test/jalview/analysis/GroupingTest.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.analysis;
  22
  23 import jalview.datamodel.Alignment;
  24 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  25 import jalview.datamodel.ColumnSelection;
  26 import jalview.datamodel.Sequence;
  27 import jalview.datamodel.SequenceGroup;
  28 import jalview.datamodel.SequenceI;
  29
  30 import java.util.ArrayList;
  31 import java.util.Arrays;
  32
  33 import org.testng.AssertJUnit;
  34 import org.testng.annotations.Test;
  35
  36 public class GroupingTest
  37 {
  38   Sequence s1 = new Sequence("s1", "AAAADDDDEEEE");
  39
  40   Sequence s2 = new Sequence("s2", "AAAADDDDEEEE");
  41
  42   Sequence s3 = new Sequence("s3", "ACAADDEDEEEE");
  43
  44   Sequence s4 = new Sequence("s4", "AAAADDEDEEEE");
  45
  46   Sequence s5 = new Sequence("s5", "AAAADDEDTTEE");
  47
  48   SequenceGroup sg1 = new SequenceGroup(Arrays.asList(new SequenceI[] { s1,
  49       s2 }), "Group1", null, false, false, false, 0, 5);
  50
  51   SequenceGroup sg2 = new SequenceGroup(Arrays.asList(new SequenceI[] { s3,
  52       s4, s5 }), "Group2", null, false, false, false, 0, 5);
  53
  54   AlignmentI alignment = new Alignment(
  55           new SequenceI[] { s1, s2, s3, s4, s5 });
  56
  57   int[] positions = new int[] { 1, 7, 9 };
  58
  59   @Test(groups = { "Functional" })
  60   public void testMakeGroupsWithBoth()
  61   {
  62     ArrayList<String> str = new ArrayList<String>();
  63     for (SequenceI s : alignment.getSequences())
  64     {
  65       StringBuilder sb = new StringBuilder();
  66       for (int p : positions)
  67       {
  68         sb.append(s.getCharAt(p));
  69       }
  70       str.add(sb.toString());
  71     }
  72     SequenceGroup[] seqgroupsString = Grouping.makeGroupsFrom(
  73             alignment.getSequencesArray(),
  74             str.toArray(new String[str.size()]),
  75             Arrays.asList(new SequenceGroup[] { sg1, sg2 }));
  76     ColumnSelection cs = new ColumnSelection();
  77     for (int p : positions)
  78     {
  79       cs.addElement(p);
  80     }
  81     SequenceGroup[] seqgroupsColSel = Grouping.makeGroupsFromCols(
  82             alignment.getSequencesArray(), cs,
  83             Arrays.asList(new SequenceGroup[] { sg1, sg2 }));
  84     AssertJUnit
  85             .assertEquals(seqgroupsString.length, seqgroupsColSel.length);
  86     for (int p = 0; p < seqgroupsString.length; p++)
  87     {
  88       AssertJUnit.assertEquals(seqgroupsString[p].getName(),
  89               seqgroupsColSel[p].getName());
  90       AssertJUnit.assertArrayEquals(
  91               seqgroupsString[p].getSequencesInOrder(alignment),
  92               seqgroupsColSel[p].getSequencesInOrder(alignment));
  93       if (seqgroupsString[p].getSequences().contains(s2))
  94       {
  95         AssertJUnit.assertTrue(seqgroupsString[p].getSize() == 2);
  96       }
  97     }
  98   }
  99
 100 }