTCGCAGTCAATCCTGGCCTGTTAGAAACATCAGAAGGCTGCAGACAGATATTGGGACA\n"
  94           + "GCTACAACCGTCCCTTAAGACAGGATCAGAAGAACTTAAATCATTATATAATACAGTAGCAACCCTCTATTG\n"
  95           + "TGTACATCAAAGGATAGATGTAAAAGACACCAAGGAAGCTTTAGAT\n"
  96           + ">gi|27804641|gb|AY178922.1|/1-261\n"
  97           + "-TGGGAGAAAATTCGGTTACGGCCAGGGGGAAAGAAAAGATATAAGTTAAAACATATAGTATGGGCAAGCAG\n"
  98           + "GGAGCTAGAACGATTCGCAGTCAACCCTGGCCTGTTAGAAACATCAGAAGGCTGCAGACAAATACTGGGACA\n"
  99           + "GTTACACCCATCCCTTCATACAGGATCAGAAGAACTTAAATCATTATATAATACAGTAGCAACCCTCTATTG\n"
 100           + "TGTGCATCAAAGGATAGAAGTAAAAGACACCAAGGAAGCTTTAGAC\n"
 101           + ">gi|27804647|gb|AY178925.1|/1-261\n"
 102           + "-TGGGAAAAAATTCGGTTAAGGCCAGGGGGAAAGAAAAAATATCAATTAAAACATGTAGTATGGGCAAGCAG\n"
 103           + "GGAACTAGAACGATTCGCAGTTAATCCTGGCCTGTTAGAAACATCAGAAGGCTGTAGACAAATATTGGGACA\n"
 104           + "GCTACAACCATCCCTTCAGACAGGATCAGAGGAACTTAAATCATTATTTAATACAGTAGCAGTCCTCTATTG\n"
 105           + "TGTACATCAAAGAATAGATGTAAAAGACACCAAGGAAGCTCTAGAA\n"
 106           + ">gi|27804649|gb|AY178926.1|/1-261\n"
 107           + "-TGGGAAAAAATTCGGTTAAGGCCAGGGGGAAAGAAAAAATATAAGTTAAAACATATAGTATGGGCAAGCAG\n"
 108           + "GGAGCTAGAACGATTCGCGGTCAATCCTGGCCTGTTAGAAACATCAGAAGGCTGTAGACAACTACTGGGACA\n"
 109           + "GTTACAACCATCCCTTCAGACAGGATCAGAAGAACTCAAATCATTATATAATACAATAGCAACCCTCTATTG\n"
 110           + "TGTGCATCAAAGGATAGAGATAAAAGACACCAAGGAAGCCTTAGAT\n"
 111           + ">gi|27804653|gb|AY178928.1|/1-261\n"
 112           + "-TGGGAAAGAATTCGGTTAAGGCCAGGGGGAAAGAAACAATATAAATTAAAACATATAGTATGGGCAAGCAG\n"
 113           + "GGAGCTAGACCGATTCGCACTTAACCCCGGCCTGTTAGAAACATCAGAAGGCTGTAGACAAATATTGGGACA\n"
 114           + "GCTACAATCGTCCCTTCAGACAGGATCAGAAGAACTTAGATCACTATATAATACAGTAGCAGTCCTCTATTG\n"
 115           + "TGTGCATCAAAAGATAGATGTAAAAGACACCAAGGAAGCCTTAGAC\n"
 116           + ">gi|27804659|gb|AY178931.1|/1-261\n"
 117           + "-TGGGAAAAAATTCGGTTACGGCCAGGAGGAAAGAAAAGATATAAATTAAAACATATAGTATGGGCAAGCAG\n"
 118           + "GGAGCTAGAACGATTYGCAGTTAATCCTGGCCTTTTAGAAACAGCAGAAGGCTGTAGACAAATACTGGGACA\n"
 119           + "GCTACAACCATCCCTTCAGACAGGATCAGAAGAACTTAAATCATTATATAATACAGTAGCAACCCTCTATTG\n"
 120           + "TGTACATCAAAGGATAGAGATAAAAGACACCAAGGAAGCTTTAGAA\n";
 121   // @formatter:on
 122
 123   /**
 124    * Corner case for this test is the presence of codons after codons that were
 125    * not translated.
 126    *
 127    * @throws IOException
 128    */
 129   @Test(groups = { "Functional" })
 130   public void testTranslateCdna_withUntranslatableCodons()
 131           throws IOException
 132   {
 133     AlignmentI alf = new FormatAdapter().readFile(
 134             JAL_1312_example_align_fasta, DataSourceType.PASTE,
 135             FileFormat.Fasta);
 136     HiddenColumns cs = new HiddenColumns();
 137     AlignViewportI av = new AlignViewport(alf, cs);
 138     Dna dna = new Dna(av, new int[] { 0, alf.getWidth() - 1 });
 139     AlignmentI translated = dna.translateCdna();
 140     assertNotNull("Couldn't do a full width translation of test data.",
 141             translated);
 142   }
 143
 144   /**
 145    * Test variant in which 15 column blocks at a time are translated (the rest
 146    * hidden).
 147    *
 148    * @throws IOException
 149    */
 150   @Test(groups = { "Functional" })
 151   public void testTranslateCdna_withUntranslatableCodonsAndHiddenColumns()
 152           throws IOException
 153   {
 154     AlignmentI alf = new FormatAdapter().readFile(
 155             JAL_1312_example_align_fasta, DataSourceType.PASTE,
 156             FileFormat.Fasta);
 157     int vwidth = 15;
 158     for (int ipos = 0; ipos + vwidth < alf.getWidth(); ipos += vwidth)
 159     {
 160       HiddenColumns cs = new HiddenColumns();
 161       if (ipos > 0)
 162       {
 163         cs.hideColumns(0, ipos - 1);
 164       }
 165       cs.hideColumns(ipos + vwidth, alf.getWidth());
 166       int[] vcontigs = cs.getVisibleContigs(0, alf.getWidth());
 167       AlignViewportI av = new AlignViewport(alf, cs);
 168       Dna dna = new Dna(av, vcontigs);
 169       AlignmentI transAlf = dna.translateCdna();
 170
 171       assertTrue("Translation failed (ipos=" + ipos
 172               + ") No alignment data.", transAlf != null);
 173       assertTrue("Translation failed (ipos=" + ipos + ") Empty alignment.",
 174               transAlf.getHeight() > 0);
 175       assertTrue("Translation failed (ipos=" + ipos + ") Translated "
 176               + transAlf.getHeight() + " sequences from " + alf.getHeight()
 177               + " sequences", alf.getHeight() == transAlf.getHeight());
 178     }
 179   }
 180
 181   /**
 182    * Test simple translation to Amino Acids (with STOP codons translated to *).
 183    *
 184    * @throws IOException
 185    */
 186   @Test(groups = { "Functional" })
 187   public void testTranslateCdna_simple() throws IOException
 188   {
 189     AlignmentI alf = new FormatAdapter().readFile(fasta,
 190             DataSourceType.PASTE, FileFormat.Fasta);
 191     HiddenColumns cs = new HiddenColumns();
 192     AlignViewportI av = new AlignViewport(alf, cs);
 193     Dna dna = new Dna(av, new int[] { 0, alf.getWidth() - 1 });
 194     AlignmentI translated = dna.translateCdna();
 195     String aa = translated.getSequenceAt(0).getSequenceAsString();
 196     assertEquals(
 197             "AAAACCDDEEFFGGGGHHIIIKKLLLLLLMNNPPPPQQRRRRRRSSSSSSTTTTVVVVWYY***",
 198             aa);
 199   }
 200
 201   /**
 202    * Test translation excluding hidden columns.
 203    *
 204    * @throws IOException
 205    */
 206   @Test(groups = { "Functional" })
 207   public void testTranslateCdna_hiddenColumns() throws IOException
 208   {
 209     AlignmentI alf = new FormatAdapter().readFile(fasta,
 210             DataSourceType.PASTE, FileFormat.Fasta);
 211     HiddenColumns cs = new HiddenColumns();
 212     cs.hideColumns(6, 14); // hide codons 3/4/5
 213     cs.hideColumns(24, 35); // hide codons 9-12
 214     cs.hideColumns(177, 191); // hide codons 60-64
 215     AlignViewportI av = new AlignViewport(alf, cs);
 216     Dna dna = new Dna(av, new int[] { 0, alf.getWidth() - 1 });
 217     AlignmentI translated = dna.translateCdna();
 218     String aa = translated.getSequenceAt(0).getSequenceAsString();
 219     assertEquals("AACDDGGGGHHIIIKKLLLLLLMNNPPPPQQRRRRRRSSSSSSTTTTVVVVW", aa);
 220   }
 221
 222   /**
 223    * Use this test to help debug into any cases of interest.
 224    */
 225   @Test(groups = { "Functional" })
 226   public void testCompareCodonPos_oneOnly()
 227   {
 228     assertFollows("-AA--A", "G--GG"); // 2 shifted seq2, 3 shifted seq1
 229   }
 230
 231   /**
 232    * Tests for method that compares 'alignment' of two codon position triplets.
 233    */
 234   @Test(groups = { "Functional" })
 235   public void testCompareCodonPos()
 236   {
 237     /*
 238      * Returns 0 for any null argument
 239      */
 240     assertEquals(0, Dna.compareCodonPos(new AlignedCodon(1, 2, 3), null));
 241     assertEquals(0, Dna.compareCodonPos(null, new AlignedCodon(1, 2, 3)));
 242
 243     /*
 244      * Work through 27 combinations. First 9 cases where first position matches.
 245      */
 246     assertMatches("AAA", "GGG"); // 2 and 3 match
 247     assertFollows("AA-A", "GGG"); // 2 matches, 3 shifted seq1
 248     assertPrecedes("AAA", "GG-G"); // 2 matches, 3 shifted seq2
 249     assertFollows("A-AA", "GG-G"); // 2 shifted seq1, 3 matches
 250     assertFollows("A-A-A", "GG-G"); // 2 shifted seq1, 3 shifted seq1
 251     assertPrecedes("A-AA", "GG--G"); // 2 shifted seq1, 3 shifted seq2
 252     assertPrecedes("AA-A", "G-GG"); // 2 shifted seq2, 3 matches
 253     assertFollows("AA--A", "G-GG"); // 2 shifted seq2, 3 shifted seq1
 254     assertPrecedes("AAA", "G-GG"); // 2 shifted seq2, 3 shifted seq2
 255
 256     /*
 257      * 9 cases where first position is shifted in first sequence.
 258      */
 259     assertFollows("-AAA", "G-GG"); // 2 and 3 match
 260     assertFollows("-AA-A", "G-GG"); // 2 matches, 3 shifted seq1
 261     // 'enclosing' case: pick first to start precedes
 262     assertFollows("-AAA", "G-G-G"); // 2 matches, 3 shifted seq2
 263     assertFollows("-A-AA", "G-G-G"); // 2 shifted seq1, 3 matches
 264     assertFollows("-A-A-A", "G-G-G"); // 2 shifted seq1, 3 shifted seq1
 265     // 'enclosing' case: pick first to start precedes
 266     assertFollows("-A-AA", "G-G--G"); // 2 shifted seq1, 3 shifted seq2
 267     assertFollows("-AA-A", "G--GG"); // 2 shifted seq2, 3 matches
 268     assertFollows("-AA--A", "G--GG"); // 2 shifted seq2, 3 shifted seq1
 269     assertPrecedes("-AAA", "G--GG"); // 2 shifted seq2, 3 shifted seq2
 270
 271     /*
 272      * 9 cases where first position is shifted in second sequence.
 273      */
 274     assertPrecedes("A-AA", "-GGG"); // 2 and 3 match
 275     assertPrecedes("A-A-A", "-GGG"); // 2 matches, 3 shifted seq1
 276     assertPrecedes("A-AA", "-GG-G"); // 2 matches, 3 shifted seq2
 277     assertPrecedes("A--AA", "-GG-G"); // 2 shifted seq1, 3 matches
 278     // 'enclosing' case with middle base deciding:
 279     assertFollows("A--AA", "-GGG"); // 2 shifted seq1, 3 shifted seq1
 280     assertPrecedes("A--AA", "-GG--G"); // 2 shifted seq1, 3 shifted seq2
 281     assertPrecedes("AA-A", "-GGG"); // 2 shifted seq2, 3 matches
 282     assertPrecedes("AA--A", "-GGG"); // 2 shifted seq2, 3 shifted seq1
 283     assertPrecedes("AAA", "-GGG"); // 2 shifted seq2, 3 shifted seq2
 284   }
 285
 286   /**
 287    * This test generates a random cDNA alignment and its translation, then
 288    * reorders the cDNA and retranslates, and verifies that the translations are
 289    * the same (apart from ordering).
 290    */
 291   @Test(groups = { "Functional" })
 292   public void testTranslateCdna_sequenceOrderIndependent()
 293   {
 294     /*
 295      * Generate cDNA - 8 sequences of 12 bases each.
 296      */
 297     AlignmentI cdna = new AlignmentGenerator(true)
 298             .generate(12, 8, 97, 5, 5);
 299     HiddenColumns cs = new HiddenColumns();
 300     AlignViewportI av = new AlignViewport(cdna, cs);
 301     Dna dna = new Dna(av, new int[] { 0, cdna.getWidth() - 1 });
 302     AlignmentI translated = dna.translateCdna();
 303
 304     /*
 305      * Jumble the cDNA sequences and translate.
 306      */
 307     SequenceI[] sorted = new SequenceI[cdna.getHeight()];
 308     final int[] jumbler = new int[] { 6, 7, 3, 4, 2, 0, 1, 5 };
 309     int seqNo = 0;
 310     for (int i : jumbler)
 311     {
 312       sorted[seqNo++] = cdna.getSequenceAt(i);
 313     }
 314     AlignmentI cdnaReordered = new Alignment(sorted);
 315     av = new AlignViewport(cdnaReordered, cs);
 316     dna = new Dna(av, new int[] { 0, cdna.getWidth() - 1 });
 317     AlignmentI translated2 = dna.translateCdna();
 318
 319     /*
 320      * Check translated sequences are the same in both alignments.
 321      */
 322     System.out.println("Original");
 323     System.out.println(translated.toString());
 324     System.out.println("Sorted");
 325     System.out.println(translated2.toString());
 326
 327     int sortedSequenceIndex = 0;
 328     for (int originalSequenceIndex : jumbler)
 329     {
 330       final String translation1 = translated.getSequenceAt(
 331               originalSequenceIndex).getSequenceAsString();
 332       final String translation2 = translated2.getSequenceAt(
 333               sortedSequenceIndex).getSequenceAsString();
 334       assertEquals(translation2, translation1);
 335       sortedSequenceIndex++;
 336     }
 337   }
 338
 339   /**
 340    * Test that all the cases in testCompareCodonPos have a 'symmetric'
 341    * comparison (without checking the actual comparison result).
 342    */
 343   @Test(groups = { "Functional" })
 344   public void testCompareCodonPos_isSymmetric()
 345   {
 346     assertSymmetric("AAA", "GGG");
 347     assertSymmetric("AA-A", "GGG");
 348     assertSymmetric("AAA", "GG-G");
 349     assertSymmetric("A-AA", "GG-G");
 350     assertSymmetric("A-A-A", "GG-G");
 351     assertSymmetric("A-AA", "GG--G");
 352     assertSymmetric("AA-A", "G-GG");
 353     assertSymmetric("AA--A", "G-GG");
 354     assertSymmetric("AAA", "G-GG");
 355     assertSymmetric("-AAA", "G-GG");
 356     assertSymmetric("-AA-A", "G-GG");
 357     assertSymmetric("-AAA", "G-G-G");
 358     assertSymmetric("-A-AA", "G-G-G");
 359     assertSymmetric("-A-A-A", "G-G-G");
 360     assertSymmetric("-A-AA", "G-G--G");
 361     assertSymmetric("-AA-A", "G--GG");
 362     assertSymmetric("-AA--A", "G--GG");
 363     assertSymmetric("-AAA", "G--GG");
 364     assertSymmetric("A-AA", "-GGG");
 365     assertSymmetric("A-A-A", "-GGG");
 366     assertSymmetric("A-AA", "-GG-G");
 367     assertSymmetric("A--AA", "-GG-G");
 368     assertSymmetric("A--AA", "-GGG");
 369     assertSymmetric("A--AA", "-GG--G");
 370     assertSymmetric("AA-A", "-GGG");
 371     assertSymmetric("AA--A", "-GGG");
 372     assertSymmetric("AAA", "-GGG");
 373   }
 374
 375   private void assertSymmetric(String codon1, String codon2)
 376   {
 377     assertEquals("Comparison of '" + codon1 + "' and '" + codon2
 378             + " not symmetric", Integer.signum(compare(codon1, codon2)),
 379             -Integer.signum(compare(codon2, codon1)));
 380   }
 381
 382   /**
 383    * Assert that the first sequence should map to the same position as the
 384    * second in a translated alignment. Also checks that this is true if the
 385    * order of the codons is reversed.
 386    *
 387    * @param codon1
 388    * @param codon2
 389    */
 390   private void assertMatches(String codon1, String codon2)
 391   {
 392     assertEquals("Expected '" + codon1 + "' matches '" + codon2 + "'", 0,
 393             compare(codon1, codon2));
 394     assertEquals("Expected '" + codon2 + "' matches '" + codon1 + "'", 0,
 395             compare(codon2, codon1));
 396   }
 397
 398   /**
 399    * Assert that the first sequence should precede the second in a translated
 400    * alignment
 401    *
 402    * @param codon1
 403    * @param codon2
 404    */
 405   private void assertPrecedes(String codon1, String codon2)
 406   {
 407     assertEquals("Expected '" + codon1 + "'  precedes '" + codon2 + "'",
 408             -1, compare(codon1, codon2));
 409   }
 410
 411   /**
 412    * Assert that the first sequence should follow the second in a translated
 413    * alignment
 414    *
 415    * @param codon1
 416    * @param codon2
 417    */
 418   private void assertFollows(String codon1, String codon2)
 419   {
 420     assertEquals("Expected '" + codon1 + "'  follows '" + codon2 + "'", 1,
 421             compare(codon1, codon2));
 422   }
 423
 424   /**
 425    * Convert two nucleotide strings to base positions and pass to
 426    * Dna.compareCodonPos, return the result.
 427    *
 428    * @param s1
 429    * @param s2
 430    * @return
 431    */
 432   private int compare(String s1, String s2)
 433   {
 434     final AlignedCodon cd1 = convertCodon(s1);
 435     final AlignedCodon cd2 = convertCodon(s2);
 436     System.out.println("K: " + s1 + "  " + cd1.toString());
 437     System.out.println("G: " + s2 + "  " + cd2.toString());
 438     System.out.println();
 439     return Dna.compareCodonPos(cd1, cd2);
 440   }
 441
 442   /**
 443    * Convert a string e.g. "-GC-T" to base positions e.g. [1, 2, 4]. The string
 444    * should have exactly 3 non-gap characters, and use '-' for gaps.
 445    *
 446    * @param s
 447    * @return
 448    */
 449   private AlignedCodon convertCodon(String s)
 450   {
 451     int[] codon = new int[3];
 452     int i = 0;
 453     for (int j = 0; j < s.length(); j++)
 454     {
 455       if (s.charAt(j) != '-')
 456       {
 457         codon[i++] = j;
 458       }
 459     }
 460     return new AlignedCodon(codon[0], codon[1], codon[2]);
 461   }
 462
 463   /**
 464    * Weirdly, maybe worth a test to prove the helper method of this test class.
 465    */
 466   @Test(groups = { "Functional" })
 467   public void testConvertCodon()
 468   {
 469     assertEquals("[0, 1, 2]", convertCodon("AAA").toString());
 470     assertEquals("[0, 2, 5]", convertCodon("A-A--A").toString());
 471     assertEquals("[1, 3, 4]", convertCodon("-A-AA-").toString());
 472   }
 473
 474   /**
 475    * Test dna complementing
 476    */
 477   @Test(groups = "Functional")
 478   public void testGetComplement()
 479   {
 480     assertEquals('t', Dna.getComplement('a'));
 481     assertEquals('T', Dna.getComplement('A'));
 482     assertEquals('a', Dna.getComplement('t'));
 483     assertEquals('A', Dna.getComplement('T'));
 484     assertEquals('c', Dna.getComplement('g'));
 485     assertEquals('C', Dna.getComplement('G'));
 486     assertEquals('g', Dna.getComplement('c'));
 487     assertEquals('G', Dna.getComplement('C'));
 488     // note uU --> aA but not vice versa
 489     assertEquals('a', Dna.getComplement('u'));
 490     assertEquals('A', Dna.getComplement('U'));
 491     // ambiguity codes, see http://www.bioinformatics.org/sms/iupac.html
 492     assertEquals('r', Dna.getComplement('y'));
 493     assertEquals('R', Dna.getComplement('Y'));
 494     assertEquals('y', Dna.getComplement('r'));
 495     assertEquals('Y', Dna.getComplement('R'));
 496     assertEquals('k', Dna.getComplement('m'));
 497     assertEquals('K', Dna.getComplement('M'));
 498     assertEquals('m', Dna.getComplement('k'));
 499     assertEquals('M', Dna.getComplement('K'));
 500     assertEquals('b', Dna.getComplement('v'));
 501     assertEquals('B', Dna.getComplement('V'));
 502     assertEquals('v', Dna.getComplement('b'));
 503     assertEquals('V', Dna.getComplement('B'));
 504     assertEquals('d', Dna.getComplement('h'));
 505     assertEquals('D', Dna.getComplement('H'));
 506     assertEquals('h', Dna.getComplement('d'));
 507     assertEquals('H', Dna.getComplement('D'));
 508     assertEquals('Q', Dna.getComplement('Q'));
 509   }
 510
 511   @Test(groups = "Functional")
 512   public void testReverseSequence()
 513   {
 514     String seq = "-Ac-GtU--rYkMbVdHNX-";
 515     String seqRev = new StringBuilder(seq).reverse().toString();
 516
 517     // reverse:
 518     SequenceI reversed = Dna.reverseSequence("Seq1", seq, false);
 519     assertEquals(1, reversed.getStart());
 520     assertEquals(15, reversed.getEnd());
 521     assertEquals(20, reversed.getLength());
 522     assertEquals(seqRev, reversed.getSequenceAsString());
 523     assertEquals("Seq1|rev", reversed.getName());
 524
 525     // reverse complement:
 526     SequenceI revcomp = Dna.reverseSequence("Seq1", seq, true);
 527     assertEquals("-XNDhBvKmRy--AaC-gT-", revcomp.getSequenceAsString());
 528     assertEquals("Seq1|revcomp", revcomp.getName());
 529   }
 530
 531   @Test(groups = "Functional")
 532   public void testReverseCdna()
 533   {
 534     String seq = "-Ac-GtU--rYkMbVdHNX-";
 535     String seqRev = new StringBuilder(seq).reverse().toString();
 536     String seqDs = seq.replaceAll("-", "");
 537     String seqDsRev = new StringBuilder(seqDs).reverse().toString();
 538
 539     SequenceI dna = new Sequence("Seq1", seq);
 540     Alignment al = new Alignment(new SequenceI[] { dna });
 541     al.createDatasetAlignment();
 542     assertEquals(seqDs, al.getSequenceAt(0).getDatasetSequence()
 543             .getSequenceAsString());
 544
 545     HiddenColumns cs = new HiddenColumns();
 546     AlignViewportI av = new AlignViewport(al, cs);
 547     Dna testee = new Dna(av, new int[] { 0, al.getWidth() - 1 });
 548     AlignmentI reversed = testee.reverseCdna(false);
 549     assertEquals(1, reversed.getHeight());
 550     assertEquals(seqRev, reversed.getSequenceAt(0).getSequenceAsString());
 551     assertEquals(seqDsRev, reversed.getSequenceAt(0).getDatasetSequence()
 552             .getSequenceAsString());
 553   }
 554 }