test/jalview/analysis/GroupingTest.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.analysis;
  22
  23 import jalview.datamodel.Alignment;
  24 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  25 import jalview.datamodel.ColumnSelection;
  26 import jalview.datamodel.Sequence;
  27 import jalview.datamodel.SequenceGroup;
  28 import jalview.datamodel.SequenceI;
  29 import jalview.gui.JvOptionPane;
  30
  31 import java.util.Arrays;
  32
  33 import org.testng.AssertJUnit;
  34 import org.testng.annotations.BeforeClass;
  35 import org.testng.annotations.Test;
  36
  37 public class GroupingTest
  38 {
  39   @BeforeClass(alwaysRun = true)
  40   public void setUpJvOptionPane()
  41   {
  42     JvOptionPane.setInteractiveMode(false);
  43     JvOptionPane.setMockResponse(JvOptionPane.CANCEL_OPTION);
  44   }
  45
  46   Sequence s1 = new Sequence("s1", "AAAADDDDEEEE");
  47
  48   Sequence s2 = new Sequence("s2", "AAAADDDDEEEE");
  49
  50   Sequence s3 = new Sequence("s3", "ACAADDEDEEEE");
  51
  52   Sequence s4 = new Sequence("s4", "AAAADDEDEEEE");
  53
  54   Sequence s5 = new Sequence("s5", "AAAADDEDTTEE");
  55
  56   SequenceGroup sg_12 = new SequenceGroup(Arrays.asList(new SequenceI[] {
  57       s1, s2 }), "Group1", null, false, false, false, 0, 5);
  58
  59   SequenceGroup sg_345 = new SequenceGroup(Arrays.asList(new SequenceI[] {
  60       s3, s4, s5 }), "Group2", null, false, false, false, 0, 5);
  61
  62   AlignmentI alignment = new Alignment(
  63           new SequenceI[] { s1, s2, s3, s4, s5 });
  64
  65   /*
  66    * test for the case where column selections are not added in
  67    * left to right order
  68    */
  69   int[] positions = new int[] { 7, 9, 1 };
  70
  71   @Test(groups = { "Functional" })
  72   public void testMakeGroupsWithBoth()
  73   {
  74     String[] str = new String[alignment.getHeight()];
  75     int seq = 0;
  76     for (SequenceI s : alignment.getSequences())
  77     {
  78       StringBuilder sb = new StringBuilder();
  79       for (int p : positions)
  80       {
  81         sb.append(s.getCharAt(p));
  82       }
  83       str[seq++] = sb.toString();
  84     }
  85     SequenceGroup[] seqgroupsString = Grouping.makeGroupsFrom(
  86             alignment.getSequencesArray(), str,
  87             Arrays.asList(new SequenceGroup[] { sg_12, sg_345 }));
  88
  89     ColumnSelection cs = new ColumnSelection();
  90     for (int p : positions)
  91     {
  92       cs.addElement(p);
  93     }
  94     SequenceGroup[] seqgroupsColSel = Grouping.makeGroupsFromCols(
  95             alignment.getSequencesArray(), cs,
  96             Arrays.asList(new SequenceGroup[] { sg_12, sg_345 }));
  97     AssertJUnit
  98             .assertEquals(seqgroupsString.length, seqgroupsColSel.length);
  99     for (int p = 0; p < seqgroupsString.length; p++)
 100     {
 101       AssertJUnit.assertEquals(seqgroupsString[p].getName(),
 102               seqgroupsColSel[p].getName());
 103       AssertJUnit.assertArrayEquals(
 104               seqgroupsString[p].getSequencesInOrder(alignment),
 105               seqgroupsColSel[p].getSequencesInOrder(alignment));
 106       if (seqgroupsString[p].getSequences().contains(s2))
 107       {
 108         AssertJUnit.assertTrue(seqgroupsString[p].getSize() == 2);
 109       }
 110     }
 111   }
 112
 113 }